单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3401	2025-04-05	Machine Learning-based Gene Biomarker Identification for Improving Prognosis and Therapy in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359092250304031435 PMID:40183270	research paper	本研究通过整合基因表达、机器学习、肿瘤微环境分析和药物敏感性分析，开发了一个用于预测肝细胞癌（HCC）预后和个性化治疗的HPRI指标	结合多种机器学习算法和单细胞测序分析，识别出7个关键基因并开发了HPRI指标，用于预测HCC预后和治疗反应	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据的异质性影响	识别肝细胞癌的分子生物标志物以改善预后和治疗	肝细胞癌（HCC）患者	machine learning	hepatocellular carcinoma	Cox回归分析、差异表达分析、单细胞测序分析	多种统计模型	基因表达数据、临床病理信息	多个队列的数据来自ICGC、GEO和TCGA数据库
3402	2025-04-05	Recurrent Composite Markers of Cell Types and States 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.17.549344 PMID:37503180	研究论文	介绍了一种名为RECOMBINE的算法，用于识别定义层次细胞身份的重复复合标记集	RECOMBINE算法在识别区分性标记方面比现有方法（包括差异基因表达分析）具有更高的准确性	NA	解码生物复杂性，识别定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集	细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞数据分析和空间转录组学	RECOMBINE算法	单细胞数据和空间转录组数据	小鼠视觉皮层数据、Tabula Sapiens项目的人类组织数据
3403	2025-04-05	Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq 2025-Apr-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00883-z PMID:40169777	research paper	利用机器学习和单细胞RNA测序技术揭示免疫检查点反应的基因和细胞特征	结合单细胞RNA测序数据和机器学习方法预测患者反应，同时保持可解释性和单细胞分辨率，并开发了强化学习模型以识别最具预测性的单细胞	研究主要基于黑色素瘤浸润的免疫细胞数据，可能在其他癌症类型中的普适性有待验证	提高免疫检查点抑制剂治疗反应的预测准确性，深化对癌症免疫的理解	黑色素瘤浸润的免疫细胞	machine learning	melanoma	single-cell RNA-seq	XGBoost, reinforcement learning	RNA-seq data	NA
3404	2025-04-05	Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer 2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034 PMID:40180058	研究论文	通过基因组分类器预测胰腺癌细胞系和患者的放射敏感性，以实现基因组引导的放射治疗	利用单细胞RNA测序数据区分上皮和间充质细胞，预测胰腺癌细胞系的分化阶段，并发现分化阶段与放射敏感性相关	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床患者数据的验证仍需进一步研究	预测胰腺癌的放射敏感性，优化放射治疗方案	胰腺癌细胞系和患者	基因组学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	基因组分类器	RNA测序数据	45个胰腺癌细胞系和来自The Cancer Genome Atlas的胰腺癌患者数据
3405	2025-04-05	Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer 2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303359688250209090544 PMID:40183263	研究论文	通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱，揭示肿瘤细胞的异质性	首次构建了甲状腺癌的单细胞全景图谱，并发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其调控机制	样本量较小（20例患者），且数据来源于公共数据库，可能影响结果的广泛适用性	探索甲状腺癌的分子特征，为临床分期和治疗策略提供新见解	甲状腺癌及癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	20例患者的11个原发肿瘤组织、6个癌旁组织、8个转移淋巴结和2个远处转移灶
3406	2025-04-05	Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Prognostic Significance of HOXC9-Related Immune Gene Signatures in Hepatocellular Carcinoma 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S509625 PMID:40177614	研究论文	本研究整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了基于HOXC9相关免疫基因（HRIGs）的风险评分模型，并评估其在肝细胞癌（HCC）中的预后价值	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建基于HOXC9相关免疫基因的风险评分模型，并验证其在HCC预后评估和免疫治疗预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，缺乏多中心临床验证	评估HOXC9相关免疫基因在HCC预后和免疫微环境中的作用	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、临床数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
3407	2025-04-05	Unraveling the immunomodulatory impact of hydroxychloroquine on peripheral T cells using single-cell RNA sequencing 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103324 PMID:39405653	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了羟氯喹（HCQ）对外周T细胞的免疫调节作用	首次在单细胞水平上详细描述了HCQ对T细胞亚群的影响，特别是对效应CD4和CD8 T细胞的调控机制	研究主要基于体外实验，体内效应的验证需要进一步研究	阐明HCQ在T细胞中的免疫调节机制	外周T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括体外刺激的T细胞和狼疮患者的T细胞样本
3408	2025-04-05	Cellular communication network factor 3 contributes to the pathological process of rheumatoid arthritis through promoting cell senescence and osteoclastogenesis in the joint 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103334 PMID:39549484	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子3（CCN3）在类风湿性关节炎（RA）病理过程中的作用及其治疗潜力	研究发现CCN3通过促进细胞衰老和破骨细胞生成在RA关节中发挥重要作用，并评估了CCN3抗体作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证CCN3抗体的治疗效果	探究CCN3在RA病理过程中的分子功能及其作为治疗靶点的潜力	类风湿性关节炎患者的关节组织和实验模型小鼠	病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	实验性RA模型	基因表达数据和细胞实验数据	公共scRNA-seq数据和实验模型小鼠
3409	2025-04-05	EZH2 promotes B-cell autoimmunity in primary Sjogren's syndrome via METTL3-mediated m6A modification 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103341 PMID:39577129	研究论文	本研究探讨了EZH2在原发性干燥综合征(pSS)中通过METTL3介导的m6A修饰促进B细胞自身免疫反应的机制	揭示了EZH2通过METTL3介导的m6A修饰调控B细胞自身免疫反应的新机制，并提出了EZH2抑制作为pSS治疗的潜在策略	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	阐明EZH2在pSS中B细胞自身免疫反应中的作用并探索其治疗潜力	原发性干燥综合征(pSS)患者和干燥综合征小鼠模型中的B细胞	免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序、RNA-seq、ChIP-seq、ChIP-qPCR、流式细胞术、CFSE检测、RIP-qPCR、m6A-RIP-qPCR	NA	基因表达数据、表观遗传数据、临床数据	pSS患者外周血和唾液腺样本、三种不同干燥综合征小鼠模型
3410	2025-04-05	PAGE-based transfer learning from single-cell to bulk sequencing enhances model generalization for sepsis diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae661 PMID:39710434	研究论文	本文提出了一种基于单细胞和批量转录组数据融合的scPAGE2方法，用于提高脓毒症诊断模型的泛化能力	升级了scPAGE方法，通过迁移学习将单细胞转录组信息有效转移到批量转录组数据中，构建了性能优越的脓毒症诊断模型	NA	提高脓毒症诊断模型的泛化能力	脓毒症患者的转录组数据	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, FACS, 下一代测序, 微阵列	scPAGE2	转录组数据	7个数据集，涉及3个转录组平台和FACS数据
3411	2025-04-05	Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis 2024-11, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202402177 PMID:39077951	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控的自动化检测方法Digital-GPA，用于单抗生素耐药细菌的全基因组测序，实现基因型和表型分析	开发了Digital-GPA方法，能够高效分离和测序荧光D-氨基酸标记的抗生素耐药细菌，提供高质量的单细胞扩增基因组，识别微小和主要突变	未提及方法的具体操作复杂度和成本，可能限制其在临床中的广泛应用	全面分析抗生素耐药细菌的基因型和表型特征，以更好地理解抗生素耐药性	抗生素耐药细菌	数字病理学	细菌感染	数字微流控技术、全基因组测序、荧光D-氨基酸标记	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本中的耐药病原体
3412	2025-04-05	Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells 2024-Oct-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006 PMID:39232559	research paper	该研究探讨了炎症如何通过表观遗传印记影响肠道干细胞（ISCs）的代谢和再生能力	揭示了炎症通过琥珀酸积累重编程ISCs表观基因组，从而影响其分化和再生能力的机制	研究主要基于GI GVHD模型，可能不适用于其他炎症条件	探究炎症对肠道干细胞适应性和再生能力的长效影响	Lgr5标记的肠道干细胞	表观遗传学	胃肠道移植物抗宿主病	单细胞转录组学、类器官培养、代谢组学、表观基因组学	NA	转录组数据、代谢数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量
3413	2025-04-05	Single-cell sequencing analysis of chronic subdural hematoma cell subpopulations and their potential therapeutic mechanisms 2024-06-01, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.110936 PMID:38554980	研究论文	通过单细胞测序分析慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的细胞亚群及其潜在治疗机制	首次对手术切除的血肿中的细胞进行全面分类，并探讨其与CSDH复发的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	分析CSDH患者外周血和血肿部位的细胞亚群及其对疾病的影响	慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的外周血和手术切除的血肿	数字病理学	神经系统疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
3414	2025-04-04	Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence 2025-Apr-03, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0262 PMID:40177712	研究论文	本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析，探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群	首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1，并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物	研究样本来源为公共数据库，缺乏独立验证队列	鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群	单细胞组学	皮肤纤维化疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM)	逻辑回归分析	单细胞转录组数据、流式细胞数据	公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本（具体数量未说明）
3415	2025-04-04	PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999 PMID:39808445	研究论文	该研究通过分析种系遗传变异与肿瘤免疫基因特征的关联，发现蛋白激酶C delta（PKCδ）作为候选靶点，并通过小鼠实验验证其在增强抗肿瘤免疫中的作用	首次将PKCδ种系变异与抗肿瘤免疫联系起来，并揭示了PKCδ通过调节髓系细胞状态影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大样本量	探索新的癌症免疫治疗靶点	PKCδ基因及其在小鼠和人类中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和临床样本（具体数量未明确说明）
3416	2025-04-04	Anti-Peptidylarginine-4 Autoantibodies Derived from Patients with Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Apr-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	research paper	该研究探讨了类风湿性关节炎(RA)患者中抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	揭示了抗PAD4抗体通过与单核细胞结合触发炎症级联反应的新机制，促进免疫细胞向关节募集和T细胞激活，最终导致更严重的关节炎	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体内完全验证这些机制	阐明抗PAD4抗体在类风湿性关节炎发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和小鼠模型	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养	胶原诱导性关节炎(CIA)小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞培养数据	使用RA患者来源的单克隆抗体和小鼠模型进行研究
3417	2025-04-04	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Effect of MIF on Myeloid-Derived Suppressor Cells in Multiple Myeloma 2025-Apr-02, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14473 PMID:40176414	research paper	该研究通过单细胞转录组分析探讨了MIF在多发性骨髓瘤中对髓系来源抑制细胞（MDSCs）的影响	首次揭示了MIF在MDSCs中的表达差异及其与多发性骨髓瘤的关联	研究样本量有限，且仅基于GSE124310数据集进行分析	探索骨髓微环境中MIF与MDSCs之间的关系	多发性骨髓瘤患者和正常对照的骨髓样本	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, flow cytometry	NA	RNA-seq数据	GSE124310数据集中的MM和正常样本
3418	2025-01-20	Unlocking the potential of spatial transcriptomics with custom microfluidic chips 2025-Apr, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2771-9 PMID:39826037	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3419	2025-04-04	Dynamic Alterations in DNA Methylation of CD4+ T Cells and Macrophages in a Murine Model of Tuberculous Pleural Infection Induced by BCG Vaccination 2025-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70166 PMID:40170749	研究论文	本研究分析了BCG诱导的小鼠结核性胸膜炎模型中CD4+ T细胞和巨噬细胞的DNA甲基化和转录组数据，揭示了免疫细胞在结核性胸膜感染过程中的动态变化和调控特性	首次揭示了结核性胸膜感染过程中免疫细胞DNA甲基化的动态变化及其对Th1、Th17和Th22细胞分化的调控作用，并发现C1q在感染过程中的表达增加及其调控机制	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类结核性胸膜感染尚需进一步验证	探究结核性胸膜感染过程中免疫细胞的DNA甲基化动态变化及其调控机制	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	免疫学	结核病	DNA甲基化分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	DNA甲基化数据、转录组数据	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型在特定时间点（第0、1、7和14天）的胸膜灌洗液样本
3420	2025-04-04	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	research paper	该研究通过整合多模态数据和构建知识图谱，探索帕金森病不同变异之间的共同分子失调机制	利用患者特异性中脑类器官的高通量成像和RNA测序数据构建知识图谱，并首次在特发性帕金森病患者中发现与单基因型帕金森病共同的转录组失调	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映人体内复杂的病理生理过程	探索帕金森病不同变异形式之间的共同生物医学特征	携带LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变的PD患者特异性中脑类器官，以及特发性PD患者(IPD)的中脑类器官	systems biomedicine	Parkinson's disease	high-content imaging, RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	knowledge graph	omics data, imaging data	多种基因突变的PD患者特异性中脑类器官和特发性PD患者类器官