单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 38047 篇文献,本页显示第 3461 - 3480 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
3461 2026-02-15
ABCA8-positive lipid-metabolic CAFs mediate immunotherapy resistance in TNBC
2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞和空间转录组学,揭示了ABCA8阳性脂质代谢相关癌症相关成纤维细胞(lpCAFs)通过脂质代谢重编程促进M2巨噬细胞极化,从而在三阴性乳腺癌(TNBC)中建立免疫抑制性肿瘤微环境并介导免疫检查点阻断(ICB)治疗抵抗的机制 首次利用整合的单细胞和空间转录组学数据,在TNBC中鉴定出ABCA8+ lpCAFs和APOE+ LAMs在免疫-基质交界处共定位,并阐明其通过脂质代谢重编程驱动免疫抑制性TME的新机制 研究主要基于体外共培养实验和回顾性数据分析,缺乏体内模型验证;样本量相对有限,且未涵盖所有TNBC亚型 阐明TNBC中ICB治疗抵抗的关键细胞机制,特别是脂质介导的基质-免疫相互作用 三阴性乳腺癌(TNBC)肿瘤微环境中的细胞,特别是癌症相关成纤维细胞(CAFs)和巨噬细胞 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学,多模态交叉分析(MIA)算法,BODIPY染色,油红O染色,qPCR,流式细胞术,Western blotting NA 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 3个TNBC数据集的scRNA-seq数据,43个TNBC样本的空间转录组数据 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
3462 2026-02-15
Single-cell RNA-sequencing of peripheral blood mononuclear cells reveals the transcriptome profile of Microtus fortis immune cells during the early phase of infection with Schistosoma japonicum
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了东方田鼠和昆明小鼠在感染日本血吸虫早期外周血单个核细胞的转录组变化,揭示了东方田鼠作为非许可宿主的免疫反应机制 首次在单细胞水平上比较了东方田鼠(自然非许可宿主)和昆明小鼠(易感宿主)在感染日本血吸虫早期外周血免疫细胞的转录组差异,揭示了Cxcl9在单核细胞中的特异性上调以及Th2细胞和抗体分泌细胞的独特激活模式 研究仅关注了感染后10天的时间点,未能提供免疫反应的动态变化过程;样本量相对较小,可能影响统计效力;且仅分析了外周血单个核细胞,未涉及其他组织或细胞类型 探究东方田鼠对日本血吸虫感染的天然抵抗力的分子机制 东方田鼠(Microtus fortis)和昆明小鼠的外周血单个核细胞(PBMCs) 单细胞转录组学 血吸虫病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未感染动物(对照组)和感染后10天的动物样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3463 2026-02-15
Applications of AI to single-cell and spatial transcriptomics: current state-of-the-art and challenges
2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2
综述 本文综述了人工智能在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用现状、主流算法及其面临的挑战 系统梳理了AI在10个单细胞/空间转录组核心分析任务中的应用,并评估了不同算法在实际研究中的适用性 未提供具体的实验验证数据,主要基于文献综述和方法学比较 评估人工智能技术在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用效果与发展趋势 单细胞转录组学与空间转录组学数据分析方法 生物信息学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 深度学习算法 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
3464 2026-02-15
Single-cell gene regulatory network analysis for mixed cell populations
2024-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
研究论文 本文提出了一种名为VMPLN的算法,用于从混合细胞群体的单细胞RNA测序数据中联合推断不同细胞类型的基因调控网络 开发了VMPLN算法,通过变分推理方法联合估计混合细胞群体中不同细胞类型的基因调控网络,避免了传统两步法(先聚类再推断)中聚类不确定性导致的网络估计不准确问题 未明确说明算法在计算效率或大规模数据集上的可扩展性限制 从单细胞RNA测序数据中准确推断混合细胞群体的基因调控网络 单细胞RNA测序数据中的混合细胞群体 机器学习 NA 单细胞RNA测序 混合泊松对数正态模型(MPLN),变分推理 单细胞RNA测序计数数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3465 2026-02-15
Novel insights into immunopathogenesis and crucial biomarkers between primary open-angle glaucoma and systemic lupus erythematosus
2024-Dec, iMetaOmics
研究论文 本研究通过整合分析基因表达数据,揭示了系统性红斑狼疮与原发性开角型青光眼之间的免疫病理机制关联,并识别了关键生物标志物和潜在治疗药物 首次通过多组学方法(包括差异表达分析、加权基因共表达网络分析、机器学习、免疫浸润分析和单细胞转录组分析)系统性探索SLE与POAG的共同生物标志物和免疫病理机制,并利用分子对接预测潜在治疗药物 研究主要基于公共数据库的基因表达数据,实验验证仅在人小梁网干细胞中进行RT-qPCR,缺乏临床样本或动物模型的进一步验证 识别系统性红斑狼疮和原发性开角型青光眼的共同生物标志物及潜在治疗药物,阐明两者关联的免疫病理机制 基因表达数据(来自GEO数据库的GSE27276、GSE50772和GSE148371数据集)和人小梁网干细胞 生物信息学 系统性红斑狼疮和原发性开角型青光眼 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、基因富集分析、机器学习、miRNA和转录因子分析、免疫浸润分析、单细胞转录组分析、分子对接、RT-qPCR 机器学习(具体模型未指定) 基因表达数据 基于三个GEO数据集(GSE27276、GSE50772、GSE148371),具体样本数量未明确 NA 单细胞转录组分析 NA NA
3466 2026-02-15
TCfinder: Robust tumor cell discrimination in scRNA-seq based on gene pathway activity
2024-Sep, iMetaOmics
研究论文 本文介绍了一种基于基因通路活性和深度神经网络的肿瘤细胞识别工具TCfinder,用于单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞鉴别 TCfinder通过整合通路活性和深度神经网络,在不同scRNA-seq平台上展现出稳健的识别效率,优于现有工具且能在稀疏数据下工作 NA 开发一种稳健的肿瘤细胞识别工具,以提高单细胞RNA测序数据中肿瘤细胞的鉴别准确性 单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞 自然语言处理 肿瘤 scRNA-seq 深度神经网络(DNN) 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3467 2026-02-15
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了PURE-seq技术,用于高效富集和测序稀有细胞,并应用于小鼠长期造血干细胞的研究,识别了Egr1作为衰老背景下造血功能的潜在主调控因子 开发了PURE-seq技术,能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中,最小化处理步骤并减少细胞损失,实现了对稀有细胞(如1/1,000,000稀有度)的可扩展测序 NA 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组,并识别潜在的主调控因子 小鼠长期造血干细胞 单细胞转录组学 衰老相关疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq PURE-seq PIP-seq for Rare-cell Enrichment and Sequencing,允许从FACS直接加载细胞到PIP-seq反应中
3468 2026-02-15
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2024-01-30, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本文介绍了deMULTIplex2算法,一种用于单细胞RNA测序中样本解复用的稳健工具 deMULTIplex2基于条形码交叉污染的机制模型,采用广义线性模型和期望最大化算法,概率性地确定每个细胞的样本身份,在大型或嘈杂数据集上表现优异 NA 开发一种在单细胞RNA测序中处理样本解复用的算法,以应对条形码交叉污染问题 单细胞RNA测序数据中的样本解复用过程 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 广义线性模型,期望最大化算法 测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3469 2026-02-15
Tuning hyperparameters of doublet-detection methods for single-cell RNA sequencing data
2023-Sep, Quantitative biology (Beijing, China)
研究论文 本研究探索了单细胞RNA测序数据中双联体检测方法scDblFinder的最优超参数设置 采用全因子设计、响应面模型和16个真实scRNA-seq数据集来优化双联体检测方法的超参数,提升了检测性能 研究仅针对scDblFinder方法,且基于有限的数据集,可能不适用于所有生物条件 优化单细胞RNA测序数据分析中双联体检测方法的超参数设置 单细胞RNA测序数据中的双联体检测方法scDblFinder 机器学习 NA 单细胞RNA测序 响应面模型 单细胞RNA测序数据 16个真实scRNA-seq数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3470 2026-02-15
A cell marker-based clustering strategy (cmCluster) for precise cell type identification of scRNA-seq data
2023-Jun, Quantitative biology (Beijing, China)
研究论文 本文提出了一种基于细胞标记的聚类策略(cmCluster),用于单细胞RNA测序数据的精确细胞类型识别 cmCluster结合遗传算法和网格搜索优化Louvain聚类方法,平衡聚类准确性和生物学解释,即使在细胞类型信息不完整或多数据源情况下也能有效识别细胞群体 未明确说明策略在大型数据集上的计算效率或与其他先进方法的全面比较 开发一种精确且高效的单细胞转录组数据分析策略,以改善细胞聚类和注释的准确性 单细胞转录组数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 Louvain聚类方法、遗传算法 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3471 2026-02-14
Immune-related biomarkers for major depressive disorder identified via integrated bioinformatics and machine learning
2026-Dec, European journal of psychotraumatology IF:4.2Q1
研究论文 本研究通过整合生物信息学和机器学习方法,识别了与免疫相关的主要抑郁障碍(MDD)生物标志物 整合了多种机器学习算法(LASSO和SVM-RFE)进行稳健的生物标志物筛选,并结合单细胞RNA测序数据验证免疫相关性,最后通过动物模型进行实验验证 研究主要基于公共基因表达数据库,样本来源可能存在异质性;动物模型验证仅在大鼠中进行,需要进一步在人类样本中验证 发现可用于主要抑郁障碍早期和客观诊断的可靠生物标志物 主要抑郁障碍患者的基因表达数据以及慢性不可预知轻度应激大鼠模型 生物信息学 精神疾病 转录组学分析,单细胞RNA测序 LASSO,SVM-RFE 基因表达数据 未明确指定人类样本数量,使用了公共数据库中的多个数据集;动物模型使用了CUMS大鼠 NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
3472 2026-02-14
Single-cell transcriptome revealed the aberrant keratinocytes activation in antigen presentation in atopic dermatitis
2026-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1
研究论文 本研究整合了健康对照、慢性活动性AD患者、自愈AD患者及卵清蛋白诱导AD小鼠模型的皮肤单细胞转录组数据,揭示了AD中角质形成细胞在抗原呈递方面的异常激活及其在慢性炎症中的关键作用 首次系统比较了人类AD不同阶段(包括自愈状态)与卵清蛋白诱导小鼠模型中角质形成细胞的转录组和细胞互作差异,并指出小鼠模型在模拟人类慢性AD机制上的局限性 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的功能验证;样本量相对有限;小鼠模型与人类疾病的机制差异需进一步探究 探究特应性皮炎(AD)中角质形成细胞的异常激活机制及其在疾病慢性化中的作用 人类AD患者(慢性活动性、自愈)皮肤组织、健康对照皮肤组织、卵清蛋白诱导的AD小鼠模型皮肤组织 单细胞组学 特应性皮炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确说明具体样本数量,涉及健康对照、慢性活动性AD患者、自愈AD患者及AD小鼠模型的多组样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3473 2026-02-14
scRDiT: Generating Single-cell RNA-seq Data by Diffusion Transformers and Accelerating Sampling
2026-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
研究论文 本文提出了一种名为scRDiT的生成方法,通过扩散变换器生成单细胞RNA测序数据,并加速采样过程 结合去噪扩散概率模型和扩散变换器,首次将扩散变换器应用于单细胞RNA测序数据生成,并引入去噪扩散隐式模型以加速采样 仅基于两个不同的scRNA-seq数据集进行实验,未在更广泛的数据集上验证模型的泛化能力 开发一种生成虚拟单细胞RNA测序数据的方法,以捕获数据特征并生成具有类似统计属性的数据集 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 扩散变换器, 去噪扩散概率模型, 去噪扩散隐式模型 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
3474 2026-02-14
Spatial transcriptomics in bone research: navigating hype and hurdles
2026-Mar, Pathology IF:3.6Q1
综述 本文回顾了空间转录组学在骨骼研究中的应用,探讨了其优势、局限性及未来方向 系统总结了空间转录组学在骨骼研究中的独特挑战,如骨组织脱钙处理,并提出了未来应用潜力 空间转录组学平台存在固有局限性,工作流程瓶颈和分析复杂性限制了其广泛应用 评估空间转录组学技术在骨骼研究中的适用性,并探讨如何克服相关技术障碍 骨骼组织样本,包括不同肌肉骨骼组织和动物模型 数字病理学 骨骼疾病 空间转录组学 NA 空间基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
3475 2026-02-14
Spatial and single-cell multi-omics reveal pro-angiogenic THY1⁺ fibroblast subtypes predicting prognosis in prostate cancer
2026-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过空间和单细胞多组学分析,揭示了前列腺癌中促血管生成的THY1⁺成纤维细胞亚型及其与预后的关联 首次识别并验证了前列腺癌中一个独特的促血管生成THY1⁺癌症相关成纤维细胞亚型,并揭示了其通过CXCL6/CXCR2轴和THY1介导的VEGFA表达驱动肿瘤进展的机制 研究样本量相对有限(前瞻性队列n=84),且主要基于公共和单中心数据,需要更大规模的多中心验证 识别和验证与侵袭性前列腺癌相关的特定THY1⁺癌症相关成纤维细胞亚型 前列腺癌患者组织、癌症相关成纤维细胞、THY1⁺/THY1⁻成纤维细胞亚群、内皮细胞 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序、空间转录组学、qPCR、多重免疫组化、ELISA、抗体阵列、管形成实验 LASSO Cox回归 多组学数据(转录组、蛋白质组)、图像数据、临床数据 公共队列(TCGA-PRAD, GEO)和前瞻性队列(FUSCC, n=84) NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
3476 2026-02-14
Tumor-stroma contributes to immunotherapeutic resistance in non-small cell lung cancer via SEMA3C-mediated immunosuppressive tumor microenvironment
2026-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究揭示了肿瘤-间质比例(TSP)作为非小细胞肺癌(NSCLC)免疫检查点阻断(ICB)耐药性的独立预后生物标志物,并鉴定出SEMA3C是介导免疫抑制性肿瘤微环境的关键分子 首次将TSP与NSCLC的ICB耐药性联系起来,并鉴定出SEMA3C作为TSP轴中的关键介质,通过调节癌症相关成纤维细胞(CAFs)功能促进免疫抑制性肿瘤微环境 研究主要基于TCGA队列和体外/体内实验,需要在更大的独立临床队列中进行验证,并且SEMA3C的具体下游信号通路尚未完全阐明 探究肿瘤-间质比例(TSP)在非小细胞肺癌(NSCLC)免疫治疗耐药性中的作用机制 非小细胞肺癌(NSCLC)患者样本、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、肿瘤细胞、CD8⁺ T细胞 数字病理学 肺癌 H&E染色、转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、功能验证实验 NA 图像数据、转录组数据、单细胞测序数据 TCGA-NSCLC队列患者(具体数量未在摘要中明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
3477 2026-02-14
Integrated multi-omics analysis of prognostic model and immune microenvironment in intrahepatic cholangiocarcinoma
2026-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA-seq和空间转录组学数据,构建了肝内胆管癌的五基因预后模型,并揭示了MT1X在肿瘤进展和免疫抑制微环境中的作用 首次结合单细胞与空间转录组学分析肝内胆管癌,识别了上皮-成纤维细胞亚群互作,并通过机器学习构建了五基因预后特征,同时通过功能实验验证了MT1X的促癌作用 研究可能受限于样本量或特定队列的异质性,且功能实验主要在体外进行,需要进一步体内验证 阐明肝内胆管癌的免疫景观并指导精准免疫治疗 肝内胆管癌(iCCA) 数字病理学 肝内胆管癌 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq 机器学习 RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq NA NA
3478 2026-02-14
POSTN⁺ cancer-associated fibroblast-CCL3⁺ macrophage crosstalk defines the immune-excluded tumor microenvironment in clear cell renal cell carcinoma
2026-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量转录组数据,揭示了透明细胞肾细胞癌中POSTN⁺癌症相关成纤维细胞与CCL3⁺巨噬细胞之间的相互作用,定义了驱动免疫排斥和免疫治疗抵抗的基质-免疫信号轴 首次在透明细胞肾细胞癌中识别出POSTN⁺癌症相关成纤维细胞与CCL3⁺巨噬细胞的空间共定位,并揭示其通过TGF-β、SPP1和IL-6信号通路形成纤维化屏障,导致免疫排斥和免疫治疗抵抗 研究主要基于转录组数据,缺乏功能实验验证;样本来源和数量可能限制结论的普适性;未涉及其他潜在免疫细胞亚型的影响 探究透明细胞肾细胞癌中免疫排斥肿瘤微环境的基质-免疫相互作用机制 透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤微环境,特别是成纤维细胞亚型和巨噬细胞 数字病理学 肾细胞癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组学 聚类分析, 轨迹分析, 转录因子调控网络分析, 基因网络分析, CellChat, NicheNet, SpaGene 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据 八个单细胞RNA测序数据集, 两个空间转录组数据集, TCGA-KIRC队列和ICB治疗队列 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
3479 2026-02-14
Circulating CD34+ Fibroblast Progenitors Engaged in Heart Fibrosis of Allograft
2026-Feb-13, Circulation research IF:16.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和遗传细胞谱系追踪技术,揭示了循环CD34+细胞作为心脏移植后纤维化中成纤维细胞前体的新来源 首次发现循环CD34+细胞可作为成纤维细胞前体参与心脏移植后纤维化,并揭示了CXCL12-ACKR3和MIF-ACKR3相互作用以及TGFβ/GFPT2/SMAD2/4轴的分化机制 研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外实验,临床转化潜力需进一步验证 探索心脏移植后纤维化中成纤维细胞的来源及其机制 人类心脏移植样本、小鼠移植模型(包括C57BL/6J、Cd34-CreERT2等品系)以及从血液中培养的人类前体细胞 单细胞组学 心血管疾病 单细胞RNA测序、Western印迹、定量PCR、免疫组化、三维重建全组织染色 NA RNA测序数据、图像数据 人类心脏移植样本和小鼠模型(具体数量未明确) NA 单细胞RNA测序 NA NA
3480 2026-02-14
Macrophage SBK2 suppresses inflammation and atherosclerosis by NLRP3 phosphorylation
2026-Feb-13, European heart journal IF:37.6Q1
研究论文 本研究探讨了巨噬细胞SH3结构域结合激酶2(SBK2)在动脉粥样硬化发病机制中的功能意义和治疗潜力,发现其通过磷酸化NLRP3并促进其自噬降解来抑制炎症和动脉粥样硬化 首次发现SBK2是唯一已知能够介导NLRP3选择性清除的蛋白激酶,并鉴定出小分子化合物rebaudioside N(RN)作为有效的SBK2激动剂,为靶向SBK2-NLRP3轴提供了精确的治疗策略 研究主要基于小鼠模型和体外实验,其在人类患者中的直接疗效和长期安全性仍需进一步临床验证 阐明巨噬细胞SBK2在动脉粥样硬化中的功能机制并探索其作为治疗靶点的潜力 小鼠动脉粥样硬化模型、人类动脉粥样硬化病变组织、巨噬细胞 NA 心血管疾病 单细胞测序、免疫共沉淀、体外激酶活性测定、质谱分析、高通量小分子化合物筛选 NA 测序数据、蛋白质数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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