单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3501	2025-02-16	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	本文研究了内皮细胞通过JAG1-NOTCH4信号通路感知紊乱血流并促进动脉粥样硬化的机制	首次揭示了JAG1-NOTCH4信号通路在感知紊乱血流中的作用，并阐明了其通过调节内皮细胞异质性增强动脉粥样硬化易感性的机制	研究主要基于动物模型和体外培养的内皮细胞，尚未在人体中进行验证	探讨内皮细胞感知紊乱血流并促进动脉粥样硬化的分子机制	猪和鼠的动脉以及培养的人冠状动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	猪和鼠的动脉样本以及培养的人冠状动脉内皮细胞
3502	2025-02-16	Isolation of Endothelial Cells from the Lumen of Mouse Carotid Arteries for Single-cell Multi-omics Experiments 2021-10-04, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63128 PMID:34661575	研究论文	本文介绍了一种从小鼠颈动脉内腔分离内皮细胞的方法，用于单细胞多组学实验，以研究血流对动脉内皮的影响	开发了一种新的内腔消化方法，用于从动脉壁中富集内皮细胞，从而在单细胞水平上研究血流对转录组和染色质可及性的影响	该方法主要应用于小鼠模型，尚未在人类动脉样本中广泛应用	研究血流对动脉内皮细胞的转录组和染色质可及性的影响	小鼠颈动脉内皮细胞	单细胞组学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATACseq）	小鼠部分颈动脉结扎模型（PCL）	单细胞RNA和染色质可及性数据	小鼠颈动脉样本，具体数量未明确说明
3503	2025-02-15	Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024193 PMID:39949198	研究论文	本文探讨了心肌组织来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过Pak2-Erk1/2信号轴调节巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞的增殖	首次发现出生后第8天小鼠心肌组织来源的EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调节巨噬细胞的旁分泌活动，影响心肌细胞增殖	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨心肌组织来源的EVs在心肌细胞增殖中的作用机制	小鼠心肌组织来源的EVs和巨噬细胞	细胞生物学	心血管疾病	生物信息学、高通量组学、单细胞分析	NA	单细胞测序数据	小鼠心肌组织样本
3504	2025-02-15	Dissecting the Spatial and Single-Cell Transcriptomic Architecture of Cancer Stem Cell Niche Driving Tumor Progression in Gastric Cancer 2025-Feb-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413019 PMID:39950944	研究论文	本文通过空间和单细胞RNA测序技术，揭示了胃癌中癌症干细胞（CSC）微环境在驱动肿瘤干性和进展中的作用	首次通过高分辨率的空间和单细胞RNA测序技术，详细描绘了胃癌中CSC微环境的转录程序及其在肿瘤进展中的作用	研究样本量较小，仅包括32个人类胃黏膜组织，可能限制了结果的普遍性	研究胃癌中癌症干细胞微环境在驱动肿瘤干性和进展中的作用	32个人类胃黏膜组织	数字病理学	胃癌	空间和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	32个人类胃黏膜组织
3505	2025-02-15	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma 2025-Feb-13, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70022 PMID:39948701	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，对卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）进行了分子病理学分析，并探索了潜在的治疗靶点	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了SCC-MT的独特基因表达谱，并确定了KLF5在SCC-MT发展中的关键作用	研究样本量有限，且未进行大规模临床验证	探索SCC-MT的分子病理学特征，并寻找潜在的治疗靶点	卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）	数字病理学	卵巢癌	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	临床SCC-MT样本
3506	2025-02-15	Screening Co-Diagnostic Genes for Lung Adenocarcinoma and Myocardial Infarction and Analysis of the Molecular Functions and Drug Value of the Genes 2025-Feb-11, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303374928250130113050 PMID:39950480	研究论文	本研究通过生物信息学分析发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并分析其分子功能和潜在药物价值	首次发现MMP9作为肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并揭示其在炎症和免疫调节中的作用	研究主要依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，分析其分子功能和潜在药物价值	肺腺癌和心肌梗死的基因表达数据	生物信息学	肺癌, 心血管疾病	生物信息学分析, WGCNA, PPI网络, LASSO, SVM-RFE, 单细胞测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库中获取的肺腺癌和心肌梗死数据集
3507	2025-02-14	DRIM modulates Src activation and regulates angiogenic functions in vascular endothelial cells 2025-Mar, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12265 PMID:39648301	研究论文	本研究探讨了DRIM蛋白在血管内皮细胞中的作用及其通过调节Src激酶影响细胞生长、迁移和血管生成的功能	首次发现DRIM在血管内皮细胞中丰富表达，并揭示了其在调节Src激酶活性及下游信号通路中的关键作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证DRIM在血管生成中的具体作用	探究DRIM蛋白在血管内皮细胞中的功能及其分子机制	人类血管内皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序分析、蛋白质分馏法、细胞成像、蛋白质组学分析、蛋白质相互作用测定	NA	蛋白质数据、细胞成像数据	NA
3508	2025-02-14	Syringin inhibits the crosstalk between macrophages and fibroblast-like synoviocytes to treat rheumatoid arthritis via PDE4 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156401 PMID:39842374	研究论文	本文研究了丁香苷（SRG）通过抑制巨噬细胞和成纤维样滑膜细胞（FLS）之间的相互作用，以及通过调节磷酸二酯酶4（PDE4）来治疗类风湿性关节炎（RA）的机制	本研究首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了SRG在RA治疗中的多细胞调控机制，特别是通过PDE4调节巨噬细胞和FLS之间的相互作用	SRG在体外对RA-FLS没有直接作用，仅通过巨噬细胞的调节间接影响FLS	探讨SRG在治疗类风湿性关节炎中的药理机制	胶原诱导的关节炎（CIA）大鼠模型、THP-1细胞、RA-FLS	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CIA大鼠模型	基因表达数据	CIA大鼠模型、THP-1细胞、RA-FLS
3509	2025-02-14	Tiaogeng decoction improves mild cognitive impairment in menopausal APP/PS1 mice through the ERs/NF-κ b/AQP1 signaling pathway 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156391 PMID:39848022	研究论文	本研究探讨了调羹汤（TGD）通过ERs/NF-κb/AQP1信号通路改善绝经后轻度认知障碍（MCI）的药理机制	首次揭示了TGD可能通过调节ERs/NF-κb/AQP1信号通路，促进雌激素分泌，激活AQP1，减少Aβ沉积，逆转MCI神经炎症损伤，改善轻度认知障碍，并预防阿尔茨海默病（AD）的发生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TGD在预防绝经后MCI中的药理机制	绝经后APP/PS1小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, 单细胞测序, Western blotting, RT-qPCR, 透射电子显微镜	APP/PS1小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	不同组别的小鼠海马组织
3510	2025-02-14	Kushenol O Regulates GALNT7/NF-κB axis-Mediated Macrophage M2 Polarization and Efferocytosis in Papillary Thyroid Carcinoma 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156373 PMID:39864368	研究论文	本研究探讨了kushenol O对甲状腺乳头状癌（PTC）细胞增殖和侵袭能力的影响及其潜在作用机制	首次揭示了kushenol O通过调节GALNT7/NF-κB轴介导的巨噬细胞M2极化和efferocytosis在PTC中的作用	研究主要基于细胞实验，缺乏体内实验验证	探讨kushenol O在PTC治疗中的潜在机制	甲状腺乳头状癌细胞	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、EdU检测、CCK-8	NA	基因表达数据、细胞实验数据	PTC细胞系
3511	2025-02-14	A novel gene signature for predicting outcome in colorectal cancer patients based on tumor cell-endothelial cell interaction via single-cell sequencing and machine learning 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42237 PMID:39944338	研究论文	本文通过单细胞测序和机器学习技术，开发了一种基于肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的新基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后	创新点在于结合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了与结直肠癌预后相关的肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的分子特征，并开发了新的预后标志物	研究主要基于计算分析，缺乏实验验证，且样本来源和数据集的多样性可能影响结果的普适性	研究目的是通过分析肿瘤细胞与内皮细胞的相互作用，开发一种新的基因特征，以提高结直肠癌患者的预后预测精度	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤细胞和内皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习算法	RNA测序数据, 转录组数据	多个数据库中的结直肠癌患者样本
3512	2025-02-14	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-Feb-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本文介绍了一种名为HematoMap的工具，用于解析白血病的异质性和谱系异常	通过单细胞RNA测序数据和余弦距离算法，构建了正常造血过程的参考层次结构，并开发了LASSO评分模型来揭示AML和BCP-ALL患者的谱系异常	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本量	理解白血病的细胞起源和疾病起始及发展的机制	急性髓性白血病（AML）和B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	LASSO评分模型	RNA测序数据	25名健康捐赠者的100,000多个骨髓单核细胞
3513	2025-02-14	Hypoxia-Mimicking Microenvironment Scaffold for Enhanced Tendon Regeneration 2025-Feb-12, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c18082 PMID:39901352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索了肌腱愈合中的细胞群体和信号通路，并开发了一种模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架，以增强肌腱组织再生	利用单细胞RNA测序技术揭示了缺氧在肌腱愈合中的关键作用，并开发了一种新型PCL-DFOA支架来模拟缺氧环境，促进肌腱再生	研究未涉及长期效果评估及临床应用验证	探索肌腱愈合的细胞机制并开发促进肌腱再生的新型支架	肌腱组织	组织工程	肌腱损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3514	2025-02-14	Characterization of ferroptosis-related genes in aplastic anaemia: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-12, Acta haematologica IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000543656 PMID:39938486	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探讨了与再生障碍性贫血（AA）相关的铁死亡关键基因	首次在AA中整合使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关基因在AA中的作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索再生障碍性贫血中铁死亡相关基因的作用	再生障碍性贫血患者和对照组的RNA测序数据	生物信息学	再生障碍性贫血	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3515	2025-02-14	Analyzing and Validating the Role of Genes Related to Glucagon-like Peptide-1 Signaling in the Prognosis of Pancreatic Cancer 2025-Feb-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673367232250102015441 PMID:39945264	研究论文	本研究旨在开发与胰高血糖素样肽-1（GLP-1）信号相关的可靠预后工具，以指导胰腺癌（PC）的治疗	开发了一个基于GLP-1信号的RiskScore模型，用于评估胰腺癌的预后，并通过单细胞RNA-seq和免疫浸润分析验证了其有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏差，且样本量有限	开发一个可靠的预后评估模型，以改善胰腺癌的诊断和治疗	胰腺癌患者	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), CIBERSORT算法, ssGSEA方法, GSEA	RiskScore模型, nomogram模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	来自UCSCXena和GEO数据库的胰腺癌患者数据，GSE156405队列用于单细胞RNA-seq分析
3516	2025-02-14	Single Cell RNA Sequencing in Colorectal Cancer Immunology: Recent Updates, Application, and Emerging Challenges 2025-Feb-12, Current molecular medicine IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0115665240355043250130110501 PMID:39945269	综述	本文综述了单细胞RNA测序在结直肠癌免疫学中的最新进展、应用及面临的挑战	单细胞RNA测序技术的引入，使得研究者能够分析单个免疫细胞，克服了传统批量RNA测序的局限性，为癌症免疫反应和免疫治疗靶点的研究提供了新的视角	尽管单细胞RNA测序技术在癌症研究中展现出巨大潜力，但其在临床应用中仍面临技术和数据分析的挑战	探讨单细胞RNA测序技术在结直肠癌免疫学中的应用及其在推动个性化免疫治疗发展中的潜力	结直肠癌及其免疫反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
3517	2025-02-14	Benchmarking the translational potential of spatial gene expression prediction from histology 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56618-y PMID:39934114	研究论文	本文通过一项全面的基准研究，评估了从组织学图像预测空间基因表达的十一种方法	首次对从组织学图像预测空间基因表达的多种方法进行了全面评估，并使用了多样化的指标来捕捉预测性能、模型泛化能力、转化潜力、可用性和计算效率	研究依赖于现有的空间转录组学数据集，可能无法涵盖所有组织类型和疾病状态	评估从组织学图像预测空间基因表达的方法，以增强可获取且成本效益高的H&E染色组织学图像的实用性	空间基因表达预测方法	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	五个空间解析转录组学数据集和The Cancer Genome Atlas数据
3518	2025-02-14	Analysis of effector/memory regulatory T cells from arrhythmogenic cardiomyopathy patients identified IL-32 as a novel player in ACM pathogenesis 2025-Feb-11, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07364-y PMID:39934117	研究论文	本文研究了致心律失常性心肌病（ACM）患者中的效应/记忆调节性T细胞，并发现IL-32在ACM发病机制中的新作用	首次全面表征了ACM患者的循环免疫细胞，揭示了Treg的丰富性，并发现IL-32在ACM Treg中的高表达可能加速心脏重塑	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探讨ACM发病机制中的免疫介导因素	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞
3519	2025-02-14	Splicing diversity enhances the molecular classification of pituitary neuroendocrine tumors 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56821-x PMID:39934142	研究论文	本文通过批量及全长单细胞RNA测序，全面研究了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）中的可变剪接失调，揭示了剪接失调如何更好地描绘肿瘤异质性，并有效区分了静默型促肾上腺皮质激素亚型	利用可变剪接（AS）的转录多样性，揭示了PitNETs中剪接失调的普遍性，并在单细胞分辨率上描绘了基本的剪接异质性，有效区分了静默型促肾上腺皮质激素亚型，并定义了一个与较差临床结果相关的TPIT谱系亚型	NA	增强对垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）分子分类的理解	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	批量及全长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3520	2025-02-14	Tendomodulin in pan-cancer analysis: exploring its impact on immune modulation and uncovering functional insights in colorectal cancer 2025-Feb-11, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13608-z PMID:39934677	研究论文	本研究探讨了Tendomodulin（TNMD）在结直肠癌（CRC）中的免疫调节作用及其在泛癌分析中的影响	首次全面分析了TNMD在多种癌症中的表达和基因突变情况，特别是在CRC中的免疫调节功能，揭示了其作为诊断和预后生物标志物的潜力	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探索TNMD在CRC中的免疫调节功能及其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）患者和细胞系	生物信息学	结直肠癌	免疫荧光（IF）、免疫组化（IHC）、实时定量逆转录PCR（qPCR）、蛋白质印迹（western blotting）、细胞迁移实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	多种癌症患者和CRC细胞系