单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3521	2025-02-14	HGATLink: single-cell gene regulatory network inference via the fusion of heterogeneous graph attention networks and transformer 2025-Feb-11, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06071-x PMID:39934680	研究论文	本文提出了一种名为HGATLink的单细胞基因调控网络推断框架，通过融合异构图注意力网络和简化Transformer，有效捕捉基因间的复杂相互作用	HGATLink结合了异构图注意力网络和简化Transformer，通过矩阵分解技术在低维空间中有效捕捉基因间的复杂相互作用，增强了建模复杂异构图结构的能力，并有效捕捉基因间的长程依赖关系	尽管HGATLink在基因调控网络推断任务中表现出良好的稳定性和准确性，但其在消除传递性相互作用和处理图数据中的多层次关系和非线性特征方面仍有改进空间	研究目的是开发一种能够准确推断单细胞基因调控网络的方法	研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	异构图注意力网络（HGAT）和Transformer	单细胞RNA测序数据	14个scRNA-seq数据集
3522	2025-02-14	Analysis of ferroptosis-related genes in cerebral ischemic stroke via immune infiltration and single-cell RNA-sequencing 2025-Feb-11, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02098-4 PMID:39934808	研究论文	本研究通过免疫浸润和单细胞RNA测序分析，探讨了与铁死亡相关的基因在脑缺血性卒中中的作用	首次结合单细胞RNA测序和免疫浸润分析，识别出五个关键的差异表达铁死亡相关基因，并揭示了Nfe2l2作为脑缺血性卒中诊断的潜在生物标志物	研究主要基于数据库分析和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨铁死亡相关基因在脑缺血性卒中中的生物标志物作用及其对免疫浸润的影响	脑缺血性卒中患者和小鼠模型	生物信息学	脑缺血性卒中	单细胞RNA测序、基因集富集分析、miRNA预测、Western blot、线粒体变化分析、HE染色、Nissl染色、ROS荧光染色、免疫组化、qRT-PCR	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据、组织染色数据	数据库中的脑缺血性卒中患者数据和小鼠模型
3523	2025-02-14	Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04185-w PMID:39934849	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，比较了来自皮下和内脏脂肪组织的AD-MSCs与皮肤成纤维细胞，旨在识别它们之间的分化标志物	首次在相同供体的皮下和内脏脂肪组织中，通过单细胞RNA测序和qPCR验证，识别出AD-MSCs与成纤维细胞之间的30个显著差异表达基因	研究样本来源有限，仅来自同一供体，可能影响结果的普适性	识别和区分AD-MSCs与成纤维细胞的分化标志物，以促进再生医学中的个性化细胞治疗	人类皮下和内脏脂肪组织中的AD-MSCs及皮肤成纤维细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序, qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	来自同一供体的皮下和内脏脂肪组织样本
3524	2025-02-14	Carboxylesterase 1-mediated endocannabinoid metabolism in skin: role in melanoma progression in BRafV600E/Pten-/- mice 2025-Feb-11, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00378-2 PMID:39934865	研究论文	本研究探讨了羧酸酯酶1（CES1）在皮肤中通过代谢内源性大麻素2-AG影响黑色素瘤进展的机制	首次证明了CES1在皮肤中的表达及其在黑色素瘤进展中的作用，提出CES1可能成为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类黑色素瘤亚型的CES1表达模式仍需进一步验证	探讨CES1介导的2-AG代谢在黑色素瘤进展中的作用	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型中的黑色素瘤组织	肿瘤生物学	黑色素瘤	靶向代谢组学、化学蛋白质组学、活性蛋白质分析（ABPP）、靶向脂质组学、放射性示踪实验	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型	代谢物数据、蛋白质活性数据、单细胞RNA测序数据	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠的黑色素瘤组织及正常皮肤组织
3525	2025-02-14	Single-cell and spatial-resolved profiling reveals cancer-associated fibroblast heterogeneity in colorectal cancer metabolic subtypes 2025-Feb-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06103-3 PMID:39934919	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了结直肠癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在代谢亚型中的作用	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统地分析了结直肠癌中SFRP2+癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	研究样本量有限，且未对不同治疗方案的长期效果进行跟踪	探索结直肠癌代谢亚型及其与癌症相关成纤维细胞异质性的关系，以促进个性化治疗策略的开发	结直肠癌患者样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据	结直肠癌患者样本
3526	2025-02-14	Induction of the p21/CDK6 pathway and alteration of the immune microenvironment by the stem cell marker CBX3 in melanoma 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04179-8 PMID:39934923	研究论文	本文研究了干细胞标志物CBX3在黑色素瘤中的作用及其对免疫治疗结果的影响	揭示了CBX3通过激活p21/CDK6通路和改变免疫微环境在黑色素瘤中的新机制	CBX3在黑色素瘤中的具体作用机制仍需进一步研究	探讨CBX3在黑色素瘤中的作用及其对免疫治疗结果的影响	黑色素瘤细胞	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、qPCR、western blotting、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	使用Cancer Genome Atlas、Genotype-Tissue Expression portal和Gene Expression Omnibus数据库中的样本
3527	2025-02-14	Everything everywhere all at once: Unraveling the waves of aging 2025-Feb-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.01.015 PMID:39938481	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，研究了十三个器官中多个细胞群体在衰老过程中的动态变化，并识别出四种不同的动态波动，其中免疫细胞是受影响最大的群体	首次在多个器官中利用单细胞转录组学技术揭示了衰老过程中的四种动态波动，并指出免疫细胞是受影响最大的群体	研究仅基于单细胞转录组学数据，未涉及其他类型的组学数据或功能验证实验	揭示衰老过程中多个器官细胞群体的动态变化	十三个器官中的多个细胞群体	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	十三个器官中的多个细胞群体
3528	2025-02-14	Contrasting cytotoxic and regulatory T cell responses underlying distinct clinical outcomes to anti-PD-1 plus lenvatinib therapy in cancer 2025-Feb-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.001 PMID:39889705	研究论文	本文通过单细胞转录组学和T细胞受体克隆型分析，比较了肝细胞癌（HCC）患者在抗PD-1联合lenvatinib治疗前后的T细胞反应，揭示了与临床疗效和耐药性相关的T细胞亚群	发现了肿瘤浸润的GZMK CD8效应/效应记忆T细胞（Teff/Tem）在联合治疗中的积极作用，以及未充分研究的KIR CD8 T细胞亚群和FOXP3 CD4调节性T细胞在非响应者中的富集	研究样本仅限于肝细胞癌患者，未涵盖其他类型的癌症	探索抗PD-1联合lenvatinib治疗在癌症中的免疫学机制	肝细胞癌（HCC）患者	免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学，T细胞受体克隆型分析	NA	单细胞RNA测序数据	肝细胞癌患者治疗前后的T细胞样本
3529	2025-02-14	Single-cell pseudotime and intercellular communication analysis reveals heterogeneity and immune microenvironment in oral cancer 2025-Feb-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01918-4 PMID:39928204	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、伪时间分析和细胞间通讯分析，揭示了口腔癌的异质性和免疫微环境	首次使用单细胞分析技术揭示口腔癌肿瘤微环境中的细胞间通讯复杂性，提供了新的视角	NA	研究口腔癌的异质性和免疫微环境，探索其在肿瘤进展和免疫反应中的作用	口腔癌细胞及其微环境	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序	PCA, UMAP, t-SNE	单细胞RNA测序数据	NA
3530	2025-02-14	The expression and functional role of proline-rich 15 in non-small cell lung cancer 2025-Feb-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07373-x PMID:39929816	研究论文	本研究探讨了脯氨酸丰富15（PRR15）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达、功能意义及其潜在机制	首次揭示了PRR15在NSCLC中的致癌作用及其通过Akt-mTOR信号通路的调控机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨PRR15在NSCLC中的表达、功能及其作为治疗靶点的潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）组织和细胞	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序、shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、慢病毒构建	NA	RNA测序数据、细胞实验数据、动物模型数据	NSCLC组织和细胞样本
3531	2025-02-14	Single-cell characterization of the immune heterogeneity of pulmonary hypertension identifies novel targets for immunotherapy 2025-Feb-10, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00684-w PMID:39930365	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺动脉高压（PAH）中的免疫异质性，并识别了新的免疫治疗靶点	首次在单细胞分辨率上构建了PAH细胞通讯的全面景观，并识别了多个先前未记录的细胞亚群的功能特征和潜在调控相互作用	研究依赖于公开的数据库数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索肺动脉高压（PAH）的免疫异质性，以开发新的精准治疗方法	健康对照和PAH患者的肺组织样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约124,561个细胞
3532	2025-02-14	Genome-wide characterization of circular RNAs in three rat models of pulmonary hypertension reveals distinct pathological patterns 2025-Feb-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11239-z PMID:39930385	研究论文	本研究通过高通量RNA测序分析了三种肺动脉高压（PH）大鼠模型中环状RNA（circRNA）的全基因组表达模式，揭示了circRNA在PH发病机制中的调控网络	首次全面展示了三种PH大鼠模型中肺动脉circRNA的调控网络，并揭示了circRNA在钙信号传导和肌肉收缩中的参与	研究仅限于大鼠模型，尚未在人类样本中验证	研究肺动脉高压（PH）中circRNA的表达模式及其调控网络	三种PH大鼠模型（缺氧、缺氧/Sugen5416、单克罗塔林诱导）	基因组学	肺动脉高压	高通量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种PH大鼠模型的肺动脉样本
3533	2025-02-14	Neonatal sevoflurane exposures inhibits DHHC5-mediated palmitoylation of TfR1 in oligodendrocytes, leading to hypomyelination and neurological impairments 2025-Feb-08, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.009 PMID:39929269	研究论文	本研究探讨了新生儿麻醉暴露如何通过抑制DHHC5介导的TfR1棕榈酰化，导致少突胶质细胞中的铁积累和铁死亡，进而引起髓鞘形成不足和神经功能损伤	首次揭示了DHHC5在少突胶质细胞中的关键作用，阐明了TfR1相关铁死亡在新生儿麻醉相关神经毒性中的核心机制，并提出了DHHC5作为潜在治疗靶点的新视角	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	阐明铁稳态，特别是转铁蛋白受体1（TfR1）在新生儿麻醉易感性中的潜在作用和机制	少突胶质细胞和神经元	神经科学	新生儿麻醉相关神经损伤	共免疫沉淀实验、酰基树脂辅助捕获实验、单细胞RNA测序	Pdgfrα-CreERT小鼠模型	基因表达数据、行为测试数据	从出生后第6天到第8天的小鼠
3534	2025-02-14	Human Single-Cell RNA-Sequencing Data Supports the Hypothesis of X Chromosome Insensitivity but Is Ineffective in Testing the Dosage Compensation Model 2025-Feb-03, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf004 PMID:39932018	研究论文	本研究通过分析人类单细胞RNA测序数据，探讨了X染色体与常染色体之间的基因剂量补偿问题，并评估了不同基因选择策略对X:AA表达比的影响	揭示了单细胞RNA测序数据在评估X染色体剂量补偿模型时的局限性，并提出了X染色体对基因剂量变化不敏感的假说	单细胞RNA测序数据的稀疏性可能导致X:AA表达比的偏差，限制了其在剂量补偿模型测试中的有效性	探讨X染色体与常染色体之间的基因剂量补偿机制，并评估单细胞RNA测序数据在此问题上的适用性	人类单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	模拟和实证的Smart-seq2数据集
3535	2025-02-14	Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02555-5 PMID:39653820	研究论文	本文开发并验证了多重化大脑类器官的策略，用于高分辨率解析神经发育轨迹，并链接特定个体的轨迹与遗传变异	开发了新的计算方法和多重化策略，包括SCanSNP和共识调用，以解决双细胞和低质量细胞识别的关键问题	NA	为大脑疾病和神经多样性建模提供高度可扩展的资源	大脑类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCanSNP	单细胞RNA测序数据	多个多能干细胞（PSC）系
3536	2025-02-14	iFlpMosaics enable the multispectral barcoding and high-throughput comparative analysis of mutant and wild-type cells 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02534-w PMID:39672980	研究论文	本文介绍了一种名为iFlpMosaics的工具包，用于在相同时间窗口和组织微环境中对多种荧光标记的野生型和Cre突变细胞进行重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪	iFlpMosaics工具包提供了新的遗传工具和小鼠品系，能够在相同时间窗口和组织微环境中对多种荧光标记的野生型和Cre突变细胞进行重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪	当前技术在小鼠中诱导遗传嵌合体时缺乏准确性、通量或条形码多样性	研究基因功能及其在组织发育、稳态和疾病中对单个细胞生物学的影响	野生型和Cre突变细胞	生物医学	NA	多光谱成像、荧光激活流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	NA
3537	2025-02-14	Spatial transcriptomic characterization of a Carnegie stage 7 human embryo 2025-Feb, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01597-3 PMID:39794460	研究论文	本文利用空间转录组学技术分析了Carnegie第7阶段人类胚胎的单细胞分辨率数据，揭示了早期中胚层亚型的特化和前内脏内胚层的存在	首次在单细胞分辨率下对完整的人类胚胎进行空间转录组学分析，并重建了三维模型	研究样本有限，仅分析了两个胚胎	研究人类胚胎原肠胚形成过程中的细胞分化和形态发生	Carnegie第7阶段的人类胚胎	空间转录组学	NA	Stereo-seq技术	NA	单细胞分辨率转录组数据	两个人类胚胎
3538	2025-02-14	Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02036-7 PMID:39779958	研究论文	本文介绍了一种名为PERFF-seq的可扩展方法，通过特定RNA转录本的丰度来定义亚群，从而实现单细胞RNA测序分析	开发了PERFF-seq方法，通过RNA流式细胞术进行可编程排序逻辑，能够分离稀有细胞群体并通过高通量单细胞基因组学分析揭示表型异质性	传统流式分选需要高保真抗体的细胞表面标记，限制了研究这些群体的能力，且许多单细胞研究需要从组织中分离细胞核，消除了基于核外蛋白标记富集稀有细胞状态的能力	解决传统流式分选和单细胞研究中稀有细胞状态富集的限制	免疫群体和新鲜冷冻及福尔马林固定、石蜡包埋的脑组织	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA转录本数据	184,126个免疫细胞和33,145个脑组织细胞核
3539	2025-02-14	Dynamic analysis of intrahepatic T cells reveals a unique group of restorative Cxcr3+ tissue-resident CD4 T cells in acute liver injury 2025-Feb, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154058 PMID:39828240	研究论文	本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序数据，揭示了在APAP诱导的急性肝损伤中肝内T细胞群体的动态变化，特别是发现了一群具有修复功能的Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞	发现了Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞在APAP诱导的急性肝损伤中的保护作用，并揭示了其调控机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究APAP诱导的急性肝损伤中肝内T细胞的动态变化及其调控机制	小鼠肝组织中的T细胞群体	免疫学	急性肝损伤	流式细胞术, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	流式细胞数据, RNA测序数据	小鼠肝组织样本
3540	2025-02-14	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39919897	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	发现了一种新型的组织重塑CD45-CD31-PDPN+ITGA5+滑膜成纤维细胞群体，并揭示了其在RA进展中的调控机制	研究主要基于单细胞和空间转录组学数据，需要进一步实验验证其临床应用的可行性	研究类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	滑膜成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光、流式细胞术、细胞共培养、RNA测序	NA	单细胞数据、空间基因表达数据	两个队列（PEAC和R4RA）的样本