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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3421 | 2026-02-15 |
Single-cell mapping of human endometrium and decidua reveals epithelial and stromal contributions to fertility
2026-Jan-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195254
PMID:41574608
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序绘制了人类子宫内膜和蜕膜的单细胞图谱,揭示了上皮细胞和基质细胞对生育能力的贡献 | 首次在单细胞水平系统表征了月经周期和早期妊娠中子宫内膜的基因表达动态,并鉴定出包含556个基因的腺上皮容受性模块(GERM)特征 | 研究样本量相对有限,且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证 | 探究人类子宫内膜容受性和胚胎植入的分子机制 | 人类月经周期子宫内膜和早期妊娠蜕膜组织 | 单细胞组学 | 生育障碍 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 未明确具体样本数量,但包含多个女性子宫内膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3422 | 2026-02-15 |
Identification and verification of SPP1 in anoikis as a prognostic biomarker for intestinal metaplasia and gastric cancer
2026-Jan-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-36714-9
PMID:41559138
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研究论文 | 本研究探讨了失巢凋亡相关基因SPP1在肠化生和胃癌中的表达、免疫学作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次将SPP1与肠化生/胃癌关联,并整合多组学分析、单细胞RNA测序及体外实验验证其在肿瘤进展和免疫微环境中的作用 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏大规模临床队列验证,免疫治疗相关性需进一步研究 | 探索SPP1在肠化生至胃癌进展中的表达特征、免疫学功能及其作为预后生物标志物的价值 | 胃癌、肠化生组织样本及细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot | Cox比例风险回归, ROC曲线分析, WGCNA, ceRNA网络 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质印迹数据 | 32例人体组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3423 | 2026-02-15 |
Single-cell profiling of immunogenic cell death in melanoma reveals prognostic signatures and therapeutic targets
2026-Jan-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04406-5
PMID:41543608
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研究论文 | 本研究通过整合批量转录组数据和单细胞RNA测序数据,开发了一个基于免疫原性细胞死亡的预后模型,并探讨了其在黑色素瘤中的临床相关性 | 首次在黑色素瘤中整合批量与单细胞数据构建基于ICD的预后模型,并识别出MYO10作为关键基因与免疫逃逸相关 | 研究主要依赖于公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性队列验证,且单细胞数据样本来源有限 | 研究免疫原性细胞死亡在黑色素瘤中的作用,开发预后模型并探索治疗靶点 | 黑色素瘤患者样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 来自TCGA、GEO和GSE215120的多个队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3424 | 2026-01-18 |
Neighborhood nonnegative matrix factorization identifies patterns and spatially-variable genes in large-scale spatial transcriptomics data
2026-Jan-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03846-6
PMID:41546049
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3425 | 2026-01-18 |
Single-cell sequencing-based analysis of CD4 + T-cell and B-cell heterogeneity in patients with lupus nephritis
2026-Jan-15, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02277-3
PMID:41540405
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3426 | 2026-02-15 |
Analysis of cranial tenocyte heterogeneity reveals a role for Wnt signaling in tendon attachments
2026-Jan-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205047
PMID:41582829
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼胚胎头部结缔组织,揭示了肌腱细胞在胚胎发育过程中的空间和功能异质性,并确定了Wnt信号在肌腱附着模式形成中的作用 | 首次在胚胎发育中识别出肌腱细胞和韧带细胞的亚群,并发现Wnt信号通路在肌腱附着模式形成中的新功能 | 研究基于斑马鱼胚胎模型,结果在哺乳动物或人类中的适用性需进一步验证 | 探究肌腱和韧带发育的遗传机制,特别是肌腱细胞异质性和附着模式的形成 | 斑马鱼胚胎头部的结缔组织,包括肌腱细胞和韧带细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),组合原位分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,原位表达数据 | 斑马鱼胚胎头部结缔组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3427 | 2026-02-15 |
Recent Advances in Single-Cell Analysis of Atherosclerotic Plaque Biology
2026-Jan-15, JMA journal
IF:1.5Q2
DOI:10.31662/jmaj.2025-0397
PMID:41676784
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在动脉粥样硬化斑块生物学研究中的最新进展,揭示了斑块内免疫细胞的异质性和空间组织 | 利用单细胞和空间转录组学技术,首次在动脉粥样硬化斑块中识别出多种先前未知的免疫细胞亚群(如TREM2泡沫样巨噬细胞亚群和CD163巨噬细胞亚群,包括血红蛋白刺激的巨噬细胞[M(Hb)]表型),并揭示了斑块内免疫细胞的空间特异性炎症生态位和纤维帽动态 | 本文为综述文章,未直接进行实验研究,因此未涉及具体的技术平台或样本量细节,且依赖于现有研究的局限性 | 总结单细胞和空间转录组学技术在动脉粥样硬化斑块生物学研究中的应用,以推动对动脉粥样硬化发病机制的理解和精准免疫治疗策略的开发 | 动脉粥样硬化斑块,特别是斑块内的免疫细胞(如巨噬细胞和T细胞) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 转录组数据, 空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3428 | 2026-02-15 |
Unveiling personalised targets of PD-1 blockade hyperprogression in a cervical adenocarcinoma via longitudinal single-cell and spatial monitoring
2026-Jan-13, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01270-4
PMID:41530529
|
研究论文 | 本研究通过纵向单细胞和空间转录组学分析,揭示了一例宫颈腺癌患者在PD-1阻断治疗后出现超进展疾病的个性化分子机制 | 首次在单个宫颈腺癌病例中,通过纵向整合单细胞RNA测序、T细胞受体分析和空间转录组学,实时揭示了PD-1阻断后超进展疾病的适应性机制,并提出了LAG3和IGF1R作为潜在治疗靶点 | 研究仅基于单个病例,结果需要更大样本量的队列研究进行验证 | 探究宫颈腺癌患者对PD-1免疫检查点抑制剂产生超进展反应背后的分子和细胞机制 | 一例接受抗PD-1免疫治疗后出现超进展疾病的宫颈腺癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体分析, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 1例宫颈腺癌患者(纵向监测) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3429 | 2026-02-15 |
Using Spatial Transcriptomics to Identify a Diagnostic Molecular Signature Associated with Reversible Dental Pulpitis
2026-Jan-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7955718/v1
PMID:41646399
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析牙髓炎样本,旨在识别与可逆性牙髓炎相关的诊断性分子特征,以改进牙髓状态的分类和诊断 | 首次应用空间转录组学(Visium-CytAssist-V2)于牙髓组织,揭示了可逆与不可逆牙髓炎之间共享的分子特征,并强调了免疫-成纤维细胞相互作用在疾病进展中的关键作用 | 样本量较小(仅4个牙髓组织),可能限制结果的普遍性和统计效力 | 研究牙髓炎的转录组谱,识别炎症亚型,并改进传统的可逆/不可逆分类框架 | 人类牙髓组织,包括健康牙髓、可逆性牙髓炎和不可逆性牙髓炎样本 | 数字病理学 | 牙髓炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 4个牙髓组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium-CytAssist-V2 |
| 3430 | 2026-02-15 |
The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion
2026-Jan-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68257-4
PMID:41519914
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析了肾上腺皮质类固醇生成谱系的转录组,并揭示了转录因子HHEX在维持糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导的脂质耗竭中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定HHEX为糖皮质激素生成细胞中最富集的转录因子,并阐明其作为雄激素受体靶基因,在肾上腺性别二态性和脂质稳态中的多功能调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类肾上腺中的HHEX功能尚未验证;雄激素诱导脂噬的具体分子通路仍需进一步探索 | 探究维持肾上腺皮质糖皮质激素生成细胞异质性和应激响应能力的分子机制 | Sf1-Cre; Rosa报告基因小鼠的肾上腺皮质类固醇生成谱系细胞 | 单细胞组学 | 肾上腺功能障碍 | 单细胞RNA测序 | 遗传小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,使用遗传工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3431 | 2026-02-15 |
Genital herpes shedding episodes associate with altered spatial organization and activation of mucosal immune cells
2026-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197491
PMID:41252205
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研究论文 | 本研究探讨了HSV-2感染期间病毒脱落对宫颈阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 | 首次结合空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像,系统揭示了活动性HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的空间重编程和激活状态变化 | 研究为横断面设计,无法确定观察到的免疫变化与病毒脱落之间的因果关系;样本量虽大但可能未涵盖所有临床亚群 | 探究HSV-2感染对宫颈阴道黏膜免疫的影响机制 | HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 空间转录组学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析、空间转录组学 | NA | 组织样本、血液样本、空间转录组数据、成像数据 | 232名参与者(包括HSV-2血清阳性和阴性个体) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3432 | 2026-02-15 |
Fecal microbiota transplantation promotes type 2 mucosal immune responses with colonic epithelium proliferation in patients with recurrent Clostridioides difficile
2026-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195678
PMID:41252206
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研究论文 | 本研究通过分析复发性艰难梭菌感染患者在接受粪菌移植治疗前后的样本,揭示了FMT通过促进结肠上皮细胞增殖和2型免疫反应来发挥治疗作用的机制 | 首次结合空间转录组学和单细胞基因集分析,明确了FMT诱导的基因表达变化定位于结肠上皮,并揭示了IL-33和双调蛋白在介导增殖通路激活中的潜在作用 | 样本量较小(n=16),随访时间较短(2个月),且缺乏长期疗效和机制验证数据 | 探究粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染的分子和免疫学机制 | 复发性艰难梭菌感染患者(n=16)和健康对照的结肠活检组织、血浆、外周血单个核细胞及粪便样本 | 微生物组学与免疫学 | 感染性疾病(艰难梭菌感染) | 高通量测序、流式细胞术免疫分型、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、微生物组数据、免疫表型数据 | 16名rCDI患者及健康对照 | NA | 空间转录组学, 单细胞基因集分析 | NA | NA |
| 3433 | 2026-02-15 |
Spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis
2026-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198074
PMID:41269758
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研究论文 | 本研究利用亚细胞分辨率空间转录组学技术,解析了活动性幼年特发性关节炎患者滑膜组织中免疫细胞与基质细胞的空间组织与相互作用 | 开发了新的空间共定位分析流程,首次在JIA滑膜中揭示了NOTCH信号介导的内皮细胞-成纤维细胞相互作用、CXCL9/CXCR3信号轴调控的巨噬细胞-CD8+ T细胞互作,并鉴定了JIA特有的细胞状态 | 研究样本仅来自活动期患者,缺乏疾病不同阶段或治疗后的纵向比较数据 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子结构及细胞间相互作用网络 | 活动性幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本 | 空间转录组学 | 幼年特发性关节炎 | 空间转录组测序 | 空间共定位分析流程 | 空间转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组分析 |
| 3434 | 2026-02-15 |
Cellular immune endophenotypes separating early and late-onset myasthenia gravis
2026-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199679
PMID:41307955
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研究论文 | 本研究通过多模态技术(包括深度光谱流式细胞术和单细胞测序)区分了早发型和晚发型重症肌无力的细胞免疫表型,识别了三种主要淋巴细胞群体的差异 | 首次应用深度光谱流式细胞术和单细胞测序技术,揭示了早发型和晚发型重症肌无力在黏膜相关恒定T细胞、初始CD8+ T细胞和经典NK细胞频率上的显著差异,并实现了90%准确率的亚型预测 | 研究基于两个独立队列,但样本量可能有限,且未详细探讨免疫衰老机制与疾病进展的因果关系 | 区分早发型和晚发型重症肌无力的细胞免疫表型,以改进临床分类 | 重症肌无力患者的淋巴细胞群体 | 数字病理学 | 重症肌无力 | 深度光谱流式细胞术, 单细胞测序 | NA | 细胞表型数据, 测序数据 | 两个独立队列的患者样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3435 | 2026-02-15 |
An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations
2026-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.191990
PMID:41480746
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学数据,构建了甲状腺癌进展的图谱,并识别了与预后相关的成纤维细胞亚群 | 首次在混合WDTC/ATC组织病理学样本中,结合单细胞和空间转录组学技术,系统性地描绘了甲状腺癌的进化过程,并鉴定出POSTN+肌成纤维细胞癌症相关成纤维细胞(myCAFs)这一与侵袭性肿瘤细胞密切相关的预后亚型 | 样本量相对有限(81个单细胞样本和28个空间转录组肿瘤),且主要基于转录组数据,可能未涵盖其他分子层面的变化 | 理解甲状腺癌在儿童和成人中的进化机制,并识别与疾病进展和预后相关的关键细胞亚群 | 甲状腺癌样本,包括分化良好的甲状腺癌(WDTC)、间变性甲状腺癌(ATC)、罕见的混合WDTC/ATC肿瘤以及儿童弥漫性硬化性甲状腺癌 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序 | NA | 转录组数据,空间数据 | 423,733个细胞来自81个样本,28个肿瘤进行空间转录组分析,5个大型bulk RNA测序队列 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3436 | 2026-02-15 |
Altered MDC1 Interactions and Dysfunctional DNA Repair in Lobular Breast Cancer Confers Sensitivity to PARP Inhibition
2026-Jan-09, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1217
PMID:41512199
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研究论文 | 本文研究了浸润性小叶乳腺癌中MDC1与ER的相互作用如何导致DNA修复功能失调,并揭示了PARP抑制剂在该癌症中的治疗潜力 | 发现ILC中MDC1与ER的特异性共调控导致了一种独特的“BRCA样”但非经典“BRCAness”的同源重组功能失调状态,并首次证明PARP抑制剂talazoparib在ILC模型中具有持久生长抑制效果 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,缺乏大规模临床样本验证;未详细探讨MDC1-ER相互作用的分子机制细节 | 探究浸润性小叶乳腺癌中MDC1如何调控ER活性及DNA修复功能,并评估PARP抑制剂的治疗潜力 | 浸润性小叶乳腺癌细胞、ILC异种移植模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、蛋白质相互作用组分析 | NA | 转录组数据、蛋白质相互作用数据、功能实验数据 | 多个ILC细胞系及异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3437 | 2026-02-15 |
VISTA uncovers missing gene expression and spatial-induced information for spatial transcriptomic data analysis
2026-Jan-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09479-6
PMID:41507434
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研究论文 | 本文提出了一种名为VISTA的模型,通过整合单细胞RNA测序和亚细胞空间转录组学数据,预测空间转录组数据中未测量的基因表达 | VISTA结合了变分推断、几何深度学习和不确定性量化,首次实现了在空间转录组数据中准确预测未测量基因表达,并支持多种下游分析 | 未明确提及模型在处理高度异质性组织或大规模数据集时的具体限制 | 克服空间转录组技术基因覆盖有限的缺陷,提升空间转录组数据的解释性和应用价值 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据, 空间数据 | 四个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3438 | 2026-02-15 |
Resolving Single-Cell Gene Expression by Pseudotemporal Integration of Transcriptomic and Proteomic Datasets
2026-Jan, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2025.101475
PMID:41317903
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研究论文 | 本研究提出了一种利用伪时间细胞排序整合单细胞RNA-Seq和单细胞蛋白质组学数据的新方法,以分析缺氧条件下的转录-翻译表达动态 | 通过伪时间轨迹整合单细胞转录组和蛋白质组数据,揭示转录和翻译响应的时间差异,如即时转录组响应和延迟蛋白质组表达 | NA | 整合单细胞转录组和蛋白质组数据,构建全面的转录-翻译图谱,以理解缺氧应激下的细胞表型 | 单细胞样本(在缺氧条件下采集的纵向样本) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-Seq, 单细胞蛋白质组学(质谱分析) | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 3439 | 2026-02-15 |
TMEM106C, BSG, COPE, CDCA8, KPNA2, LIG1, UQCRH, and CCT5: Predictive of Survival and Immunotherapy Resistance in Hepatocellular Carcinoma
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/1465989
PMID:41674779
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和转录组分析,构建了一个基于衰老相关基因的预后模型,用于预测肝细胞癌患者的生存和免疫治疗反应 | 整合单细胞RNA测序和转录组数据,识别并验证了一个由八个基因(TMEM106C, BSG, COPE, CDCA8, KPNA2, LIG1, UQCRH, CCT5)组成的衰老相关基因特征,该特征可作为预测HCC预后和免疫治疗耐药性的稳健工具 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,实验验证主要在细胞系中进行,缺乏体内模型或大规模前瞻性临床队列的验证 | 识别肝细胞癌中与衰老相关的基因特征,构建预后模型以预测患者生存和免疫治疗反应 | 肝细胞癌患者及其肿瘤微环境中的细胞,特别是自然杀伤细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,qRT-PCR,CCK-8,伤口愈合实验,Transwell实验 | LASSO Cox回归风险模型 | 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据 | 来自GEO和TCGA数据库的样本,共识别了80,997个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3440 | 2026-02-15 |
Gut Microbiota-Derived Metabolites Regulate CASP3 and Neuroimmune Pathways in Multiple Sclerosis: An Integrative Multiomics Study
2026, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/3572399
PMID:41674923
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、机器学习和单细胞转录组分析,揭示了肠道菌群代谢物通过调节CASP3及神经免疫通路在多发性硬化症中的作用 | 首次将网络药理学、机器学习(SHAP方法)和单细胞转录组分析结合,识别出CASP3作为肠道菌群代谢物的核心靶点,并通过孟德尔随机化验证因果关系 | 研究结果需要进一步的实验验证来确认机制和转化潜力 | 探究肠道菌群代谢物在多发性硬化症发病机制中的作用,识别潜在治疗靶点 | 多发性硬化症相关的差异表达基因、肠道菌群代谢物及其靶点 | 机器学习 | 多发性硬化症 | 网络药理学、机器学习、单细胞转录组分析、孟德尔随机化、分子对接 | 机器学习模型(未指定具体类型,但使用了SHAP方法) | 转录组数据、单细胞数据 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | NA |