单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3521	2025-03-01	Immunophenotypic correlates of sustained MRD negativity in patients with multiple myeloma 2023-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40966-8 PMID:37660077	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体β测序以及CyTOF质谱流式细胞术，全面分析了多发性骨髓瘤患者的免疫系统，旨在发现长期治疗反应的关联因素	首次在多发性骨髓瘤患者中，通过单细胞RNA测序和CyTOF质谱流式细胞术，纵向分析了免疫微环境的变化，并发现了与持续微小残留病（MRD）阴性状态相关的免疫表型特征	样本量较小（23名患者），且仅观察了一年的治疗反应，长期效果尚不明确	探讨多发性骨髓瘤患者在接受持续来那度胺维持治疗期间，免疫微环境对长期治疗反应的影响	新诊断的多发性骨髓瘤患者	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, T细胞受体β测序, CyTOF质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据, 质谱流式细胞数据	23名患者
3522	2025-03-01	Network analysis of large-scale ImmGen and Tabula Muris datasets highlights metabolic diversity of tissue mononuclear phagocytes 2023-02-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112046 PMID:36708514	研究论文	本文通过代谢网络分析，研究了单核吞噬细胞（MNP）在不同组织中的代谢多样性，并开发了一种基于网络的基因和代谢物（GAM）聚类方法	引入了三个大规模转录数据集，并开发了一种新的网络计算方法GAM聚类，用于无偏识别关键代谢子网络	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类MNP的代谢多样性	理解单核吞噬细胞在不同组织中的代谢多样性	单核吞噬细胞（MNP）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	GAM聚类	转录数据	337个样本（ImmGen MNP数据集），202个样本（ImmGen Phase I数据集），51,364个细胞（Tabula Muris Senis数据集）
3523	2025-03-01	Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma 2023-Jan-26, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00340-x PMID:36702834	研究论文	本研究通过多中心单细胞RNA测序技术，探讨了快速进展型多发性骨髓瘤（MM）患者免疫微环境的特征	首次在多中心背景下使用单细胞RNA测序技术分析快速进展型MM的免疫微环境，揭示了与疾病快速进展相关的细胞类型和信号通路	样本量相对较小（18名患者），且仅分析了诊断时的骨髓样本，未涵盖疾病进展过程中的动态变化	探讨快速进展型多发性骨髓瘤的免疫微环境特征，以识别促进疾病快速进展的因素	18名多发性骨髓瘤患者的48个CD138骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	102,207个细胞，来自18名患者的48个骨髓样本
3524	2025-03-01	Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac035 PMID:35651651	研究论文	本文研究了在RNA测序中使用oligo(dT)引物进行mRNA富集和逆转录引发的系统性偏差问题，并开发了一种计算算法来识别和去除这些偏差	首次全面描述了内部oligo(dT)引发对基因表达量化的影响，并开发了一种新的计算算法来解决这一问题	研究主要基于公共数据集，可能无法涵盖所有实验条件和平台	探讨内部oligo(dT)引发对RNA测序数据的影响，并开发解决方案以提高基因表达测量的准确性	多个公共数据集中的bulk和单细胞RNA测序数据	转录组学	NA	RNA测序	计算算法	RNA测序数据	多个公共数据集
3525	2025-02-28	A Unique Signature for Cancer-Associated Fibroblasts in Melanoma Metastases 2025-03, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.70002 PMID:39924882	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了约8400个癌症相关成纤维细胞（CAFs）和正常成纤维细胞的转录特征，并比较了小鼠黑色素瘤原发肿瘤和肺转移瘤中CAFs的遗传特征	揭示了原发肿瘤和转移瘤特异性CAF群体的不同亚群，并发现了肿瘤依赖的中性粒细胞与CAFs之间的相互作用，这种相互作用通过SAA3和IL1b相关信号通路介导	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析相对较少	研究黑色素瘤转移中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的独特特征及其潜在治疗影响	小鼠黑色素瘤原发肿瘤和肺转移瘤中的CAFs，以及人类黑色素瘤转移样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	约8400个CAFs和正常成纤维细胞
3526	2025-02-28	Single-cell profiling and clinical characteristics analysis of lung squamous carcinoma 2025-Feb-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01556-7 PMID:40014154	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了504个肺鳞状细胞癌（LUSC）样本，揭示了肿瘤微环境（TME）和临床特征，并构建了预后模型	首次使用单细胞RNA测序技术结合计算算法（ESTIMATE和CIBERSORT）分析LUSC的肿瘤微环境和免疫细胞浸润，并构建了基于3个差异表达基因（DEGs）的预后模型	研究样本量较大，但未提及是否涵盖不同种族或地理区域的样本，可能影响结果的普适性	揭示肺鳞状细胞癌的肿瘤微环境和临床特征，并构建预后模型	504个肺鳞状细胞癌样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	COX回归模型	基因表达数据	504个肺鳞状细胞癌样本
3527	2025-02-28	NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance 2025-Feb-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027020 PMID:40009499	研究论文	本文探讨了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）发生和维持中的关键作用	揭示了NOTCH1二聚体信号在人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）白血病发生中的重要性，并鉴定了依赖Notch二聚化的基因特征	研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植（PDXs），可能不完全反映所有T-ALL病例的复杂性	研究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发生和维持中的作用	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL患者来源的异种移植（PDXs）	癌症研究	T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	RNA/Chip-sequencing, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL患者来源的异种移植（PDXs）
3528	2025-02-28	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-Feb-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	研究论文	本文通过整合TCGA的多组学数据和单细胞测序分析，全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤（GBM）	研究首次揭示了ANXA2和ANXA4在胶质母细胞瘤中主要由M2巨噬细胞表达，并强调了使用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	研究中使用的分析工具存在差异，可能影响结果的准确性	探讨ANXA家族在癌症中的表达模式和功能影响，特别是其在胶质母细胞瘤中的作用	ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达，特别是胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	多组学数据分析，单细胞测序分析	NA	多组学数据，单细胞测序数据	NA
3529	2025-02-28	Cancer-associated fibroblasts promote EGFR-TKI resistance via the CTHRC1/glycolysis/H3K18la positive feedback loop 2025-Feb-26, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03318-y PMID:40011576	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过CTHRC1/糖酵解/H3K18la正反馈环路促进EGFR-TKI耐药的机制	首次通过单细胞RNA测序识别出CTHRC1过表达的CAFs亚群，并揭示了其在EGFR-TKI耐药中的关键作用及机制	研究主要基于实验室模型和患者样本，尚未进行大规模临床试验验证	探讨CAFs在EGFR-TKI耐药中的作用及其机制，寻找克服耐药的新策略	肺癌患者及其实验室模型	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	肺癌患者样本
3530	2025-02-28	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	本文提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了快速傅里叶变换（FFT）和增强型Transformer，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	scFTAT方法首次将FFT与增强型Transformer结合，通过LDA减少数据稀疏性，并引入核近似、位置编码增强和注意力增强模块来提高训练性能	NA	解决单细胞RNA测序数据注释中的高稀疏性和繁琐手动注释问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型的人类和小鼠组织scRNA-seq数据集
3531	2025-02-28	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	本文研究了GPSM1/CSF1信号通路在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用，并提出了针对GPSM1的新治疗策略	揭示了GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化，促进其在肿瘤微环境中的浸润，从而介导抗PD-1耐药的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模临床试验验证	探索GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用及其机制，寻找增强免疫检查点阻断疗法疗效的新策略	结直肠癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、质谱分析、免疫共沉淀	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像、质谱数据	抗PD-1耐药的结直肠癌患者肿瘤样本、C57BL/6小鼠模型
3532	2025-02-28	Identification of Mitochondrial-related Characteristic Biomarkers in Osteosarcoma using Bioinformatics and Machine Learning 2025-Feb-25, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073350964241203080017 PMID:40012292	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，识别了与骨肉瘤（OS）相关的线粒体特征生物标志物	首次结合生物信息学分析和机器学习算法（LASSO回归和SVM-RFE）识别了骨肉瘤中线粒体相关差异表达基因（MitoDEGs），并验证了其在免疫细胞浸润和微环境中的作用	研究主要依赖于公共数据库的mRNA表达数据，实验验证仅限于体外RT-PCR，缺乏体内实验验证	探索骨肉瘤中线粒体相关基因的诊断标志物及其在免疫调节中的作用	骨肉瘤（OS）患者	生物信息学	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq, RT-PCR	LASSO回归, SVM-RFE	mRNA表达数据	来自GSE16088和GSE19276数据库的骨肉瘤样本
3533	2025-02-27	Identification of splenic IRF7 as a nanotherapy target for tele-conditioning myocardial reperfusion injury 2025-Feb-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57048-6 PMID:39994192	研究论文	本文探讨了纳米疗法在心血管疾病治疗中的应用，特别是通过将纳米药物重定向至脾脏，利用其作为远程调节心肌再灌注损伤的高效靶点	提出了脾脏作为纳米药物靶向治疗的新途径，并发现IRF7在脾脏-心脏通讯网络中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验	探索纳米疗法在心血管疾病治疗中的新应用，特别是针对心肌再灌注损伤的治疗	脾脏和心肌再灌注损伤	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	雄性小鼠的临床前模型
3534	2025-02-28	CCN2 mediates fibroblast-macrophage interaction in knee arthrofibrosis based on single-cell RNA-seq analysis 2025-Feb-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00400-9 PMID:39994205	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析，揭示了CCN2在膝关节纤维化中通过TGF-β通路介导成纤维细胞与巨噬细胞相互作用的作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了CCN2在膝关节纤维化中的具体作用机制，并提出了CCN2作为潜在生物标志物的可能性	样本量较小，仅包括6名患者，可能需要更大规模的研究来验证结果	研究膝关节纤维化的病理机制，特别是CCN2在成纤维细胞与巨噬细胞相互作用中的作用	膝关节纤维化患者的滑膜组织	生物信息学	膝关节纤维化	单细胞RNA测序分析，流式细胞术	NA	RNA测序数据	6名膝关节纤维化患者
3535	2025-02-28	Comprehensive analysis of lipid metabolic signatures identified CEBPD promotes breast cancer cell proliferation 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90869-5 PMID:39994306	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组数据分析，识别了乳腺癌中与脂质代谢相关的基因表达模式及其预后意义，并构建了基于这些特征的预后风险模型	首次通过单细胞转录组分析识别出乳腺癌中特定的脂质代谢特征基因，并构建了预后风险模型，揭示了CEBPD在乳腺癌细胞增殖中的抑制作用	研究主要基于转录组数据，缺乏对脂质代谢具体分子机制的深入探索	探索乳腺癌中脂质代谢相关基因的表达模式及其对预后的影响	乳腺癌细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 批量转录组分析	预后风险模型	转录组数据	原发性乳腺癌样本
3536	2025-02-28	POU2F2+ B cells enhance antitumor immunity and predict better survival in non small cell lung cancer 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90817-3 PMID:39994401	研究论文	本研究探讨了POU2F2+ B细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）中的抗肿瘤免疫作用及其对患者生存的影响	首次揭示了POU2F2+ B细胞在NSCLC中的关键作用，并提出了POU2F2作为NSCLC免疫治疗的新靶点	研究主要基于单细胞RNA测序和多重免疫组化数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	阐明POU2F2+ B细胞在NSCLC患者生存和免疫细胞浸润中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	两个NSCLC单细胞RNA测序数据集和两个NSCLC免疫治疗相关的大规模RNA测序数据集
3537	2025-02-28	Single-cell RNA transcriptome uncovers distinct developmental trajectories in the embryonic skeletal muscle of Daheng broiler and Tibetan chicken 2025-Feb-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11363-w PMID:39994525	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了大恒肉鸡和藏鸡胚胎骨骼肌发育的不同轨迹和动态基因表达谱	首次构建了胚胎鸡骨骼肌的全面细胞图谱，并揭示了大恒肉鸡和藏鸡在胚胎肌生成和脂肪生成中的关键基因差异	研究仅限于胚胎期的三个时间点，未涵盖整个发育过程	探究不同鸡品种骨骼肌表型差异的分子机制	大恒肉鸡和藏鸡的胚胎骨骼肌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	29,579个高质量细胞，代表6种不同的细胞类型
3538	2025-02-28	THBS1 in macrophage-derived exosomes exacerbates cerebral ischemia-reperfusion injury by inducing ferroptosis in endothelial cells 2025-Feb-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03382-x PMID:39994679	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞来源的外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用，特别是通过诱导内皮细胞铁死亡加剧损伤的机制	首次揭示了THBS1在巨噬细胞来源的外泌体中的作用，通过THBS1-OTUD5-GPX4轴驱动内皮细胞铁死亡和脑损伤	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨巨噬细胞来源的外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用及其机制	巨噬细胞来源的外泌体、内皮细胞、脑缺血再灌注损伤	生物医学	脑缺血再灌注损伤	蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、高通量筛选、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析	NA	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据	AIS患者外周血中的外泌体和单核细胞、OGD/R刺激的THP-1和RAW264.7细胞、tMCAO小鼠脑中的巨噬细胞
3539	2025-02-28	Comprehensive Analysis of TCR and BCR Repertoires: Insights into Methodologies, Challenges, and Applications 2025-Feb-24, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-024-00034-z PMID:39994831	review	本文综述了T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）多样性分析的关键方法、挑战和应用	整合了免疫学、生物信息学和临床研究，提供了对免疫功能、治疗反应和精准医学方法的深入见解	NA	探讨TCR和BCR序列分析的方法和应用	T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）	生物信息学	NA	RNA测序	NA	序列数据	NA
3540	2025-02-28	A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.635509 PMID:39975238	研究论文	本文介绍了一种名为AIR-SPACE的整合方法，结合高分辨率空间转录组学和高保真长读长测序技术，用于分析病毒感染后淋巴结中适应性免疫细胞的空间组织	AIR-SPACE方法首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体（AIR）库	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究目的是理解病毒感染后淋巴结中适应性免疫反应的空间和时间动态	研究对象为小鼠腘淋巴结在痘苗病毒感染后的适应性免疫反应	免疫学	病毒感染	高分辨率空间转录组学，高保真长读长测序	NA	空间转录组数据，长读长测序数据	五个不同时间点的小鼠腘淋巴结样本