单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 38047 篇文献,本页显示第 3501 - 3520 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
3501 2026-02-14
Tfh2 and a subset of Tfh1 cells associate with antibody-mediated immunity to malaria
2025-Dec-08, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和VDJ测序,揭示了人类外周血T滤泡辅助细胞在疟疾感染期间的异质性,并识别出与抗体介导的免疫相关的特定亚群 发现pTfh1细胞可进一步分为CCR7+和CCR7-两个亚群,且只有Tfh1-CCR7+和Tfh2细胞与保护性抗体产生正相关,这超越了传统的CXCR3/CCR6分类 研究基于受控人类疟疾感染模型,可能无法完全反映自然感染情况;样本量未明确说明,可能影响统计效力 探究人类T滤泡辅助细胞在疟疾感染期间的异质性及其与抗体介导免疫的关联 健康个体在受控人类疟疾感染前后的外周血T滤泡辅助细胞 免疫学 疟疾 单细胞RNA测序, VDJ测序 NA 单细胞转录组数据, VDJ序列数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3502 2026-02-14
Kidney diseases and single-cell sequencing research: a bibliometric analysis from 2015 to 2024
2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1
文献计量分析 本文对2015年至2024年间使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)进行肾脏疾病研究的出版物进行了文献计量分析 首次系统性地通过文献计量学方法评估了scRNA-seq在肾脏疾病研究中的应用格局和新兴趋势,识别了主要贡献国家、机构、作者及研究热点 分析基于Web of Science Core Collection数据库,可能未涵盖所有相关出版物;且为回顾性分析,无法预测未来具体技术发展 评估scRNA-seq技术在肾脏疾病研究领域的应用现状、发展趋势及研究热点 2015年至2024年间发表的关于scRNA-seq在肾脏疾病中应用的学术出版物 生物信息学与计算生物学 肾脏疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 文献元数据 1,210篇出版物 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3503 2026-02-14
Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages
2025-Jun-19, Research square
研究论文 本研究开发了一种包含卵巢癌细胞、间充质干细胞和巨噬细胞的异质三组分肿瘤球模型,用于模拟高级别浆液性卵巢癌的临床相关表型 首次构建了包含三种关键细胞成分的异质肿瘤球模型,成功重现了HGSC的化疗耐药、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和上皮-间质转化等关键表型 模型中使用的是细胞系而非原代肿瘤细胞,且仅包含三种细胞类型,可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中不同细胞成分的相互作用及其对疾病表型的影响 高级别浆液性卵巢癌细胞(OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8)、原代间充质干细胞、U937来源的M2样巨噬细胞 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序、流式细胞术、侵袭实验、迁移实验 3D肿瘤球模型 基因表达数据、细胞表型数据 使用三种卵巢癌细胞系、原代MSCs和U937巨噬细胞构建的肿瘤球模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3504 2026-02-14
A metabolic-radioimmune signature predicts therapy response and immune reprogramming in non-small cell lung cancer
2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究系统探讨了非小细胞肺癌(NSCLC)中放疗诱导的肿瘤微环境(TME)代谢重塑,并基于放疗抵抗相关代谢基因(RRMGs)建立了一个预测模型,以优化治疗分层和放疗增敏剂发现 首次系统整合了NSCLC肿瘤细胞、肿瘤引流淋巴结(TDLNs)的批量转录组数据和肿瘤组织的单细胞RNA-seq数据,利用scFEA算法重建代谢通量图,并识别出7个关键的RRMGs构建预后模型,同时预测并实验验证了新的放疗增敏剂 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平或代谢组学的直接验证;模型在独立队列中的验证AUC相对较低(0.618),可能需要更多样本进一步验证;实验验证仅限于细胞水平,缺乏体内模型或临床前研究 优化NSCLC的放疗治疗分层,发现新的放疗增敏剂,并理解放疗诱导的代谢重编程如何驱动治疗抵抗 非小细胞肺癌(NSCLC)的肿瘤细胞、肿瘤引流淋巴结(TDLNs)和免疫细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA-seq, 批量转录组分析, WGCNA, Cox回归, CIBERSORT, TIDE算法, scFEA算法, qRT-PCR, 蛋白质印迹, 分子对接 预后风险模型(基于RRMGs), 列线图 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 TCGA放疗队列和独立放疗免疫治疗队列的数据,具体样本数未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
3505 2026-02-14
SLC12A7 serves as a prognostic and immunotherapeutic biomarker identified by multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过多组学分析发现SLC12A7在多种癌症中上调,与不良预后相关,并可能作为免疫治疗靶点 首次对SLC12A7进行泛癌分析,结合单细胞RNA测序数据揭示其在肿瘤微环境中的异质性,并通过体外实验验证其在肝细胞癌中的促癌功能 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,体外实验仅针对肝细胞癌细胞系,缺乏体内验证和临床样本的直接验证 阐明SLC12A7在癌症中的潜在致癌作用,评估其作为预后生物标志物和免疫治疗靶点的价值 多种癌症类型,重点关注肝细胞癌(HCC) 生物信息学 肝细胞癌 转录组学分析,单细胞RNA测序,体外功能实验 NA 转录组数据,临床数据,单细胞RNA测序数据 来自TCGA、GTEx、cBioPortal、TIMER 2.0和GEO数据库的多个癌症数据集,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
3506 2026-02-14
Integrated single-cell and spatial transcriptomics combined with whole-exome sequencing reveal key hub genes and epithelial heterogeneity in bladder cancer
2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞转录组、空间转录组和全外显子组测序数据,揭示了膀胱癌上皮细胞的异质性,并鉴定了与肿瘤突变负荷相关的关键枢纽基因 首次整合单细胞RNA-seq、空间转录组和WES数据,结合TMB分析,系统解析膀胱癌上皮细胞亚群,并利用Ro/e算法识别出关键的TMB相关上皮亚群Epi14 样本量相对有限(13个单细胞样本,30个WES样本),且为回顾性研究,需要更大规模的前瞻性队列验证 阐明膀胱癌上皮细胞的异质性及其在肿瘤发生发展中的作用,并鉴定与肿瘤突变负荷相关的关键基因 膀胱癌患者组织样本中的上皮细胞 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序, 空间转录组学, qPCR, Western blot 随机生存森林, UMAP, Monocle2, CellChat, CytoTRACE, spacexr, PROGENy 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 外显子组测序数据, 批量转录组数据 13个单细胞RNA-seq样本, 514个批量转录组样本, 30个WES样本, 共77,263个细胞 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 全外显子组测序 NA NA
3507 2026-02-14
Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG
2024-Dec-19, Research square
研究论文 本文提出了一种名为ctSVG的计算方法,专门用于在单细胞分辨率下识别细胞类型特异性空间可变基因 开发了ctSVG方法,能够准确分配Visium方块至细胞,并识别出与样本范围SVGs或细胞类型标记基因不重叠的新基因,从而更充分利用空间位置信息 NA 旨在解决先前方法在识别空间可变基因时未能充分利用空间位置信息的问题 Visium HD空间转录组学数据 数字病理学 NA 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 Visium HD Visium HD空间转录组学平台
3508 2026-02-14
Applications of spatial transcriptomics and artificial intelligence to develop integrated management of pancreatic cancer
2024, Advances in cancer research
综述 本文综述了空间转录组学和人工智能在胰腺癌综合管理中的应用 整合空间转录组学和人工智能工具,以更精确地分析肿瘤微环境中的细胞间通讯,并识别新的生物标志物和治疗靶点 NA 探索空间转录组学和人工智能在胰腺癌早期诊断和个性化治疗中的应用 胰腺癌 数字病理学 胰腺癌 单细胞测序, seqFISH NA 测序数据, 图像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
3509 2026-02-14
Crosstalk between tumor and microenvironment: Insights from spatial transcriptomics
2024, Advances in cancer research
综述 本文综述了肿瘤与微环境之间的相互作用,重点关注空间转录组学技术在解析肿瘤异质性、进化及克隆状态中的应用 整合空间转录组学技术视角,系统阐述肿瘤异质性驱动因素及肿瘤-微环境动态互作机制 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献总结 探讨肿瘤异质性、进化及克隆状态的驱动因素,并分析肿瘤与微环境的相互作用 肿瘤组织及其微环境 数字病理学 癌症 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
3510 2026-02-14
Deep learning-based multimodal spatial transcriptomics analysis for cancer
2024, Advances in cancer research
书本章节 本章探讨了深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的整合应用 将深度学习与多模态空间转录组学结合,为癌症诊断和治疗提供全面且可操作的见解,代表了肿瘤学向更精准和个性化方向的范式转变 NA 推进癌症诊断、治疗规划和精准医学 癌症生物学,包括肿瘤异质性、微环境相互作用和治疗反应 机器学习 癌症 空间转录组学,多模态数据分析 卷积神经网络 多模态数据(包括基因组、蛋白质组、影像和临床数据) NA NA 空间转录组学 NA NA
3511 2026-02-14
Current computational methods for spatial transcriptomics in cancer biology
2024, Advances in cancer research
综述 本文综述了当前在癌症生物学中用于空间转录组学的计算方法 NA NA 回顾和总结空间转录组学在癌症生物学中的计算分析方法 空间转录组学数据及其在癌症研究中的应用 计算生物学 癌症 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
3512 2026-02-14
Data enhancement in the age of spatial biology
2024, Advances in cancer research
综述 本文综述了空间转录组学与其他数据类型(如单细胞转录组学和详细组织染色图像)整合的计算方法,旨在克服当前空间转录组学技术在分辨率或同时分析基因数量方面的限制 深入探讨了整合空间转录组学与互补数据源的计算方法,以克服现有技术在分辨率或基因分析数量上的局限,并强调了这些方法在癌症生物学理解中的革命性潜力 作为综述文章,未涉及具体实验数据或新算法开发,主要聚焦于现有挑战和解决方案的概述 旨在通过整合空间转录组学与其他数据类型,提升对细胞异质性和微环境的理解,特别是在癌症等复杂疾病中 空间转录组学数据、单细胞转录组学数据、详细组织染色图像 空间转录组学 癌症 空间转录组学、单细胞转录组学、组织染色 NA 空间转录组学数据、单细胞转录组学数据、图像数据 NA NA 空间转录组学、单细胞RNA-seq NA NA
3513 2026-02-14
Integrated multi-omics single cell atlas of the human retina
2023-Nov-17, Research square
研究论文 本文构建了一个综合多模态的人类视网膜细胞图谱,整合了转录组和染色质可及性数据 首次整合了大规模多模态单细胞数据,揭示了超过110种细胞类型,并精细映射了GWAS和eQTL变异 NA 创建全面的人类视网膜细胞图谱以促进对视网膜功能和病理的理解 人类视网膜细胞 数字病理学 NA 单细胞测序 NA 转录组和染色质可及性数据 约240万个细胞,来自55名捐赠者 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
3514 2026-02-13
T cell populations are negatively correlated with natural killer and macrophage cell populations in aspirate samples of peripheral lymphadenopathies
2026-Dec, Virulence IF:5.5Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术分析结核病患者肉芽肿淋巴结细针穿刺样本,揭示了细胞组成、感染细胞识别及细胞间通讯网络 首次在结核病肉芽肿淋巴结穿刺样本中应用单细胞RNA测序技术,同时检测宿主细胞转录组和结核分枝杆菌RNA,实现感染细胞的单细胞水平识别 样本量较小(19例患者),个体间细胞亚群丰度差异较大,穿刺样本可能无法完全代表整个淋巴结的细胞组成 解析结核病肉芽肿淋巴结的细胞组成特征和细胞间通讯网络 结核病患者的肉芽肿淋巴结细针穿刺样本 单细胞组学 结核病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 19例结核病患者的淋巴结穿刺样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3515 2026-02-13
Machine learning identifies key cells and therapeutic targets during ferroptosis after spinal cord injury
2026-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1
研究论文 本研究通过机器学习方法识别了脊髓损伤后铁死亡过程中的关键细胞类型和治疗靶点,并验证了潜在药物的疗效 结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,利用随机森林和LASSO算法识别关键铁死亡基因,并在单细胞水平揭示了铁死亡与巨噬细胞/小胶质细胞状态转变的关系,最后通过动物模型验证了环己酰亚胺的治疗潜力 研究主要基于公共数据库的测序数据,动物模型验证仅在小鼠T8脊髓损伤模型中进行,需要进一步临床验证 探究脊髓损伤后铁死亡的细胞机制并寻找潜在治疗靶点 脊髓损伤后的铁死亡过程及相关细胞类型 机器学习 脊髓损伤 RNA-seq, 单细胞RNA-seq 随机森林, LASSO 基因表达数据 来自GSE47681、GSE5296和GSE162610数据集的测序样本 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
3516 2026-02-13
RBAD: The first database dedicated alterations of blood RNA in individuals with Alzheimer's disease and their clinical relevance
2026-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1
研究论文 本研究开发了首个专注于阿尔茨海默病患者血液RNA变化的数据库RBAD,并利用该数据库分析了血液RNA特征与临床相关性 首次建立了专门针对阿尔茨海默病血液RNA变化的数据库,整合了多物种和多类型RNA测序数据,并进行了大规模比较分析 研究主要基于现有数据集的整合分析,缺乏独立的前瞻性验证队列 探究阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床意义 阿尔茨海默病患者和模型小鼠的血液样本 生物信息学 阿尔茨海默病 bulk RNA-seq, microRNA-seq, single-cell RNA-seq NA RNA测序数据 1468个血液样本(包括人类和小鼠研究) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, microRNA-seq NA NA
3517 2026-02-13
Single-cell RNA sequencing of the post-spinal cord injury dorsal root ganglia in cynomolgus monkeys: Elucidation of the cellular immune microenvironment of the central nervous system
2026-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,首次全面描绘了食蟹猴脊髓损伤后背根神经节(DRG)的细胞免疫微环境,并重点解析了巨噬细胞亚群在其中的作用 首次在食蟹猴脊髓损伤模型中,通过单细胞RNA测序对背根神经节进行全面的转录组分析,鉴定了11个巨噬细胞亚群,并揭示了它们通过特定配体-受体对(如SPP1-CD44)与微胶质细胞互作,从而调控轴突再生的新机制 研究基于单一的食蟹猴脊髓挫伤模型,样本量有限,且为横断面研究,未能动态追踪损伤后不同时间点的细胞变化 阐明脊髓损伤后背根神经节免疫细胞微环境的变化,探究其是否以及如何促进轴突再生 食蟹猴的中胸段脊髓挫伤模型中的背根神经节和脊髓组织 数字病理 脊髓损伤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3518 2026-02-13
Modulation of mitochondrial dysfunction: Mechanisms and strategies for the use of natural products to treat stroke
2026-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1
综述 本文综述了天然产物通过调节线粒体功能障碍治疗脑卒中的机制与策略 系统总结了天然产物通过多靶点调控线粒体功能障碍(包括生物合成、动力学平衡、自噬、抗凋亡、氧化应激调节和细胞间线粒体转运)来发挥神经保护作用的机制,并提出了整合单细胞测序和类器官模型等新技术进行深入研究的方向 天然产物的成分复杂性导致标准化困难,跨区域临床数据不足,且缺乏长期安全性评估 探讨利用天然产物靶向线粒体功能障碍以预防和治疗脑卒中的机制与策略 天然产物及其在脑卒中(包括缺血性和出血性卒中)模型中的线粒体靶向作用 NA 脑卒中 单细胞测序 NA NA NA NA NA NA NA
3519 2026-02-13
Heterogeneity of the adult mammalian forebrain neurogenic ependyma: A comprehensive cellular map
2026-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,全面绘制了成年小鼠前脑室管膜表面的细胞图谱,揭示了其细胞组成的异质性 首次在成年哺乳动物前脑室管膜表面识别出12种不同的细胞亚型,并详细描述了CD133+和CD133-细胞群的组成,为解决关于成年神经干细胞存在的长期争议提供了新的细胞学基础 研究仅基于小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证;研究聚焦于侧脑室侧壁的室管膜表面,其他脑区的室管膜异质性可能未被涵盖 阐明成年哺乳动物前脑室管膜的细胞组成异质性,并探讨其与成年神经干细胞争议的关系 成年小鼠前脑侧脑室侧壁的室管膜表面细胞 单细胞组学 神经系统疾病 单细胞RNA测序,免疫细胞化学分析 NA 单细胞转录组数据,免疫荧光图像数据 未明确说明具体样本数量,但使用了成年小鼠侧脑室侧壁的整体铺片 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3520 2026-02-13
Integrating bulk and single-cell transcriptome profiling to uncover diagnostic biomarkers and regulatory mechanisms of oxidative stress in spinal cord injury
2026-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1
研究论文 本研究通过整合批量与单细胞转录组数据,揭示了脊髓损伤中氧化应激相关的诊断生物标志物及其调控机制 整合人类血液样本与小鼠脊髓组织的批量及单细胞转录组数据,首次系统揭示了氧化应激相关基因在脊髓损伤不同阶段的动态表达模式及跨物种生物标志物 研究主要依赖公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证;小鼠模型与人类脊髓损伤的病理机制可能存在物种差异 揭示脊髓损伤中氧化应激相关基因的表达调控机制,并寻找诊断生物标志物与潜在治疗药物 人类血液样本与小鼠脊髓组织 生物信息学 脊髓损伤 转录组测序、免疫荧光、定量PCR NA 转录组数据、单细胞数据 来自GEO数据库的人类血液样本与小鼠脊髓组织数据(具体数量未明确说明) NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
回到顶部