单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3381	2025-05-03	Tissue-resident immune cells: from defining characteristics to roles in diseases 2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02050-5 PMID:39820040	review	本文综述了组织驻留免疫细胞（TRICs）的定义特征及其在健康和疾病中的作用	系统总结了所有TRIC类型的发育和功能特征，并探讨了其在疾病治疗中的潜在应用	未完全总结每种TRIC类型的起源、发育轨迹和细胞间交互作用，且缺乏对TRICs在疾病进展中的系统性概述	探讨组织驻留免疫细胞在健康和疾病中的主要作用及其治疗潜力	组织驻留免疫细胞（TRICs）	免疫学	NA	单细胞测序、时空组学	NA	NA	NA
3382	2025-05-03	Single-cell transcriptome atlas of lamprey exploring Natterin- induced white adipose tissue browning 2025-Jan-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56153-w PMID:39820434	研究论文	本研究构建了一个包含604,460个细胞/核和70种细胞类型的七鳃鳗全面细胞图谱，探索了Natterin诱导的白色脂肪组织褐变	首次构建了七鳃鳗的全面细胞图谱，发现了与有颌脊椎动物同源的细胞类型，并揭示了Natterin在脂质代谢中的作用	研究仅基于14个七鳃鳗组织样本，样本量相对较小	探索脊椎动物细胞进化及脂肪组织可塑性和代谢调控	七鳃鳗的多种组织和细胞类型	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	604,460个细胞/核，来自14个七鳃鳗组织样本
3383	2025-05-03	Innovative treatment of age-related hearing loss using MSCs and EVs with Apelin 2025-Jan-17, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09988-4 PMID:39820591	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术探索间充质干细胞（MSCs）及其外泌体（EVs）在治疗年龄相关性听力损失（ARHL）中的潜力	首次证明MSCs可分化为内耳细胞亚群，并通过EVs递送Apelin促进M2巨噬细胞极化，从而恢复听觉功能	研究仅在体外和小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索MSCs和EVs在治疗年龄相关性听力损失中的治疗效果	间充质干细胞（MSCs）、外泌体（EVs）和老年小鼠模型	再生医学	老年性疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	老年小鼠模型
3384	2025-05-03	An atlas of neuropathic pain-associated molecular pathological characteristics in the mouse spinal cord 2025-Jan-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07506-0 PMID:39820760	研究论文	本研究通过整合空间转录组学、单核RNA测序和大块RNA测序，揭示了小鼠脊髓在神经病理性疼痛条件下的区域病理异质性	首次系统地展示了DRG神经元与脊髓背角神经元及胶质细胞之间的'跨组学对话'，揭示了神经病理性疼痛条件下通讯模式的改变	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	解析神经病理性疼痛的分子病理机制	小鼠脊髓和背根神经节	神经科学	神经病理性疼痛	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)、大块RNA测序(bulk RNA-seq)	小鼠神经病理性疼痛模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用NP小鼠和假手术小鼠进行比较
3385	2025-05-03	Single-cell analysis reveals Mycobacterium tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of permissive macrophages in infected mouse lungs 2025-Jan-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8158 PMID:39813329	研究论文	通过单细胞分析揭示了结核分枝杆菌ESX-1在感染小鼠肺部促进许可性巨噬细胞积累的作用	首次使用多种单细胞RNA测序技术研究了ESX-1在MNP异质性和反应中的作用，并发现ESX-1依赖的免疫逃逸转录特征	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究结核分枝杆菌ESX-1分泌系统对肺部单核吞噬细胞招募和分化的影响	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞(BMDM)	感染免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录数据	小鼠肺部组织和骨髓来源巨噬细胞
3386	2025-05-03	Herpesviruses mimic zygotic genome activation to promote viral replication 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55928-5 PMID:39814710	研究论文	该研究发现疱疹病毒通过模仿合子基因组激活（ZGA）来促进病毒转录和复制	揭示了疱疹病毒通过激活DUX4表达来模拟合子基因组激活，从而促进病毒转录和复制的新机制	研究主要基于HSV-1病毒，其他疱疹病毒亚科的验证可能不足	探究DNA病毒如何利用宿主细胞机制促进自身复制	疱疹病毒、乳头瘤病毒和Merkel细胞多瘤病毒	病毒学	病毒感染	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、纳米抗体构建	NA	单细胞测序数据	患者单细胞测序数据集
3387	2025-05-03	Inhibition of Interleukin-40 prevents multi-organ damage during sepsis by blocking NETosis 2025-Jan-16, Critical care (London, England) DOI:10.1186/s13054-025-05257-2 PMID:39819454	研究论文	研究发现白细胞介素40（IL-40）在脓毒症中作为新的生物标志物和治疗靶点，通过阻断NETosis防止多器官损伤	首次揭示IL-40在脓毒症中的关键作用，并证明其通过调控中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成影响疾病进展	研究主要基于小鼠模型和有限的患者队列，需要更大规模的临床验证	探索脓毒症的新型生物标志物和治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	基因敲除小鼠模型	临床数据、实验数据	两个独立的脓毒症患者队列和实验小鼠
3388	2025-05-03	Enhancing single-cell transcriptomics using interposed anchor oligonucleotide sequences 2025-Jan-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07474-5 PMID:39819888	research paper	该文章提出了一种改进的单细胞转录组学方法，通过在条形码和UMI之间插入锚定寡核苷酸序列来减少合成错误的影响	引入了锚定寡核苷酸序列的设计，显著减少了因合成不准确而需要丢弃的读数	NA	提高单细胞转录组学的准确性和效率	单细胞转录组学中的寡核苷酸捕获设计	单细胞测序	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
3389	2025-05-03	The Human Microglia Atlas (HuMicA) unravels changes in disease-associated microglia subsets across neurodegenerative conditions 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56124-1 PMID:39820004	research paper	构建了一个人类大脑免疫细胞图谱（HuMicA），揭示了神经退行性疾病中与疾病相关的小胶质细胞亚群的变化	首次整合了多种神经退行性疾病的单核RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，揭示了人类组织中疾病相关小胶质细胞的四种亚型	样本来源多样，可能影响数据一致性；未深入探讨GPNMB高表达亚群在其他病理中的具体作用	研究神经退行性疾病中小胶质细胞的异质性和功能变化	阿尔茨海默病、自闭症谱系障碍、癫痫、多发性硬化症、路易体病、COVID-19患者及健康对照的脑组织样本	digital pathology	neurodegenerative disease	single-nucleus RNA-seq, single-cell RNA-seq, in situ hybridization	NA	RNA-seq data	241个样本（包含90,716个细胞核/细胞）
3390	2025-05-03	The High-Affinity IL-2 Receptor Affects White Matter Damage after Cerebral Ischemia by Regulating CD8 + T Lymphocyte Differentiation 2025-Jan-16, Journal of neuroimmune pharmacology : the official journal of the Society on NeuroImmune Pharmacology IF:5.2Q1 DOI:10.1007/s11481-025-10169-7 PMID:39821696	研究论文	该研究探讨了高亲和力IL-2受体通过调节CD8+T淋巴细胞分化影响脑缺血后白质损伤的机制	揭示了高亲和力IL-2R在CD8+T细胞中的特异性表达及其在脑缺血后白质损伤中的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明IL-2/IL-2R信号通路在缺血性卒中后免疫调节中的作用	CD8+T细胞亚群及其高亲和力IL-2受体	神经免疫学	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序、RNA-seq、qPCR、免疫荧光、多重检测	IL-2Rα基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像学数据、电生理数据	未明确说明具体样本量，使用基因敲除小鼠模型进行研究
3391	2025-05-03	Inhibition of aortic CX3CR1+ macrophages mitigates thoracic aortic aneurysm progression in Marfan syndrome in mice 2025-Jan-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178198 PMID:39817456	research paper	研究探讨了CX3CR1+巨噬细胞在Marfan综合征（MFS）相关胸主动脉瘤（TAA）中的作用及其潜在治疗策略	首次发现并验证了CX3CR1+巨噬细胞在MFS相关TAA形成中的关键作用，并提出了针对这些细胞的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探究免疫细胞介导的炎症在MFS相关TAA发病机制中的作用	小鼠模型和MFS患者的主动脉组织	心血管疾病研究	Marfan综合征和胸主动脉瘤	单细胞RNA测序、BM移植、抗体中和、shRNA慢病毒转导	Fbn1C1041G/+小鼠模型	基因表达数据和细胞培养数据	小鼠模型和MFS患者的主动脉组织样本
3392	2025-05-03	Mapping the spatial atlas of the human bone tissue integrating spatial and single-cell transcriptomics 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1298 PMID:39817519	研究论文	本研究通过整合空间和单细胞转录组学，绘制了人类骨组织的空间图谱，揭示了骨组织中细胞的复杂结构和相互作用	首次整合高分辨率空间和单细胞转录组学数据，发现了骨形成特化的微环境以及骨细胞与其他细胞的关键通讯和共定位模式	研究仅基于股骨组织，可能无法完全代表其他骨骼部位的情况	揭示骨组织中细胞的空间组织和相互作用，以推动精准医学的发展	人类骨组织和骨髓	单细胞转录组学	骨相关疾病	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	股骨组织样本
3393	2025-05-03	Aligned membranes regulate wound healing via MMP12 secreted by macrophages 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317194 PMID:39813228	research paper	该研究揭示了排列电纺膜通过调节巨噬细胞分泌的MMP12促进伤口愈合的机制	首次发现排列电纺膜通过上调MMP12表达同时抑制成纤维细胞迁移来促进伤口无疤痕愈合	未探讨其他可能参与该过程的分子机制	阐明排列电纺纤维膜促进伤口愈合的分子机制	排列电纺膜对伤口愈合的影响	生物医学工程	皮肤创伤	bulk RNA测序和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
3394	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Exercise-Induced Transcriptional Dynamics in Half-Marathon Runners 2025-Jan, Scandinavian journal of medicine & science in sports IF:3.5Q1 DOI:10.1111/sms.70018 PMID:39817606	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了业余半程马拉松运动员在耐力运动后外周血单个核细胞的转录动态变化	首次在单细胞水平上研究了耐力运动对免疫细胞转录组的影响，并采用了伪批量分析方法以获取更多生物学见解	样本量较小（仅4名参与者），且研究对象为业余运动员，可能无法代表所有人群	探究耐力运动对免疫细胞转录动态的影响及其潜在机制	业余半程马拉松运动员的外周血单个核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名参与者的运动前后血液样本
3395	2025-05-03	Integration of unpaired single cell omics data by deep transfer graph convolutional network 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012625 PMID:39821189	研究论文	本文提出了一种基于图卷积网络的深度迁移模型scTGCN，用于整合未配对的单细胞组学数据	scTGCN模型在保持生物变异的同时，能够快速整合数十万个细胞，且内存消耗低	当前标签迁移方法在保留细粒度细胞群和数据集间内在或外在异质性方面能力有限	提升单细胞组学数据的标签迁移和整合能力	单细胞RNA序列和单细胞染色质可及性数据	机器学习	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, APSA-seq, CITE-seq	图卷积网络(GCN)	单细胞组学数据	数十万个细胞
3396	2025-05-03	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular reprogramming and changes of immune cell subsets following tetramethylpyrazine treatment in LPS-induced acute lung injury 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18772 PMID:39822976	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究四甲基吡嗪（TMP）在LPS诱导的急性肺损伤（ALI）中对细胞重编程和免疫细胞亚群的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示TMP在ALI治疗中对肺组织微环境的动态变化及免疫细胞亚群的调节作用	研究仅基于小鼠模型，未在人体中进行验证	探究TMP在ALI治疗中的潜在机制及其对肺组织微环境的影响	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 生物信息学分析, 免疫组织化学, 酶联免疫吸附试验	小鼠ALI模型	单细胞转录组数据	NA
3397	2025-05-03	Cellular Senescence Genes as Cutting-Edge Signatures for Abdominal Aortic Aneurysm Diagnosis: Potential for Innovative Therapeutic Interventions 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70323 PMID:39823264	研究论文	本研究旨在识别与腹主动脉瘤（AAA）发展相关的细胞衰老相关基因（SRGs），并评估它们作为治疗靶点的潜力	通过机器学习算法识别了与AAA相关的关键基因ETS1和ITPR3，并验证了它们在诊断中的潜在应用	研究主要基于基因表达数据，需要进一步的实验验证这些基因在AAA中的具体作用机制	探索细胞衰老在AAA进展中的作用，并寻找潜在的诊断标志物	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物信息学	腹主动脉瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、WB、IF、RT-qPCR	LASSO、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	GSE57691训练集及两个独立验证数据集，人血清样本和小鼠模型
3398	2025-05-03	BuDDI: Bulk Deconvolution with Domain Invariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012742 PMID:39823522	研究论文	提出BuDDI方法，通过域适应技术整合批量数据和单细胞RNA测序数据，预测细胞类型特异性扰动效应	利用变分自编码器(VAE)学习独立的潜在空间，涵盖细胞类型比例、扰动效应、结构化实验变异和其他变异，从而模拟细胞类型特异性扰动响应	未明确提及具体局限性	开发一种方法，将批量数据和单细胞数据结合，以研究细胞类型特异性扰动效应	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 域适应技术	VAE (变分自编码器)	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3399	2025-05-03	Macrophage Infiltration and ITGB2 Expression in ESCC: A Novel Correlation 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70604 PMID:39825491	研究论文	本研究探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）中巨噬细胞浸润与ITGB2表达之间的相关性及其在免疫治疗中的潜在应用	首次发现ITGB2在浸润巨噬细胞中的表达随着巨噬细胞向促肿瘤表型极化而增加，并提出了通过敲除ITGB2的M1巨噬细胞进行免疫治疗的新策略	研究结果需要进一步的体内实验验证，且临床应用的可行性和安全性尚未评估	探索ESCC中与肿瘤免疫相关的潜在分子和治疗策略	食管鳞状细胞癌（ESCC）	肿瘤免疫学	食管癌	高通量测序、基因芯片、单细胞测序、生物信息学分析	NA	测序数据、基因芯片数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量
3400	2025-05-03	Comprehensive Analysis of m6A-Related Programmed Cell Death Genes Unveils a Novel Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70255 PMID:39828988	研究论文	本研究通过整合bulk RNA和单细胞测序数据，识别了43个具有预后价值的m6A相关程序性细胞死亡基因，并基于这些基因开发了一个13基因风险模型（mPCDS），用于肺腺癌的风险分层和个性化治疗策略	首次整合bulk RNA和单细胞测序数据，开发了一个新的m6A相关程序性细胞死亡基因风险模型（mPCDS），并验证了RCN1作为肺腺癌进展的潜在致癌基因和治疗靶点	研究依赖于公共数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发一个基于m6A相关程序性细胞死亡基因的预后模型，用于肺腺癌的风险分层和个性化治疗	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	bulk RNA测序, 单细胞测序	CoxBoost, SuperPC	RNA测序数据	多个验证数据集（具体样本量未明确说明）