单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3481	2025-03-23	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2025-Mar-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100796 PMID:40111904	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和杂交链反应荧光原位杂交分析，研究了海参再生肠道的细胞组成，揭示了再生原基的细胞多能性	首次使用scRNA-seq和HCR-FISH技术对海参再生肠道的细胞群体进行详细分析，识别出13个不同的细胞群，并发现再生原基的体腔上皮具有多能性	研究局限于海参的再生过程，未涉及其他物种或更广泛的再生机制	研究海参再生肠道的细胞组成及其分子特征	海参再生肠道的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），杂交链反应荧光原位杂交（HCR-FISH）	NA	RNA测序数据	NA
3482	2025-03-23	Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04014-2 PMID:40105941	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新辅助化疗免疫治疗（NACI）对口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤微环境的影响，旨在优化治疗策略	首次通过单细胞RNA测序揭示了OSCC肿瘤微环境中与新辅助化疗免疫治疗反应相关的特征，并识别了与患者生存率相关的肿瘤细胞亚群	样本量较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性	分析NACI对OSCC肿瘤微环境的影响，以优化治疗策略	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	四名OSCC患者的活检、原发肿瘤、匹配的转移淋巴结和正常淋巴结样本
3483	2025-03-23	Bioinformatic analysis of serpina1 expression in papillary thyroid carcinoma and its potential association with Hashimoto's thyroiditis 2025-Mar-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02079-0 PMID:40106166	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了SERPINA1在甲状腺乳头状癌（PTC）中的表达及其与桥本甲状腺炎（HT）的潜在关联	首次结合单细胞转录组数据和细胞间相互作用分析，揭示了SERPINA1在PTC和HT中的复杂作用机制	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源局限于TCGA和GEO数据库	探讨SERPINA1基因在PTC中的作用及其与HT的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）患者和桥本甲状腺炎（HT）患者	生物信息学	甲状腺癌	转录组数据分析、单细胞转录组分析、CIBERSORT工具、GSVA分析、CellChat分析	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的PTC患者数据
3484	2025-03-23	CHI3L1: a key driver in gastritis-to-cancer transformation 2025-Mar-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06352-2 PMID:40108688	研究论文	本研究通过机器学习方法识别了胃炎向胃癌转变过程中的关键驱动基因，特别是CHI3L1，并验证了其在胃癌前病变中的上调及其通过CD44-β-catenin通路促进恶性转化的机制	首次将CHI3L1确定为胃炎向胃癌转变的核心驱动基因，并揭示了其通过CD44-β-catenin通路促进恶性转化的具体机制	研究主要基于数据集和模型分析，虽然进行了体外和类器官验证，但临床样本的验证仍需进一步扩展	阐明胃癌发生的致病机制并识别早期诊断生物标志物，以降低胃癌的发病率	胃炎向胃癌转变过程中的关键基因及其作用机制	机器学习	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化	机器学习模型	基因表达数据、组织微阵列数据	数据集中的胃癌和胃炎样本，以及体外和类器官模型
3485	2025-03-23	Screening and analysis of programmed cell death related genes and targeted drugs in sepsis 2025-Mar-19, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00403-w PMID:40108736	研究论文	本研究利用生物信息学技术识别与程序性细胞死亡相关的诊断基因，并探索脓毒症治疗的潜在药物	通过WGCNA、LASSO、RF等方法识别关键基因，构建TF-miRNA-枢纽基因网络，并预测潜在治疗药物	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证	识别与脓毒症相关的程序性细胞死亡基因，并探索潜在治疗药物	脓毒症患者的基因表达谱	生物信息学	脓毒症	WGCNA, LASSO, RF, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, DGIdb, 孟德尔随机化	NA	基因表达数据	NA
3486	2025-03-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals CD8 + T cell heterogeneity and identifies a prognostic signature in cervical cancer 2025-Mar-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13901-x PMID:40102789	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了宫颈癌中CD8+ T细胞的异质性，并构建了一个基于CD8+ T细胞转录组特征的预后风险模型	首次在宫颈癌微环境中系统性地描述了CD8+ T细胞的异质性、发育轨迹、调控网络和细胞间通讯，并构建了一个包含八个核心基因的预后风险模型	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验的全面验证	研究宫颈癌微环境中CD8+ T细胞的异质性及其功能，并构建预后风险模型	宫颈癌微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌肿瘤样本
3487	2025-03-23	Increased melanin induces aberrant keratinocyte - melanocyte - basal - fibroblast cell communication and fibrogenesis by inducing iron overload and ferroptosis resistance in keloids 2025-Mar-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02116-z PMID:40102920	研究论文	本研究探讨了黑色素在促进瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化中的作用及其机制，并评估了干预黑色素治疗瘢痕疙瘩的潜在治疗效果	首次揭示了黑色素通过诱导铁过载和抗铁死亡来促进瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化的机制，并提出了降低黑色素作为瘢痕疙瘩治疗新靶点的可能性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其治疗效果	研究黑色素在瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化中的作用及其机制，并探索其作为治疗靶点的潜力	瘢痕疙瘩患者的皮肤组织和细胞	皮肤病学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Masson-Fontana染色、铁定量检测、细胞活力检测、脂质ROS检测、丙二醛检测	NA	RNA测序数据、染色数据、细胞实验数据	瘢痕疙瘩患者的皮肤组织和细胞，以及瘢痕疙瘩裸鼠模型
3488	2025-03-23	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the heterogeneity and intercellular communication of cancer-associated fibroblasts in gastric cancer 2025-Mar-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06376-8 PMID:40102930	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与恶性上皮细胞间的细胞间通讯	首次在胃癌中全面表征了CAF的异质性，并揭示了CAF亚群与恶性细胞之间的复杂细胞间网络	样本量相对较小（24个胃癌样本），可能限制了结果的普遍性	研究胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	胃癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和恶性上皮细胞（ECs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，多色免疫组化	NA	单细胞测序数据，空间转录组数据	24个胃癌样本
3489	2025-03-23	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本文通过整合六个已发表的单细胞RNA测序数据集，探讨了不同方法在识别小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）时的选择性差异	首次比较了不同NSC标记物在识别特定NSC状态时的选择性，并提供了一个优化NSC状态富集方法的框架	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类数据，且未验证所有可能的NSC标记物	探讨不同方法在识别脑室下区神经干细胞时的选择性差异，并优化NSC状态富集方法	小鼠脑室下区的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集
3490	2025-03-23	SAMD4A inhibits abdominal aortic aneurysm development and VSMC phenotypic transformation through targeting KDM2B 2025-Mar-11, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.018 PMID:40081568	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白SAMD4A在抑制血管平滑肌细胞（VSMC）表型转化和腹主动脉瘤（AAA）形成中的作用	首次揭示了SAMD4A通过靶向KDM2B抑制AAA发展和VSMC表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	确定SAMD4A是否抑制VSMC表型转化并抑制AAA形成	血管平滑肌细胞（VSMC）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀（RIP）测序、染色质免疫沉淀（ChIP）-qPCR	小鼠AAA模型	RNA测序数据	小鼠模型
3491	2025-03-23	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-Mar-10, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	研究论文	本文通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了小鼠肺发育的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究局限于小鼠模型，未直接涉及人类肺发育	研究小鼠肺发育过程中的空间和时间转录组变化	小鼠肺发育过程中的细胞类型及其状态	生物信息学	NA	高通量空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺组织样本
3492	2025-03-23	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1 PMID:40092444	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症如何共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞	首次验证了紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下的内皮细胞重编程假说，并发现了内皮细胞向免疫样细胞（EndIT）和泡沫细胞（EndFT）的转变	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成中的作用机制	小鼠内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色	小鼠模型	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学数据	95只小鼠，98,553个单细胞
3493	2025-03-23	Single-Cell Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid Identifies Specific Neutrophils during Septic Immunosuppression 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406218 PMID:39887584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了脓毒症患者支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞景观，揭示了中性粒细胞驱动的肺部免疫抑制程序	首次在脓毒症免疫抑制阶段的中性粒细胞中发现了CXCR2和CD274IL1RN亚群的显著增加，并揭示了从CXCR2到CD274IL1RN中性粒细胞亚群的发展轨迹	研究主要基于支气管肺泡灌洗液的样本，可能无法全面反映全身免疫状态	探索脓毒症免疫抑制阶段的肺部免疫细胞变化及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液样本
3494	2025-03-23	Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage 2025-Mar-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204501 PMID:40052482	研究论文	本文通过发育和转录组学证据，揭示了鳞翅目昆虫鳞片的分化源自感觉器官前体细胞（SOP）	首次通过活体成像和单核RNA测序技术，揭示了鳞翅目昆虫鳞片分化的细胞谱系和基因表达模式，并发现了一个新的转录因子pdm3在鳞片分化中的作用	研究主要基于鳞翅目昆虫的早期蛹期翅膀，可能无法完全代表其他发育阶段或物种的鳞片分化机制	探索鳞翅目昆虫鳞片的起源和分化机制	鳞翅目昆虫的鳞片和感觉器官前体细胞（SOP）	发育生物学	NA	活体成像、单核RNA测序	NA	基因表达数据、影像数据	早期蛹期翅膀的细胞样本
3495	2025-03-23	Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023 2025-Mar, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70167 PMID:40105662	系统综述	本文通过系统综述和荟萃分析，探讨了健康人类泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的规律	首次系统性地回顾了1960年至2023年间关于健康人类泪腺中淋巴细胞亚群的研究，并进行了荟萃分析	研究中40岁以下个体和女性的代表性不足，且不同研究对泪腺淋巴细胞浸润的定义和量化标准存在较大差异	明确健康人类泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化	健康人类泪腺	免疫学	NA	苏木精和伊红染色、免疫组织化学、免疫荧光	NA	文献数据	774名健康个体（其中722名为尸体）
3496	2025-03-23	Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice 2025-Mar, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70276 PMID:40108792	研究论文	本研究探讨了在高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠中，杂合性GAA敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	首次使用空间转录组学分析揭示了高脂饮食对门静脉周围和静脉周围肝细胞基因丰度的影响，并发现杂合性GAA敲除对这些影响无显著改变	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探讨GAA敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠	代谢研究	肥胖和糖尿病	空间转录组学分析	小鼠模型	基因表达数据	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠
3497	2025-03-23	Aberrant Hematopoiesis and CD8+ T-Cell Activation in Thymoma-Associated Pure Red Cell Aplasia 2025-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70046 PMID:40109027	研究论文	本文通过单细胞RNA测序等技术，研究了胸腺瘤相关纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）中的造血异常和CD8+ T细胞激活机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了胸腺瘤相关PRCA患者骨髓中红细胞祖细胞的显著减少和粒细胞-单核细胞祖细胞的增加，并发现CD8+ T细胞激活的增强与炎症性骨髓环境相关	研究样本量较小，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	探讨胸腺瘤相关PRCA的免疫机制，特别是CD8+ T细胞激活对红细胞生成的影响	胸腺瘤相关PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+ T细胞	免疫学	纯红细胞再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、流式细胞术、细胞因子分析	NA	RNA测序数据、流式细胞术数据、细胞因子数据	胸腺瘤相关PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+ T细胞
3498	2025-03-23	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-Feb-24, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组分析，揭示了颅外动静脉畸形（eAVMs）中细胞谱系的转录异质性	首次在单细胞水平上揭示了eAVMs中内皮细胞、血管周围细胞和免疫细胞的不同状态及其相互作用	样本量较小，仅包括9个eAVMs样本和2个非病变组织样本	生成eAVMs在单细胞水平上的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）	数字病理学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9个eAVMs样本和2个非病变组织样本
3499	2025-03-23	Single-cell RNA-seq reveals disease-specific CD8+ T cell clonal expansion and a high frequency of transcriptionally distinct double-negative T cells in diabetic NOD mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317987 PMID:40106422	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病NOD小鼠中CD8+ T细胞的克隆扩增和转录上独特的双阴性T细胞的高频率存在	首次在单细胞水平上揭示了T1D进展过程中T细胞的克隆扩增和转录特征，并发现了与疾病相关的TCR序列和潜在生物标志物	研究仅限于NOD小鼠模型，未在人类样本中验证	识别与1型糖尿病（T1D）进展相关的T细胞克隆扩增和转录特征	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的T细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NOD小鼠的外周血和胰岛组织
3500	2025-03-23	A single-cell RNA sequencing atlas of the healthy canine lung: a foundation for comparative studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1501603 PMID:40114924	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了健康犬肺组织的细胞图谱，揭示了细胞和分子异质性，并鉴定了46个转录上不同的细胞亚群	首次对健康犬肺组织进行单细胞RNA测序分析，揭示了新的细胞亚群和标记物，并提供了犬肺疾病的分子基础	研究样本仅来自四只犬，样本量较小，可能限制结果的普适性	构建健康犬肺组织的单细胞RNA测序图谱，为犬肺疾病的研究提供分子基础，并促进与人类肺疾病的比较研究	健康犬肺组织	单细胞RNA测序	肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	四只犬的26,278个细胞