单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3441	2025-04-04	Macrophages protect against sensory axon degeneration in diabetic neuropathy 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.577801 PMID:38352324	研究论文	本文研究了巨噬细胞在糖尿病神经病变中对感觉轴突退化的保护作用	揭示了巨噬细胞在糖尿病神经病变中的新型神经保护作用，延迟了轴突退化的发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨炎症在糖尿病周围神经病变(DPN)发病机制中的作用	糖尿病小鼠模型中的巨噬细胞和感觉轴突	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠高脂高果糖饮食(HFHFD)模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用糖尿病小鼠模型
3442	2025-04-04	Toll-Like Receptor 4 Agonist Injection With Concurrent Radiotherapy in Patients With Metastatic Soft Tissue Sarcoma: A Phase 1 Nonrandomized Controlled Trial 2023-12-01, JAMA oncology IF:22.5Q1 DOI:10.1001/jamaoncol.2023.4015 PMID:37824131	研究论文	评估TLR4激动剂GLA-SE与放疗联合治疗转移性软组织肉瘤的安全性和免疫调节效果	首次在转移性软组织肉瘤患者中研究TLR4激动剂GLA-SE与放疗联合使用的安全性和免疫调节作用	样本量较小（12例患者），且为非随机对照试验	评估IT GLA-SE与放疗联合治疗的安全性和有效性	转移性软组织肉瘤患者	肿瘤免疫治疗	软组织肉瘤	免疫组织化学、T细胞受体（TCR）测序、单细胞测序	NA	临床数据、测序数据	12例患者（中位年龄65岁，8例女性）
3443	2025-04-04	Single-Cell Transcriptomics of Mtb/HIV Co-Infection 2023-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12182295 PMID:37759517	综述	本文总结了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在定义结核病（TB）和人类免疫缺陷病毒（HIV）感染的免疫图谱方面取得的进展	使用scRNA-seq技术揭示TB和HIV共感染中的宿主-病原体相互作用、HIV发病机制的异质性以及用于模拟疾病的动物模型	未提及具体的实验样本量或数据集的详细描述	探索TB和HIV共感染的免疫图谱，寻找潜在的生物标志物和转录特征	结核病（TB）和人类免疫缺陷病毒（HIV）共感染	数字病理学	结核病/HIV共感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
3444	2025-04-03	Single‑cell RNA‑Seq reveals PBMC profile alterations in a patient following a radiation accident 2025-May, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2025.12846 PMID:40165803	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了一名辐射事故患者外周血单核细胞的动态变化	首次应用单细胞RNA测序技术分析辐射暴露后PBMCs的动态变化，揭示了细胞比例变化和信号通路失调	样本量较小，仅包含一名辐射患者和10名健康对照	探究辐射暴露对人体血液免疫反应的影响	辐射事故患者和健康对照者的外周血单核细胞(PBMCs)	生物医学	辐射损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	1名辐射患者(两个时间点)和10名健康对照者，共计24,440个细胞
3445	2025-04-03	Glycolysis-Derived Lactate Induces ACSL4 Expression and Lactylation to Activate Ferroptosis during Intervertebral Disc Degeneration 2025-Apr-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416149 PMID:40171826	研究论文	本研究揭示了糖酵解衍生的乳酸通过促进ACSL4表达和乳酰化激活铁死亡在椎间盘退变中的作用机制	首次阐明乳酸通过组蛋白H3K18乳酰化促进ACSL4转录，并通过K412位点乳酰化激活铁死亡的新机制	研究主要基于细胞和动物实验，临床转化应用仍需进一步验证	探究椎间盘退变过程中髓核细胞的代谢变化及乳酸的作用机制	髓核细胞(NPCs)	细胞生物学	椎间盘退变(IVDD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，腺相关病毒9(AAV9)基因沉默	NA	基因表达数据	NA
3446	2025-04-03	Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection 2025-Apr-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501112 PMID:40171827	研究论文	本文探讨了钙蛋白酶-2在内皮细胞粘附破坏中的作用及其与胸主动脉夹层（TAD）的关系	首次揭示了钙蛋白酶-2通过调节内皮粘附蛋白在TAD早期病理过程中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步研究	阐明胸主动脉夹层早期发病机制并寻找潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者样本和小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	患者单细胞RNA测序数据及小鼠模型
3447	2025-04-03	Comprehensive Multi-omics and Mendelian Randomization Reveal the Key Role of Monocytes in Aging and Osteoarthritis 2025-Apr-02, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01416-6 PMID:40172742	研究论文	本研究通过多组学和孟德尔随机化方法，探讨了骨关节炎（OA）与衰老之间的潜在联系和分子机制	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序数据、孟德尔随机化、共定位分析和细胞功能分析，揭示了单核细胞在OA和衰老中的关键作用，并鉴定了与OA有因果关系的四个关键标记基因	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	探索OA与衰老之间的潜在联系和分子机制	OA患者、衰老患者和对照组的单核细胞	生物信息学	骨关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 孟德尔随机化, 共定位分析	NA	RNA测序数据	OA、衰老和对照组的scRNA-seq数据
3448	2025-04-03	Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia 2025-Apr, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10831-2 PMID:39688759	研究论文	本研究首次描述了LGR5/LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达，并探讨了它们在先兆子痫和胎儿生长受限中的失调	首次在人类胎盘中表征LGR5/LGR4及其配体/靶点，并揭示其与先兆子痫和胎儿生长受限的关联	缺氧/促炎细胞因子处理未显著改变LGR5/LGR4表达，可能限制了对其在胎盘功能不全发病机制中作用的深入理解	探究LGR5/LGR4及其信号伴侣在胎盘中的表达及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的作用	人类胎盘组织、滋养层干细胞(hTSCs)及单细胞转录组数据	分子生物学	先兆子痫、胎儿生长受限(FGR)	原位杂交、单细胞转录组测序、RNA测序	NA	mRNA表达数据、单细胞转录组数据	胎盘样本：早期先兆子痫(n=81)、晚期先兆子痫(n=20)、FGR(n=34)及对照组(n=19-33)
3449	2025-04-03	Cxcr3 promotes protection from colorectal cancer liver metastasis by driving NK cell infiltration and plasticity 2025-Apr-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184036 PMID:40168086	research paper	研究探讨了CXCR3在促进自然杀伤细胞（NK细胞）在结直肠癌肝转移中的保护作用及其机制	揭示了CXCR3通过驱动NK细胞浸润和可塑性在结直肠癌肝转移中的保护机制，并发现CXCR3/配体轴在促进巨噬细胞依赖性NK细胞积累和功能维持中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未探讨CXCR3在其他癌症类型中的普遍性	探究NK细胞在结直肠癌肝转移中的抗肿瘤机制	NK细胞、巨噬细胞、结直肠癌肝转移微环境	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq、抗体介导的巨噬细胞耗竭	MC38小鼠模型、SL4诱导的CRC转移模型	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠模型和已发表的未治疗CRC患者scRNA-seq数据集
3450	2025-04-03	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-Mar-28, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	评估依那西普（一种TNF抑制剂）在老年COVID-19患者中的治疗效果及其机制	首次通过单细胞测序分析老年COVID-19患者的自身免疫样表现，并发现依那西普通过抑制血小板因子4和TNF-α缓解症状	样本量较小（7名接受依那西普治疗的患者和2名未感染个体），且为观察性研究	探索老年COVID-19患者的治疗选择，特别是针对自身免疫样表现的治疗	老年COVID-19患者	NA	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标、转录组数据	7名接受依那西普治疗的老年COVID-19患者和2名未感染个体
3451	2025-04-03	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点	整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性	研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认	识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会	与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明
3452	2025-03-22	Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus 2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148 PMID:40113031	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3453	2025-04-03	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	介绍了一种基于图神经网络的细胞分割工具segger，用于提高成像空间转录组学数据中转录本分配的准确性和效率	提出了一种基于异构图表示的图神经网络方法，将细胞分割任务转化为转录本到细胞的链接预测问题，并能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配	未明确提及具体局限性	提高成像空间转录组学数据中细胞分割的准确性和效率	成像空间转录组学数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组学	图神经网络	图像	多个Xenium数据集基准测试
3454	2025-04-03	scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder 2025-Mar-13, ArXiv PMID:39606715	研究论文	提出了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释分析，通过深度混合效应自编码器实现批次效应的可视化	scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，并能预测细胞在不同批次中的表达	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据中批次效应的量化与建模问题，提升数据解释性和分析准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	自闭症、白血病、心血管疾病	scRNA-seq	深度混合效应自编码器（包括对抗自编码器和贝叶斯自编码器）	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量
3455	2025-04-03	Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells 2025-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013 PMID:40160807	research paper	研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果	首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控椎间盘退变的机制，并验证了Mdivi-1的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验	阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并评估其抑制剂的效果	椎间盘髓核细胞(NPCs)和8周龄大鼠	NA	椎间盘退变	单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色	大鼠椎间盘退变模型	分子生物学数据、影像学数据	NA
3456	2025-04-03	A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84323-1 PMID:39870652	研究论文	开发了一种名为OmicSense的定量预测方法，利用全组学数据进行生物传感预测	使用混合高斯分布作为概率分布，提高了对多维和噪声数据的鲁棒性，并优先利用网络中的中心节点	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	开发一种能够充分利用组学数据进行生物标志物预测的定量方法	转录组、代谢组和微生物组数据集	机器学习	NA	全组学数据分析	混合高斯分布模型	转录组、代谢组和微生物组数据	未明确提及具体样本数量
3457	2025-04-03	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	通过单细胞测序技术研究桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节M1/M2巨噬细胞比例和T细胞反应减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确定其临床应用价值	探究桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, UPLC-MS	小鼠模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织学图像	82,496个肾脏细胞
3458	2025-04-03	A novel lactylation-related gene signature to predict prognosis and treatment response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549724 PMID:40161374	研究论文	研究通过构建乳酸化相关基因特征模型，预测肺腺癌患者的预后和治疗反应	首次在肺腺癌中研究乳酸化相关基因特征，并构建风险预后模型，探索其与免疫浸润和化疗药物敏感性的关系	研究主要基于TCGA和GEO数据库的RNA测序数据，需要进一步实验验证	探索乳酸化相关基因特征在肺腺癌中的作用及其临床意义	肺腺癌患者和细胞系	生物信息学	肺腺癌	RNA测序，单细胞测序，CCK8实验，transwell实验	LASSO回归分析，列线图	RNA测序数据，单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本
3459	2025-04-03	Early Detection of Malignant Cells in Gastric Lavage via Hexokinase 2 and Single-Cell Sequencing for Gastric Cancer Diagnosis 2025, Risk management and healthcare policy IF:2.7Q2 DOI:10.2147/RMHP.S510123 PMID:40161902	research paper	本研究提出了一种通过检测胃灌洗液中脱落的肿瘤细胞来早期诊断胃癌的创新方法	利用HK2代谢标记物和单细胞测序技术识别胃灌洗液中的高糖酵解活性肿瘤细胞，为胃癌早期诊断提供了新方法	样本量较小（60人），对严重不典型增生的敏感性仅为57%	开发一种非侵入性的胃癌早期诊断方法	胃灌洗液中的脱落肿瘤细胞	digital pathology	gastric cancer	single-cell sequencing (SCS), genome-wide copy number variation analysis	NA	single-cell sequencing data	60人（10例胃癌患者，26例癌前病变患者，15例良性胃病患者，9例健康对照）
3460	2025-04-03	Analysis and Validation of Mitophagy-Related Genes in Diabetic Foot Ulcers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504001 PMID:40162084	研究论文	本研究旨在鉴定与糖尿病足溃疡(DFU)发病和进展相关的线粒体自噬枢纽基因，并分析其免疫细胞浸润特征和单细胞表达谱	首次发现ANO6和ALDH2两个枢纽基因在DFU组织中显著下调，并证实其诊断潜力及与免疫细胞浸润的关联	需要更大样本量的队列研究以及更深入的炎症机制探索才能将发现转化为治疗策略	探索线粒体自噬相关基因在糖尿病足溃疡发病机制中的作用	糖尿病足溃疡患者的皮肤组织	生物信息学	糖尿病足溃疡	limma差异分析、GSEA富集分析、机器学习算法、CIBERSORT免疫浸润分析、scRNA-seq、RT-PCR、Western blot	机器学习算法	基因表达数据	GSE80178和GSE68183数据集中的DFU样本