单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3401	2025-03-15	COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083 PMID:39992219	研究论文	本文介绍了一种名为COME的对比映射学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复空间信息	COME方法通过对比映射学习，有效地捕捉了细胞与位置之间的关系，并在恢复单细胞RNA测序数据的空间位置方面优于现有方法	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序和空间转录组数据的知识转移，恢复单细胞RNA测序数据中的空间信息	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组技术（ST）	对比映射学习	基因表达数据	NA
3402	2025-03-15	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	本文通过多组学分析，包括单核转录组和染色质可及性测序以及空间分析，研究了食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了这些细胞程序与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部的单细胞RNA-seq和批量RNA-seq研究中进一步验证	解析食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
3403	2025-03-15	Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.640190 PMID:40060412	研究论文	本文介绍了一种名为iSCALE的方法，用于预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，解决了现有空间转录组学平台的高成本、长周转时间、低分辨率、有限基因覆盖和小组织捕获区域的问题	iSCALE方法能够预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，突破了现有空间转录组学平台的限制	NA	开发一种能够分析大尺寸组织并自动注释细胞级组织结构的方法，以克服现有空间转录组学平台的局限性	大尺寸组织，特别是多发性硬化症人类脑样本	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	多发性硬化症人类脑样本
3404	2025-03-15	Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis 2025-Mar-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553 PMID:39991825	研究论文	本研究通过两样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别了肝细胞癌中的因果血浆蛋白	利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据，结合单细胞RNA测序数据进行验证，并通过分子对接发现潜在药物	NA	识别肝细胞癌中的因果血浆蛋白	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	两样本孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	UK Biobank Pharma Proteomics Project的数据
3405	2025-03-15	Spatial transcriptome and single-cell RNA sequencing reveal the molecular basis of cotton fiber initiation development 2025-Mar, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70064 PMID:40084712	研究论文	本文通过空间转录组和单细胞RNA测序技术，揭示了棉花纤维起始发育的分子基础	成功构建了棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的空间转录组图谱，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了纤维发育的关键基因SVB和SVBL的功能冗余	NA	研究棉花纤维起始发育的分子机制	棉花胚珠和纤维细胞	植物发育生物学	NA	空间转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的样本
3406	2025-03-15	Mitochondrial Regulator CRIF1 Plays a Critical Role in the Development and Homeostasis of Alveolar Macrophages via Maintaining Metabolic Fitness 2025-Feb, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2025.25.e9 PMID:40078782	研究论文	本研究探讨了线粒体调节因子CRIF1在肺泡巨噬细胞（AMs）发育和稳态中的关键作用，特别是通过维持代谢适应性来支持其功能	首次揭示了CRIF1作为特定调节因子在肺泡巨噬细胞中的独特作用，区别于其他广泛作用的线粒体调节因子	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证CRIF1的作用	探索CRIF1在肺泡巨噬细胞代谢适应性和功能维持中的具体作用	肺泡巨噬细胞（AMs）	细胞生物学	肺疾病	单细胞RNA测序和转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
3407	2025-03-15	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes uncovers clinically relevant molecular subtypes in human prostate cancer 2025-Jan-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.01.07 PMID:40078560	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了人类前列腺癌中临床相关的分子亚型	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个分子分类系统，揭示了前列腺癌的分子亚型及其临床意义	样本量相对较小，特别是CRPC肿瘤的样本数量有限	揭示前列腺癌的分子亚型及其临床意义，以促进精准肿瘤学的发展	前列腺癌组织和正常前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	转录组数据	10个未经治疗的原发性前列腺癌组织，3个正常前列腺组织，2个未经治疗的原发性前列腺癌组织，6个CRPC肿瘤
3408	2025-03-15	Single-cell RNA-sequencing reveals cellular heterogeneity and immune microenvironment characteristics between ocular adnexal mucosa-associated lymphoid lymphoma and IgG4-related ophthalmic disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508559 PMID:40078987	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了眼附属器黏膜相关淋巴组织淋巴瘤（MALT淋巴瘤）和IgG4相关眼病（IgG4-ROD）的细胞组成、转录异质性和免疫微环境特征	首次对眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD进行单细胞转录组测序比较分析，揭示了两种疾病的细胞组成、关键通路和免疫微环境差异	样本量较小，仅包括3例MALT淋巴瘤和3例IgG4-ROD患者	探讨MALT淋巴瘤和IgG4-ROD在细胞组成、转录异质性和免疫微环境方面的差异	眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD患者的眼眶泪腺区域组织样本	数字病理学	淋巴瘤, IgG4相关眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3例MALT淋巴瘤患者和3例IgG4-ROD患者的组织样本
3409	2025-03-15	Development of a tertiary lymphoid structure-based prognostic model for breast cancer: integrating single-cell sequencing and machine learning to enhance patient outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534928 PMID:40078998	研究论文	本文开发了一种基于三级淋巴结构（TLS）的乳腺癌预后模型，结合单细胞测序和机器学习技术，以提高患者预后	通过整合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了关键的TLS相关基因，并开发了一个新的TLS预测模型，该模型在预测乳腺癌患者总体生存率方面优于传统模型	研究依赖于多个独立的乳腺癌队列数据，可能存在数据异质性问题，且样本量虽大，但未涵盖所有乳腺癌亚型	开发并验证一种基于TLS的乳腺癌预后模型，以改善患者预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	来自13个独立乳腺癌队列的9,551名患者
3410	2025-03-15	The sentinels of coronary artery disease: heterogeneous monocytes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1428978 PMID:40079002	综述	本文探讨了冠状动脉疾病（CAD）中单核细胞的异质性，重点关注单核细胞亚群数量、比例及功能受体表达的变化及其与临床特征的相关性	提出了增强单核细胞异质性临床实用价值的策略，并概述了CAD领域未来的研究方向	NA	探讨单核细胞在冠状动脉疾病中的异质性及其临床意义	冠状动脉疾病患者中的单核细胞	NA	心血管疾病	高参数流式细胞术和单细胞测序技术	NA	NA	NA
3411	2025-03-15	Analysis of single-cell and spatial transcriptomics in TNBC cell-cell interactions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521388 PMID:40079015	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在三阴性乳腺癌（TNBC）细胞间相互作用研究中的应用	强调了scRNA-seq和ST在探索TNBC异质性、细胞空间分布模式和细胞间相互作用中的应用	未提及具体的研究限制	增强对TNBC在细胞水平上的理解，以开发有效的治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	NA
3412	2025-03-15	Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Dec, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00562-5 PMID:39567770	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了Tgfbr1 LDS小鼠主动脉中血管平滑肌细胞的异质性，以确定主动脉根部易感性增加的分子决定因素	首次发现Gata4表达的血管平滑肌细胞在主动脉根部表现出较少分化和促炎性特征，并通过实验证明Gata4缺失可以减少LDS小鼠的主动脉根部扩张	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探讨Loeys-Dietz综合征（LDS）中主动脉根部易感性增加的分子机制	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞	生物医学	Loeys-Dietz综合征	单细胞转录组学	小鼠模型	RNA测序数据	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞
3413	2025-03-15	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了纤维化过敏性肺炎（FHP）中的新型免疫扰动	首次在单细胞分辨率下揭示了FHP中的免疫异常，包括未描述过的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	样本来源仅限于美国和墨西哥的患者，可能限制了结果的普遍性	阐明FHP中的免疫异常机制	纤维化过敏性肺炎（FHP）患者、特发性肺纤维化（IPF）患者、非纤维化过敏性肺炎患者及健康对照	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	Seurat, DoRothEA-VIPER, Monocle3, Velocyto-scVelo-CellRank	RNA测序数据	45名FHP患者、63名IPF患者、4名非纤维化过敏性肺炎患者及36名健康对照，共501,534个外周血单核细胞和88,336个BAL细胞
3414	2025-03-15	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的重要作用	揭示了肠道菌群失调与CFLD发病的直接关联，并提出了通过恢复肠道CFTR功能或调节菌群来预防或减轻肝病的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证	研究囊性纤维化相关肝病（CFLD）的发病机制，特别是肠道-肝脏轴的作用	野生型（WT）、全身性Cftr敲除（CFTR-KO）和肠道校正（CFTR-KO-GC）小鼠	NA	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、FITC-葡聚糖测定	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、微生物组数据	野生型、CFTR-KO和CFTR-KO-GC小鼠
3415	2025-03-15	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了IPF患者外周血细胞群的变化，揭示了与疾病进展相关的免疫异常	样本量相对较小，且未探讨这些免疫变化的具体机制	研究特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化，以揭示与疾病进展相关的免疫异常	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	肺纤维化	10× chromium 5' 单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	25名IPF患者和13名对照者的38个PBMC样本，共149,564个细胞
3416	2025-03-15	Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110353 PMID:39055935	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化	首次在细胞水平上识别了寨卡病毒感染后埃及伊蚊中肠的12个不同细胞群，并发现病毒主要存在于特定的肠上皮细胞和肠内分泌细胞中	研究仅关注了寨卡病毒感染后的中肠细胞变化，未涉及其他组织或器官	研究寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化及其对代谢、信号传导和免疫反应的影响	埃及伊蚊中肠细胞	生物信息学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	寨卡病毒感染后的埃及伊蚊中肠细胞
3417	2025-03-15	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于自适应免疫受体库分析的工作流，集成了Immcantation框架，用于处理B细胞和T细胞受体序列数据	开发了nf-core/airrflow工作流，解决了现有工具在样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施上的局限性	NA	开发一个高效的自适应免疫受体库分析工作流，以支持大规模AIRR-seq数据的处理	B细胞和T细胞受体序列数据	生物信息学	传染病、自身免疫疾病、癌症	AIRR-seq	NA	测序数据	97名COVID-19感染者和99名健康对照者，包括批量测序和单细胞测序数据集
3418	2025-03-15	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性，并探讨了其在特发性肺纤维化（IPF）患者中的应用	通过单细胞RNA测序数据集分析，发现CMKLR1在特发性肺纤维化患者中单核细胞来源的巨噬细胞（MDMφ）中表达，并验证了其在肺纤维化小鼠模型中的靶向成像潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	探索CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的潜力，用于特发性肺纤维化的风险分层和治疗监测	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描（PET）	小鼠模型	RNA测序数据、成像数据	特发性肺纤维化患者和小鼠模型
3419	2025-03-15	Inferring B Cell Phylogenies from Paired H and L Chain BCR Sequences with Dowser 2024-May-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300851 PMID:38557795	研究论文	本研究探讨了如何利用配对的H和L链BCR序列构建B细胞系统发育树，并发现结合L链显著提高了树的准确性和可重复性	首次系统地研究了在构建B细胞系统发育树时结合H和L链的策略，并提出了使用最大似然法分别处理H和L链的建议	当部分L链缺失时，许多系统发育方法会显著偏差分支长度估计	研究如何利用配对的H和L链BCR序列构建更准确的B细胞系统发育树	B细胞的H和L链BCR序列	生物信息学	NA	单细胞测序	最大似然法	序列数据	NA
3420	2025-03-15	Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46540-0 PMID:38565563	研究论文	本文研究了dupilumab治疗特应性皮炎（AD）时出现的头颈部皮炎（DAHND）的免疫特征，通过单细胞RNA测序分析揭示了其与未治疗的AD和健康皮肤的区别	首次通过单细胞RNA测序揭示了dupilumab相关头颈部皮炎的免疫特征，特别是寡克隆扩增的T细胞中IL22相关标志物的显著增加	研究样本量有限，且未探讨dupilumab对其他类型皮炎的影响	探讨dupilumab治疗特应性皮炎时出现的头颈部皮炎的免疫机制	dupilumab相关头颈部皮炎（DAHND）患者、未治疗的AD患者和健康对照者的皮肤样本	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA