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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3481 | 2025-10-06 |
Biological insights from multi-omic analysis of 31 genomic risk loci for adult hearing difficulty
2020-09, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009025
PMID:32986727
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研究论文 | 通过多组学分析31个与成人听力困难相关的基因组风险位点,揭示新的风险基因和调控机制 | 首次通过整合GWAS元分析、表观基因组学和单细胞转录组学方法,识别了8个新的听力困难风险位点,并发现耳蜗上皮细胞在听力损伤中的重要作用 | 研究主要基于英国生物银行的自报听力数据,且动物实验使用小鼠模型,结果向人类转化需进一步验证 | 探索年龄相关性听力损伤的遗传基础和分子机制 | 成人听力困难相关的基因组风险位点和耳蜗细胞 | 基因组学 | 年龄相关性听力损伤 | GWAS元分析, mRNA-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 最多330,759名英国生物银行参与者 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
3482 | 2025-10-06 |
Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma
2020-01, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-019-0694-x
PMID:31873309
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研究论文 | 通过免疫分析识别CD73作为胶质母细胞瘤的联合治疗靶点 | 发现胶质母细胞瘤中存在独特的CD73巨噬细胞群体,并证明靶向CD73可增强免疫检查点疗法的抗肿瘤免疫反应 | 研究样本量相对有限(94例患者),且动物模型结果需在人类临床试验中进一步验证 | 探索肿瘤特异性免疫调节靶点以改善免疫检查点治疗效果 | 94例代表五种不同癌症类型的患者,包括胶质母细胞瘤、前列腺癌和结直肠癌 | 免疫肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,质谱流式细胞数据 | 94例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3483 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression
2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955
PMID:30385653
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析胰腺癌前病变的异质性特征 | 首次在单细胞水平揭示胰腺癌前病变中上皮细胞和肿瘤微环境的异质性变化 | 样本量较小(仅6个样本),仅包含手术切除标本 | 阐明胰腺导管腺癌前病变向浸润性癌进展过程中的分子变化 | 胰腺导管腺癌前病变(IPMNs)和胰腺导管腺癌组织 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5,403个细胞,来自2个低级别IPMN、2个高级别IPMN和2个PDAC样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞测序技术 |
3484 | 2025-10-06 |
HL-BscPF: Hybrid learning facilitates brain cell auto-identification in multiple pathologies
2025-Sep-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123751
PMID:40414555
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研究论文 | 提出混合学习框架HL-BscPF用于脑细胞自动分类和疾病相关通路分析 | 整合ItClust和TOSICA模型,结合自编码器降维和transformer架构提升预测精度 | 未明确说明样本量的具体数值和数据集来源限制 | 开发自动化细胞类型分类方法并揭示脑疾病相关通路 | 脑单细胞转录组数据,涵盖衰老、阿尔茨海默病、术后认知功能障碍和中风等神经病理状态 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 自编码器, transformer, 混合学习 | 单细胞转录组数据 | 四个脑特异性单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3485 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell sequencing for the development of a GJA4-based precision immuno-prognostic model in melanoma
2025-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102450
PMID:40639089
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序数据开发了基于GJA4的黑色素瘤精准免疫预后模型 | 首次发现GJA4是肿瘤相关内皮细胞终末亚群的关键标志基因,并构建了基于GJA4的精准预后模型 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索肿瘤相关内皮细胞与肿瘤的相互作用机制,开发黑色素瘤精准预后模型 | 黑色素瘤患者、肿瘤相关内皮细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 微阵列 | 风险预测模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的黑色素瘤和胶质瘤患者数据 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
3486 | 2025-10-06 |
Novel multi-omics analysis revealing metabolic heterogeneity of breast cancer cell and subsequent development of associated prognostic signature
2025-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102444
PMID:40639090
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示乳腺癌细胞的代谢异质性,并开发了相关的预后特征 | 首次通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据系统分析乳腺癌代谢异质性,构建了基于代谢特征的预后模型,并验证了PDCD1的致癌作用 | 研究样本量有限,需要在更大规模队列中验证代谢特征的预测效能 | 探究乳腺癌代谢异质性及其与肿瘤微环境的相互作用,开发预后预测工具 | 乳腺癌细胞和患者样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,WGCNA,机器学习 | 加权基因共表达网络分析,机器学习算法 | 基因表达数据,临床数据 | 多个队列的乳腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
3487 | 2025-10-06 |
Identification of hemocyte types and characterization of their immune function in the house fly based on morphological observation and single-cell RNA sequencing
2025-Aug, Insect biochemistry and molecular biology
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104358
PMID:40617446
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研究论文 | 本研究结合形态学观察和单细胞RNA测序技术,对家蝇幼虫血细胞进行分类并分析其免疫功能 | 首次在家蝇中系统鉴定五种血细胞类型并阐明其特异性免疫功能 | 研究仅针对家蝇幼虫阶段,未涵盖成虫期血细胞特征 | 探究家蝇血细胞类型及其在免疫防御中的功能分工 | 家蝇幼虫血细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 形态学观察, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 显微镜图像 | 家蝇幼虫血细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3488 | 2025-10-06 |
Resolvin D1-mediated cellular crosstalk protects against MASH
2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101454
PMID:40671835
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研究论文 | 本研究探讨了消退素D1通过介导肝细胞与非实质细胞间的相互作用对代谢功能障碍相关脂肪性肝炎的保护机制 | 首次揭示RvD1通过缓解内质网应激介导的细胞凋亡,减少肝细胞死亡和DAMP产生,进而抑制库普弗细胞、T细胞和肝星状细胞活化的新型细胞间通讯机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外共培养实验,人类临床验证尚需进一步研究 | 阐明RvD1在MASH中的细胞间通讯作用机制 | 小鼠模型、原代肝细胞(肝细胞、库普弗细胞、T细胞、肝星状细胞) | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞共培养 | NA | 基因表达数据 | 小鼠每组4-6只,人类样本9-10例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3489 | 2025-10-06 |
Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts
2025-Jul-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616
PMID:40305664
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研究论文 | 本研究揭示了淋巴瘤B细胞通过重塑骨髓基质细胞为细胞外基质生成型癌症相关成纤维细胞,促进疾病进展的机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出小鼠LepR+骨髓间充质干细胞与恶性B细胞之间存在双向相互作用,并揭示了其向ECM/TGFβ肌纤维母细胞样癌症相关成纤维细胞转化的特异性重编程过程 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本中直接相互作用的机制仍需进一步验证 | 探究B细胞淋巴瘤中骨髓基质微环境重塑的动力学和分子机制 | 滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和淋巴瘤B细胞骨髓异种移植小鼠模型 | 单细胞生物学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和淋巴瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3490 | 2025-10-06 |
Novel Copper-Responsive Cell Subtypes in Oyster Gills: scRNA-Seq Uncovers Detoxification Strategy and Intraspecific Accumulation Variation
2025-Jul-22, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.5c05244
PMID:40639921
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建牡蛎鳃细胞图谱,揭示铜积累差异的细胞调控网络和解毒策略 | 首次在牡蛎鳃中鉴定出铜特异性积累的嗜铜细胞,并发现其丰度与铜含量直接相关(R=0.92) | NA | 研究牡蛎鳃对金属的吸收和解毒机制 | 牡蛎鳃细胞 | 单细胞组学 | 金属中毒 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 高铜积累和低铜积累牡蛎的鳃组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3491 | 2025-10-06 |
Ripk1 is critical for preserving effector regulatory T cells and the suppressive transcriptional program in regulatory T cells
2025-Jul-22, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-025-01550-3
PMID:40691281
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研究论文 | 本研究揭示了Ripk1在维持效应调节性T细胞及其抑制性转录程序中的关键作用 | 首次证明Ripk1特异性缺失会导致效应调节性T细胞转录特征丧失和系统性免疫病理 | 嵌合小鼠模型中细胞数量较少,可能影响部分观察结果的准确性 | 探究Ripk1在调节性T细胞功能和免疫稳态维持中的作用机制 | 小鼠调节性T细胞 | 免疫学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序,他莫昔芬诱导性基因敲除 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3492 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics mapping of immune cell and TGFβ signalling pathway heterogeneity in testicular germ cell tumours
2025-Jul-22, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70100
PMID:40693358
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术绘制了睾丸生殖细胞肿瘤中免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性图谱 | 首次在睾丸生殖细胞肿瘤中应用空间转录组学技术,揭示了肿瘤微环境中免疫细胞分布和TGFβ信号通路的空间异质性 | 样本量较小(仅4例患者),限制了结果的普遍适用性 | 探索睾丸生殖细胞肿瘤的组织异质性及其与肿瘤发生发展的关系 | 睾丸生殖细胞肿瘤组织切片,包括肿瘤区域、GCNIS前体病变和肿瘤邻近区域 | 空间转录组学 | 睾丸生殖细胞肿瘤 | 空间全转录组测序,RNA-seq分析 | NA | 空间转录组数据 | 4例TGCT患者样本(3例非精原细胞瘤,1例精原细胞瘤),超过90个感兴趣区域 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | NanoString GeoMx空间全转录组工作流程 |
3493 | 2025-10-06 |
Differentiation Trajectory of Virus-Induced Tumour Cells in Rice Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul-22, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70267
PMID:40693410
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示水稻中病毒诱导肿瘤细胞的分化轨迹 | 首次构建植物病毒感染的细胞类型特异性转录组图谱,揭示水稻黑条矮缩病毒诱导肿瘤细胞从维管薄壁细胞分化的轨迹 | 仅针对水稻黑条矮缩病毒进行研究,未涉及其他植物病毒 | 研究植物病毒感染引起的宿主细胞异常分化和发育机制 | 水稻叶片鞘细胞,包括感染水稻黑条矮缩病毒的细胞和未感染病毒的细胞 | 植物病理学 | 植物病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 106,973个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3494 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal mechanisms of radioresistance and immune escape in recurrent nasopharyngeal carcinoma
2025-Jul-21, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02253-8
PMID:40691404
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示复发性鼻咽癌的放疗抵抗和免疫逃逸机制 | 首次在复发性鼻咽癌中发现特异性MCAM癌症相关成纤维细胞通过胶原IV-ITGA2-FAK-AKT轴促进放疗抵抗,并揭示CD8 ZNF683细胞功能及CD47-SIRPα免疫检查点机制 | 样本量相对有限(24名患者的39个肿瘤),需要进一步验证研究 | 探究复发性鼻咽癌放疗抵抗和免疫逃逸的分子机制 | 鼻咽癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | 24名患者的39个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
3495 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer
2025-Jul-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01040-2
PMID:40681742
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研究论文 | 通过单细胞分析鉴定出促进胆囊癌转移的CD34+CD90+内皮细胞亚群 | 首次在胆囊癌中发现具有EndoMT特性的CD34+CD90+内皮细胞亚群,并证实其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移 | 未明确说明样本数量和研究人群特征 | 探究肿瘤内皮细胞在胆囊癌转移中的作用机制 | 胆囊癌患者的内皮细胞和肿瘤细胞 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3496 | 2025-10-06 |
Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment
2025-Jul-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11457-1
PMID:40681784
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研究论文 | 通过整合多组学数据和机器学习方法,发现DNA代谢基因在前列腺癌预后和治疗中的生物标志物作用 | 首次系统性地整合转录组数据、单细胞RNA测序和机器学习模型,揭示DNA代谢基因在前列腺癌免疫微环境和治疗反应中的关键作用 | 研究主要基于TCGA队列数据,需要更多独立队列验证;样本量相对有限 | 探索DNA代谢基因在前列腺癌进展、免疫调节和治疗反应中的作用机制 | 前列腺癌患者样本和正常细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 基因富集分析 | CoxBoost算法, 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA队列和外部验证数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
3497 | 2025-10-06 |
SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics
2025-Jul-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06209-x
PMID:40681987
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞和空间转录组数据分析和可视化的R软件包 | 整合了Seurat和ggplot2等工具,支持Seurat与H5ad格式的无缝转换,提供高分辨率空间可视化功能 | 目前支持的ST平台有限,多组学数据整合功能有待加强 | 解决单细胞和空间转录组数据分析与可视化的挑战 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间数据 | 公共PBMC数据集, Visum和Visium HD人类肾脏组织数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Visium, Visium HD | 10x Visium, 10x Visium HD |
3498 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing technology was employed to construct a risk prediction model for genes associated with pyroptosis and ferroptosis in lung adenocarcinoma
2025-Jul-18, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03323-5
PMID:40682067
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了肺腺癌中焦亡和铁死亡相关基因的风险预测模型 | 首次在单细胞水平系统分析肺腺癌中焦亡相关基因的表达模式,并构建了结合焦亡和铁死亡基因的七基因预后模型 | 未在文中明确说明研究局限性 | 系统阐明肺腺癌中不同细胞类型焦亡的特征和预后价值 | 肺腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, qPCR | 预后风险模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 临床信息 | GSE189357单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3499 | 2025-10-06 |
STHD: probabilistic cell typing of single spots in whole transcriptome spatial data with high definition
2025-Jul-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03608-4
PMID:40682076
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研究论文 | 提出STHD方法用于全转录组空间转录组学中单点的概率性细胞分型 | 结合计数统计与邻域正则化的机器学习模型,能够以高分辨率预测亚细胞点位的细胞类型身份 | NA | 解决空间转录组数据高稀疏性和高维度带来的计算挑战,实现精确的细胞分型 | 空间转录组学中的单点细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 全转录组空间转录组学 | 机器学习模型(结合计数统计与邻域正则化) | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3500 | 2025-10-06 |
SNRPB/CCNB1 axis promotes hepatocellular carcinoma progression and cisplatin resistance through enhancing lipid metabolism reprogramming
2025-Jul-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03463-y
PMID:40682115
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研究论文 | 本研究揭示了SNRPB通过FOXM1-CCNB1轴调控脂质代谢重编程促进肝细胞癌进展和顺铂耐药的新机制 | 首次发现SNRPB/CCNB1轴通过增强脂质代谢重编程驱动肝癌进展和化疗耐药 | NA | 探索SNRPB在肝细胞癌进展和化疗耐药中的分子机制 | 肝细胞癌患者样本和细胞系 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, ChIP, Co-IP, 代谢分析 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 单细胞数据 | 多个队列的肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |