单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3461	2025-03-01	Cellular heterogeneity and communication networks in gastric cancer: Single-cell analysis reveals β-hydroxybutyrylation-associated genes and immune infiltration characteristics 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102270 PMID:39884220	研究论文	本研究利用单细胞测序技术解析了胃癌的细胞异质性和细胞间通讯网络，重点研究了β-羟基丁酰化（Kbhb）相关基因及其对肿瘤微环境的影响	首次在单细胞水平上鉴定了胃癌中与β-羟基丁酰化相关的基因，并揭示了这些基因在免疫浸润和肿瘤微环境重塑中的关键作用	研究主要基于TCGA数据集，样本来源和多样性可能有限，且未进行实验验证	解析胃癌的细胞异质性和细胞间通讯网络，探索β-羟基丁酰化相关基因的预后价值和治疗潜力	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序	风险评分模型	单细胞基因表达数据	189,700个单细胞样本
3462	2025-03-01	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis of clock circadian regulator with prognostic and immune microenvironment in thyroid cancer 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102299 PMID:39892222	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了时钟昼夜节律调节器（CLOCK）在甲状腺癌进展及其免疫微环境中的作用	首次结合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了CLOCK在甲状腺癌中的过表达及其对肿瘤生长和免疫微环境的影响	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索CLOCK在甲状腺癌中的作用及其潜在机制	甲状腺癌	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	LASSO回归, Kaplan-Meier生存估计	RNA测序数据	小鼠模型和人类样本
3463	2025-03-01	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-Mar, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征，以区分非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过最小绝对收缩选择算子回归，识别出11个核心基因的转录组特征，用于区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	研究主要依赖于公开的基因表达数据库，可能受到数据质量和样本量的限制	建立NAFLD相关肝纤维化和疾病进展的转录组特征	NAFLD患者	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	转录组分析	最小绝对收缩选择算子回归	转录组数据	六个批量转录组数据集的NAFLD患者
3464	2025-03-01	Intratumoral Injection of Cytotoxic Drugs Plus Hapten Elicits Significant Immune Responses in Sentinel Lymph Nodes: Implications for Cancer Immunotherapy 2025-Mar-01, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000002439 PMID:39999315	研究论文	研究通过瘤内注射细胞毒性药物加半抗原对胰腺癌原发部位治疗后，前哨淋巴结（SLNs）的细胞和基因组变化	揭示了靶向治疗如何调节淋巴结微环境以增强局部免疫反应，并可能提高全身抗肿瘤效果	未提及具体样本量，可能影响结果的普遍性	定义前哨淋巴结的转移和远隔效应的机制	胰腺癌患者的前哨淋巴结	癌症免疫治疗	胰腺癌	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
3465	2025-03-01	Targeting Zfp36 to combat cardiac hypertrophy: Insights into ferroptosis pathways 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70247 PMID:40000392	研究论文	本研究探讨了Zfp36在心脏肥大中的调节作用，特别是通过Ythdc2/SLC7A11/GSH铁死亡途径的调节机制	首次证明了Zfp36通过抑制心肌细胞中的铁死亡来减轻心脏肥大，为针对铁死亡的治疗策略提供了新靶点	NA	研究Zfp36在心脏肥大中的调节功能及其在铁死亡中的作用机制	心肌细胞和心肌组织	生物医学	心血管疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
3466	2025-03-01	Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-28, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70012 PMID:40018995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据的整合分析，探索了肝细胞癌（HCC）的异质性和复发特征，揭示了复发HCC中恶性细胞和免疫细胞的变化，并提出了MIF-(CD74+CXCR4)信号通路作为关键机制	开发了一个复发肿瘤细胞相关风险评分（RTRS），能够独立预测总体生存时间和无复发生存时间，且比传统临床变量具有更高的准确性	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索肝细胞癌的异质性和复发特征，识别关键治疗靶点，设计有效的抗癌疗法	肝细胞癌（HCC）的原发和早期复发样本	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3467	2025-03-01	Transcriptome Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in Human PDAC 2025-Feb-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415196 PMID:40019403	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序分析，全面描绘了人类胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录组景观	识别了包括新发现的CAF亚型在内的九种不同的CAF亚型，并揭示了CAF亚型之间的分化可塑性及其与临床不良结果的关联	NA	研究胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录组特征及其动态转换	人类胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3468	2025-03-01	The bone marrow NK cell profile predicts MRD negativity in patients with multiple myeloma treated with daratumumab-based therapy 2025-Feb-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026455 PMID:40019438	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、流式细胞术和功能实验，探讨了多发性骨髓瘤（MM）患者诊断时和治疗期间骨髓中自然杀伤（NK）细胞的变化	揭示了诊断时CD16+细胞毒性NK细胞比例降低与达雷妥尤单抗治疗下细胞因子产生减少和NK细胞脱颗粒能力下降的相关性，并发现CD16+骨髓NK细胞比例低的患者在接受达雷妥尤单抗治疗后达到MRD阴性的可能性降低	研究结果主要基于CASSIOPEIA试验的数据，可能不适用于其他治疗方案或患者群体	探讨骨髓NK细胞在多发性骨髓瘤患者接受达雷妥尤单抗治疗中的预测作用	多发性骨髓瘤患者	免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、流式细胞术、功能实验	NA	细胞数据	CASSIOPEIA试验中的多发性骨髓瘤患者
3469	2025-03-01	Immunomodulatory effects of traditional chinese medicine on cancer: insights from network pharmacology and single-cell RNA sequencing data on the treatment of lung adenocarcinoma with shenling baizhu powder 2025-Feb-28, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01550-z PMID:40019596	研究论文	本研究通过网络药理学和单细胞RNA测序数据探讨了参苓白术散对肺腺癌的免疫治疗作用	结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，揭示了参苓白术散通过调节巨噬细胞相关基因增强免疫功能的机制	研究机制尚不完全明确，需进一步临床研究验证	探讨参苓白术散对肺腺癌的免疫调节作用及其机制	肺腺癌患者及其免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	未明确提及样本数量
3470	2025-03-01	Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70010 PMID:40017120	研究论文	本研究通过整合转录组、免疫组化和单细胞RNA测序数据，探讨了嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义	首次通过免疫组化验证嘌呤代谢作为结直肠癌预后标志物的临床相关性，并发现五个嘌呤代谢相关基因的低表达与不良预后相关	嘌呤代谢反应的可逆性可能影响研究结果的稳定性	评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床相关性及其作为预后标志物的潜力	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	转录组分析、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、免疫组化数据、单细胞RNA测序数据	结直肠癌患者亚组（包括野生型TP53、突变型TP53和微卫星稳定表型）
3471	2025-03-01	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2025-Feb-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100705 PMID:40009070	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习预测，探讨了小鼠输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	首次结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，利用基于transformer的机器学习模型预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的差异需要进一步验证	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用	小鼠输卵管组织	机器学习	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq, 蛋白质组学数据	小鼠输卵管组织在不同交配后时间点的样本
3472	2025-03-01	The spatial landscape of cancer hallmarks reveals patterns of tumor ecological dynamics and drug sensitivity 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115229 PMID:39864059	研究论文	本文通过空间转录组学技术，探索了10种癌症类型中63个未经治疗的原发性肿瘤的癌症标志物空间分布，揭示了肿瘤生态动力学模式和药物敏感性	首次展示了癌症标志物在肿瘤空间中的组织化分布，并发现肿瘤亚克隆之间的基因组距离与标志物活性差异相关，甚至导致克隆-标志物特化	研究样本量相对较小，仅涉及63个肿瘤样本和33名膀胱癌患者，可能限制了结果的普遍性	探索肿瘤生态动力学和药物敏感性，以改善对肿瘤生态的理解并帮助识别新的药物生物标志物	10种癌症类型中63个未经治疗的原发性肿瘤和33名膀胱癌患者	数字病理学	癌症	空间转录组学	NA	空间转录组数据	63个原发性肿瘤样本和33名膀胱癌患者
3473	2025-03-01	Pde4b-regulated cAMP signaling pathway in the AUDGABA-S1TrSst circuit underlies acute-stress-induced anxiety-like behavior 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115253 PMID:39891910	研究论文	本文研究了急性应激诱导的焦虑样行为的神经和分子机制，发现S1Tr区域的GABA能生长抑素神经元在这一过程中起关键作用	揭示了急性应激通过AUD-S1Tr投射中的Pde4b调控的cAMP信号通路影响S1Tr神经元活动，从而调控焦虑行为的分子机制	研究主要聚焦于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索急性应激诱导焦虑行为的神经和分子机制	小鼠的S1Tr区域GABA能生长抑素神经元	神经科学	焦虑症	单细胞测序、空间转录组测序	NA	基因表达数据	NA
3474	2025-03-01	A single-cell and spatial wheat root atlas with cross-species annotations delineates conserved tissue-specific marker genes and regulators 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115240 PMID:39893633	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了小麦根尖分生组织的单细胞和空间转录组图谱，并利用跨物种注释预测了保守的组织特异性标记基因和调控网络	利用跨物种注释方法解决了小麦等非模式植物中单细胞RNA测序数据的准确注释问题，并预测了进化上保守的组织特异性标记基因	研究主要依赖于跨物种注释，可能忽略了物种特异性基因的功能	构建小麦根尖分生组织的单细胞和空间转录组图谱，并预测保守的组织特异性标记基因和调控网络	小麦根尖分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
3475	2025-03-01	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在无菌性肺损伤中的保护作用	首次揭示了MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径增强对无菌性肺损伤的防御	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自特发性肺纤维化患者，样本量和多样性有限	研究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的角色及其保护机制	小鼠和人类的MAIT细胞	免疫学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱分析、适应性转移	NA	RNA测序数据	小鼠模型和特发性肺纤维化患者的样本
3476	2025-03-01	Th1-poised naive CD4 T cell subpopulation reflects anti-tumor immunity and autoimmune disease 2025-Feb-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57237-3 PMID:40000667	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别了小鼠和人类幼稚CD4 T细胞中的不同亚群，特别关注了一个表达超高水平IL-7R的亚群，并探讨了其在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中的作用	揭示了幼稚CD4 T细胞的异质性，并识别了一个具有Th1倾向的亚群，该亚群在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中发挥重要作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的相关性分析，需要进一步的功能性实验验证	探讨幼稚CD4 T细胞的异质性及其在疾病中的作用	小鼠和人类的幼稚CD4 T细胞	免疫学	癌症, 多发性硬化症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠和人类样本
3477	2025-03-01	Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns 2025-Feb-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03479-9 PMID:40001084	研究论文	本文介绍了Crescendo算法，用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以改善基因表达模式的可视化和检测	Crescendo算法能够在基因表达水平上校正批次效应，从而在多样本中准确可视化基因表达模式，并增强空间转录组分析以检测基因共定位和配体-受体相互作用	NA	校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以改善基因表达模式的可视化和检测	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术、单细胞RNA测序技术	Crescendo算法	单细胞空间转录组数据	三个数据集，涵盖170,000到700万个单细胞
3478	2025-03-01	Single-cell multi-omics analysis identifies SPP1+ macrophages as key drivers of ferroptosis-mediated fibrosis in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Feb-25, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00746-6 PMID:40001138	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了SPP1+巨噬细胞在铁死亡介导的黄韧带肥厚纤维化中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学整合分析，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴调控高铁死亡评分成纤维细胞的铁死亡，从而促进黄韧带肥厚纤维化的机制	研究主要基于单细胞测序和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探讨黄韧带肥厚纤维化的细胞和分子机制	人类黄韧带样本和小鼠模型	数字病理	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、孟德尔随机化（MR）	NA	单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据	人类黄韧带样本和小鼠模型
3479	2025-03-01	Revolutionizing the treatment of intervertebral disc degeneration: an approach based on molecular typing 2025-Feb-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06225-8 PMID:40001145	研究论文	本文提出了一种基于分子分型的椎间盘退变（IVDD）治疗方法，通过单细胞RNA测序和多组学数据分析，开发了精确的IVDD风险分层系统，并验证了分子分型在转化医学中的应用	首次开发了基于软骨细胞分化和预后的IVDD分子分型系统，并通过体外实验验证了特定抑制剂的有效性	研究主要基于体外实验，缺乏大规模临床试验验证	开发一种基于分子分型的椎间盘退变精准治疗方法	椎间盘退变（IVDD）患者	生物信息学	椎间盘退变	单细胞RNA测序，多组学数据分析	ConsensusClusterPlus分析	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了GEO数据库中的多组学数据
3480	2025-03-01	Targeting RECQL4 in hepatocellular carcinoma: from prognosis to therapeutic potential 2025-Feb-25, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02107-6 PMID:40001159	研究论文	本研究评估了RECQL4在肝细胞癌（HCC）中的临床效用，探讨其作为预后标志物的潜力及其与多种生物过程、血管生成相关因子、免疫细胞浸润、免疫检查点和药物敏感性的关联	首次系统评估RECQL4在HCC中的表达及其与预后、生物过程、免疫细胞浸润和药物敏感性的关系，并通过实验验证了其功能	研究主要基于TCGA数据库和体外实验，缺乏大规模临床样本验证	评估RECQL4在HCC中的预后价值和治疗潜力	肝细胞癌（HCC）	癌症研究	肝癌	qPCR, Western blotting, CCK-8 assay, EdU assay, clonogenic assay, wound-healing assay, transwell assay, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据	TCGA数据库中的HCC样本及HCC细胞系Hep3B和Huh7