单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3461	2025-02-17	Comprehensive analysis of cytokine and chemokine gene expression in IgG4-related disease by spatial transcriptomics 2025-Feb-14, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.12.010 PMID:39952877	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3462	2025-02-17	PD-L1 Promotes Immunological Tolerance and Enhances Visual Protection of hESC-RPE Grafts in Retinal Degeneration 2025-Feb-14, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70007 PMID:39953740	研究论文	本研究探讨了PD-L1过表达在人类胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮（hESC-RPE）移植中对免疫排斥的抑制作用及其对视网膜退行性疾病的视觉保护效果	提出了一种无需删除MHC基因的PD-L1过表达策略，保留了hESC-RPE对NK细胞的免疫抑制功能，并显著提高了移植物的存活率和视觉保护效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	提高hESC-RPE移植治疗年龄相关性黄斑变性（AMD）的效率	人类胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮（hESC-RPE）	生物医学工程	年龄相关性黄斑变性（AMD）	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	视网膜退行性模型中的hESC-RPE移植物
3463	2025-02-17	Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024202 PMID:39953797	研究论文	本文研究了背根神经节（DRG）神经元在疼痛和瘙痒刺激下的反应和分子特征，揭示了多感觉神经元和单感觉神经元在疼痛和瘙痒反应强度上的差异，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了不同亚群在慢性疼痛和瘙痒发展中的转录组变化	使用双光子钙成像和单细胞RNA测序技术，揭示了DRG神经元在疼痛和瘙痒刺激下的不同反应和转录组变化，为治疗这些症状提供了新的见解	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的情况	研究DRG神经元在疼痛和瘙痒刺激下的反应和分子特征	背根神经节（DRG）神经元	神经科学	疼痛和瘙痒	双光子钙成像，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	钙成像数据，RNA测序数据	NA
3464	2025-02-17	Analysis of microarray and single-cell RNA-seq identifies gene co-expression, cell-cell communication, and tumor environment associated with metabolite interconversion enzyme in prostate cancer 2025-Feb-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01926-4 PMID:39946051	研究论文	本研究通过基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序、癌基因和肿瘤抑制基因，利用生物信息学技术分析了前列腺癌中与代谢物互变酶相关的差异表达基因的相互作用网络	这种分析在之前的研究中尚未有记录	NA	提供关于前列腺癌中差异表达基因的分子特性和通路的新视角，并揭示在前列腺癌发生和进展中起关键作用的潜在生物标志物	前列腺癌	生物信息学	前列腺癌	基因表达微阵列、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3465	2025-02-17	Mitochondrial carrier homolog 2 is important for mitochondrial functionality and non-small cell lung cancer cell growth 2025-Feb-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07419-0 PMID:39948081	研究论文	本研究探讨了线粒体载体同源物2（MTCH2）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达及其功能作用	首次揭示了MTCH2在NSCLC中的过表达及其通过维持线粒体超功能促进癌细胞生长的机制，提出MTCH2作为治疗NSCLC的新靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索NSCLC的新分子靶点及其在癌细胞生长中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞和组织	癌症研究	肺癌	CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA沉默、单细胞测序	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种原代/已建立的人类NSCLC细胞系、裸鼠皮下异种移植模型
3466	2025-02-17	Single-cell transcriptomic atlas of the chicken cecum reveals cellular responses and state shifts during Eimeria tenella infection 2025-Feb-13, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11302-9 PMID:39948469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了鸡盲肠上皮的单细胞图谱，揭示了Eimeria tenella感染期间的细胞反应和状态变化	首次提供了鸡盲肠上皮的全面单细胞图谱，揭示了Eimeria tenella感染对细胞类型组成和状态的显著影响	研究主要关注鸡盲肠上皮，未涉及其他组织或物种	研究Eimeria tenella感染对鸡盲肠上皮细胞的影响	鸡盲肠上皮细胞	单细胞转录组学	球虫病	10X Genomics单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	7,394个细胞
3467	2025-02-17	Unveiling the crucial role of glycosylation modification in lung adenocarcinoma metastasis through artificial neural network-based spatial multi-omics single-cell analysis and Mendelian randomization 2025-Feb-13, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13650-x PMID:39948531	研究论文	本研究通过整合多种组学方法，揭示了糖基化修饰在肺腺癌转移中的关键作用，并利用人工神经网络和孟德尔随机化方法确定了潜在的生物靶点	首次结合单细胞和空间转录组学分析，利用人工神经网络构建预测模型，并通过孟德尔随机化验证基因与肺腺癌的因果关系	研究主要基于肺腺癌组织样本，未涉及其他类型癌症，且样本量可能限制结果的普适性	探讨糖基化修饰在肺腺癌转移中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	肺腺癌组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、人工神经网络、孟德尔随机化	人工神经网络	转录组数据、空间数据	肺腺癌组织样本
3468	2025-02-17	Integrative machine learning model of RNA modifications predict prognosis and treatment response in patients with breast cancer 2025-Feb-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03651-y PMID:39948551	研究论文	本研究通过整合多种RNA修饰，开发了一个基于机器学习的RNA修饰特征模型（CMRS），用于预测乳腺癌患者的预后和治疗反应	首次整合九种RNA修饰，开发了CMRS模型，并揭示了RNA修饰在乳腺癌预后和治疗中的重要作用	研究为回顾性分析，需要前瞻性研究进一步验证CMRS模型的临床适用性	探索RNA修饰在乳腺癌预后和治疗中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序，免疫浸润分析，免疫组化	CMRS模型	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	15个独立的乳腺癌队列
3469	2025-02-17	Clonal GZMK+CD8+ T cells are identified as a hallmark of the pathogenesis of cGVHD-induced bronchiolitis obliterans syndrome after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2025-Feb, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105535 PMID:39740295	研究论文	本研究通过质谱流式细胞术、RNA测序和定量细胞因子阵列，发现并验证了克隆性GZMK+CD8+ T细胞在慢性移植物抗宿主病（cGVHD）引起的闭塞性细支气管炎综合征（BOS）中的关键作用	首次揭示了GZMK+CD8+ T细胞在cGVHD-BOS中的致病机制，并发现Bosutinib能抑制GZMK表达，减轻肺部纤维化	样本量较小，仅包括22名cGVHD患者和11名非cGVHD患者	探索cGVHD-BOS的致病机制并寻找潜在治疗靶点	cGVHD-BOS患者和小鼠模型	免疫学	慢性移植物抗宿主病	质谱流式细胞术（CyTOF）、RNA测序、定量细胞因子阵列、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞V(D)J测序	NA	血液样本、RNA数据、细胞因子数据	22名cGVHD患者和11名非cGVHD患者
3470	2025-02-17	Cardiac conduction system regeneration prevents arrhythmias after myocardial infarction 2025-Feb, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00586-x PMID:39753976	研究论文	本文探讨了心肌梗死（MI）后心律失常的机制，并展示了新生儿小鼠心脏再生过程中传导系统的恢复与非再生阶段的病理重塑	通过组织透明化全器官成像和单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了传导系统再生与纤维化修复期间的异常电学变化之间的分子差异	研究主要基于小鼠模型，人类心脏的研究结果仍需进一步验证	研究心肌梗死后心律失常的机制及传导系统再生的可能性	新生儿小鼠心脏及心肌梗死患者的心脏	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），组织透明化全器官成像	NA	图像，RNA测序数据	新生儿小鼠心脏及心肌梗死患者的心脏样本
3471	2025-02-17	A CRISPR view on genetic screens in Toxoplasma gondii 2025-Feb, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2024.102577 PMID:39778479	综述	本文综述了CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因研究中的应用及其最新进展	探讨了CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的应用，包括条件系统与成像、单细胞RNA测序和表型选择的结合	当前技术的局限性及未来发展方向	研究CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的应用及其对弓形虫与宿主相互作用的影响	弓形虫（Toxoplasma gondii）及其基因	基因组编辑	寄生虫病	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 成像技术	NA	基因数据, 表型数据	NA
3472	2025-02-17	Long Non-Coding RNAs in Ovarian Cancer: Mechanistic Insights and Clinical Applications 2025-Jan-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030472 PMID:39941838	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）在卵巢癌中的多面角色及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	强调了lncRNA在卵巢癌中的双重作用，既可作为致癌基因也可作为肿瘤抑制基因，并探讨了其在诊断和治疗中的潜力	综述性文章，缺乏原始实验数据支持	探讨lncRNA在卵巢癌发病机制中的作用及其在诊断和治疗中的应用潜力	卵巢癌中的长链非编码RNA（lncRNA）	癌症生物学	卵巢癌	单细胞测序、生物信息学、组学方法	NA	文献数据、组学数据	NA
3473	2025-02-17	Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030445 PMID:39941811	研究论文	本文利用基因微阵列数据训练了一个能够跨平台预测的模型，验证了性别与胶质母细胞瘤治疗反应之间的关联	使用稳健的集成机器学习方法，训练了一个能够在RNA-seq和潜在的单细胞RNA-seq等多平台上进行预测的模型	预测特征集仅对女性患者有效，对男性患者的应用产生了意外结果	验证性别与胶质母细胞瘤治疗反应之间的关联	胶质母细胞瘤患者	机器学习	胶质母细胞瘤	基因微阵列数据、RNA-seq、scRNA-seq	集成机器学习	基因表达数据	NA
3474	2025-02-17	Stem cell expression of CXCR4 regulates tissue composition in the vomeronasal organ 2025-Jan-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263451 PMID:39639824	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、免疫荧光染色和谱系追踪技术，揭示了CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并探讨了其在犁鼻器组织组成中的作用	首次发现CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并揭示了其在神经元成熟和非神经元细胞类型中的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探讨CXCR4在犁鼻器组织组成和细胞分化中的作用	小鼠的犁鼻器组织	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、谱系追踪	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠模型
3475	2025-02-17	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01997-z PMID:39747597	研究论文	本文介绍了一种名为广义二元协方差分解（GBCD）的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤的转录异质性	GBCD方法能够将转录异质性分解为可解释的组成部分，包括患者特异性、数据集特异性和与疾病亚型相关的共享成分，且在存在强烈肿瘤间异质性的情况下，能产生比现有方法更可解释的结果	NA	解析肿瘤的转录异质性，识别与癌症进展相关的转录变异模式，并产生治疗相关的见解	胰腺导管腺癌的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序	广义二元协方差分解（GBCD）	RNA测序数据	NA
3476	2025-02-17	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	研究论文	本研究揭示了SOCS3通过调节小胶质细胞和巨噬细胞中SPP1的表达在病理性视网膜血管生成中的关键作用	首次揭示了SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的调控机制，并发现SOCS3缺失会导致小胶质细胞和巨噬细胞中SPP1表达显著增加	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨SOCS3在病理性视网膜血管生成中的分子机制	小鼠模型中的小胶质细胞和巨噬细胞	生物医学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3477	2025-02-17	A Foundation Model for Cell Segmentation 2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567630 PMID:38045277	研究论文	本文介绍了一种名为CellSAM的基础模型，用于细胞分割，该模型能够泛化到多种细胞成像数据	CellSAM基于Segment Anything Model (SAM)，通过开发一种提示工程方法进行掩码生成，实现了跨多种细胞成像数据的泛化能力	尽管CellSAM在多种细胞类型和成像模态上表现出色，但其在特定领域的性能可能仍需进一步优化	研究目标是开发一种能够泛化到多种细胞成像数据的细胞分割基础模型	研究对象包括哺乳动物细胞（组织和细胞培养）、酵母和细菌的成像数据	计算机视觉	NA	深度学习	SAM, CellFinder	图像	多种细胞类型和成像模态的数据
3478	2025-02-17	Recruitment and Maintenance of CX3CR1+CD4+ T Cells during Helminth Infection 2024-Feb-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300451 PMID:38180236	研究论文	本研究通过命运映射小鼠模型，在急性和慢性蠕虫感染模型中表征了CX3CR1+CD4+ T细胞的行为和异质性，并发现BCL6在维持这些细胞中的作用	揭示了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的行为和异质性，并首次发现BCL6在维持这些细胞中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的行为和维持机制	CX3CR1+CD4+ T细胞	免疫学	蠕虫感染	命运映射小鼠模型，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型中的CX3CR1+CD4+ T细胞
3479	2025-02-17	Deciphering hub genes and immune landscapes related to neutrophil extracellular traps in rheumatoid arthritis: insights from integrated bioinformatics analyses and experiments 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1521634 PMID:39845946	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验，揭示了类风湿性关节炎（RA）中与中性粒细胞外陷阱（NETs）相关的关键基因和免疫景观	首次阐明了RA滑膜微环境中中性粒细胞的异质性及其与成纤维细胞的通讯机制，并识别了与NETs相关的潜在生物标志物	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索RA中NETs形成的分子机制及关键基因	类风湿性关节炎（RA）患者和佐剂诱导的关节炎大鼠模型	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、机器学习、免疫组织化学（IHC）、实时定量聚合酶链反应（RT-qPCR）	机器学习模型	RNA测序数据、微阵列数据	多个数据集，包括来自GEO数据库的单细胞RNA测序数据和三个微阵列数据集，以及临床队列和动物模型
3480	2025-02-16	TIGIT expression in extrahepatic cholangiocarcinoma and its impact on CD8 + T cell exhaustion: implications for immunotherapy 2025-Feb-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07388-4 PMID:39939322	研究论文	本研究探讨了TIGIT在肝外胆管癌（ECCA）中的表达及其对CD8+ T细胞耗竭的影响，为免疫治疗提供了新的视角	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了TIGIT在ECCA中的过度表达及其与CD8+ T细胞耗竭的关系，并验证了抗TIGIT治疗在患者来源的异种移植（PDX）模型中的潜在疗效	研究主要基于体外实验和PDX模型，缺乏大规模临床试验数据支持	探讨TIGIT在ECCA中的作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响，为ECCA的免疫治疗提供新策略	肝外胆管癌（ECCA）患者样本及患者来源的异种移植（PDX）模型	肿瘤免疫学	肝外胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、组织微阵列、免疫组化染色、流式细胞术	患者来源的异种移植（PDX）模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	ECCA患者样本及PDX模型