单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3481	2025-04-05	NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial 2025-Apr-03, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO-24-01818 PMID:40179324	research paper	该研究通过基因组分析和转录组测序，探讨了NOTCH1突变作为预测食管鳞状细胞癌患者对tislelizumab治疗反应的生物标志物的潜力	首次将NOTCH1突变与tislelizumab治疗食管鳞状细胞癌的生存益处联系起来，并揭示了其潜在的分子机制	研究样本来自特定的临床试验(RATIONALE-302)，可能限制了结果的普遍性	寻找预测食管鳞状细胞癌患者对PD-1靶向治疗反应的可靠生物标志物	晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	RATIONALE-302研究中的样本
3482	2025-04-05	Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification 2025-Apr-03, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00700-y PMID:40180773	研究论文	提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类	通过联合使用未标记细胞数据上的多个K-means聚类任务进行模型训练，缓解了标记数据有限的问题，并引入了局部增强图神经网络以捕捉细胞间潜在相互作用	未明确提及具体局限性	开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中的细胞分类准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3483	2025-04-05	Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction 2025-Apr-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02612-0 PMID:40181168	research paper	提出了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维重建空间条形码位置	开发了一种无需成像设备的高保真、可扩展的空间转录组学方法，适用于厘米级组织	未提及方法在复杂组织或特定疾病模型中的验证情况	提高空间转录组学的可及性和通量，支持大规模研究	组织样本中的基因表达空间定位	空间转录组学	NA	分子扩散、降维	NA	基因表达数据	厘米级组织（具体样本数量未提及）
3484	2025-04-05	Machine Learning-based Gene Biomarker Identification for Improving Prognosis and Therapy in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359092250304031435 PMID:40183270	research paper	本研究通过整合基因表达、机器学习、肿瘤微环境分析和药物敏感性分析，开发了一个用于预测肝细胞癌（HCC）预后和个性化治疗的HPRI指标	结合多种机器学习算法和单细胞测序分析，识别出7个关键基因并开发了HPRI指标，用于预测HCC预后和治疗反应	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据的异质性影响	识别肝细胞癌的分子生物标志物以改善预后和治疗	肝细胞癌（HCC）患者	machine learning	hepatocellular carcinoma	Cox回归分析、差异表达分析、单细胞测序分析	多种统计模型	基因表达数据、临床病理信息	多个队列的数据来自ICGC、GEO和TCGA数据库
3485	2025-04-05	Recurrent Composite Markers of Cell Types and States 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.17.549344 PMID:37503180	研究论文	介绍了一种名为RECOMBINE的算法，用于识别定义层次细胞身份的重复复合标记集	RECOMBINE算法在识别区分性标记方面比现有方法（包括差异基因表达分析）具有更高的准确性	NA	解码生物复杂性，识别定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集	细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞数据分析和空间转录组学	RECOMBINE算法	单细胞数据和空间转录组数据	小鼠视觉皮层数据、Tabula Sapiens项目的人类组织数据
3486	2025-04-05	Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq 2025-Apr-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00883-z PMID:40169777	research paper	利用机器学习和单细胞RNA测序技术揭示免疫检查点反应的基因和细胞特征	结合单细胞RNA测序数据和机器学习方法预测患者反应，同时保持可解释性和单细胞分辨率，并开发了强化学习模型以识别最具预测性的单细胞	研究主要基于黑色素瘤浸润的免疫细胞数据，可能在其他癌症类型中的普适性有待验证	提高免疫检查点抑制剂治疗反应的预测准确性，深化对癌症免疫的理解	黑色素瘤浸润的免疫细胞	machine learning	melanoma	single-cell RNA-seq	XGBoost, reinforcement learning	RNA-seq data	NA
3487	2025-04-05	Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer 2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034 PMID:40180058	研究论文	通过基因组分类器预测胰腺癌细胞系和患者的放射敏感性，以实现基因组引导的放射治疗	利用单细胞RNA测序数据区分上皮和间充质细胞，预测胰腺癌细胞系的分化阶段，并发现分化阶段与放射敏感性相关	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床患者数据的验证仍需进一步研究	预测胰腺癌的放射敏感性，优化放射治疗方案	胰腺癌细胞系和患者	基因组学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	基因组分类器	RNA测序数据	45个胰腺癌细胞系和来自The Cancer Genome Atlas的胰腺癌患者数据
3488	2025-04-05	Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer 2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303359688250209090544 PMID:40183263	研究论文	通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱，揭示肿瘤细胞的异质性	首次构建了甲状腺癌的单细胞全景图谱，并发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其调控机制	样本量较小（20例患者），且数据来源于公共数据库，可能影响结果的广泛适用性	探索甲状腺癌的分子特征，为临床分期和治疗策略提供新见解	甲状腺癌及癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	20例患者的11个原发肿瘤组织、6个癌旁组织、8个转移淋巴结和2个远处转移灶
3489	2025-04-05	Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Prognostic Significance of HOXC9-Related Immune Gene Signatures in Hepatocellular Carcinoma 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S509625 PMID:40177614	研究论文	本研究整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了基于HOXC9相关免疫基因（HRIGs）的风险评分模型，并评估其在肝细胞癌（HCC）中的预后价值	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建基于HOXC9相关免疫基因的风险评分模型，并验证其在HCC预后评估和免疫治疗预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，缺乏多中心临床验证	评估HOXC9相关免疫基因在HCC预后和免疫微环境中的作用	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、临床数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
3490	2025-04-05	Unraveling the immunomodulatory impact of hydroxychloroquine on peripheral T cells using single-cell RNA sequencing 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103324 PMID:39405653	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了羟氯喹（HCQ）对外周T细胞的免疫调节作用	首次在单细胞水平上详细描述了HCQ对T细胞亚群的影响，特别是对效应CD4和CD8 T细胞的调控机制	研究主要基于体外实验，体内效应的验证需要进一步研究	阐明HCQ在T细胞中的免疫调节机制	外周T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括体外刺激的T细胞和狼疮患者的T细胞样本
3491	2025-04-05	Cellular communication network factor 3 contributes to the pathological process of rheumatoid arthritis through promoting cell senescence and osteoclastogenesis in the joint 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103334 PMID:39549484	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子3（CCN3）在类风湿性关节炎（RA）病理过程中的作用及其治疗潜力	研究发现CCN3通过促进细胞衰老和破骨细胞生成在RA关节中发挥重要作用，并评估了CCN3抗体作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证CCN3抗体的治疗效果	探究CCN3在RA病理过程中的分子功能及其作为治疗靶点的潜力	类风湿性关节炎患者的关节组织和实验模型小鼠	病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	实验性RA模型	基因表达数据和细胞实验数据	公共scRNA-seq数据和实验模型小鼠
3492	2025-04-05	EZH2 promotes B-cell autoimmunity in primary Sjogren's syndrome via METTL3-mediated m6A modification 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103341 PMID:39577129	研究论文	本研究探讨了EZH2在原发性干燥综合征(pSS)中通过METTL3介导的m6A修饰促进B细胞自身免疫反应的机制	揭示了EZH2通过METTL3介导的m6A修饰调控B细胞自身免疫反应的新机制，并提出了EZH2抑制作为pSS治疗的潜在策略	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	阐明EZH2在pSS中B细胞自身免疫反应中的作用并探索其治疗潜力	原发性干燥综合征(pSS)患者和干燥综合征小鼠模型中的B细胞	免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序、RNA-seq、ChIP-seq、ChIP-qPCR、流式细胞术、CFSE检测、RIP-qPCR、m6A-RIP-qPCR	NA	基因表达数据、表观遗传数据、临床数据	pSS患者外周血和唾液腺样本、三种不同干燥综合征小鼠模型
3493	2025-04-05	PAGE-based transfer learning from single-cell to bulk sequencing enhances model generalization for sepsis diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae661 PMID:39710434	研究论文	本文提出了一种基于单细胞和批量转录组数据融合的scPAGE2方法，用于提高脓毒症诊断模型的泛化能力	升级了scPAGE方法，通过迁移学习将单细胞转录组信息有效转移到批量转录组数据中，构建了性能优越的脓毒症诊断模型	NA	提高脓毒症诊断模型的泛化能力	脓毒症患者的转录组数据	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, FACS, 下一代测序, 微阵列	scPAGE2	转录组数据	7个数据集，涉及3个转录组平台和FACS数据
3494	2025-04-05	Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis 2024-11, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202402177 PMID:39077951	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控的自动化检测方法Digital-GPA，用于单抗生素耐药细菌的全基因组测序，实现基因型和表型分析	开发了Digital-GPA方法，能够高效分离和测序荧光D-氨基酸标记的抗生素耐药细菌，提供高质量的单细胞扩增基因组，识别微小和主要突变	未提及方法的具体操作复杂度和成本，可能限制其在临床中的广泛应用	全面分析抗生素耐药细菌的基因型和表型特征，以更好地理解抗生素耐药性	抗生素耐药细菌	数字病理学	细菌感染	数字微流控技术、全基因组测序、荧光D-氨基酸标记	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本中的耐药病原体
3495	2025-04-05	Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells 2024-Oct-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006 PMID:39232559	research paper	该研究探讨了炎症如何通过表观遗传印记影响肠道干细胞（ISCs）的代谢和再生能力	揭示了炎症通过琥珀酸积累重编程ISCs表观基因组，从而影响其分化和再生能力的机制	研究主要基于GI GVHD模型，可能不适用于其他炎症条件	探究炎症对肠道干细胞适应性和再生能力的长效影响	Lgr5标记的肠道干细胞	表观遗传学	胃肠道移植物抗宿主病	单细胞转录组学、类器官培养、代谢组学、表观基因组学	NA	转录组数据、代谢数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量
3496	2025-04-05	Single-cell sequencing analysis of chronic subdural hematoma cell subpopulations and their potential therapeutic mechanisms 2024-06-01, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.110936 PMID:38554980	研究论文	通过单细胞测序分析慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的细胞亚群及其潜在治疗机制	首次对手术切除的血肿中的细胞进行全面分类，并探讨其与CSDH复发的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	分析CSDH患者外周血和血肿部位的细胞亚群及其对疾病的影响	慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的外周血和手术切除的血肿	数字病理学	神经系统疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
3497	2025-04-04	Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence 2025-Apr-03, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0262 PMID:40177712	研究论文	本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析，探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群	首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1，并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物	研究样本来源为公共数据库，缺乏独立验证队列	鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群	单细胞组学	皮肤纤维化疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM)	逻辑回归分析	单细胞转录组数据、流式细胞数据	公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本（具体数量未说明）
3498	2025-04-04	PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999 PMID:39808445	研究论文	该研究通过分析种系遗传变异与肿瘤免疫基因特征的关联，发现蛋白激酶C delta（PKCδ）作为候选靶点，并通过小鼠实验验证其在增强抗肿瘤免疫中的作用	首次将PKCδ种系变异与抗肿瘤免疫联系起来，并揭示了PKCδ通过调节髓系细胞状态影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大样本量	探索新的癌症免疫治疗靶点	PKCδ基因及其在小鼠和人类中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和临床样本（具体数量未明确说明）
3499	2025-04-04	Anti-Peptidylarginine-4 Autoantibodies Derived from Patients with Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Apr-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	research paper	该研究探讨了类风湿性关节炎(RA)患者中抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	揭示了抗PAD4抗体通过与单核细胞结合触发炎症级联反应的新机制，促进免疫细胞向关节募集和T细胞激活，最终导致更严重的关节炎	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体内完全验证这些机制	阐明抗PAD4抗体在类风湿性关节炎发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和小鼠模型	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养	胶原诱导性关节炎(CIA)小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞培养数据	使用RA患者来源的单克隆抗体和小鼠模型进行研究
3500	2025-04-04	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Effect of MIF on Myeloid-Derived Suppressor Cells in Multiple Myeloma 2025-Apr-02, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14473 PMID:40176414	research paper	该研究通过单细胞转录组分析探讨了MIF在多发性骨髓瘤中对髓系来源抑制细胞（MDSCs）的影响	首次揭示了MIF在MDSCs中的表达差异及其与多发性骨髓瘤的关联	研究样本量有限，且仅基于GSE124310数据集进行分析	探索骨髓微环境中MIF与MDSCs之间的关系	多发性骨髓瘤患者和正常对照的骨髓样本	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, flow cytometry	NA	RNA-seq数据	GSE124310数据集中的MM和正常样本