单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3421	2025-02-19	Therapeutic Potential of Inhibiting Hmox1 in Sepsis-Induced Lung Injury: A Molecular Mechanism Study 2025-Feb, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jbt.70134 PMID:39959930	研究论文	本研究揭示了Hmox1抑制剂通过激活FSP1/CoQ10/NADPH通路，显著增强自噬活性并抑制肺泡上皮细胞的铁死亡，从而减轻脓毒症小鼠的肺损伤	首次揭示了Hmox1抑制剂通过调节自噬-铁死亡通路减轻脓毒症诱导的肺损伤的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨Hmox1抑制剂在脓毒症诱导的肺损伤中的治疗潜力及其分子机制	脓毒症小鼠模型和LPS诱导的肺泡上皮细胞损伤模型	分子机制研究	脓毒症	RNA-seq, scRNA-seq, 透射电子显微镜	NA	转录组数据	公共转录组数据集（GSE236391、GSE263867、GSE207651）和实验小鼠模型
3422	2025-02-19	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a potential role of ATF3 in brain metastasis of lung adenocarcinoma 2025-Jan-24, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-784 PMID:39958219	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，并识别了ATF3作为潜在的治疗靶点	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞异质性和空间定位，并识别了ATF3在间充质-上皮转化程序中的关键作用	样本量较小，仅分析了3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，并使用了10个公开的单细胞RNA测序数据进行验证	解析肺腺癌脑转移肿瘤中的细胞成分及其空间分布，识别潜在的治疗靶点	肺腺癌脑转移肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），Western blotting，定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	NA	RNA测序数据	3个肺腺癌脑转移肿瘤样本，10个公开的单细胞RNA测序数据
3423	2025-02-19	Transcriptional dynamics during karyogamy in rice zygotes 2025-Jan-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204497 PMID:39777484	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了水稻合子核融合过程中的基因表达动态	首次在植物合子中揭示了核融合过程中的转录动态，包括新基因表达和父本等位基因转录的启动	研究仅关注了水稻合子的早期发育阶段（15分钟至6小时），未涉及更长时间的发育过程	揭示植物合子核融合过程中的基因表达动态及其对胚胎发育的影响	水稻合子	植物生物学	NA	单细胞转录组分析，RNA测序	NA	RNA测序数据	六个早期发育阶段的水稻合子（15分钟、30分钟、1小时、2小时、4小时和6小时）
3424	2025-02-19	Robust single-nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2025-Jan-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97981 PMID:39804687	研究论文	本文介绍了一种用于分离各种组织类型细胞核的稳健技术，显著提高了单核RNA测序（snRNA-seq）的数据质量，并利用该方法全面描述了肥胖期间小鼠脂肪组织重塑中不同细胞类型的库依赖细胞动态	开发了一种新的细胞核分离技术，显著提高了snRNA-seq的数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的库依赖细胞动态	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态	小鼠脂肪组织	生物信息学	肥胖	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠脂肪组织样本
3425	2025-02-19	Evaluation of Salivary Diagnostics: Applications, Benefits, Challenges, and Future Prospects in Dental and Systemic Disease Detection 2025-Jan, Cureus DOI:10.7759/cureus.77520 PMID:39958008	综述	本文综述了唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用、益处、挑战及未来前景	强调了唾液作为生物标志物在诊断和监测系统性疾病（如糖尿病和心血管疾病）中的潜力，并探讨了新技术如ELISA、唾液组学和单细胞测序在唾液诊断中的应用	需要进一步研究以解决唾液诊断中的变异性和标准化问题	探讨唾液诊断在口腔和全身疾病检测中的应用及其潜力	人类唾液样本	生物医学	糖尿病、心血管疾病、胰腺癌、前列腺癌	ELISA、唾液组学、单细胞测序、定量质谱（qMS）、拉曼光谱（RS）	NA	唾液样本	涉及人类参与者的相关研究
3426	2025-02-19	Transcriptomic analysis of EGFR co-expression and activation in glioblastoma reveals associations with its ligands 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae229 PMID:39959305	研究论文	本文通过RNA测序数据分析，探讨了EGFR在胶质母细胞瘤（GBM）中的共表达和激活机制，并与肺腺癌（LUAD）进行了比较	揭示了GBM中EGFR激活和调控的分子机制与LUAD的差异，特别是通过单细胞RNA测序数据确定了表达信号的细胞来源	研究主要依赖于RNA测序数据，可能未涵盖所有EGFR相关的分子机制	阐明GBM和LUAD中EGFR激活和调控的分子机制差异	胶质母细胞瘤（GBM）和肺腺癌（LUAD）	生物信息学	胶质母细胞瘤	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	TCGA-GBM: 169例, Intellance-2: 166例
3427	2025-02-19	Dual Role of α-MSH in Colitis Progression: Mediating Neutrophil Differentiation via Bone Marrow 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503621 PMID:39959638	研究论文	本研究探讨了炎症性肠病（IBD）发展过程中下丘脑-垂体轴（HPA）的变化及其潜在作用	揭示了α-MSH在结肠炎进展中的双重作用，通过骨髓介导中性粒细胞分化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究HPA在IBD发病机制中的具体作用和机制	小鼠模型中的结肠炎	生物医学	炎症性肠病	免疫荧光、RT-qPCR、ELISA、流式细胞术、腺相关病毒介导的基因沉默、联体共生、单细胞RNA测序	DSS诱导的结肠炎模型	实验数据	小鼠模型
3428	2025-02-19	Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics 2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401540121 PMID:39150785	研究论文	本文通过从单细胞RNA速度中学习细胞状态向量场，量化单细胞全局非平衡驱动力，揭示了细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	提出了从单细胞数据中量化Waddington景观的方法，揭示了细胞命运决策的过渡状态和先驱基因的作用，并引入了循环通量的概念来量化每个循环通量对细胞状态转变的贡献	NA	探索细胞分化和重编程的物理原理和驱动力	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞转录组数据	NA
3429	2025-02-19	Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics 2024-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02284-9 PMID:38844627	研究论文	本文介绍了一种名为IRIS的计算方法，用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域，以表征组织的空间结构	IRIS方法独特地利用单细胞RNA测序数据进行参考信息检测，整合多个SRT切片，并明确考虑切片内和切片间的相关性	NA	开发一种计算方法来提高空间转录组学研究中空间域检测的准确性和效率	空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	空间转录组学数据	六个SRT数据集，涵盖多种技术、组织、物种和分辨率
3430	2025-02-19	Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection 2024-Jun-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009 PMID:38417436	研究论文	本文通过单核RNA测序技术，比较了PSEN1-E280A常染色体显性阿尔茨海默病（ADAD）携带者、散发性AD患者和对照组的转录组，揭示了ADAD与散发性AD在特定细胞类型中的下游通路差异	首次通过单核RNA测序技术深入探索了ADAD与散发性AD在特定细胞类型中的转录组差异，并发现了PSEN1-E280A病例中自噬基因和伴侣蛋白的显著表达差异	样本量较小（27例），且仅针对PSEN1-E280A突变携带者，可能无法完全代表所有ADAD病例	探索常染色体显性阿尔茨海默病（ADAD）与散发性阿尔茨海默病（AD）在特定细胞类型中的转录组差异，并揭示可能的疾病保护机制	PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组	数字病理学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	27例（包括PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组）
3431	2025-02-19	Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330 PMID:39936155	研究论文	本研究通过分析NOD和NOR小鼠的血清和泪液自身抗体，探讨了它们在Sjögren病（SjD）相关局部和全身炎症中的潜在诊断价值	首次在SjD相关自身免疫性泪腺炎（AD）的两种小鼠模型中，系统地比较了血清和泪液中的自身抗体谱，并发现泪液IgA同型自身抗体比IgG具有更大的多样性	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类SjD患者中进行验证	探讨SjD相关AD小鼠模型中血清和泪液自身抗体的特征及其诊断潜力	NOD和NOR小鼠的血清和泪液	免疫学	Sjögren病	免疫荧光、自身抗体微阵列、scRNA-Seq	NOD和NOR小鼠模型	血清和泪液样本、单细胞RNA测序数据	两种SjD小鼠模型（NOD和NOR）及健康对照BALB/c小鼠
3432	2025-02-19	Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1506401 PMID:39958873	研究论文	本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的潜在机制	揭示了mTOR/RILP通路在糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损中的作用，并提出了通过调节该通路来恢复自噬流和改善心肌易损性的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的机制	糖尿病小鼠的心肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、HE染色、透射电子显微镜、qRT-PCR、WB	NA	基因表达数据、组织图像	糖尿病小鼠的心肌细胞
3433	2025-02-19	Gut Isolation from Zebrafish Larvae for Single-cell RNA Sequencing 2023-11-10, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65876 PMID:38009742	研究论文	本文介绍了一种从斑马鱼幼虫中分离肠道细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析	提出了一种新的斑马鱼幼虫肠道细胞分离方法，适用于单细胞RNA测序	NA	研究斑马鱼肠道发育和功能障碍的分子机制	斑马鱼幼虫的肠道细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	斑马鱼幼虫的肠道细胞
3434	2025-02-19	Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558301 PMID:37786685	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者外周血中常见和特定的免疫异常	使用前沿的单细胞分析技术，首次全面描述了IPF和FHP患者外周血中的免疫异常，并发现了疾病特异性的淋巴细胞异常	样本量相对较小，且仅针对外周血和支气管肺泡灌洗液样本进行分析，未涉及其他组织或更大规模的人群验证	识别IPF和FHP患者外周血中常见和特定的免疫异常，为诊断和治疗提供新策略	特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者及健康对照组的外周血和支气管肺泡灌洗液样本	单细胞测序	肺纤维化疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics 5'基因表达和V(D)J分析）	Seurat R管道、DoRothEA-VIPER算法、Monocle3、Velocyto、scVelo、CellRank、Connectome R包、CellRanger和Immcantation框架	单细胞RNA测序数据	83个样本中的327,990个细胞
3435	2025-02-19	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals distinct subtypes of MAFLD based on N1-methyladenosine regulator expression 2023-Jun, Liver research IF:2.0Q3 DOI:10.1016/j.livres.2023.06.001 PMID:39958950	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了基于N1-甲基腺苷调节因子表达的MAFLD不同亚型	首次将m1A调节基因的表达模式与MAFLD的分子亚型联系起来，并揭示了这些亚型在免疫细胞浸润和炎症特征上的差异	研究样本量相对较小，且未进行实验验证	探讨RNA N1-甲基腺苷（m1A）修饰在MAFLD发病机制和异质性中的作用	MAFLD患者的肝组织和免疫细胞	生物信息学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据	6个肝样本中的33,168个细胞
3436	2025-02-19	Nanoparticle stereochemistry-dependent endocytic processing improves in vivo mRNA delivery 2023-04, Nature chemistry IF:19.2Q1 DOI:10.1038/s41557-023-01138-9 PMID:36864143	研究论文	本文研究了立体化学对多组分胶体（如脂质纳米颗粒）在体内mRNA递送中的影响	发现含有立体纯20α-羟基胆固醇的脂质纳米颗粒比含有20α-和20β-羟基胆固醇混合物的脂质纳米颗粒在肝脏细胞中递送mRNA的效率高出3倍	未明确提及具体局限性	探讨立体化学对脂质纳米颗粒在体内mRNA递送中的影响	脂质纳米颗粒（LNP）及其在肝脏细胞中的mRNA递送	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序和成像	NA	RNA测序数据和成像数据	未明确提及具体样本数量
3437	2025-02-19	Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02238-2 PMID:36879130	研究论文	本文通过多组学分析探讨了脑蛛网膜囊肿（ACs）的发病机制，揭示了神经发育程序在其中的作用	首次通过整合患者-父母三体外显子组、单细胞RNA测序转录组和患者病历的自然语言处理数据，揭示了ACs的发病机制及其与神经发育的关系	研究结果仅为初步指示，需进一步临床验证	阐明脑蛛网膜囊肿（ACs）的发病机制及其与神经发育的关系	617例患者-父母三体、152,898个人类大脑和小鼠脑膜单细胞RNA测序转录组数据及患者病历	数字病理学	脑蛛网膜囊肿	外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理	无监督聚类	基因组数据、转录组数据、文本数据	617例患者-父母三体、152,898个单细胞RNA测序数据
3438	2025-02-19	A novel Bayesian framework for harmonizing information across tissues and studies to increase cell type deconvolution accuracy 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac616 PMID:36631398	研究论文	本文介绍了一种新的贝叶斯框架tranSig，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特征矩阵，以提高细胞类型去卷积的准确性	提出了一种新的贝叶斯框架tranSig，通过利用不同组织和研究中的共享细胞类型特异性表达模式，改进了从单细胞RNA测序数据中推断特征矩阵的方法	未明确提及具体局限性	提高细胞类型去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	贝叶斯框架（tranSig）	RNA测序数据	外周血、支气管肺泡灌洗液和主动脉的批量RNA测序数据
3439	2025-02-19	The regenerating skeletal muscle niche drives satellite cell return to quiescence 2022-Jun-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104444 PMID:35733848	研究论文	本文研究了骨骼肌干细胞（卫星细胞，SCs）在肌肉再生过程中重新获得静止状态的机制	揭示了SCs在肌肉损伤后5-10天内重新获得静止状态的时间窗口，并发现非细胞自主信号网络在SCs命运决定中的作用	未详细探讨SCs重新获得静止状态的具体分子机制	研究骨骼肌干细胞在肌肉再生过程中的命运决定机制	骨骼肌干细胞（卫星细胞，SCs）	细胞生物学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
3440	2025-02-19	Distinct Injury Responsive Regulatory T Cells Identified by Multi-Dimensional Phenotyping 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.833100 PMID:35634302	研究论文	本研究通过多维表型分析技术，全面表征了小鼠中响应损伤的调节性T细胞（Tregs），揭示了CD44 Tregs在损伤后的扩增及其高度抑制性	首次通过多维表型分析技术全面表征了损伤响应性Tregs，并揭示了CD44 Tregs在损伤后的独特转录和表型特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究损伤响应性Tregs的表型和功能特征，以了解其在控制免疫反应中的作用	小鼠中的CD4调节性T细胞（Tregs）	免疫学	NA	多维表型分析技术、T细胞受体（TCR）谱分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠Tregs样本