单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3481	2025-02-14	Reconstruction of gene regulatory networks from single cell transcriptomic data 2024-Dec, Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii IF:0.9Q3 DOI:10.18699/vjgb-24-104 PMID:39944798	综述	本文综述了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据重建基因调控网络（GRNs）的方法和程序	本文特别关注了利用其他组学数据（主要是转录因子结合位点和开放染色质图谱）来提高单细胞转录组数据重建GRN的准确性	单细胞组学数据的技术和生物学特性需要特定的GRN推断方法	理解和研究细胞在发育过程中及响应各种内外刺激时使用的机制	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
3482	2025-02-14	Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block 2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-024-10159-x PMID:39609308	研究论文	本研究揭示了冠状动脉心脏病（CHD）与认知障碍之间的分子联系，并评估了星状神经节阻滞（SGB）的治疗潜力	首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出FKBP5和DDIT3这两个关键衰老相关基因在CHD和认知障碍中的上调作用，并展示了SGB通过自主神经调节对这些基因相关通路的调控作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	阐明关键衰老相关基因在CHD和认知障碍病理生理学中的作用，并评估SGB的治疗潜力	冠状动脉心脏病（CHD）和认知障碍	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠模型
3483	2025-02-14	Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis 2024-Oct-17, Viruses DOI:10.3390/v16101623 PMID:39459954	研究论文	本文开发了一种激活诱导标记（AIM）检测方法，用于检测、分选和单细胞RNA测序分析丙型肝炎病毒（HCV）特异性T细胞	使用AIM检测方法，无需MHC多聚体即可高灵敏度检测稀有抗原特异性T细胞，并成功应用于单细胞RNA测序分析	研究仅基于一个受试者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	开发一种高灵敏度检测和分选HCV特异性T细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析	HCV特异性T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	一个受试者的HCV特异性T细胞
3484	2025-02-14	Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70043 PMID:39440457	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，分析了经典半乳糖血症（CG）女童卵巢组织的基因表达变化和信号通路异常，揭示了早发性卵巢功能不全（POI）的分子机制	首次创建了CG女童卵巢的单核转录组图谱和空间转录组景观，揭示了与POI相关的内质网应激、氧化应激和DNA损伤反应的基因激活	研究样本量有限，仅针对CG女童的卵巢组织，未涉及其他年龄段或非CG患者的卵巢组织	探讨CG患者早发性POI的分子机制，为未来治疗干预提供依据	经典半乳糖血症（CG）女童的卵巢组织	数字病理学	经典半乳糖血症	单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学	NA	RNA测序数据	CG女童的卵巢组织样本
3485	2025-02-14	New dimension in viral hepatitis research 2024-Sep, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100136 PMID:39944365	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在慢性乙型肝炎研究中的应用，旨在提高对肝脏免疫反应和乙型肝炎病毒感染细胞分布的理解	使用GeoMx nanostring数字空间分析技术，针对特定组织区域进行基因表达分析，揭示了与免疫特征和病毒负担相关的空间转录组特征	样本量较小，组织处理、数据分析和成本方面的挑战仍需解决	实现乙型肝炎的功能性治愈	三名患者的肝组织（一名HBV单感染、一名HBV/HDV共感染和一名HBV/HIV共感染）	数字病理学	乙型肝炎	单细胞测序、空间转录组学、GeoMx nanostring数字空间分析技术	NA	基因表达数据	三名患者的肝组织
3486	2025-02-14	[Analysis of the types and functions of CD34+ cells in full-thickness skin defect wounds of normal mice and diabetic mice by single-cell RNA sequencing] 2024-Mar-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20231130-00217 PMID:38548393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析正常小鼠和糖尿病小鼠全层皮肤缺损伤口中CD34+细胞的类型和功能	首次使用单细胞RNA测序技术对正常和糖尿病小鼠全层皮肤缺损伤口中的CD34+细胞进行详细分类和功能分析	样本量较小，仅包括6只糖尿病模型小鼠和6只正常小鼠	研究CD34+细胞在正常和糖尿病小鼠皮肤伤口愈合过程中的类型和功能	正常小鼠和糖尿病小鼠的全层皮肤缺损伤口中的CD34+细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	Seurat 4.0.2	RNA测序数据	12只雄性CD34细胞谱系追踪小鼠（6只糖尿病模型，6只正常对照）
3487	2025-02-14	RNA-seq analysis reveals prenatal alcohol exposure is associated with placental inflammatory cells and gene expression 2024-Feb-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.147951 PMID:37918548	研究论文	本研究通过RNA-seq分析揭示了产前酒精暴露与胎盘炎症细胞和基因表达的关系	首次在胎盘细胞类型组成和转录组分析中考虑了细胞类型的影响，揭示了产前酒精暴露对胎盘细胞类型比例和炎症基因表达的影响	需要进一步研究以表征这些影响并评估胎盘炎症在胎儿酒精谱系障碍中的潜在功能作用	研究产前酒精暴露对胎盘细胞类型组成和基因表达的影响	35名重度饮酒孕妇和33名对照的胎盘样本	生物信息学	胎儿酒精谱系障碍	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	线性回归模型	RNA-seq数据	68名孕妇的胎盘样本
3488	2025-02-14	The many faces of the megakaryocytes and their biological implications 2024-01-01, Current opinion in hematology IF:3.1Q2 DOI:10.1097/MOH.0000000000000793 PMID:37910197	综述	本文综述了单细胞RNA测序研究揭示的巨核细胞谱系内的转录异质性及其独特亚群的功能和表型可塑性，以及对健康和疾病的影响	揭示了巨核细胞（MKs）的多个亚群及其不同功能，包括血小板生成、生态位支持、免疫和循环细胞，并发现这些细胞在非造血组织中的存在及其增强的免疫相关特性	NA	探讨巨核细胞亚群的功能和表型可塑性及其在健康和疾病中的作用	巨核细胞（MKs）及其亚群	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3489	2025-02-14	Single-cell RNA sequencing revealed PPARG promoted osteosarcoma progression: based on osteoclast proliferation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506225 PMID:39936154	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了PPARG在促进骨肉瘤进展中的作用，特别是通过破骨细胞增殖	首次在单细胞水平上详细研究破骨细胞，并发现PPARG作为新的治疗靶点	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步实验验证	寻找新的骨肉瘤治疗靶点，防止肿瘤进展和局部扩散	骨肉瘤患者的破骨细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	骨肉瘤患者的单细胞测序数据
3490	2025-02-14	RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Traumatic Spinal Cord Injury (Review) 2023, Sovremennye tekhnologii v meditsine DOI:10.17691/stm2023.15.6.08 PMID:39944372	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术以及空间转录组学在创伤性脊髓损伤中的应用，探讨了这些技术在揭示细胞类型、定位损伤区域和解析病理机制方面的潜力	结合单细胞/单核RNA测序与空间转录组学技术，提供了更精确的细胞定位和病理分析，为神经连接重组和感觉运动功能恢复机制的研究开辟了新视角	需要更多关于人类细胞群体特异性的全面信息，以确定脊髓损伤中细胞选择性易感性的原因	探讨单细胞和单核RNA测序技术以及空间转录组学在创伤性脊髓损伤中的应用，以揭示细胞类型、定位损伤区域和解析病理机制	创伤性脊髓损伤中的细胞类型及其在正常和病理反应中的作用	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
3491	2025-02-14	[Research advances on the role and mechanism of epidermal stem cells in skin wound repair] 2022-Sep-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501120-20211109-00382 PMID:36177590	综述	本文综述了表皮干细胞在皮肤自我更新和伤口修复中的作用及其机制	结合单细胞测序和基因敲除等新技术和新概念，揭示了表皮干细胞在表皮自我更新和伤口修复中的新机制	NA	探讨表皮干细胞在皮肤伤口修复中的作用和机制	表皮干细胞	NA	NA	单细胞测序, 基因敲除	NA	NA	NA
3492	2025-02-14	[Investigation on the growth factor regulatory network of dermal fibroblasts in mouse full-thickness skin defect wounds based on single-cell RNA sequencing] 2022-Jul-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20220215-00029 PMID:35899330	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序技术，探索了小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其生长因子调控网络	首次利用单细胞RNA测序技术详细描绘了小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其在生长因子信号通路中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型，且样本量较小	探索小鼠全层皮肤缺损伤口中真皮成纤维细胞的异质性及其生长因子调控网络	小鼠全层皮肤缺损伤口中的真皮成纤维细胞	数字病理	皮肤损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	10只8周龄雄性C57BL/6小鼠（5只正常皮肤组织，5只伤口组织）
3493	2025-02-14	[Re-understanding the physiological and pathophysiological roles of neutrophils] 2022-Feb-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501120-20211122-00391 PMID:35220698	综述	本文综述了近年来关于中性粒细胞的生物学行为及其在各种疾病中的作用的研究进展	重新审视了中性粒细胞的生理和病理生理作用，特别是其异质性及与其他免疫细胞相互作用的机制	NA	重新理解中性粒细胞在生理和病理生理中的作用	中性粒细胞	免疫学	NA	单细胞测序技术、空间转录组测序技术、多组学联合测序技术	NA	NA	NA
3494	2025-02-13	Single-cell sequencing of peripheral blood mononuclear cells reveals immune landscape of monkeypox patients with HIV 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2459136 PMID:39868995	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了猴痘病毒（MPXV）感染患者的外周血单核细胞，揭示了HIV感染者与非感染者的免疫景观差异	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了HIV感染与非感染猴痘患者的免疫细胞表型和基因表达差异，揭示了HIV感染者病情严重的潜在机制	样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性	研究猴痘病毒在HIV感染与非感染患者中的免疫病理学机制	猴痘病毒感染患者的外周血单核细胞	生物信息学	猴痘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	6名患者（3名HIV+，3名HIV-）
3495	2025-02-13	The secretomes of bovine mammary epithelial cell subpopulations differentially modulate macrophage function 2025-Dec, The veterinary quarterly DOI:10.1080/01652176.2025.2463338 PMID:39921381	研究论文	本文研究了牛乳腺上皮细胞亚群的分泌组对巨噬细胞功能的不同调节作用	首次发现不表达CD73的牛乳腺上皮细胞亚群的分泌组能显著增强巨噬细胞的吞噬作用和活性氧积累	未探讨分泌组中具体哪些生物活性因子对巨噬细胞功能起关键作用	优化牛乳腺上皮细胞分泌组作为治疗乳腺炎的生物制剂	牛乳腺上皮细胞亚群及其分泌组、巨噬细胞	细胞生物学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	RNA测序数据、细胞表型数据	NA
3496	2025-02-13	A single-cell transcriptome analysis reveals astrocyte heterogeneity and identifies CHI3L1 as a diagnostic biomarker in Parkinson's disease 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42051 PMID:39931480	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了帕金森病中星形胶质细胞的异质性，并发现CHI3L1可能作为帕金森病的诊断生物标志物	首次在单细胞水平上揭示了帕金森病中星形胶质细胞的异质性，并识别出CHI3L1作为潜在的诊断标志物	研究主要基于公开的GEO数据库数据，缺乏独立验证队列	识别帕金森病中星形胶质细胞的异质性并研究与其分化轨迹相关的基因	帕金森病患者和正常样本中的星形胶质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞转录组分析, qRT-PCR, Western Blot	Monocle2, AUCell	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，但包括帕金森病患者和正常样本
3497	2025-02-13	Mosaic loss of Y chromosome and mortality after coronary angiography 2025-Feb-12, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf035 PMID:39935193	研究论文	本研究探讨了Y染色体嵌合体缺失（LOY）与接受冠状动脉造影的男性患者心血管死亡率之间的关系	首次在人类中量化LOY，并发现LOY与心血管死亡率显著相关，揭示了LOY通过促纤维化和促炎症蛋白表达谱影响心血管健康的机制	研究仅限于男性患者，未探讨LOY在女性中的影响	确定LOY与接受冠状动脉造影的男性患者心血管死亡率之间的关联	1698名接受冠状动脉造影的男性参与者	心血管疾病	心血管疾病	全基因组甲基化分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，血浆蛋白表达数据	1698名男性参与者
3498	2025-02-13	Mechanism of Ca2+ overload caused by STIM1/ORAI1 activation of store-operated Ca2+ entry (SOCE) in hydrogen peroxide-induced mitochondrial damage and apoptosis in human primary melanocytes 2025-Feb-12, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10329-1 PMID:39937331	研究论文	本研究探讨了氧化应激下正常人黑色素细胞中钙离子水平变化的调控机制，为白癜风的发病机制和治疗提供了新的见解和潜在临床治疗靶点	揭示了STIM1/ORAI1激活在氧化应激诱导的线粒体损伤和细胞凋亡中的作用机制，并提出了SOCE抑制作为保护黑色素细胞免受氧化应激损伤的新策略	研究主要基于体外实验，未涉及动物模型或临床试验，可能无法完全反映体内复杂环境	研究氧化应激下正常人黑色素细胞中钙离子水平变化的调控机制	正常人黑色素细胞（NHMs）	细胞生物学	白癜风	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、定量实时PCR、蛋白质印迹	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	NA
3499	2025-02-13	A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary 2025-Feb-11, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01556-2 PMID:39934558	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术，描绘了小鼠年轻和年老卵巢的多组学单细胞图谱，揭示了卵巢衰老过程中的细胞类型特异性转录变化及其调控元件	首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，全面描绘了小鼠卵巢衰老的多组学单细胞图谱，并揭示了TGF-beta信号通路和ER应激在衰老过程中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类卵巢衰老的直接证据	探究卵巢衰老的分子机制，以理解女性年龄相关的生育功能障碍	小鼠年轻和年老卵巢	生物信息学	生殖系统疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	小鼠年轻和年老卵巢样本
3500	2025-02-13	Spatiotemporal transcriptomics elucidates the pathogenesis of fulminant viral myocarditis 2025-Feb-10, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02143-9 PMID:39924580	研究论文	本研究利用单核和空间转录组学技术，全面分析了A/J小鼠中柯萨奇病毒B3（CVB3）诱导的暴发性心肌炎（FM）的发病机制	揭示了间皮细胞在心肌炎早期作为CVB3感染的主要靶点，以及Cd8效应T细胞通过释放IFN-γ调控Spi1表达，加剧心肌细胞损伤的新机制	研究仅限于A/J小鼠模型，未涉及人类样本	阐明暴发性心肌炎的发病机制并探索有效治疗策略	A/J小鼠中的CVB3诱导的暴发性心肌炎	数字病理学	心血管疾病	单核和空间转录组学	NA	转录组数据	A/J小鼠，七个不同时间点