单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3401	2025-02-23	Classifying cell cycle states and a quiescent-like G0 state using single-cell transcriptomics 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.16.589816 PMID:38659838	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的细胞周期分类器ccAFv2，用于单细胞RNA测序数据中细胞周期状态的分类	ccAFv2能够分类六种细胞周期状态和一个类似静止的G0状态，并在多种细胞类型中表现出色	G0、G1和Late G1状态在非神经上皮细胞类型中的分类准确性较低	开发一种高精度的细胞周期分类器，以解析细胞异质性和细胞周期对细胞过程的影响	人类神经干细胞和其他细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ccAFv2分类器	单细胞RNA测序数据	人类和小鼠的细胞、细胞核和空间转录组数据
3402	2025-02-23	Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578123 PMID:38352551	研究论文	本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，采用了一种新的损失函数SmoothF1 loss，该函数近似F1分数以直接惩罚假阳性和假阴性	提出了SmoothF1损失函数，这是一种新的损失函数，能够近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性，适用于深度学习训练	NA	开发一种全自动的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，以提高RNA FISH成像数据的分析准确性和高通量处理能力	荧光显微镜图像中的斑点	计算机视觉	NA	RNA FISH	深度学习	图像	358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张合成图像
3403	2025-02-23	Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607784 PMID:39185246	研究论文	本文探讨了实验和计算方法如何改进单核RNA测序（snRNA-seq）数据中的等位基因失衡分析	开发了一套新的计算工具来处理和分析scRNA-seq和snRNA-seq数据，用于等位基因特异性表达（ASE）分析，并展示了如何通过实验选择（如RNA来源、读长、测序深度、基因分型等）提高ASE方法的效力	未明确提及研究的局限性	改进单细胞水平上的等位基因失衡分析方法，以更好地理解人类基因组变异对RNA表达的影响	单核RNA测序（snRNA-seq）数据	生物信息学	帕金森病	单核RNA测序（snRNA-seq），等位基因特异性表达（ASE）分析	NA	RNA测序数据	94名帕金森病患者的队列
3404	2025-02-23	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal omics velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5613372/v1 PMID:39877092	研究论文	本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态组学速度和分子机制	GraphVelo通过使用现有方法推断的RNA速度作为输入，推断出位于单细胞数据低维流形切空间的速度向量，保留了向量大小和方向信息，并扩展了RNA速度到多模态数据	现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据	提取高通量单细胞数据中的时间分辨信息，并揭示基因、病毒和宿主细胞之间的定量非线性调控关系	单细胞数据，包括病毒-宿主相互作用组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq	基于图的机器学习	单细胞数据	多个合成和实验性scRNA-seq数据集
3405	2025-02-23	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应，特别是NK细胞和炎症反应的差异	样本量相对较小，且仅针对婴儿群体，可能无法推广到其他年龄段	比较RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中的免疫反应差异，以揭示其潜在机制	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	血液样本	RSV感染婴儿19例，SARS-CoV-2感染婴儿30例，健康对照17例
3406	2025-02-23	Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution 2025-Jan-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007 PMID:39788089	综述	本文综述了单细胞组学技术在脑衰老和再生研究中的应用，探讨了脑衰老过程中细胞类型的变化及细胞间相互作用，并提出了新的研究方向	利用单细胞组学技术提供了脑衰老和再生的无偏视图，强调了组合再生方法的潜力，并提出了新的研究方向，如脑衰老模型和神经干细胞作为再生焦点	NA	探讨脑衰老过程中单个细胞的变化如何导致与年龄相关的功能障碍，并评估再生干预措施的效果	脑细胞	单细胞组学	阿尔茨海默病, 帕金森病	单细胞转录组学	NA	单细胞组学数据	NA
3407	2025-02-23	Dimensionality reduction for visualizing spatially resolved profiling data using SpaSNE 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf002 PMID:39960663	研究论文	本文开发了一种名为SpaSNE的空间解析t-SNE方法，用于整合空间和分子信息，并在多种空间解析分析数据集上进行了应用和比较	开发了SpaSNE方法，专门针对空间解析分析数据，整合了空间和分子信息，相比现有的t-SNE和UMAP方法，提供了更准确和有意义的可视化	NA	开发一种新的维度降低和可视化方法，以更好地分析和解释空间解析分析数据	空间解析分析数据，包括来自不同疾病、组织和细胞类型的细胞	生物信息学	NA	空间解析分析技术（如Visium、STARmap和MERFISH）	SpaSNE	空间解析分析数据	多个公共空间解析分析数据集，来自3个实验平台
3408	2025-02-23	Exploring the cellular and molecular basis of murine cardiac development through spatiotemporal transcriptome sequencing 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf012 PMID:39960664	研究论文	本研究利用空间转录组测序技术探索小鼠心脏发育，构建了早期小鼠心脏发育的时空细胞图谱	通过构建时空细胞图谱，揭示了心脏细胞谱系的空间组织及其在发育过程中的相互作用，并识别了与心肌再生能力丧失相关的关键基因和转录因子	研究局限于小鼠模型，未涉及人类心脏发育的直接数据	探索小鼠心脏发育的细胞和分子基础	小鼠心脏	生物信息学	心血管疾病	空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
3409	2025-02-23	The landscape of cell regulatory and communication networks in the human dental follicle 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1535245 PMID:39974190	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类牙囊的细胞组成和调控网络，揭示了牙囊在发育和生物学功能中的复杂调控机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析了人类牙囊的细胞组成和基因调控网络，揭示了血管和免疫细胞在牙囊生物学活动中的相互作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示人类牙囊的细胞组成和调控机制，以理解其在牙周组织发育和生物学功能中的作用	人类牙囊	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3410	2025-02-23	Polymorphisms in immunosuppression-related genes are associated with AML 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530510 PMID:39975548	研究论文	本研究探讨了免疫抑制相关基因中的单核苷酸多态性（SNPs）与急性髓性白血病（AML）的关联	首次在AML患者中系统地检测了五个免疫抑制相关基因中的九个SNPs，并分析了它们与AML易感性、治疗反应和预后的关系	样本量相对较小，且未进行功能验证实验	研究免疫抑制相关基因中的SNPs对AML易感性、治疗反应和预后的影响	307名AML患者和316名健康个体的DNA样本	NA	急性髓性白血病	SNP基因分型（MassARRAY平台）	NA	DNA	307名AML患者和316名健康个体
3411	2025-02-23	Single-cell sequencing elucidates the mechanism of NUSAP1 in glioma and its diagnostic and prognostic significance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512867 PMID:39975552	研究论文	本文通过单细胞测序技术探讨了NUSAP1在胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤细胞亚群中的基因表达模式，并识别出NUSAP1作为关键标志物	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能缺乏某些特定患者群体的代表性	探索NUSAP1在胶质瘤中的分子机制及其作为个性化治疗靶点的潜力	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据、微阵列数据	来自TCGA和GEO数据库的胶质瘤患者数据
3412	2025-02-23	Research hotspots and frontiers in the tumor microenvironment of colorectal cancer: a bibliometric study from 2014 to 2024 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1525280 PMID:39975599	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究现状、热点和未来趋势	首次对2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究进行文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和未来趋势	研究仅基于Web of Science核心合集数据库，可能未涵盖所有相关文献	提供结直肠癌肿瘤微环境领域的当前研究状态、热点和未来趋势的全面图景	结直肠癌肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	文献计量分析	NA	文献数据	748篇出版物
3413	2025-02-23	Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research 2025, Acta biochimica Polonica IF:1.4Q4 DOI:10.3389/abp.2025.13922 PMID:39980637	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学在生物医学研究中的最新进展和应用	空间转录组学作为一种新兴技术，能够在单细胞水平上保留RNA转录组的空间信息，这是传统单细胞测序技术所无法实现的	scRNA-seq技术的一个关键局限是无法保留RNA转录组的空间信息，因为该过程需要组织解离和细胞分离	探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在生物医学研究中的应用及其技术发展	单细胞RNA测序和空间转录组学技术	生物医学研究	癌症研究	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
3414	2025-02-23	Cancer stem cells and tumor-associated macrophages as mates in tumor progression: mechanisms of crosstalk and advanced bioinformatic tools to dissect their phenotypes and interaction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529847 PMID:39981232	研究论文	本文探讨了癌症干细胞（CSCs）与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤进展中的相互作用及其机制，并介绍了先进的生物信息学工具来解析它们的表型和相互作用	本文整合了生物学和计算数据，通过单细胞RNA测序、空间转录组学和轨迹分析等前沿技术，提供了对CSCs和TME异质性和动态的全面理解，揭示了免疫逃逸和治疗抵抗的替代机制	NA	阐明CSCs生物学及其与TME免疫细胞（特别是TAMs）复杂相互作用的最新见解，从原发肿瘤到转移形成的全面场景	癌症干细胞（CSCs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学、轨迹分析	NA	RNA测序数据、转录组数据	NA
3415	2025-02-23	An anoikis-related signature predicts prognosis and immunotherapy response in gastrointestinal cancers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1477913 PMID:39981252	研究论文	本研究探讨了与失巢凋亡相关基因（ARGs）在胃肠道癌症预后中的作用，并开发了一个预测模型（Anoscore）	开发了一个基于失巢凋亡相关基因的预后签名（Anoscore），并验证其在预测胃肠道癌症患者预后和免疫治疗反应中的潜力	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索失巢凋亡相关基因在胃肠道癌症预后中的作用	胃肠道癌症患者，包括食管癌、胃癌、结肠癌和直肠癌	生物信息学	胃肠道癌症	RNA测序，单细胞测序分析	LASSO回归，Cox回归分析	RNA测序数据，临床数据	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的患者数据
3416	2025-02-23	Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis 2024-Dec-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024123 PMID:39378586	研究论文	本文研究了由于线粒体腺苷酸激酶2（AK2）功能丧失导致的严重免疫缺陷综合征——网状发育不全，探讨了代谢检查点在造血过程中的作用	通过结合单细胞转录组学分析和CRISPR模型，揭示了AK2缺陷在造血系统中的影响，特别是在晚期粒细胞生成过程中代谢检查点的失效机制	研究主要基于患者样本和体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨AK2缺陷对造血系统的影响及代谢检查点在维持代谢稳态中的作用	网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞	细胞生物学	免疫缺陷综合征	单细胞转录组学、CRISPR	CRISPR模型	基因表达数据	网状发育不全患者样本和原代人类造血干细胞
3417	2025-02-23	Genetic inference and single cell expression analysis of potential targets in heart failure and breast cancer 2024-Oct-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06010-y PMID:39460820	研究论文	本研究通过结合遗传推断和单细胞表达分析，探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并利用孟德尔随机化方法评估这些靶点的因果关系	结合遗传推断和单细胞表达分析，揭示心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并通过实验验证ITM2B基因在乳腺癌中的作用	研究主要依赖于GWAS数据和单细胞RNA测序技术，可能存在样本选择偏差和技术局限性	探索心力衰竭和乳腺癌的潜在遗传靶点，并评估这些靶点的因果关系	心力衰竭和乳腺癌的遗传变异及其表达模式	基因组学	心力衰竭, 乳腺癌	GWAS, 单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
3418	2025-02-23	Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory 2024-Aug-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406787121 PMID:39163337	研究论文	本文研究了骨骼肌干细胞（MuSCs）对微环境硬度的记忆效应及其对细胞功能的影响	使用动态水凝胶生物材料，能够在光照下软化和硬化，揭示了MuSCs对基质硬度的持久记忆效应及其分子机制	研究主要基于体外实验，未完全验证在体内环境中的适用性	探讨MuSCs是否具有对过去微环境的记忆，以及这种记忆是否可以被克服	骨骼肌干细胞（MuSCs）	生物材料	杜氏肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
3419	2025-02-23	Astrocytes Modulate a Specific Paraventricular Thalamus→Prefrontal Cortex Projection to Enhance Consciousness Recovery from Anesthesia 2024-Aug-21, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1808-23.2024 PMID:38926088	研究论文	本研究通过动物模型和电生理记录，揭示了星形胶质细胞在促进从七氟醚麻醉中恢复意识中的作用	发现了特定的PVT→前额叶皮层投射在意识恢复中的作用，并揭示了七氟醚通过抑制PVT星形胶质细胞Kir4.1电导来调节这一过程	研究主要基于雄性小鼠模型，未涉及其他性别或物种	探索星形胶质细胞在麻醉恢复中的具体调节机制	雄性小鼠的星形胶质细胞和谷氨酸能神经元	神经科学	麻醉恢复	单细胞RNA测序、电生理记录	NA	电生理数据、RNA测序数据	雄性小鼠
3420	2025-02-23	Trem2 Agonist Reprograms Foamy Macrophages to Promote Atherosclerotic Plaque Stability-Brief Report 2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320797 PMID:38695172	研究论文	本文研究了Trem2激动剂AL002a对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响，发现其通过促进泡沫巨噬细胞的存活和增殖，改善斑块稳定性	首次展示了Trem2激动剂AL002a通过重编程泡沫巨噬细胞功能，增强胆固醇外流和胶原沉积，从而改善动脉粥样硬化斑块稳定性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探讨Trem2激动剂对动脉粥样硬化斑块稳定性的影响	动脉粥样硬化易感小鼠（Ldlr-/-）	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	动脉粥样硬化易感小鼠