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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3521 | 2026-04-07 |
Efferocytosis deficiency exacerbates local inflammation and predicts recurrence in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2026-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.12.1016
PMID:41638263
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研究论文 | 本研究全面表征了慢性鼻窦炎(CRS)中胞葬作用的缺陷,并探讨了其与炎症内型及临床结局的关联 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了CRS中胞葬作用的广泛缺陷,并识别出与疾病复发相关的5分子特征预测面板 | 研究主要基于组织样本分析,缺乏体内功能验证实验 | 探究胞葬作用在慢性鼻窦炎(特别是伴鼻息肉型)中的作用机制及其临床意义 | 慢性鼻窦炎(CRS)患者,特别是伴鼻息肉型(CRSwNP)的鼻息肉组织与健康鼻黏膜 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 定量实时PCR、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | 回归模型、受试者工作特征分析 | 基因表达数据、组织图像数据 | 未明确样本数量,涉及CRS患者与健康对照的鼻组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3522 | 2026-04-07 |
Endogenous oestrogens as neuroprotective modulators in the human retina: Evidence from transcriptomic profiling and aromatase inhibition
2026-Apr, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.70171
PMID:41877439
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析和小鼠视网膜外植体实验,探讨了内源性雌激素在人视网膜中的神经保护作用及其细胞类型特异性表达 | 首次在单细胞水平上系统描绘了人视网膜中类固醇激素代谢和雌激素信号通路基因的表达图谱,并利用芳香化酶抑制剂验证了局部雌激素合成对光感受器维持和免疫调节的功能相关性 | 研究主要基于小鼠视网膜外植体模型,可能无法完全模拟人视网膜的生理环境;且实验仅使用单一浓度(20 μM)的来曲唑进行抑制,缺乏剂量依赖性验证 | 探究内源性雌激素在人视网膜中的神经保护作用及其细胞类型特异性功能 | 人视网膜单细胞RNA测序数据和小鼠视网膜外植体 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 基于公开数据集E-MTAB-7316,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3523 | 2026-04-07 |
Pathogenic GM-CSF drives functional diversification of inflammatory macrophages in autoimmune arthritis
2026-Mar-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec0986
PMID:41880492
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研究论文 | 本研究探讨了在自身免疫性关节炎中,致病性GM-CSF如何驱动炎症性巨噬细胞的功能多样化,从而加剧关节炎症和疼痛 | 揭示了GM-CSF在促进关节浸润单核细胞分化为功能不同的巨噬细胞亚群中的关键作用,并识别了两个GM-CSF依赖的致病性滑膜巨噬细胞亚群 | 研究基于T辅助17细胞介导的自身免疫性关节炎模型,可能不适用于所有类型的关节炎,且单细胞RNA测序的样本量有限 | 阐明自身免疫性关节炎中巨噬细胞发育和功能多样化的机制 | 关节浸润的Ly6C单核细胞和滑膜巨噬细胞 | 免疫学 | 自身免疫性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3524 | 2026-04-07 |
Machine learning-directed massively parallel programmable nucleic acid amplification
2026-Mar-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec9175
PMID:41880514
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研究论文 | 本研究开发了一种基于热力学的可编程核酸扩增方法,通过机器学习优化,提高了扩增效率的调控精度,应用于DNA数据存储和临床诊断 | 通过引物标签补偿策略解耦序列特异性和杂交能量调控,实现了连续精确的扩增效率调制,并利用机器学习模型显著提升预测准确性 | 未明确说明方法在单细胞测序和空间转录组学中的具体应用验证,临床验证仅基于模拟测序深度 | 开发可编程核酸扩增技术,用于分子诊断和DNA数据存储 | 核酸扩增过程、DNA数据存储系统、宫颈癌RNA变异 | 机器学习 | 宫颈癌 | 核酸扩增、机器学习建模 | 机器学习模型 | 实验数据 | 2483个实验数据点 | NA | NA | NA | NA |
| 3525 | 2026-03-28 |
Correction: Single-cell RNA-seq integrated with multi-omics reveals SERPINE2 as a target for metastasis in advanced renal cell carcinoma
2026-Mar-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08472-z
PMID:41876448
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3526 | 2026-04-07 |
STiLE: Automated Tissue Microarray Dearraying for Spatial Transcriptomics
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712359
PMID:41890059
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STiLE的工具,用于自动化组织微阵列(TMA)的去阵列化,仅基于细胞质心坐标操作,无需依赖组织学图像 | STiLE是首个仅基于细胞质心坐标的自动化TMA去阵列化工具,消除了对图像数据的依赖,提高了对染色质量变化和光照不均等伪影的鲁棒性 | 未在真实世界大规模数据集上进行广泛验证,可能对某些极端伪影情况处理不足 | 开发一种自动化工具,用于空间转录组学中组织微阵列的去阵列化,以解决手动分配细胞到各自核心的瓶颈问题 | 组织微阵列(TMA)样本中的细胞质心坐标 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | HDBSCAN(基于密度的聚类算法) | 细胞质心坐标 | 11个公共TMA样本(50-150个核心)和396个合成数据集 | Vizgen, 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | Vizgen MERSCOPE, 10x Xenium, NanoString CosMx | 支持多种空间转录组学平台,包括Vizgen MERSCOPE、10x Xenium和NanoString CosMx |
| 3527 | 2026-04-07 |
Subcellular transcriptome sequencing with single cell APEX-seq identifies regulators of cell-cell interactions
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712496
PMID:41889815
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞APEX-seq(scAPEX-seq)的新方法,用于在单细胞分辨率下绘制亚细胞转录组图谱,并应用于肿瘤-巨噬细胞和CAR T细胞共培养系统,以揭示细胞间相互作用的调控因子 | 开发了基于邻近标记的单细胞APEX-seq方法,首次实现了亚细胞转录组在单细胞水平的高通量映射,特别关注内质网相关转录本,克服了传统单细胞RNA测序在解析细胞表面和分泌转录本方面的不足 | 方法主要针对内质网相关转录本,可能未全面覆盖其他亚细胞区域的RNA定位;依赖于特定的探针设计和RNA回收优化,技术门槛较高 | 研究细胞间相互作用的调控机制,通过亚细胞转录组分析揭示细胞状态和转录特征 | 肿瘤细胞(包括HER2+肿瘤细胞)、巨噬细胞和人类嵌合抗原受体(CAR)T细胞 | 单细胞测序技术 | 癌症 | 单细胞RNA测序,邻近标记技术,APEX-seq | NA | RNA序列数据 | 数千个单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,基于液滴的RNA-seq | NA | NA |
| 3528 | 2026-04-07 |
A Rare T-Cell Factor 4 Lineage-negative Epithelial Stem Cell Supports Wound Repair and APC-deletion-induced Colon Tumorigenesis
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712502
PMID:41889847
|
研究论文 | 本研究通过小鼠谱系追踪、免疫组化和单细胞测序技术,鉴定了一种罕见的非CBC、Tcf4谱系阴性干细胞群,该细胞群在伤口修复和APC缺失诱导的结肠肿瘤发生中发挥关键作用 | 首次发现并鉴定了一种新的Tcf4谱系阴性干细胞群,揭示了其在肠道屏障修复和特定基因背景下的结肠肿瘤起源中的独特功能 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证;单细胞测序样本量有限 | 探索结肠上皮干细胞异质性及其在组织稳态和肿瘤发生中的作用 | 小鼠结肠上皮细胞,特别是Tcf4谱系阴性和阳性干细胞群 | 单细胞生物学 | 结肠肿瘤 | 谱系追踪,免疫组织化学,单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据,组织图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3529 | 2026-04-07 |
Binary-SPA: A Reference-Free Method for Cell Annotation in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712369
PMID:41889971
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研究论文 | 本文提出了一种名为Binary-SPA的计算框架,用于高分辨率空间转录组学数据的细胞类型注释,无需依赖外部参考数据 | 开发了一种两阶段参考自由注释方法,结合二进制分类和内部参考锚点标记转移,克服了传统标记依赖和参考数据匹配的限制 | 未明确说明方法在极低表达或高度异质性组织中的性能限制 | 解决高分辨率空间转录组学中细胞类型注释的准确性和覆盖范围问题 | 高分辨率空间转录组学数据中的细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 二进制分类模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3530 | 2026-04-07 |
PalmaClust: A graph-fusion framework leveraging the Palma ratio for robust ultra-rare cell type detection in scRNA-seq data
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.16.712161
PMID:41890078
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研究论文 | 本文提出了一种名为PalmaClust的图融合聚类框架,用于在单细胞RNA测序数据中稳健检测超罕见细胞类型 | 创新性地将社会学中的Palma比率(一种对尾部敏感的度量指标)重新用于识别由极端稀疏性驱动的标记基因,并通过融合多个K近邻图来提升罕见细胞检测性能 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种可扩展、统计基础的方法,以灵敏检测罕见细胞群体,同时提供校准的置信度和可解释的分子特征 | 单细胞RNA测序数据中的罕见细胞类型,如瞬时祖细胞、耐药肿瘤亚克隆和抗原特异性淋巴细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 图融合聚类框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3531 | 2026-04-07 |
Preferential formation of NUP98-KDM5A condensates at specific H3K4me3-rich loci drives leukemogenic gene expression
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.16.712262
PMID:41889846
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研究论文 | 本研究揭示了NUP98-KDM5A融合蛋白通过结合高密度H3K4me3区域形成凝胶样凝聚物,从而特异性驱动白血病基因表达的分子机制 | 首次阐明了NUP98-KDM5A融合蛋白通过局部H3K4me3密度依赖的定量靶向机制形成染色质相关凝聚物,解释了其在广泛H3K4me3背景下特异性靶向HOX基因簇的机制 | 研究主要基于NUP98-KDM5A模型,其他NUP98融合蛋白的机制可能有所不同;患者单细胞测序数据的相关性分析需要更大样本验证 | 探究NUP98融合蛋白的基因靶向和凝聚物形成机制 | NUP98-KDM5A融合蛋白及其在白血病发生中的作用 | 表观遗传学与分子生物学 | 白血病 | 细胞成像、重构实验、基因组学分析、单细胞测序 | NA | 成像数据、基因组数据、单细胞测序数据 | 患者单细胞测序数据(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3532 | 2026-04-07 |
Melanocyte loss dominates the vitiligo transcriptome: a rank-based meta-analysis
2026-Mar-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.02.07.26345817
PMID:41728299
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研究论文 | 通过对六项独立的转录组学研究进行基于排序的荟萃分析,确定了白癜风皮损中稳健的黑色素细胞丢失特征 | 首次通过基于排序的荟萃分析方法整合多种转录组学平台数据,揭示了白癜风中一个跨研究一致的、稳健的黑色素细胞丢失特征,并识别出新的候选黑色素细胞标记物 | 研究中观察到的免疫反应激活具有异质性,可能受采样方法和疾病特征影响,需要进一步研究 | 识别白癜风皮损皮肤中的共识转录特征 | 白癜风患者的皮损皮肤样本 | 生物信息学 | 白癜风 | 微阵列,bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq | 稳健排序聚合分析 | 转录组数据 | 115个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 3533 | 2026-04-07 |
SR2P: an efficient stacking method to predict protein abundance from gene expression in spatial transcriptomics data
2026-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.04.709692
PMID:41846960
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SR2P的堆叠机器学习框架,用于从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度 | SR2P通过集成11种互补的预测模型,在多个空间多组学基准测试中持续优于现有方法,首次实现了从仅含RNA的空间数据中推断蛋白质丰度 | 技术仍受限于仅基于RNA表达进行预测,可能无法完全捕捉蛋白质-RNA丰度不一致性,且依赖于现有空间多组学数据进行训练 | 开发一种高效方法,从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度,以增强对肿瘤微环境中免疫细胞状态的分析能力 | 空间转录组学数据,特别是头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境 | 机器学习 | 头颈鳞状细胞癌 | 空间转录组学,空间多组学分析 | 堆叠机器学习框架,集成11种预测模型 | 基因表达数据,蛋白质丰度数据 | NA | NA | 空间转录组学,空间多组学 | NA | NA |
| 3534 | 2026-04-07 |
Multi-omics analysis of NEDD1 in hepatocellular carcinoma: biological function, prognostic value, and clinical significance
2026-Mar-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-42505-z
PMID:41775913
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了NEDD1在肝细胞癌中的致癌作用、调控机制及与肿瘤微环境的相互作用 | 首次在肝细胞癌中系统整合多组学数据(包括表观遗传、翻译后修饰、单细胞和空间转录组学)揭示NEDD1的生物学功能,并提出了NEDD1-MZT2B模块在肿瘤细胞和免疫抑制性巨噬细胞中动态运作的新模型 | 研究主要基于公共数据集和内部临床样本,部分机制仍需进一步实验验证,且样本量可能有限 | 探索NEDD1在肝细胞癌中的致癌角色、调控机制及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肝细胞癌组织、公共数据集(TCGA、GEO)、内部临床样本、HCC细胞系及皮下异种移植模型 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 多组学分析、DNA甲基化分析、磷酸化分析、单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、翻译后修饰数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 公共数据集(TCGA、GEO)及内部临床样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3535 | 2026-04-07 |
Ovarian hormone deficiency enhances wood smoke-induced immune dysfunction via transcriptomic and metabolic alterations
2026-Mar-02, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfag023
PMID:41879291
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研究论文 | 本研究探讨卵巢激素缺乏如何通过转录组和代谢改变加剧木烟暴露引起的免疫功能障碍 | 首次在单细胞水平揭示卵巢激素缺乏与木烟暴露协同作用导致骨髓免疫细胞转录程序和代谢重编程的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;单细胞分析仅聚焦卵巢切除背景 | 识别木烟暴露免疫毒性的易感因素,特别是卵巢激素缺乏的作用 | 卵巢切除小鼠的骨髓免疫细胞和骨髓来源巨噬细胞 | 单细胞组学 | 免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 卵巢切除和假手术小鼠的骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3536 | 2026-04-07 |
Unraveling the carcinogenic mechanisms of benzo[a]pyrene in prostate cancer: a multi-omics approach
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04842-0
PMID:41288678
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞转录组学、分子对接、孟德尔随机化等多种方法,揭示了苯并[a]芘在前列腺癌中的致癌机制 | 首次采用多组学方法系统研究苯并[a]芘在前列腺癌中的具体作用机制,并识别出TP53等关键基因的诊断和因果相关性 | 研究主要基于生物信息学分析和已有数据,缺乏实验验证,且样本来源和具体技术细节未明确说明 | 阐明苯并[a]芘在前列腺癌中的致病机制 | 苯并[a]芘靶点基因与前列腺癌相关基因 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 网络毒理学、单细胞转录组学、差异基因表达分析、分子对接、孟德尔随机化、文献计量学 | NA | 基因表达数据、文献数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 3537 | 2026-04-07 |
Unraveling the ferroptosis landscape in intervertebral disc degeneration through integrated bioinformatics and single-cell sequencing
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04826-0
PMID:41288682
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和单细胞RNA测序分析,系统揭示了铁死亡在椎间盘退变中的关键基因网络和细胞分布,并探索了白藜芦醇作为潜在治疗药物的可能性 | 首次在椎间盘退变中整合转录组和单细胞RNA测序数据,系统识别了铁死亡相关的核心枢纽基因网络,并揭示了这些基因在12种主要细胞亚群中的异质性表达模式,同时通过药物预测和体外实验验证了白藜芦醇的治疗潜力 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;单细胞测序样本量未明确说明;药物作用机制仍需进一步深入探究 | 阐明铁死亡在椎间盘退变发病机制中的作用,并探索潜在的治疗干预策略 | 椎间盘退变患者样本、髓核细胞 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析、分子对接、CCK-8检测、RT-qPCR | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3538 | 2026-04-07 |
Microglial CR3-mediated synaptic pruning in the dmPFC promotes the generation and maintenance of chronic muscle pain via glutamatergic dysfunction
2026-Mar, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01666-7
PMID:41765955
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研究论文 | 本研究揭示了背内侧前额叶皮层(dmPFC)中,小胶质细胞通过补体受体3(CR3)介导的突触修剪抑制谷氨酸能神经元兴奋性,从而促进慢性肌肉疼痛(CMP)发生和维持的机制 | 首次阐明了dmPFC中,小胶质细胞CR3依赖的突触修剪通过抑制谷氨酸能神经元兴奋性和突触可塑性,在慢性肌肉疼痛及其共病情感障碍中的关键作用,并揭示了新的小胶质细胞-神经元相互作用机制 | 研究主要基于大鼠模型,其在人类中的直接适用性尚需验证;机制探索集中于dmPFC的谷氨酸能系统,其他脑区或神经递质系统的作用可能未被充分评估 | 探究慢性肌肉疼痛(CMP)发生和维持的神经机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 慢性肌肉疼痛大鼠模型,重点关注其背内侧前额叶皮层(dmPFC)的谷氨酸能神经元和小胶质细胞 | 神经科学 | 慢性肌肉疼痛 | 单细胞RNA测序,光纤光度法,膜片钳,在体场电位记录,流式细胞术,免疫荧光,光化学遗传学激活 | NA | 基因表达数据,电生理数据,行为学数据,细胞计数数据,荧光成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3539 | 2026-04-07 |
Circulating tumor cells in myeloma are a compound biomarker for bone marrow high-risk genomic alterations and tumor load
2026-Feb-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025030083
PMID:41411148
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和全基因组测序分析,揭示了多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞(CTC)水平与骨髓高风险基因组改变及肿瘤负荷的关联 | 首次在单克隆水平上证明CTC与配对骨髓细胞转录相似,并发现高CTC水平患者骨髓细胞增殖增加和基因组事件不平衡,同时开发了预测遗传改变和肿瘤负荷对CTC水平影响的模型 | 研究主要基于新诊断多发性骨髓瘤患者,可能不适用于复发或难治性病例,且样本量有限,需进一步验证 | 探究CTC水平与骨髓高风险基因组改变及肿瘤负荷之间的机制关联 | 新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学, 全基因组测序, 全外显子测序, 批量RNA测序 | 预测模型 | 转录组数据, 基因组数据 | 来自新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本,并利用Multiple Myeloma Research Foundation CoMMpass数据集及内部数据集进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组测序, 全外显子测序, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3540 | 2026-04-07 |
Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma
2026, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了与多发性骨髓瘤髓外进展相关的预后生物标志物 | 利用单细胞RNA测序数据结合LASSO方法开发了一个基于七个特征基因的风险评分模型,并揭示了CD4+ T细胞在多发性骨髓瘤进展中的关键作用 | 研究依赖于公共数据库的数据,未进行独立的前瞻性验证,且样本来源和临床信息可能有限 | 探究多发性骨髓瘤髓外进展的克隆进化特征,识别新的预后生物标志物 | 多发性骨髓瘤患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | LASSO回归模型 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |