单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3521	2025-03-12	Molecular differences between young and mature stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111832 PMID:40028281	研究论文	本文通过开发新生和成熟小鼠的全组织外植模型，研究了耳蜗血管纹（SV）的分子差异及其在听力损失中的作用	开发了新生和成熟小鼠的全组织外植模型，并首次通过单细胞RNA测序揭示了SV增殖和维持的关键基因和通路	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）的分子差异及其在听力损失中的作用	新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹（SV）及其周围组织	分子生物学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹（SV）及其周围组织
3522	2025-03-12	Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components 2025-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1 PMID:40034445	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学研究，探索了小鼠胚胎腭裂模型中信号微环境的基因组基础	首次在腭裂模型中设计和实施了单细胞空间RNA测序研究，并使用了Visium HD平台进行2×2 μm空间基因表达数据的分析	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索腭裂形成的基因组基础，为开发有效的人类腭裂治疗方法提供分子靶点	小鼠胚胎腭裂模型	基因组学	腭裂	单细胞空间RNA测序，Visium HD，Xenium In Situ mRNA空间分析，RNAscope多重检测	NA	空间基因表达数据	多个发育时间点的小鼠胚胎腭裂模型
3523	2025-03-12	A Nerve-Fibroblast Axis in Mammalian Lung Fibrosis 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.611003 PMID:39314391	研究论文	本文揭示了哺乳动物肺纤维化中神经-成纤维细胞轴的存在及其在纤维化过程中的作用	发现了α1-肾上腺素受体表达的肌成纤维细胞在纤维化肺中接收交感神经来源的去甲肾上腺素输入，并定义了一个由异常模式化的交感神经和α1-肾上腺素受体亚型D表达的肌成纤维细胞组成的纤维化单位	NA	研究肺纤维化的机制，特别是肌成纤维细胞在纤维化过程中的作用	小鼠和人类纤维化肺组织	生物医学	肺纤维化	光学清除、全肺成像、细胞特异性基因删除、药理学干预、交感神经共培养、精确切割肺切片、支气管肺泡灌洗液分析、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据、组织样本	来自不同形式肺纤维化患者的肺成纤维细胞
3524	2025-03-05	Shiba: a versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf098 PMID:39997221	研究论文	本文介绍了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台上的差异RNA剪接	Shiba方法在捕获注释和未注释的剪接事件方面具有卓越的准确性、敏感性和可重复性，解决了连接读取不平衡的问题，显著减少了假阳性	尽管Shiba在样本大小上具有灵活性，但其在单细胞RNA测序中的应用仍需进一步验证	开发一种能够跨平台系统识别差异RNA剪接的计算方法	RNA剪接事件	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和真实n=1 RNA-seq数据集
3525	2025-03-12	Subepicardial adipose genes contribute to the deterioration of heart failure preserved ejection fraction 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1501397 PMID:40060963	研究论文	本研究探讨了内脏脂肪细胞基因对心力衰竭保留射血分数（HFpEF）恶化的影响，并通过单细胞测序数据、细胞系和人类样本验证了关键基因的表达	通过Venn图和蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出与内脏脂肪细胞相关的差异表达基因，并验证了这些基因在HFpEF患者中的表达及其对细胞衰老的影响	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨内脏脂肪细胞基因在HFpEF恶化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	内脏脂肪细胞基因、HFpEF患者的心肌细胞和纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	人类样本、细胞系
3526	2025-03-12	scLTNN: an innovative tool for automatically visualizing single-cell trajectories 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf033 PMID:40061870	研究论文	本文介绍了一种名为scLTNN的创新工具，用于自动可视化单细胞轨迹	结合人工神经网络和分布模型，创建了scLTNN工具，能够自动推断细胞的起源和终端状态，并以最小的计算资源和时间准确描绘细胞发育轨迹	NA	开发一种新的工具，用于自动推断和可视化单细胞RNA测序数据中的细胞命运轨迹	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系
3527	2025-03-12	Application of Spatial Omics in the Cardiovascular System 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0628 PMID:40062231	综述	本文探讨了空间组学技术在心血管系统研究中的应用，包括空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学和空间表观组学	空间组学技术的应用为心血管疾病的分子和细胞基础提供了更深入的见解，并强调了其在心血管科学中的关键贡献	未具体提及研究的局限性	探讨空间组学技术在心血管疾病研究中的应用及其对精准医学、靶向治疗和个性化治疗的贡献	心血管系统	生物信息学	心血管疾病	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学、空间表观组学	NA	多组学数据	NA
3528	2025-03-12	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	本研究探讨了人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞外泌体在阿尔茨海默病模型中的抗炎作用及其对认知和情绪功能的改善	首次展示了hiPSC-NSC-EVs通过诱导激活的小胶质细胞和反应性星形胶质细胞的转录组变化来抑制神经炎症信号级联反应的效果	研究仅在3个月大的5xFAD小鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探索hiPSC-NSC-EVs作为阿尔茨海默病疾病修饰生物制剂的潜力	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞
3529	2025-03-12	VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition 2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024 PMID:39116349	研究论文	本研究探讨了在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中，血管细胞粘附蛋白-1（VCAM-1）在近端肾小管细胞中的表达及其在修复失败状态中的作用	首次揭示了VCAM-1在AKI向CKD转变过程中通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞间的相互作用，促进修复失败状态	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAM-1在AKI向CKD转变过程中的作用机制	近端肾小管细胞和免疫细胞	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	AKI和CKD患者的单细胞转录组数据、小鼠模型的肾脏RNA和蛋白质数据
3530	2025-03-12	Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01915-9 PMID:39112630	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学、谱系追踪和先进成像技术，定义了非造血基质细胞中与年龄相关的变化，并发现了两类非典型胸腺上皮细胞（aaTECs）状态的出现	发现了与年龄相关的胸腺上皮细胞（aaTECs）状态，这些细胞在胸腺髓质周围形成高密度的上皮簇，缺乏胸腺细胞，并表现出上皮-间质转化特征	未明确aaTECs在胸腺再生中的具体分子机制	研究胸腺随年龄增长的功能衰退和再生能力下降的原因	非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs）	免疫学	老年疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、谱系追踪、先进成像	NA	转录组数据、成像数据	未明确具体样本数量，但涉及年龄相关的胸腺组织
3531	2025-03-12	CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01888-9 PMID:39164479	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后3个月和6个月时，血液和引流淋巴结中针对SARS-CoV-2刺突蛋白的CD4 T细胞反应	使用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，揭示了人类引流淋巴结中刺突特异性CD4滤泡辅助T细胞的异质性表型	研究样本量相对较小，仅分析了1,277个刺突特异性CD4 T细胞	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后CD4 T细胞的转录表型变化	接种BNT162b2 mRNA疫苗的个体以及SARS-CoV-2感染后的个体	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学，深度学习反向表位映射方法Trex	深度学习	单细胞转录组数据	1,277个刺突特异性CD4 T细胞
3532	2025-03-12	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠原始生殖细胞（PGCs）在迁移过程中的转录异质性及其与周围体细胞微环境的相互作用	揭示了前后迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路中的差异，并首次通过实验验证了前迁移PGCs中LEFTY1/2蛋白的特异性上调	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过重新分析已发表数据集进行推测，缺乏直接实验验证	研究原始生殖细胞在迁移过程中的转录异质性及其与体细胞微环境的相互作用	小鼠原始生殖细胞（PGCs）及其周围体细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞
3533	2025-03-12	Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.608093 PMID:39229048	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面分析免疫细胞的极化状态	Scupa是首个用于系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化的计算方法，利用Universal Cell Embeddings模型的细胞嵌入，有效识别不同物种和实验条件下新数据集中的极化细胞	NA	开发一种计算方法以系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化	免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Universal Cell Embeddings模型	单细胞RNA测序数据	66种细胞因子驱动的极化状态，涉及14种免疫细胞类型
3534	2025-03-12	Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair 2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595728 PMID:38854114	研究论文	本研究揭示了肌肉干细胞中的生物钟如何调控免疫微环境以促进肌肉再生	发现了肌肉干细胞生物钟通过调控NAD+代谢和炎症反应基因的表达，影响肌肉再生的时间依赖性机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索肌肉干细胞生物钟在肌肉再生中的作用及其与免疫微环境的相互作用	肌肉干细胞及其免疫微环境	生物医学	肌肉损伤	单核单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
3535	2025-03-12	Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1 PMID:38798691	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	首次揭示了NAT在PDAC中通过上调TME中的补体基因表达，改善免疫抑制状态，并与患者生存率提高相关	样本量相对较小（23例NAT治疗患者和13例未治疗患者），且需要进一步验证补体基因表达作为预后标志物的临床实用性	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤学	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗患者和13例未治疗患者
3536	2025-03-12	Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.24.590986 PMID:38712156	研究论文	本研究通过开发新生和成年小鼠的完整组织外植模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，为SV相关听力损失的研究提供了新的视角	开发了新生和成年小鼠的完整组织外植模型，并结合单细胞RNA测序技术揭示了SV在新生和成年阶段的分子差异，为SV研究提供了新的平台和方法	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，以探索SV相关听力损失的生物学解决方案	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）	生物医学研究	听力损失	单细胞RNA测序	小鼠组织外植模型	RNA测序数据	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）组织
3537	2025-03-12	Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.29.587285 PMID:38617262	研究论文	本文介绍了一种名为Seq-Scope的新技术，该技术重新利用Illumina测序平台进行高分辨率、高内容的空间转录组分析	Seq-Scope技术通过重新利用Illumina测序平台，克服了传统空间转录组技术在分辨率、基因范围、可扩展性、成本及设备复杂性方面的限制	尽管Seq-Scope技术具有显著优势，但其应用仍受限于需要复杂的实验步骤和计算分析流程	开发并优化一种高分辨率、高内容的空间转录组分析技术，以克服现有技术的限制	多种生物组织的冷冻切片	分子生物学与组织学	NA	Illumina NovaSeq 6000测序平台	NA	转录组数据与组织学图像	7 mm × 7 mm或更大的多个组织切片
3538	2025-03-12	Multi-omics analyses reveal bacteria and catalase associated with keloid disease 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104904 PMID:38061241	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了细菌和过氧化氢酶（CAT）与瘢痕疙瘩病的关联	首次结合微生物组、代谢组、单细胞转录组和细胞来源异种移植（CDX）小鼠模型，全面探讨了细菌在瘢痕疙瘩病中的作用	研究主要基于实验室模型和小鼠实验，尚未在人体中进行大规模验证	探讨细菌和过氧化氢酶在瘢痕疙瘩病中的角色	瘢痕疙瘩和健康皮肤	生物医学	瘢痕疙瘩病	多组学分析（微生物组、代谢组、单细胞转录组）、16S rRNA测序、蛋白质质谱、细胞来源异种移植（CDX）模型	CDX小鼠模型	微生物组数据、蛋白质质谱数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩和健康皮肤样本，BALB/c雌性裸鼠
3539	2025-03-12	A longitudinal molecular and cellular lung atlas of lethal SARS-CoV-2 infection in K18-hACE2 transgenic mice 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104932 PMID:38118400	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细分析了K18-hACE2转基因小鼠在SARS-CoV-2感染期间的肺组织分子和细胞反应	首次在K18-hACE2转基因小鼠模型中，利用单细胞RNA测序技术全面解析了SARS-CoV-2感染引起的肺组织病理变化和细胞动态反应	研究仅限于K18-hACE2转基因小鼠模型，可能无法完全模拟人类SARS-CoV-2感染的复杂性	探究SARS-CoV-2感染在肺组织中的分子和细胞机制，以期为COVID-19的诊断和治疗提供新思路	K18-hACE2转基因小鼠的肺组织	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	K18-hACE2转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了K18-hACE2转基因小鼠的肺组织
3540	2025-03-12	CD8+ lymphocytes are critical for early control of tuberculosis in macaques 2023-12-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230707 PMID:37843832	研究论文	本文研究了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用，通过去除猕猴中的先天和/或适应性CD8+淋巴细胞，展示了CD8α+细胞的缺失如何显著影响结核分枝杆菌感染的早期控制	首次在猕猴模型中系统地展示了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的关键作用，并揭示了CD8+淋巴细胞的多功能细胞毒性反应作为疫苗靶点的潜力	研究仅限于猕猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用	猕猴	免疫学	结核病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	生物样本数据	猕猴样本