单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3521	2025-03-26	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3 I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤（CCMs）的发病机制及治疗	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，模拟人类CCMs的单等位基因突变，并揭示了PI3K信号通路在CCMs形成中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究脑海绵状血管瘤的发病机制及探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型及Map3k3I441M; Ptenfl/fl小鼠模型	病理学	脑海绵状血管瘤	磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠模型	影像数据、基因表达数据	未明确说明具体数量，但涉及多种基因型小鼠
3522	2024-11-07	Metabolic reprogramming landscape of pan-cancer by single-cell transcriptome data integration 2025-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.10.026 PMID:39500689	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3523	2025-03-26	SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis 2025-Mar-25, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf085 PMID:40128799	研究论文	本研究探讨了转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤形成中的作用	揭示了SOX2通过调控LMX1A和LMX1B的表达维持祖细胞特性，在脉络丛肿瘤形成中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索脉络丛肿瘤的分子机制和潜在治疗靶点	脉络丛肿瘤（包括CPP和CPC）	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，包括小鼠模型和人类肿瘤样本
3524	2025-03-26	Mesenchymal stem cells and fibroblasts contribute to microvascular proliferation in glioblastoma and are correlated with immunosuppression and poor outcome 2025-Mar-25, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在胶质母细胞瘤微血管增殖中的作用，并发现了PDGFRB作为驱动基因的角色	样本量较小（16例患者样本），且仅针对胶质母细胞瘤	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的血管/血管周围基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
3525	2025-03-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Mar-24, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前PFOS暴露对子代大鼠肺发育和功能的影响，结合形态学、功能学和单细胞测序分析	首次结合单细胞RNA测序技术揭示PFOS暴露对肺细胞组成和分子反应的详细影响，并识别出Fam111a和Stk35基因在PFOS诱导的肺损伤和修复过程中的作用	研究仅在大鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	探究PFOS暴露对肺发育的细胞和分子机制	子代大鼠的肺组织	环境毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组(0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day)的孕鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
3526	2025-03-26	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-Mar-24, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过遗传捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	揭示了脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息，并发现了控制急性疼痛的共享前馈抑制机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的适用性	探索脊髓神经回路对伤害性信息的编码机制	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	遗传捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、行为数据	成年小鼠
3527	2025-03-26	Dissecting endothelial cell heterogeneity with new tools 2025-Mar-23, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00223-3 PMID:40121354	综述	本文综述了当前对内皮细胞异质性的理解，包括器官内和器官间的异质性，并探讨了新技术如单细胞RNA测序和血管类器官在研究中的应用	整合单细胞RNA测序与高通量测序技术，探索内皮细胞异质性在表观遗传水平和空间分辨背景下的表现，以及利用血管类器官研究人类内皮细胞异质性	未提及具体实验数据或样本量的限制	深入理解内皮细胞异质性及其对人类血管疾病的影响	血管内皮细胞	生物医学	血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高通量测序, 血管类器官	NA	转录组数据	NA
3528	2025-03-26	Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514 PMID:39700012	研究论文	介绍了一种名为Festem的协议，用于直接选择细胞类型标记基因以进行单细胞RNA测序数据的聚类分析	Festem方法通过期望最大化测试直接选择细胞类型标记基因，简化了下游单细胞RNA测序数据的聚类过程	NA	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因	生物信息学	NA	scRNA-seq	Festem	基因表达数据	NA
3529	2025-03-26	Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521 PMID:39708325	研究论文	介绍了一种使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案	将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域，并详细描述了生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱的计算工作流程	未提及具体的实验样本数量或验证结果	开发一种高效高分辨率的空间转录组学方法，以揭示健康和疾病中的分子机制	任何组织，包括临床样本	空间转录组学	NA	Open-ST, Illumina流动池重新利用	NA	分子图谱, 组织学数据	NA
3530	2025-03-26	Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608 PMID:39879360	研究论文	提出了一种使用加权集成方法（WEST）增强空间转录组学算法稳健性和准确性的协议	使用集成技术提升现有算法的稳健性和准确性，通过相似性矩阵识别空间域并获得新的嵌入	未提及具体实验验证结果或与其他方法的比较	提升空间转录组学算法的稳健性和准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	加权集成方法（WEST）	基因表达数据	NA
3531	2025-03-26	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2025-Mar-18, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3023 PMID:40101158	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）的基因表达，揭示了肿瘤内克隆异质性与细胞状态变化的关系	首次在DCIS中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤内克隆异质性与细胞状态变化的复杂关系，并发现基底膜基因的持续转录与侵袭性乳腺癌的转变相关	研究样本量有限，且仅针对DCIS和匹配的正常乳腺组织，未涵盖其他类型的乳腺癌	识别DCIS中导致侵袭性乳腺癌的事件	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	DCIS病变和匹配的正常乳腺组织样本
3532	2025-03-26	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Mar-18, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本文研究了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的直接调控作用，并鉴定了8个KMT2D直接靶向的基因	研究仅限于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	KMT2D基因及其在牙釉质发育中的作用	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
3533	2025-03-26	Identification of RCC2 as a Risk Gene Associated With Basal Cell Carcinoma and Experimental Validation 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70082 PMID:40129067	研究论文	通过多组学分析和体外实验验证，识别出与基底细胞癌风险相关的RCC2基因	首次通过孟德尔随机化研究和多组学分析识别出RCC2基因与基底细胞癌风险相关，并通过体外实验验证其功能	研究主要基于体外细胞实验，尚未进行体内或临床试验验证	探索基底细胞癌的新遗传风险因素和潜在治疗靶点	基底细胞癌相关基因和A431细胞系	生物信息学	皮肤癌	GWAS、eQTL、mQTL、pQTL、单细胞转录组分析	孟德尔随机化分析	多组学数据（基因组、转录组、表观基因组）	GEO数据库中的转录组数据和A431细胞系
3534	2025-03-26	TM4SF1 overexpression in tumor-associated endothelial cells promotes microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1526177 PMID:40123905	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）在肝细胞癌（HCC）微血管侵犯（MVI）中的作用，并发现TM4SF1的高表达通过影响上皮-间质转化（EMT）促进MVI	首次揭示了TM4SF1在TECs中的高表达通过调控EMT促进HCC的微血管侵犯，为HCC治疗提供了新的潜在靶点	样本量较小（仅3例MVI和2例非MVI患者），且未进行体内功能验证实验	探究肿瘤相关内皮细胞在肝细胞癌微血管侵犯中的分子机制	肝细胞癌患者的肿瘤相关内皮细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、病理标本数据	3例MVI和2例非MVI患者的scRNA-seq数据，5个ST数据集，4例HCC术后病理标本
3535	2025-03-26	Identification and validation of m6A RNA methylation and ferroptosis-related biomarkers in sepsis: transcriptome combined with single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1543517 PMID:40124361	research paper	该研究通过转录组和单细胞RNA测序技术，识别并验证了与脓毒症相关的m6A RNA甲基化和铁死亡相关生物标志物	首次结合m6A RNA甲基化和铁死亡相关基因，通过机器学习方法筛选出DPP4和TXN作为脓毒症的生物标志物，并在单细胞水平进行了验证	研究样本量有限，且需要进一步实验验证这些生物标志物的功能机制	探索脓毒症的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	脓毒症患者和对照组的转录组数据及临床样本	生物信息学	脓毒症	转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, 机器学习方法	RNA测序数据, 临床样本数据	公共数据库中的转录组数据集及临床样本
3536	2025-03-26	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals the oncogenic role of ANXA5 in gastric cancer and its association with drug resistance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562395 PMID:40124374	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了ANXA5在胃癌中的致癌作用及其与耐药性的关联	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出MUC5AC+恶性上皮细胞群在胃癌侵袭和EMT中的关键作用，并验证了ANXA5的致癌功能	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分可能样本量有限	探索胃癌进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌组织样本和细胞系	生物信息学	胃癌	RNA-seq（单细胞和批量）	预后风险模型	基因表达数据	来自TCGA、GEO和OMIX001073数据库的多个数据集
3537	2025-03-26	Genetic factors associated with erectile dysfunction- mendelian randomisation analysis 2025, American journal of clinical and experimental urology IF:1.5Q3 DOI:10.62347/BVHS3637 PMID:40124574	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨了与勃起功能障碍(ED)相关的潜在遗传保护基因	首次通过孟德尔随机化分析识别出263个与ED相关的基因，其中TRIP10显示出最强的保护作用	研究主要基于芬兰人群的GWAS数据，可能不适用于其他人群	从遗传学角度探索ED的潜在保护基因	勃起功能障碍(ED)患者和对照人群	遗传学	勃起功能障碍	GWAS、孟德尔随机化分析、eQTL分析、单细胞测序	孟德尔随机化模型	基因组数据、单细胞测序数据	95,178人(1,154例ED患者和94,024例对照)
3538	2025-03-26	TGF-β-mediated activation of fibroblasts in cervical cancer: implications for tumor microenvironment and prognosis 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19072 PMID:40124621	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号在宫颈癌相关成纤维细胞中的作用及其与免疫细胞的相互作用，旨在阐明其对宫颈癌进展的影响	通过单细胞RNA测序数据识别了TME中的主要细胞类型，并构建了一个基于三个基因的预后模型，验证了其在临床应用中的潜力	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	阐明TGF-β信号在宫颈癌微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	宫颈癌患者的肿瘤微环境，特别是癌症相关成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	宫颈癌	scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR, CCK-8, 划痕实验	预后基因模型（基于ITGA5、SHF和SNRPN）	基因表达数据	TCGA-CESC数据集及实验验证的宫颈癌细胞
3539	2025-03-26	Distinct Immunological Features Compared to Lichen Planus and Oral Lichen Planus 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S506313 PMID:40125076	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了口腔扁平苔藓（OLP）与扁平苔藓（LP）在免疫病理机制上的差异	发现了OLP患者NK细胞中前列腺素D2合成酶（PTGDS）的高表达，以及一种新型CXCR4高-TSC22D3高CD4细胞毒性T细胞亚群	样本量较小（16名OLP患者和5名健康对照），且需要进一步验证潜在的治疗靶点	阐明OLP与LP在免疫病理机制上的差异，为精准诊断和治疗提供依据	口腔扁平苔藓（OLP）患者和扁平苔藓（LP）患者的免疫细胞和组织微环境	免疫学	口腔扁平苔藓和扁平苔藓	单细胞转录组学、酶联免疫吸附试验（ELISA）	NA	转录组数据、蛋白质数据	16名OLP患者和5名健康对照的PBMCs，以及OLP和LP的病变组织
3540	2025-03-26	Elucidating Molecule-Crosstalk of Neutrophil Extracellular Traps Between Cardiovascular Disease and Psoriasis: Insights Into Mendelian Randomization, Single-Cell RNA Analysis, Shared Targets and the Role of Resveratrol 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S493416 PMID:40125083	研究论文	本研究通过整合多种分析方法探讨了中性粒细胞胞外陷阱（NETs）在左心室肥厚（LVH）和银屑病（PSO）之间的分子交互作用	首次揭示了AKT1和RIPK1基因通过NETs相关通路在LVH和PSO中的调控作用，并发现白藜芦醇对这些蛋白的高结合亲和力	研究机制尚未完全阐明，需要进一步验证	探索LVH和PSO之间的分子交互机制，寻找潜在治疗靶点	左心室肥厚（LVH）和银屑病（PSO）患者	生物医学	心血管疾病和银屑病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫微环境分析、分子对接	预测模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量