单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3401	2025-02-19	The molecular mechanism by which CTSB degrades FPN to disrupt macrophage iron homeostasis and promote the progression of atherosclerosis 2025-Feb-17, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05228-9 PMID:39960586	研究论文	本文研究了CTSB通过降解FPN破坏巨噬细胞铁稳态并促进动脉粥样硬化进展的分子机制	首次揭示了CTSB通过降解FPN诱导巨噬细胞铁死亡，从而促进动脉粥样硬化进展的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨CTSB在动脉粥样硬化进展中的作用及其与铁死亡的关系	ApoE敲除小鼠、高脂饮食SD大鼠和人类动脉粥样硬化组织	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	ApoE敲除小鼠、高脂饮食SD大鼠和人类动脉粥样硬化组织样本
3402	2025-02-19	Single Cell Inference of Cancer Drug Response Using Pathway-Based Transformer Network 2025-Feb-17, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400991 PMID:39962810	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的深度学习模型scPDS，用于从单细胞RNA测序数据预测癌症药物敏感性	开发了scPDS模型，通过整合大规模细胞系数据集的bulk RNA-seq数据，提高了单细胞RNA测序分析的准确性和计算效率	NA	预测癌症药物反应，优化个性化治疗策略	乳腺癌细胞	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	RNA-seq数据	NA
3403	2025-02-19	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Feb-17, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	本文提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组学数据中解析细胞间通信和基因表达，以揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	SpaDCN通过生成空间图表示的节点层和边层，并采用动态图卷积来切换节点图和边图的传播，从而有效地转移细胞间通信对表达变异的影响	NA	解决在组织微环境中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组学数据	数字病理学	癌症	空间分辨转录组学	动态图卷积网络	基因表达数据	NA
3404	2025-02-19	CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study 2025-Feb-17, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15266 PMID:39962879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色技术，探讨了口腔扁平苔藓（OLP）中诱导性三级淋巴结构（iTLSs）的作用及其与疾病严重程度的关系	首次揭示了CCL19+成纤维细胞在T细胞趋化及iTLSs形成中的关键作用，并发现iTLSs的存在与OLP疾病严重程度显著相关	研究为回顾性研究，样本量有限，且未进行长期随访以评估iTLSs对疾病预后的影响	阐明口腔扁平苔藓中适应性免疫的启动机制，特别是iTLSs和基质-免疫微环境的作用	口腔扁平苔藓患者	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 图像数据	回顾性收集的口腔扁平苔藓患者临床数据
3405	2025-02-19	Autonomous function of Antennapedia in adult muscle precursors directly connects Hox genes to adult muscle development 2025-Feb-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204341 PMID:39918891	研究论文	本文通过单细胞转录组学和Hox基因扰动实验，揭示了Hox蛋白Antennapedia在果蝇成虫飞行肌发育中的关键作用	挑战了T2节段为'Hox-free'区域的观念，揭示了低水平Antp表达在成虫肌肉发育中的不可或缺作用	NA	探讨Hox基因在果蝇成虫飞行肌发育中的直接作用	果蝇成虫飞行肌	发育生物学	NA	单细胞转录组学, CRISPR技术, 功能获得实验	NA	转录组数据	NA
3406	2025-02-19	Single-cell RNA sequencing identifies molecular biomarkers predicting late progression to CDK4/6 inhibition in patients with HR+/HER2- metastatic breast cancer 2025-Feb-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02226-9 PMID:39955556	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂晚期进展的分子生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术分析CDK4/6抑制剂治疗前后的转移性肿瘤，识别出与晚期进展相关的分子标志物和免疫细胞动态变化	研究样本量有限，且仅针对HR+/HER2-转移性乳腺癌患者，结果可能不适用于其他类型的乳腺癌	识别预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂晚期进展的分子生物标志物	HR+/HER2-转移性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	转移性肿瘤样本，包括肝脏、胸腔积液、腹水和骨骼
3407	2025-02-19	Landscape of four different stages of human gastric cancer revealed by single-cell sequencing 2025-Feb-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i2.97125 PMID:39958562	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胃癌四个不同阶段的细胞分布和动态变化	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析胃癌不同阶段的肿瘤微环境中的细胞分布和相互作用	样本量较小，仅涉及四名患者的八个组织样本	探索胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化	胃癌患者的癌组织和癌旁组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR），流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	四名患者的八个组织样本，共73645个单细胞
3408	2025-02-19	Single-cell transcriptomes reveal cell-type-specific and sample-specific gene function in human cancer 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42218 PMID:39959484	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了一个基于共表达网络和邻居投票方法的评估框架，以探索其在癌症基因功能理解中的作用	揭示了scRNA-seq在细胞类型特异性和样本特异性基因功能发现中的独特作用，尤其是在免疫细胞中发现了癌症细胞中未发现的免疫相关功能	研究中使用的细胞数量较多（116,814个），但未详细讨论样本来源的多样性或潜在的批次效应问题	探索单细胞RNA测序在癌症基因功能注释中的作用	人类癌症中的细胞类型和样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共表达网络和邻居投票方法	单细胞RNA测序数据	116,814个细胞
3409	2025-02-19	Matrix mechano-sensing at the invasive front induces a cytoskeletal and transcriptional memory supporting metastasis 2025-Feb-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56299-7 PMID:39952917	研究论文	本文研究了细胞外基质（ECM）在肿瘤扩散中的作用，并揭示了ECM组织在肿瘤不同区域的特性及其对肿瘤侵袭和转移的影响	研究发现侵袭前沿的ECM组织特性与肿瘤的侵袭特征相关，并揭示了ECM组织如何通过机械信号传导影响肿瘤细胞的侵袭和转移	研究主要基于体外模型和小鼠模型，尚未在更大规模的人类样本中进行验证	探讨ECM组织在肿瘤侵袭和转移中的作用机制	人类和小鼠肿瘤样本	肿瘤生物学	癌症	空间转录组学	NA	组织样本	人类和小鼠肿瘤样本
3410	2025-02-19	One-carbon metabolism is distinct metabolic signature for proliferative intermediate exhausted T cells of ICB-resistant cancer patients 2025-Feb-14, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02332-z PMID:39952933	研究论文	本研究探讨了一碳代谢（1CM）在肿瘤免疫微环境（TIME）中的功能作用，特别是在免疫检查点阻断（ICB）耐药癌症患者的增殖性中间耗竭T细胞（Tex）中的作用	首次将1CM与增殖性中间耗竭T细胞（Tex）联系起来，并发现1CM在免疫治疗耐药患者中显著扩增，提出1CM作为增强免疫治疗疗效的新治疗靶点	研究主要基于RNA测序数据，缺乏直接的实验验证，且样本类型和数量有限	阐明1CM在肿瘤免疫微环境中的功能作用，特别是其在免疫治疗耐药中的作用	肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌和三阴性乳腺癌患者的T细胞	肿瘤免疫学	肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌、三阴性乳腺癌	bulk-RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多种癌症患者的RNA测序数据，具体样本数量未明确
3411	2025-02-19	Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke in mice 2025-Feb-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56847-1 PMID:39953063	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了Ifi27l2a作为小鼠衰老和卒中背景下小胶质细胞炎症的基因调控因子	首次发现Ifi27l2a在衰老和缺血性卒中后的小胶质细胞中显著上调，并证明其在神经炎症中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用有限，需进一步验证	探讨Ifi27l2a在神经炎症和缺血性卒中中的调控作用	小鼠和人类尸检脑样本	生物医学	缺血性卒中	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	年轻和老年小鼠脑样本及人类尸检脑样本
3412	2025-02-19	An integrated multi-omics analysis identifies protein biomarkers and potential drug targets for psoriatic arthritis 2025-Feb-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07698-5 PMID:39953266	研究论文	本文通过多组学方法识别了银屑病关节炎的蛋白质生物标志物和潜在药物靶点	首次采用全蛋白质组孟德尔随机化分析识别出与银屑病关节炎显著相关的七种血浆蛋白质生物标志物，并评估了其作为药物靶点的潜力	研究结果需要进一步的实验验证和临床研究来确认其有效性和安全性	识别银屑病关节炎的生物标志物和潜在药物靶点，以有效管理该疾病	银屑病关节炎患者	生物信息学	银屑病关节炎	全蛋白质组孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、表型全基因组关联研究	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	NA
3413	2025-02-19	CCR7 in esophageal squamous cell carcinoma: an identification from single-cell and bulk transcriptome sequencing 2025-Feb-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01927-3 PMID:39953263	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组测序揭示了CCR7在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体机制	首次结合单细胞RNA测序和TCGA-ESCA数据，系统分析了CCR7在ESCC中的表达及其与KRAS信号通路的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	揭示CCR7在食管鳞状细胞癌中的具体机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量转录组测序	NA	RNA测序数据	28,281个细胞
3414	2025-02-19	Role of CD4+ T cells in cancer immunity: a single-cell sequencing exploration of tumor microenvironment 2025-Feb-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06167-1 PMID:39953548	review	本文综述了单细胞测序在探索肿瘤免疫微环境中CD4+ T细胞的作用及其异质性方面的最新发现	利用单细胞测序技术深入探讨了CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的表型多样性和功能特异性，为癌症治疗和预后提供了新的治疗靶点和策略	NA	探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及其对癌症治疗和预后的影响	CD4+ T细胞及其在肿瘤免疫微环境中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
3415	2025-02-19	A morphological cell atlas of the freshwater sponge Ephydatia muelleri with key insights from targeted single-cell transcriptomes 2025-Feb-14, EvoDevo IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13227-025-00237-7 PMID:39953556	研究论文	本文通过研究淡水海绵Ephydatia muelleri的形态、行为和转录组学，填补了非双侧对称动物细胞和组织形态学理解的空白	描述了新的细胞特征，如极化的外上皮、新的收缩筛细胞、在choanocyte室出口处的运动纤毛以及在excurrent canal和oscula细胞上的非运动纤毛	研究主要集中在一种淡水海绵物种，可能无法完全代表所有海绵的细胞和组织特征	理解动物细胞类型、组织和区域体型的起源，特别是非双侧对称动物与双侧对称动物之间的过渡	淡水海绵Ephydatia muelleri的细胞和组织	进化发育生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	三种细胞类型（cystencytes, choanocytes, archaeocytes）的活体样本
3416	2025-02-19	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing to identify potential biomarkers in intervertebral disc degeneration 2025-Feb-14, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02346-4 PMID:39953636	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序，识别了与椎间盘退变相关的潜在生物标志物	结合hdWGCNA和Monocle3包进行伪时间序列分析，识别与椎间盘退变相关的关键基因，并利用机器学习技术筛选出致病基因	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	识别椎间盘退变中的潜在基因并阐明其发病机制	退变的髓核组织	生物信息学	椎间盘退变	RNA测序	SVM-RFE, 随机森林	RNA测序数据	NA
3417	2025-02-19	Activation of STAT6 in Intestinal Epithelial Cells Predisposes to Gut Inflammation 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451394 PMID:39670708	研究论文	本文研究了STAT6在肠道上皮细胞中的激活如何导致肠道炎症	首次揭示了STAT6在肠道上皮细胞中的激活与肠道炎症的关联	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨STAT6在肠道上皮细胞中的激活对肠道炎症的影响	小鼠模型（VillinCre_STAT6vt小鼠）和人类IBD患者单细胞RNA测序数据	生物医学	炎症性肠病（IBD）	RNA测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类IBD患者单细胞RNA测序数据集
3418	2025-02-19	Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02052-z PMID:39833605	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了疫苗接种状态和SARS-CoV-2变体对人类鼻黏膜细胞反应的影响	首次揭示了不同SARS-CoV-2变体（Delta和Omicron）及疫苗接种状态对鼻黏膜细胞反应的差异，并发现了与COVID-19严重程度相关的干扰素刺激基因表达模式	研究样本量有限，且未涵盖所有SARS-CoV-2变体	探讨SARS-CoV-2变体和疫苗接种状态对鼻黏膜细胞反应的影响	接种和未接种疫苗的成年人，感染Delta和Omicron变体的急性SARS-CoV-2感染患者	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	接种和未接种疫苗的成年人，感染Delta和Omicron变体的急性SARS-CoV-2感染患者
3419	2025-02-19	Tissue-Resident Regulatory T Cells Expressing CD83 Maintain Local Homeostasis and Restrict Th2 Responses in Asthma 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451525 PMID:39955650	研究论文	本研究首次探讨了肺组织驻留调节性T细胞（Tregs）在稳态和哮喘期间表达CD83的作用，揭示了CD83在屏障组织中的重要性	首次揭示了CD83在非淋巴组织Tregs（NLT-Tregs）中的生物学意义，特别是在哮喘模型中对Th2反应的调控作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨CD83在肺组织驻留Tregs中的作用及其在哮喘中的调控机制	肺组织驻留调节性T细胞（Tregs）和哮喘模型小鼠	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	CD83条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3420	2025-02-19	Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures 2025-Feb, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.70004 PMID:39956958	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞（hUC-MSCs）在不同培养系统中的异质性，并鉴定出一组具有高成骨和软骨生成潜能的Ultroser-G-MSCs亚群	首次创建了hUC-MSCs在不同培养系统中的单细胞转录组图谱，并鉴定出具有高成骨和软骨生成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSCs亚群	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现的临床适用性	揭示hUC-MSCs在不同培养系统中的异质性，并鉴定出具有特定功能的亚群以实现精准临床应用	人脐带间充质干细胞（hUC-MSCs）	单细胞转录组学	骨关节炎	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA