单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3381	2025-03-27	BAG6 restricts pancreatic cancer progression by suppressing the release of IL33-presenting extracellular vesicles and the activation of mast cells 2024-Aug, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01195-1 PMID:38942797	研究论文	本研究揭示了BAG6通过抑制携带IL33的细胞外囊泡释放和肥大细胞激活来限制胰腺癌进展的机制	首次发现BAG6在胰腺癌中的肿瘤抑制功能，揭示了BAG6缺陷通过EV相关IL33激活肥大细胞促进肿瘤生长的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究BAG6在胰腺癌进展中的作用机制	胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型、人类类器官和患者样本	肿瘤微环境研究	胰腺癌	Cre/LoxP报告系统、单细胞RNA测序	小鼠PDAC模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型、人类类器官和患者样本
3382	2025-03-27	Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease 2024-Jun, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01158-6 PMID:38720063	研究论文	本研究探讨了PAD4在炎症性肠病(IBD)中的作用，揭示了PAD4通过CKMT1的瓜氨酸化影响肠道炎症的机制	首次发现PAD4通过瓜氨酸化CKMT1影响线粒体稳态和肠道屏障功能，并证实PAD4可能是IBD的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	阐明PAD4在IBD发病机制中的具体作用	中性粒细胞、肠道上皮细胞(IECs)、CKMT1蛋白	分子生物学	炎症性肠病(IBD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、底物瓜氨酸化定位	DSS诱导的结肠炎小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	IBD患者临床样本和小鼠模型
3383	2025-03-27	A revised conceptual framework for mouse vomeronasal pumping and stimulus sampling 2024-03-25, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.01.036 PMID:38320553	research paper	本文重新审视了小鼠犁鼻器刺激采样的经典血管运动泵假说，并提出了一个修订的概念框架	发现了犁鼻器平滑肌组织的两个亚群，具有不同的结构和收缩特性，揭示了新的功能模式	研究仅针对小鼠犁鼻器，结果可能不适用于其他哺乳动物	探究犁鼻器的物理机械功能和刺激采样机制	小鼠犁鼻器	生理学	NA	解剖学、组织学、生理学方法、单细胞转录组学、药理学分析、2D/3D断层扫描	NA	解剖数据、生理数据、转录组数据、影像数据	NA
3384	2025-03-27	CTLA4 protects against maladaptive cytotoxicity during the differentiation of effector and follicular CD4+ T cells 2023-07, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01027-8 PMID:37161048	研究论文	本文研究了CTLA4在效应性和滤泡性CD4+ T细胞分化过程中对细胞毒性的保护作用	揭示了CTLA4在调节CD4+ T细胞细胞毒性中的关键作用，并发现CD57标记的CD4 T细胞在不同组织中的表型差异	研究主要基于原发性抗体缺陷患者，结果在其他疾病中的普适性需要进一步验证	探讨CTLA4在CD4+ T细胞分化过程中的调控机制及其对细胞毒性的影响	CD57标记的CD4+ T细胞	免疫学	原发性抗体缺陷	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自血液和扁桃体样本的匹配CD57 CD4 T细胞
3385	2025-03-27	Regulation of c-SMAC formation and AKT-mTOR signaling by the TSG101-IFT20 axis in CD4+ T cells 2023-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01008-x PMID:37029318	research paper	本研究探讨了TSG101-IFT20轴在CD4+ T细胞中调控c-SMAC形成及AKT-mTOR信号通路的机制	发现IFT20与TSG101的相互作用促进SMAC形成，进而放大AKT-mTOR信号通路，揭示了CD4+ T细胞活化的新调控机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人体内的相关机制仍需进一步验证	探究CD4+ T细胞中SMAC形成的分子机制及其在免疫应答中的作用	CD4+ T细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未刺激和抗体刺激的CD4+ T细胞
3386	2025-03-27	Dendritic cell subsets in cancer immunity and tumor antigen sensing 2023-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-00990-6 PMID:36949244	综述	本文综述了树突状细胞在癌症免疫和肿瘤抗原感知中的作用及其机制	利用scRNA-seq分析揭示了树突状细胞的表型获取、转录状态和功能程序	未提及具体实验样本量和数据来源的局限性	探讨树突状细胞在肿瘤抗原感知和抗肿瘤免疫中的作用	树突状细胞及其在肿瘤微环境中的功能	免疫学	癌症	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
3387	2025-03-27	Type I interferon signaling facilitates resolution of acute liver injury by priming macrophage polarization 2023-02, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-022-00966-y PMID:36596875	研究论文	该研究揭示了I型干扰素信号在急性肝损伤恢复过程中通过调控巨噬细胞极化促进肝脏修复的机制	首次在单细胞水平解析了APAP诱导的急性肝损伤中肝脏髓系细胞的异质性，并发现IFN-I依赖的三方通讯通路在促进Trem2+修复性巨噬细胞成熟中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明对乙酰氨基酚过量诱导的急性肝损伤(APAP-ALI)中髓系细胞的异质性和细胞间通讯机制	野生型和STAT2 T403A突变小鼠的肝脏CD11b+细胞	肝脏病理学	急性肝损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、bulk RNA-seq、体外和体内功能实验	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、免疫组化数据、功能实验数据	未明确说明样本数量，使用WT和STAT2 T403A两种基因型小鼠
3388	2025-03-27	Multiomics: unraveling the panoramic landscapes of SARS-CoV-2 infection 2021-10, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-021-00754-0 PMID:34471261	综述	本文系统回顾了通过多组学技术在SARS-CoV-2感染的病毒学、免疫学和致病机制方面取得的主要进展	利用多组学技术快速全景掌握病原体和疾病	依赖于已建立的队列研究	快速识别和理解新兴传染病的病原体、风险因素、宿主免疫反应和致病机制	SARS-CoV-2病毒及其引起的COVID-19疾病	多组学	COVID-19	基因组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学	NA	多组学数据	基于已建立的队列研究
3389	2025-03-26	Spatial Transcriptomics and Proteomics Profiling After Ischemic Stroke Reperfusion: Insights Into Vascular Alterations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.048085 PMID:40052263	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析，探讨了缺血性中风再灌注后脑血管变化的分子机制	首次结合空间转录组学和蛋白质组学技术，系统研究了缺血性中风再灌注后脑血管的分子变化模式	研究仅在小鼠模型中进行，样本量较小(n=5)，且仅观察了24小时内的早期变化	探究缺血性中风再灌注后脑血管变化的分子机制	13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠的脑实质内皮细胞和周细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学，蛋白质组学，免疫组织化学半定量分析	小鼠大脑中动脉闭塞模型	基因表达数据，蛋白质表达数据	5只13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠
3390	2025-03-26	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3 I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤（CCMs）的发病机制及治疗	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，模拟人类CCMs的单等位基因突变，并揭示了PI3K信号通路在CCMs形成中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究脑海绵状血管瘤的发病机制及探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型及Map3k3I441M; Ptenfl/fl小鼠模型	病理学	脑海绵状血管瘤	磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠模型	影像数据、基因表达数据	未明确说明具体数量，但涉及多种基因型小鼠
3391	2024-11-07	Metabolic reprogramming landscape of pan-cancer by single-cell transcriptome data integration 2025-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.10.026 PMID:39500689	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3392	2025-03-26	SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis 2025-Mar-25, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf085 PMID:40128799	研究论文	本研究探讨了转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤形成中的作用	揭示了SOX2通过调控LMX1A和LMX1B的表达维持祖细胞特性，在脉络丛肿瘤形成中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索脉络丛肿瘤的分子机制和潜在治疗靶点	脉络丛肿瘤（包括CPP和CPC）	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，包括小鼠模型和人类肿瘤样本
3393	2025-03-26	Mesenchymal stem cells and fibroblasts contribute to microvascular proliferation in glioblastoma and are correlated with immunosuppression and poor outcome 2025-Mar-25, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在胶质母细胞瘤微血管增殖中的作用，并发现了PDGFRB作为驱动基因的角色	样本量较小（16例患者样本），且仅针对胶质母细胞瘤	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的血管/血管周围基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
3394	2025-03-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Mar-24, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前PFOS暴露对子代大鼠肺发育和功能的影响，结合形态学、功能学和单细胞测序分析	首次结合单细胞RNA测序技术揭示PFOS暴露对肺细胞组成和分子反应的详细影响，并识别出Fam111a和Stk35基因在PFOS诱导的肺损伤和修复过程中的作用	研究仅在大鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	探究PFOS暴露对肺发育的细胞和分子机制	子代大鼠的肺组织	环境毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组(0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day)的孕鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
3395	2025-03-26	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-Mar-24, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过遗传捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	揭示了脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息，并发现了控制急性疼痛的共享前馈抑制机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的适用性	探索脊髓神经回路对伤害性信息的编码机制	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	遗传捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、行为数据	成年小鼠
3396	2025-03-26	Dissecting endothelial cell heterogeneity with new tools 2025-Mar-23, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00223-3 PMID:40121354	综述	本文综述了当前对内皮细胞异质性的理解，包括器官内和器官间的异质性，并探讨了新技术如单细胞RNA测序和血管类器官在研究中的应用	整合单细胞RNA测序与高通量测序技术，探索内皮细胞异质性在表观遗传水平和空间分辨背景下的表现，以及利用血管类器官研究人类内皮细胞异质性	未提及具体实验数据或样本量的限制	深入理解内皮细胞异质性及其对人类血管疾病的影响	血管内皮细胞	生物医学	血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高通量测序, 血管类器官	NA	转录组数据	NA
3397	2025-03-26	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data to characterize the heterogeneity of glycan-lipid metabolism polarization in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06347-z PMID:40121455	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究肝细胞癌中糖脂代谢极化的异质性	首次识别出两种异质性代谢亚型（糖-HCC和脂-HCC），并开发了基因特征、放射组学、CEUS和血清生物标志物用于亚型确定	未提及具体样本量限制或技术局限性	揭示肝细胞癌的代谢异质性并开发临床转化策略	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、放射组学、CEUS	NA	RNA测序数据、影像数据、血清生物标志物	内部队列和公共HCC队列（具体数量未提及）
3398	2025-03-26	Single-cell RNA sequencing reveals a new mechanism of endothelial cell heterogeneity and healing in diabetic foot ulcers 2025-Mar-22, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00628-9 PMID:40121493	研究论文	利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡患者皮肤细胞异质性和内皮细胞转录组特征，揭示其与溃疡愈合和进展相关的关键细胞群和基因	发现内皮细胞在糖尿病足溃疡中的转录组差异，特别是与炎症反应和血管生成相关的信号通路，并验证了SH3BGRL3基因在高糖条件下对内皮细胞增殖、迁移和血管生成能力的促进作用	NA	揭示糖尿病足溃疡的发病机制，为开发新的治疗策略提供科学依据	糖尿病足溃疡患者的皮肤细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3399	2025-03-26	Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514 PMID:39700012	研究论文	介绍了一种名为Festem的协议，用于直接选择细胞类型标记基因以进行单细胞RNA测序数据的聚类分析	Festem方法通过期望最大化测试直接选择细胞类型标记基因，简化了下游单细胞RNA测序数据的聚类过程	NA	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因	生物信息学	NA	scRNA-seq	Festem	基因表达数据	NA
3400	2025-03-26	Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521 PMID:39708325	研究论文	介绍了一种使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案	将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域，并详细描述了生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱的计算工作流程	未提及具体的实验样本数量或验证结果	开发一种高效高分辨率的空间转录组学方法，以揭示健康和疾病中的分子机制	任何组织，包括临床样本	空间转录组学	NA	Open-ST, Illumina流动池重新利用	NA	分子图谱, 组织学数据	NA