单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3381	2025-03-30	Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveal a Novel Prognostic Signature of Combining Cuproptosis- and Ferroptosis-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062779 PMID:40141422	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，研究铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后特征	构建了一个基于铜死亡和铁死亡相关基因的评分模型，并发现该评分与患者生存概率、免疫特征及药物敏感性相关	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	探索铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后价值及治疗策略	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, molecular docking	CFRG scoring model, WGCNA	RNA sequencing data	未明确说明样本数量
3382	2025-03-30	Diverse Subsets of γδT Cells and Their Specific Functions Across Liver Diseases 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062778 PMID:40141420	research paper	该论文探讨了γδT细胞在不同肝脏疾病中的功能多样性和调控机制	揭示了γδT细胞亚群（特别是Vδ1和Vδ2）的显著异质性及其在肝脏疾病中的不同免疫作用	γδT细胞的功能多样性和调控机制尚未完全理解	研究γδT细胞在肝脏疾病中的作用及其免疫治疗潜力	γδT细胞及其亚群（Vδ1、Vδ2、γδT17等）	免疫学	肝脏疾病（病毒性肝炎、NAFLD、ALD、肝纤维化、自身免疫性肝病、HCC等）	高通量单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
3383	2025-03-30	Inflammatory Transformation of Skin Basal Cells as a Key Driver of Cutaneous Aging 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062617 PMID:40141258	研究论文	本研究通过单细胞测序、转录组学和面部衰老相关的全基因组关联研究（GWAS）数据，全面探讨了皮肤衰老过程中角质形成细胞亚群的异质性和发育轨迹	揭示了基底细胞在皮肤衰老过程中分化为棘细胞或炎症状态的两条不同路径，并发现IFI27细胞在衰老过程中比例显著增加，表现出更活跃的炎症和免疫调节信号	NA	探讨皮肤衰老的复杂细胞和分子机制，为新型诊断方法和治疗干预提供潜在靶点	角质形成细胞亚群（基底细胞、棘细胞和IFI27角质形成细胞）	生物医学	皮肤衰老	单细胞测序、转录组学、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据	NA
3384	2025-03-30	Single-Cell Analysis of Molecular Mechanisms in Rapid Antler Osteogenesis During Growth and Ossification Stages 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062642 PMID:40141284	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了鹿角在生长和骨化阶段的快速成骨分子调控机制	首次在单细胞水平上揭示了鹿角生长和骨化阶段的基因表达模式及细胞间动态相互作用	研究仅针对梅花鹿鹿角，结果可能不适用于其他物种或组织	探究哺乳动物快速成骨的分子机制	梅花鹿鹿角组织	单细胞组学	骨质疏松症	scRNA-seq, bulk-RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（梅花鹿鹿角组织）
3385	2025-03-30	Impact of Peripheral Inflammation on Blood-Brain Barrier Dysfunction and Its Role in Neurodegenerative Diseases 2025-Mar-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062440 PMID:40141084	综述	本文探讨了外周炎症对血脑屏障功能障碍的影响及其在神经退行性疾病中的作用	强调了肠-脑轴在血脑屏障完整性中的关键作用，以及肠道菌群失调和慢性炎症通过免疫和代谢途径对屏障破坏的贡献	关于血脑屏障功能障碍的精确机制仍存在关键知识空白	研究外周炎症、肠道菌群和血脑屏障功能障碍之间的分子机制，及其在神经退行性疾病中的作用	血脑屏障、外周炎症、肠道菌群、神经退行性疾病	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞转录组学、器官芯片模型	NA	文献数据	涵盖2015年至2025年的出版物
3386	2025-03-30	Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2025-Mar-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062384 PMID:40141028	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了T细胞相关的预后风险模型，并预测了胰腺腺癌肿瘤免疫微环境的调控	首次基于T细胞标记基因构建了胰腺腺癌的预后风险模型，并探索了其与免疫治疗效果的关联	研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立队列验证	开发可靠的预测标志物以指导胰腺腺癌的临床免疫治疗	胰腺腺癌(PAAD)患者	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的胰腺腺癌样本
3387	2025-03-30	Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein 2025-Mar, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12636 PMID:39698847	research paper	该研究揭示了放疗抵抗的前列腺癌细胞通过衰老相关的ATR蛋白逃避免疫检查点阻断的分子机制	首次发现细胞质ATR通过磷酸化CD86并增强其与E3连接酶MARCH1的相互作用，从而促进前列腺癌细胞逃避免疫检测	研究主要基于LNCaP细胞系和小鼠模型，临床样本验证有限	阐明前列腺癌细胞对放疗后免疫检查点阻断抵抗的分子机制	放疗抵抗的前列腺癌细胞	肿瘤免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, 免疫组化, 免疫共沉淀, 突变分析, Western blotting	小鼠异种移植模型	RNA测序数据, 蛋白质相互作用数据	LNCaP细胞系和临床患者样本
3388	2025-03-30	Targeting Mesothelin Enhances Personalized Neoantigen Vaccine Induced Antitumor Immune Response in Orthotopic Pancreatic Cancer Mouse Models 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407976 PMID:39887656	研究论文	本研究探讨了靶向间皮素（MSLN）如何增强个性化新抗原疫苗在胰腺癌小鼠模型中的抗肿瘤免疫反应	发现MSLN表达与肿瘤中细胞毒性T细胞呈负相关，并证明抗MSLN抗体与新抗原肽疫苗联合使用可显著提高T细胞浸润和抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺癌组织中的验证仍需进一步研究	探索提高胰腺癌免疫治疗效果的新策略	胰腺癌小鼠模型和人类胰腺癌组织	肿瘤免疫学	胰腺癌	多免疫荧光染色、单细胞转录组分析	小鼠皮下和原位胰腺癌模型	组织微阵列数据、单细胞转录组数据	三个数据集和多个组织微阵列样本
3389	2025-03-30	NGR-Modified CAF-Derived exos Targeting Tumor Vasculature to Induce Ferroptosis and Overcome Chemoresistance in Osteosarcoma 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410918 PMID:39889249	研究论文	本研究探讨了使用NGR修饰的CAF来源的外泌体靶向肿瘤血管，通过促进自噬依赖性铁死亡来逆转骨肉瘤化疗耐药性的潜力	首次利用NGR修饰的CAF来源的外泌体递送circ_0004872编码的小肽，通过促进自噬依赖性铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药性	NA	克服骨肉瘤化疗耐药性	骨肉瘤细胞	肿瘤治疗	骨肉瘤	单细胞转录组分析、高通量测序	NA	转录组数据	NA
3390	2025-03-30	A single-cell atlas of normal and KRASG12D-malformed lymphatic vessels 2025-Jan-28, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185181 PMID:39874106	research paper	该研究通过单细胞RNA测序构建了正常和KRASG12D畸变的淋巴管图谱，揭示了KRAS突变对淋巴管成熟的损害机制	首次构建了正常和KRASG12D畸变淋巴管的单细胞图谱，并发现KRAS突变会损害淋巴管成熟	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明KRAS介导的复杂淋巴管异常(CLAs)的具体机制	野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞(LECs)	单细胞测序	复杂淋巴管异常	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	成年野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞，整合了4个发育阶段的数据
3391	2025-03-30	RBM47 is a novel immunotherapeutic target and prognostic biomarker in gliomas 2025-01-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84719-z PMID:39757245	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白RBM47在胶质瘤免疫景观和肿瘤免疫反应中的作用	首次全面研究了RBM47在胶质瘤中的免疫调节作用，并证实其作为独立预后预测因子的价值	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证RBM47的具体作用机制	探究RBM47在胶质瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	胶质瘤患者和正常组织	肿瘤免疫学	胶质瘤	生物信息学分析、免疫组化、免疫荧光、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA训练组和CGGA验证组的数据
3392	2025-03-30	High resolution tissue and cell type identification via single cell transcriptomic profiling 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318151 PMID:40138334	研究论文	本研究开发了一种高灵敏度的单细胞注释流程scTissueID，用于基于单细胞RNA测序数据准确鉴定细胞和组织类型	引入了独特的参考细胞质量区分阶段，仅针对高置信度细胞作为参考，显著提高了细胞和组织类型鉴定的准确性和一致性	未明确说明方法在低质量样本或极端条件下的表现	开发高精度的单细胞水平组织鉴定方法	法医相关样本和人类细胞图谱(HCA)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	机器学习算法(6种)	单细胞转录组数据	大规模比较研究(涉及8种先进单细胞注释流程和6种机器学习算法)
3393	2025-03-30	Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214 PMID:40151618	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了野猪、金华猪和杜洛克猪空肠组织的免疫细胞差异，揭示了不同驯化阶段猪品种间免疫功能的特异性分化	首次在单细胞分辨率下构建了猪空肠组织的单细胞图谱，揭示了免疫细胞在驯化过程中的保守性和异质性，并发现了金华猪群体中具有独特抗体生产的浆细胞群体	研究仅聚焦于空肠组织，未涵盖整个肠道或其他器官的免疫细胞变化	探究猪在不同驯化阶段空肠免疫功能的演化及其分子机制	野猪、金华猪（中国地方品种）和杜洛克猪（集约化品种）的空肠组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、标记基因分析、免疫评分、基因鉴定和细胞通讯分析	NA	单细胞RNA测序数据	26,246个细胞，来自野猪、金华猪和杜洛克猪的空肠组织
3394	2025-03-30	Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6915258 PMID:40151638	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了骨肉瘤中的PANoptosis（包括细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡）景观，并开发了一个稳健的预后模型	首次在骨肉瘤中整合单细胞测序和101种机器学习算法构建预后模型，揭示了PANoptosis在肿瘤微环境中的关键作用	需要进一步临床验证模型在指导个性化治疗中的实用性	探索骨肉瘤中PANoptosis的分子特征并开发预后预测模型	骨肉瘤患者样本	数字病理	骨肉瘤	scRNA-seq, 机器学习	CoxBoost等101种算法	基因表达数据	来自GEO数据库(GSE162454)的单细胞数据及TARGET和GEO数据库的批量转录组数据
3395	2025-03-30	Endothelial response to blood-brain barrier disruption in the human brain 2024-Dec-26, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187328 PMID:39724015	研究论文	研究人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应	首次在人类脑内皮细胞中研究了超声介导的血脑屏障破坏后的急性反应，揭示了特定的转录和超微结构变化	样本量较小，仅针对复发性胶质母细胞瘤患者进行研究	探索人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的反应机制	复发性胶质母细胞瘤患者的脑内皮细胞	神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、超微结构图像	复发性胶质母细胞瘤患者（具体数量未提及）
3396	2025-03-30	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2024-Dec-19, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的响应模式	利用单细胞RNA测序技术定义了21种细胞表型的基因表达特征，揭示了两种不同的响应模式，并确定了与临床结果相关的分子亚组	研究样本量相对有限，且仅针对晚期肝细胞癌患者	揭示阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的临床获益与耐药性的细胞过程	晚期肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗治疗，58例接受索拉非尼治疗）
3397	2025-03-30	Scaling deep identifiable models enables zero-shot characterization of single-cell biological states 2024-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566161 PMID:38014345	research paper	本文介绍了一种名为scShift的深度可识别模型，用于解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，并展示了其在零样本表征单细胞生物状态方面的能力	开发了scShift，一个深度变分推理框架，能够有效解耦批次依赖和独立的变异，并在大规模单细胞图谱训练中展现出零样本能力	未明确提及具体限制，但可能依赖于大规模数据集的有效性和多样性	解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，实现跨数据集的生物差异识别	单细胞RNA-seq数据，特别是肺纤维化状态和COVID-19后纤维化	machine learning	lung fibrosis, COVID-19	scRNA-seq	deep variational inference framework	single-cell RNA-seq data	超过200个训练的scShift模型，涉及大规模单细胞图谱
3398	2025-03-30	STMGraph: spatial-context-aware of transcriptomes via a dual-remasked dynamic graph attention model 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae685 PMID:39764614	research paper	提出了一种名为STMGraph的双视图动态深度学习框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	结合了双掩码机制（MASK-REMASK）和动态图注意力模型（DGAT），通过自监督更新图链接关系，生成更全面的节点表示	未明确提及具体局限性	开发一种通用的空间转录组数据分析工具，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	DGAT (dynamic graph attention model)	spatial transcriptomics data	NA
3399	2025-03-30	Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution 2024-Sep, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024 PMID:39260891	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析了小鼠和人类视网膜神经元中Ca2+结合蛋白亚家族（CaBPs）的基因表达谱	揭示了CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜内神经元中的表达模式，特别是发现双极细胞类型表达CaBP1、CaBP2和CaBP5的不同组合，而非单一CaBP	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	探究CaBPs在小鼠和人类视网膜神经元中的表达模式及其在视觉功能中的作用	小鼠和人类视网膜神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、单细胞逆转录聚合酶链反应	NA	转录组数据	小鼠和人类视网膜神经元样本
3400	2025-03-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文开发了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合空间转录组学数据中的分子信息和组织学图像的形态特征	iIMPACT方法通过AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间背景，识别和定义基于组织学的空间域，并检测特定域的差异表达基因，提高了准确性和可解释性	NA	提高空间转录组学数据的聚类分析准确性和可解释性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学分析	AI重建	图像和分子数据	NA