单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3441	2025-03-02	Coupling of response biomarkers between tumor and peripheral blood in patients undergoing chemoimmunotherapy 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101882 PMID:39731918	研究论文	本文研究了在接受化疗免疫治疗的患者中，肿瘤与外周血之间反应生物标志物的耦合关系	结合了外周血单核细胞的时间进程RNA测序和预处理肿瘤转录组数据，揭示了CD8 T效应记忆细胞在响应者外周血中的丰富性及其在治疗中的扩展	研究样本量较小（N=54），且为单臂试验，缺乏对照组	探索化疗免疫治疗中肿瘤与免疫细胞之间的复杂相互作用	接受化疗免疫治疗的间皮瘤患者	生物信息学	间皮瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA测序数据	54名患者
3442	2025-03-02	Single-cell and spatial analysis reveals the interaction between ITLN1+ foam cells and SPP1+ macrophages in atherosclerosis 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1510082 PMID:40017519	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞在动脉粥样硬化中的相互作用	首次揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的关键作用	需要进一步验证这些机制以开发有效的免疫治疗策略	研究动脉粥样硬化中不同细胞群体的调控功能及其相互作用	血管平滑肌细胞（VSMC）衍生的ITLN1+泡沫细胞和SPP1+ FABP5+巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学分析	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
3443	2025-03-02	A novel classification method for LUAD that guides personalized immunotherapy on the basis of the cross-talk of coagulation- and macrophage-related genes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518102 PMID:40018029	研究论文	本研究提出了一种基于凝血和巨噬细胞相关基因交叉作用的新型分类方法，用于指导肺腺癌（LUAD）患者的个性化免疫治疗	通过结合凝血和巨噬细胞相关基因（COMAR基因）进行LUAD患者的分类，并构建了一个预后风险评分模型，该模型在预测接受抗PD-1/PD-L1免疫治疗的LUAD患者预后和临床结果方面表现出高效和稳健性	研究结果需要进一步的外部验证和更大规模的临床样本验证	探索基于凝血和巨噬细胞相关基因的新型分类方法，以更好地指导LUAD患者的精准治疗	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析	预后风险评分模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据队列和临床样本进行验证
3444	2025-03-02	Modulation of double-negative T cells by Huang-Lian-Jie-Du Decoction attenuates neuroinflammation in ischemic stroke: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1537277 PMID:40018035	研究论文	本研究探讨了双阴性T细胞（DNTs）在缺血性卒中急性期的作用，并评估了黄连解毒汤（HLJD）对这些细胞的影响	通过单细胞转录组学技术，首次识别出DNTs的两种亚型：激活的细胞毒性表型（Kill+）和静止的免疫抑制表型（Kill-），并发现HLJD能够调节这两种亚型的平衡	需要进一步研究以阐明DNT介导的免疫反应机制，并探索HLJD在其他神经炎症疾病中的更广泛应用	探讨DNTs在缺血性卒中中的作用及HLJD的调节效果	双阴性T细胞（DNTs）和黄连解毒汤（HLJD）	神经科学	缺血性卒中	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3445	2025-03-02	Elevated levels of IRF1 and CASP1 as pyroptosis-related biomarkers for intestinal epithelial cells in Crohn's disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551547 PMID:40018047	研究论文	本研究通过差异表达分析、机器学习算法和单细胞测序分析，识别了与克罗恩病（CD）肠上皮细胞焦亡相关的关键基因，并验证了这些基因在临床样本和TNBS诱导的结肠炎大鼠模型中的表达	首次将IRF1和CASP1识别为克罗恩病肠上皮细胞焦亡的关键生物标志物，并揭示了其在CD不同亚型中的诊断价值	研究主要基于基因表达数据，缺乏对焦亡机制的直接功能验证	探索焦亡在克罗恩病肠上皮细胞中的作用及其相关生物标志物	克罗恩病患者和TNBS诱导的结肠炎大鼠模型	生物信息学	克罗恩病	差异表达分析、机器学习算法、单细胞测序分析	NA	基因表达数据	临床样本和TNBS诱导的结肠炎大鼠模型
3446	2025-03-02	Single-cell Analysis Highlights Anti-apoptotic Subpopulation Promoting Malignant Progression and Predicting Prognosis in Bladder Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251323569 PMID:40018511	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了膀胱癌中抗凋亡亚群在恶性进展和预后预测中的关键作用	识别了一个独特的抗凋亡肿瘤亚群，该亚群通过特定的信号通路与免疫和基质细胞相互作用，促进肿瘤进展，并开发了一个5基因风险模型来预测患者预后	NA	阐明膀胱癌肿瘤异质性对患者预后的影响，并探索抗凋亡亚群在肿瘤进展中的作用	膀胱癌肿瘤和类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
3447	2025-03-02	Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection 2024-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00730-z PMID:39543407	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了COVID-19感染后大脑的广泛改变	结合多种实验和分析方法，首次展示了COVID-19对大脑的广泛影响，包括皮质和皮质下区域，并揭示了与年龄相关神经退行性疾病相似的变化	样本量相对较小（n=42），且仅限于死后大脑样本，可能限制了结果的普遍性	了解COVID-19感染后神经系统症状的病理生理学，以优化治疗和结果	COVID-19患者和具有匹配肺部病理的对照组的死后大脑样本	数字病理	COVID-19	空间转录组学、批量基因表达和蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	42个样本（COVID-19患者和对照组）
3448	2025-03-02	Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish 2024-Aug-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50780-5 PMID:39138165	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、谱系追踪和突变分析，揭示了斑马鱼颅骨扩张期间骨缝处骨形成的关键发育转变	识别了中缝区域的一个非成骨性间充质细胞亚群，这些细胞通过局部BMP拮抗作用限制骨形成，确保骨缝形态正常	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需验证	探讨颅骨扩张期间骨缝处骨形成的调控机制	斑马鱼颅骨缝	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、突变分析	NA	基因表达数据	NA
3449	2025-03-02	Secreted clusterin inhibits tumorigenesis by modulating tumor cells and macrophages in human meningioma 2024-07-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae034 PMID:38416702	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了分泌型clusterin（CLU）在抑制脑膜瘤发生和恶性转化中的作用及其机制	首次发现CLU通过诱导线粒体损伤和触发1型干扰素通路抑制脑膜瘤的发生和恶性转化，并揭示了其在调节肿瘤细胞和微环境中的双重作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，临床样本数量有限，需进一步扩大临床验证	探索脑膜瘤恶性转化的潜在治疗靶点和肿瘤抑制因子	脑膜瘤样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组分析	动物模型和细胞实验	转录组数据	18个样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）
3450	2025-03-02	Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma 2024-03-04, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad207 PMID:37934854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞类型，揭示了其异质性及其对肿瘤特性的影响	首次在单细胞水平上构建了PHGG的转录组数据集，并识别了主要的肿瘤细胞类型及其基因表达特征	样本量较小（19个PHGG样本），可能限制了结果的普遍性	探究儿童高级别胶质瘤的肿瘤和免疫细胞类型及其相互作用，以理解其异质性和治疗反应差异	儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多通道免疫荧光染色（IF）	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	19个PHGG样本
3451	2025-03-02	Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000537 PMID:37505219	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了Basp1在NASH中的关键作用，并发现其在髓系细胞中的特异性失活可以减轻NASH的病理严重程度	首次发现Basp1在NASH中的关键调控作用，并通过髓系特异性失活Basp1减轻NASH病理	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨髓系细胞在NASH中的转录组重编程及其对疾病进展的贡献	小鼠和人类的NASH肝脏中的髓系细胞	生物医学	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类NASH肝脏样本
3452	2025-03-02	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.16.575895 PMID:38293110	研究论文	本文研究了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的代谢重塑作用及其对肿瘤生长和进展的促进作用	揭示了铜通过调控线粒体呼吸链复合物、谷胱甘肽代谢和NRF2靶基因的表达，协调生物能量产生与氧化还原保护，促进ccRCC的进展	未明确铜积累与ccRCC进展的具体分子机制，且未涉及铜靶向治疗的临床验证	探讨铜在ccRCC代谢重塑和肿瘤进展中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	肿瘤代谢	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
3453	2025-03-02	Single-cell analysis of lizard blastema fibroblasts reveals phagocyte-dependent activation of Hedgehog-responsive chondrogenesis 2023-08-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40206-z PMID:37563130	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞群体，揭示了吞噬细胞依赖的Hedgehog信号通路调控的软骨形成机制	首次在蜥蜴尾巴再生过程中识别出与软骨形成相关的成纤维细胞和吞噬细胞群体，并揭示了吞噬细胞诱导的成纤维细胞基因激活层级	研究仅限于蜥蜴尾巴再生模型，未涉及其他物种或组织类型的再生机制	探索蜥蜴尾巴再生过程中成纤维细胞和吞噬细胞在软骨形成中的作用机制	蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	蜥蜴尾巴再生过程中的细胞群体
3454	2025-03-02	Chemotherapy Coupled to Macrophage Inhibition Induces T-cell and B-cell Infiltration and Durable Regression in Triple-Negative Breast Cancer 2022-06-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3714 PMID:35442423	研究论文	本文通过临床前同基因p53缺失小鼠模型，开发了一种结合低剂量环磷酰胺和TAMs药理学抑制的治疗方案，用于治疗三阴性乳腺癌	创新点在于结合低剂量环磷酰胺和TAMs抑制剂的治疗方案，有效治疗多种高度侵袭性的TNBC小鼠乳腺肿瘤和肺转移模型，并通过单细胞RNA测序和高维成像技术揭示了治疗后的免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发并验证一种结合低剂量环磷酰胺和TAMs抑制剂的治疗方案，用于治疗三阴性乳腺癌	三阴性乳腺癌（TNBC）小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，高维成像技术	NA	RNA测序数据，成像数据	多种高度侵袭性的TNBC小鼠乳腺肿瘤和肺转移模型
3455	2025-03-02	Oncostatin M expression induced by bacterial triggers drives airway inflammatory and mucus secretion in severe asthma 2022-01-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abf8188 PMID:35020406	研究论文	本文探讨了细菌触发的Oncostatin M（OSM）表达在严重哮喘中驱动气道炎症和黏液分泌的分子机制	揭示了细菌脂多糖（LPS）诱导OSM表达，并证明OSM在严重哮喘中的关键作用，为抑制OSM以预防细菌相关的哮喘进展提供了理论依据	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证OSM抑制的效果	研究细菌感染如何通过OSM驱动严重哮喘的病理生理特征	严重哮喘患者的气道活检样本、人类肺组织、上皮细胞和间充质细胞	NA	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	人类肺活检样本、小鼠巨噬细胞
3456	2025-03-02	In Vivo Developmental Trajectories of Human Podocyte Inform In Vitro Differentiation of Pluripotent Stem Cell-Derived Podocytes 2019-07-01, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.06.001 PMID:31265809	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胎儿肾脏中足细胞的发育轨迹，并探讨了多能干细胞衍生的足细胞在体外分化中的应用	揭示了人类足细胞发育的内在调控机制，并展示了器官样衍生的足细胞在疾病建模和肾脏功能恢复中的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	理解足细胞的发育和功能，以创建相关的体外足细胞模型	人类胎儿肾脏中的足细胞	生物医学	慢性肾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	人类胎儿肾脏样本
3457	2025-03-01	Single-cell immunopathology of recurrent acute generalized exanthematous pustulosis associated with vancomycin 2025-May, The journal of allergy and clinical immunology. Global DOI:10.1016/j.jacig.2025.100426 PMID:40008097	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了一位由万古霉素引发的复发性急性泛发性发疹性脓疱病（AGEP）患者的免疫病理机制和遗传风险因素	首次在AGEP患者中应用单细胞测序技术，揭示了TH17样效应细胞在AGEP皮肤炎症中的关键作用，并探讨了HLA-A∗32:01等遗传风险因素	研究仅基于单一病例，样本量有限，结果可能需要更大规模的研究验证	探讨AGEP的免疫病理机制和遗传风险因素	一位复发性AGEP患者	数字病理	皮肤疾病	单细胞测序	NA	基因和蛋白质表达数据	1位患者，3个时间点的皮肤活检样本
3458	2025-03-01	Single-cell sequencing revealed the necessity of macrophages in brain microenvironment remodeling by breast cancer metastasis 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102287 PMID:39837060	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了乳腺癌脑转移中巨噬细胞在脑微环境重塑中的必要性	首次在小鼠模型中进行乳腺癌脑转移的单细胞RNA测序，揭示了巨噬细胞亚群在中枢神经系统中的变化及其在免疫逃逸和营养供应中的作用	研究样本量较小，仅分析了三个脑手术标本和小鼠模型的数据	全面研究脑肿瘤微环境，识别促进脑转移的促肿瘤机制及关键分子	乳腺癌脑转移的脑手术标本和小鼠模型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个脑手术标本和小鼠模型
3459	2025-03-01	Comprehensive analysis and experiments identified ANXA1 as an unfavorable prognosticator in glioma 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102286 PMID:39842212	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证了ANXA1在胶质瘤中的不利预后作用	首次通过单细胞测序技术揭示了ANXA1在胶质母细胞瘤细胞中的高表达及其在免疫细胞中的富集情况	ANXA1在胶质瘤中的促癌机制及其与患者功能状态的相关性需要进一步研究	探讨ANXA1在胶质瘤中的预后价值及其对细胞增殖、迁移和侵袭的影响	胶质瘤患者和胶质瘤细胞	数字病理学	胶质瘤	实时定量PCR、Western blotting、单细胞测序	NA	基因表达数据、实验数据	两个队列的胶质瘤患者样本
3460	2025-03-01	CD47 is a tumor cell-derived exosomal signature and regulates tumor immune microenvironment and immunotherapy responses 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102291 PMID:39864342	研究论文	本文探讨了CD47作为肿瘤细胞来源的外泌体标志物，在调节肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应中的作用	研究发现CD47是肿瘤来源外泌体的标志物，能够区分免疫热和免疫冷肿瘤，并反映免疫治疗反应	研究主要基于转录组和单细胞RNA测序数据，未涉及实验验证	识别能够区分免疫热和免疫冷肿瘤并反映免疫治疗反应的肿瘤来源外泌体标志物	卵巢癌、乳腺癌及其他妇科癌症患者	肿瘤免疫学	卵巢癌、乳腺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	大量转录组和单细胞RNA测序数据集，包括卵巢癌、乳腺癌及其他妇科癌症患者