单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3401	2025-07-22	Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice 2023-Dec-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86269 PMID:38127424	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了凋亡细胞识别和清除在小鼠皮肤伤口早期炎症中的细胞动态变化及其对组织修复的调控机制	发现Axl信号通路在伤口修复中的必要性，并揭示了Timd4受体在凋亡细胞清除和组织修复中的独特作用	研究主要基于小鼠模型，人类糖尿病足伤口的数据仅涉及mRNA水平分析	探究凋亡细胞识别受体在皮肤组织修复中的调控机制	小鼠皮肤伤口和人类糖尿病足伤口	分子生物学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3402	2025-07-22	Complement C1q essential for aeroallergen sensitization via CSF1R+ conventional dendritic cells type 2 2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.07.016 PMID:37562753	研究论文	本研究揭示了补体C1q通过CSF1R+常规2型树突状细胞在气源性过敏原致敏中的关键作用	首次发现C1q在CSF1R+cDC2s中的选择性富集及其通过C1q-LRP1轴介导过敏反应的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩大	阐明CSF1R+cDC2s识别吸入过敏原的分子机制	小鼠肺树突状细胞和人类支气管肺泡灌洗样本	免疫学	过敏性肺部炎症	单细胞RNA测序、基因敲除模型、过敏原激发试验	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质检测数据	小鼠模型和人类BAL样本（具体数量未明确说明）
3403	2025-07-22	Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM 2023-Sep-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05476-w PMID:37726653	research paper	提出了一种名为DeTREM的新方法，用于改进基于单核RNA测序数据的脑组织细胞类型去卷积分析	DeTREM通过补偿细胞类型特征与批量RNA测序数据集之间的测序差异，提高了预测细胞类型比例的准确性	主要针对脑组织数据，其他组织类型的适用性未经验证	改进脑组织细胞类型定量分析的准确性	人类脑组织RNA测序数据	生物信息学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量RNA测序	DeTREM, MuSiC, SCDC, CIBERSORTx	RNA测序数据	模拟和真实人类脑组织数据集
3404	2025-07-22	CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity 2023-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01571-5 PMID:37500885	研究论文	本研究通过融合CTLA-4细胞质尾部（CCT）到CAR-T细胞的CAR末端，显著增强了CAR-T细胞的抗肿瘤效果	利用CTLA-4细胞质尾部的内吞特性重新编程CAR功能，显著提高CAR-T细胞在体内的疗效	研究主要针对白血病模型，未在其他类型癌症中验证	提高CAR-T细胞的抗肿瘤免疫效果	CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	单细胞RNA测序、流式细胞术	CAR-T细胞模型	基因表达数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量
3405	2025-07-22	Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet 2023-08-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-39890-0 PMID:37558676	研究论文	探讨高脂饮食（HFD）如何通过上调疾病相关星形胶质细胞（DAA）和小胶质细胞标记物，增加阿尔茨海默病（AD）和2型糖尿病的风险	首次发现C4b作为星形胶质细胞特异性标记物，在高脂饮食和AD中均上调，并揭示了DAA与GABA能神经元之间的潜在相互作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类AD数据，可能不完全反映人类疾病的全貌	探索高脂饮食、糖尿病和阿尔茨海默病之间的分子联系	高脂饮食喂养的小鼠和人类AD患者的大脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及高脂饮食小鼠和人类AD患者的大脑样本
3406	2025-07-22	An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells 2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.06.552169 PMID:37609218	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序图谱全面注释了果蝇视觉系统中胶质细胞，并研究了它们从幼虫到成虫阶段的发育轨迹	发现了胶质细胞体与断裂过程的转录组差异，并鉴定了特定mRNA在细胞体或细胞过程中的定位	研究仅针对果蝇视觉系统，可能不适用于其他生物或神经系统	理解胶质细胞的发育和功能	果蝇视觉系统中的胶质细胞	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	mRNA测序数据	发育中的果蝇视觉系统胶质细胞（幼虫到成虫阶段）
3407	2025-07-22	CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES 2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002137 PMID:37179249	研究论文	本研究基于焦亡相关基因构建了脓毒症诊断模型，并鉴定了与预后相关的巨噬细胞亚群	首次基于焦亡相关基因构建脓毒症诊断风险评分模型，并发现与预后相关的巨噬细胞亚群	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立队列验证	探索焦亡在脓毒症中的潜在预后和诊断价值	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	bulk RNA测序, scRNA-seq	逻辑回归分析, LASSO回归分析	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的测序数据
3408	2025-07-22	Single-Cell Transcriptome Analysis Identifies Subclusters with Inflammatory Fibroblast Responses in Localized Scleroderma 2023-Jun-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24129796 PMID:37372943	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了局限性硬皮病中具有炎症性成纤维细胞反应的亚群	首次在局限性硬皮病中利用单细胞RNA测序技术识别了12个成纤维细胞亚群，并发现了一个独特的CXCL2/IRF1炎症性成纤维细胞亚群	样本量相对较小（14例患者和14例对照），且主要关注皮肤组织	探究局限性硬皮病的成纤维细胞亚群及其基因表达特征	局限性硬皮病患者的皮肤组织	数字病理学	局限性硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	14例局限性硬皮病患者（包括儿童和成人）和14例健康对照
3409	2025-07-22	CX3CR1+ Macrophage Facilitates the Resolution of Allergic Lung Inflammation via Interacting CCL26 2023-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202209-1670OC PMID:36790376	research paper	本研究探讨了CX3CR1+巨噬细胞通过与CCL26相互作用促进过敏性肺部炎症消退的机制	揭示了CCL26-CXCR通路在嗜酸性过敏性肺部炎症消退中的关键作用，并发现CXCR巨噬细胞通过分泌C1q促进嗜酸性粒细胞清除	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普适性需要进一步验证	探究组织驻留巨噬细胞在嗜酸性肺部炎症消退过程中的细胞机制	人类和小鼠的肺泡巨噬细胞(AM)亚群	免疫学	过敏性肺部疾病	质谱流式细胞技术、单细胞RNA测序、生物物理和免疫学分析	条件性CCL26敲除转基因小鼠模型	单细胞RNA测序数据、质谱流式数据	人类支气管肺泡灌洗液样本和小鼠模型
3410	2025-07-22	A single-cell gene expression atlas of human follicular aspirates: Identification of leukocyte subpopulations and their paracrine factors 2023-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201746RR PMID:36934419	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析人类卵泡抽吸物中的基因表达图谱，识别白细胞亚群及其旁分泌因子	首次在人类排卵卵泡中识别出13种细胞群，包括10种白细胞亚群，并揭示了这些白细胞亚群通过分泌因子影响颗粒细胞功能的新机制	样本量较小（仅4名IVF患者），且仅针对特定人群（IVF患者）进行研究	探究人类排卵卵泡中白细胞亚群的组成及其与卵泡细胞的相互作用机制	人类卵泡抽吸物中的细胞群	单细胞转录组学	生殖系统疾病	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	4名IVF患者的卵泡抽吸物
3411	2025-07-22	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与转录调控元件和目标联系起来	开发了一种简化的抗体偶联方法，创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究细胞内蛋白质动态变化及其与转录调控的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq, 抗体偶联	NA	单细胞蛋白质组、表观基因组和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和脑类器官
3412	2025-07-22	CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.09.527751 PMID:36798324	research paper	介绍了一种名为CPA-Perturb-seq的多重扰动筛选数据集，用于研究42种已知的CPA调控因子如何影响多聚腺苷酸化位点的选择	开发了CPA-Perturb-seq数据集和APARENT-Perturb多任务深度神经网络，用于预测扰动响应性并揭示不同调控复合物之间的相互作用	NA	理解蛋白质如何调控多聚腺苷酸化位点的选择	42种已知的CPA调控因子	生物信息学	NA	3' scRNA-seq	multi-task deep neural network (APARENT-Perturb)	scRNA-seq数据	NA
3413	2025-07-22	Losartan controls immune checkpoint blocker-induced edema and improves survival in glioblastoma mouse models 2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2219199120 PMID:36724255	研究论文	研究发现免疫检查点抑制剂(ICBs)在胶质母细胞瘤患者和小鼠模型中引发脑水肿，并证明血管紧张素受体阻滞剂洛沙坦能预防这种水肿并改善治疗效果	首次揭示ICBs引发脑水肿的机制，并发现洛沙坦能预防水肿并重编程肿瘤微环境，提高生存率	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探索ICBs在胶质母细胞瘤治疗中的副作用机制及解决方案	胶质母细胞瘤小鼠模型及部分患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、活体成像、CD8 T细胞阻断研究	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本量，涉及小鼠模型和部分患者数据
3414	2025-07-22	Neonatal hyperoxia induces activated pulmonary cellular states and sex-dependent transcriptomic changes in a model of experimental bronchopulmonary dysplasia 2023-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00252.2022 PMID:36537711	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探究了高氧环境对新生小鼠肺部发育的影响及其性别依赖性分子和细胞编程	发现了高氧诱导的肺泡上皮细胞新型亚群及性别依赖的转录组变化，揭示了高氧对肺部细胞状态的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过体外实验验证	探究高氧环境对新生儿支气管肺发育不良(BPD)的分子机制影响	新生小鼠肺部细胞和人类新生儿肺细胞	单细胞转录组学	支气管肺发育不良	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量(小鼠和人类细胞)
3415	2025-07-22	Aging compromises human islet beta cell function and identity by decreasing transcription factor activity and inducing ER stress 2022-Oct-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo3932 PMID:36197983	研究论文	本文研究了衰老对人类胰岛β细胞功能和特性的影响，揭示了衰老过程中β细胞的分子和功能变化	通过单细胞RNA测序数据集、转录因子调控网络分析和高分辨率共聚焦显微镜技术，首次系统揭示了衰老对β细胞功能和特性的影响机制	研究主要基于非糖尿病供体的样本，可能无法完全反映糖尿病患者的β细胞衰老过程	探究衰老对人类胰岛β细胞功能和特性的影响机制	人类胰岛β细胞	细胞生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序、转录因子调控网络分析、高分辨率共聚焦显微镜	NA	基因表达数据、显微镜图像数据	覆盖人类大部分生命周期的非糖尿病供体样本
3416	2025-07-22	Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19 2022-04-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157255 PMID:35175937	研究论文	开发了一个名为TrendCatcher的开源R包，用于识别和可视化纵向数据集中的动态转录基因特征和生物过程，并应用于COVID-19外周血转录组的时间分析	开发了TrendCatcher工具，结合平滑样条ANOVA模型和断点搜索策略，优化了动态差异表达基因（DDEGs）的识别和生物途径的时间进程可视化	未提及具体样本量的限制或数据集的局限性	识别COVID-19患者外周血转录组中的早期生物标志物和潜在治疗靶点	COVID-19患者的外周血转录组数据	生物信息学	COVID-19	RNA-Seq（包括bulk和single-cell）	平滑样条ANOVA模型	转录组数据	NA
3417	2025-07-22	Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics 2022-02-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333 PMID:35139376	研究论文	本文提出了一种名为SINGE的算法，用于从有序单细胞基因表达数据推断基因调控网络	SINGE算法使用基于核的Granger因果关系回归来平滑不规则伪时间和缺失的表达值，并通过回归分析集合来编译转录调控因子与靶基因之间的候选相互作用排名列表	在个别调控因子和非信息性伪时间上表现不佳	推断基因调控网络	小鼠胚胎干细胞分化数据集中的单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	Granger因果关系回归	基因表达数据	两个小鼠胚胎干细胞分化数据集
3418	2025-07-22	Multiomic analysis reveals decidual-specific transcriptional programing of MAIT cells 2021-12, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.13495 PMID:34411378	研究论文	通过多组学分析揭示了蜕膜MAIT细胞的特异性转录编程	首次在单细胞分辨率下揭示了蜕膜MAIT细胞与外周MAIT细胞之间的转录编程差异	研究样本量有限，且仅针对E.coli刺激下的MAIT细胞功能进行了评估	探究妊娠期间蜕膜MAIT细胞的转录编程及其功能	蜕膜基底和壁层MAIT细胞及匹配的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	妊娠相关疾病	多组学分析、流式细胞术、CITE-seq、scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	蜕膜和外周血样本
3419	2025-07-22	Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147703 PMID:34003797	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，定位了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用	首次优化了空间转录组学和单核测序数据集的协调，将30种主要细胞类型映射到人类肾切除样本中，并揭示了AKI模型中免疫细胞浸润的空间分布机制	研究仅基于两种小鼠AKI模型，人类样本仅来自肾切除患者，可能无法完全代表所有AKI情况	探索急性肾损伤(AKI)中细胞类型空间分布特征及免疫-上皮细胞相互作用机制	人类肾切除样本和两种小鼠AKI模型(缺血/再灌注损伤和盲肠结扎穿刺)	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学, 单核测序, CODEX免疫荧光	NA	转录组数据, 图像数据	人类肾切除样本1例，两种小鼠AKI模型(具体数量未明确说明)
3420	2025-07-21	CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927 PMID:40505846	研究论文	本研究探讨了CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用及其通过TGF-β/Smad介导的EMT信号和侵袭伪足形成的机制	首次揭示了CRABP2作为腹膜转移相关基因，通过调控侵袭伪足形成和TGF-β/Smad信号通路促进结直肠癌腹膜转移的新机制	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的分子机制及其临床意义	结直肠癌细胞系、动物模型和临床样本	肿瘤生物学	结直肠癌	整合生物信息学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及临床样本和实验模型