单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3381	2025-05-03	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578066 PMID:38352515	meta-analysis	通过整合小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，研究上皮细胞可塑性在组织退化、再生和癌症中的作用	揭示了前列腺上皮细胞在正常、退化及癌症状态下的转录组相似性，并发现雄激素依赖性可塑性	研究主要基于转录组数据，可能缺乏蛋白质水平或功能实验的验证	探究前列腺上皮细胞的可塑性及其在前列腺癌发生和治疗反应中的作用	小鼠和人类前列腺的单细胞转录组数据	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新的scRNA-seq数据集
3382	2025-05-03	Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia 2024-Feb, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC PMID:37874230	research paper	该研究探讨了细胞衰老在高氧性支气管肺发育不良（BPD）进展中的作用，并测试了几种潜在的治疗策略	首次提出细胞衰老在BPD进展中的关键作用，并验证了通过减少髓过氧化物酶氧化剂生成、内质网应激和细胞衰老来治疗BPD的潜在策略	研究主要基于动物模型，人类样本有限，临床转化需要进一步验证	探究细胞衰老在BPD发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	人类尸检肺组织和暴露于高氧环境的Sprague-Dawley大鼠幼崽	呼吸系统疾病研究	支气管肺发育不良	组织学检查、转录组学分析、免疫印迹、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）	组织样本、基因表达数据	人类尸检肺组织样本和实验大鼠
3383	2025-05-03	Transcriptomic profiling of thymic dysregulation and viral tropism after neonatal roseolovirus infection 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1375508 PMID:38895117	研究论文	通过单细胞RNA测序研究新生儿玫瑰疹病毒感染后胸腺的转录组变化和病毒趋向性	首次全面描述了玫瑰疹病毒在新生儿感染后的胸腺趋向性，并建立了首个体外易感MRV感染的细胞培养系统	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究新生儿玫瑰疹病毒感染如何导致胸腺功能失调和自身免疫疾病	小鼠玫瑰疹病毒(MRV)感染的胸腺细胞	转录组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为MRV感染的小鼠胸腺细胞
3384	2025-05-03	Metabolic reprogramming and macrophage expansion define ACPA-negative rheumatoid arthritis: insights from single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1512483 PMID:39830504	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究ACPA阴性类风湿关节炎（ACPA- RA）的代谢重编程和巨噬细胞扩增特征	首次整合单细胞RNA测序与机器学习，构建神经网络模型区分ACPA- RA患者与健康对照，并揭示其独特的代谢特征	样本来源仅限于外周血单个核细胞和滑膜组织，未涉及其他可能相关的组织或细胞类型	阐明ACPA- RA的独特细胞和代谢特征，以提供更有针对性的诊断和治疗策略	ACPA阴性和阳性类风湿关节炎患者及健康对照的外周血单个核细胞和滑膜组织	数字病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	RNA测序数据	ACPA- RA患者、ACPA+ RA患者及健康对照的外周血单个核细胞和滑膜组织样本
3385	2025-05-03	Myeloid dendritic cells and periodontal disease association: integrated study of single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522281 PMID:39830509	研究论文	通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨髓样树突状细胞与牙周病之间的关联	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，首次发现LIMA1基因在牙周病进展中的关键作用	研究样本来源于公开数据集，可能无法完全代表所有牙周病患者群体	阐明牙周病的发病机制，为精准医疗提供新靶点	牙周病患者和健康对照的免疫细胞	生物信息学	牙周病	scRNA-seq, 孟德尔随机化分析	Seurat, CellChat, ClusterProfilerR	单细胞RNA测序数据	GSE152042数据集中的样本
3386	2025-05-03	scRNA-seq reveals elevated interferon responses and TNF-α signaling via NFkB in monocytes in children with uncomplicated malaria 2024, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2024.10233 PMID:39830896	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究儿童无并发症疟疾中单核细胞的干扰素反应和TNF-α信号传导机制	首次在儿童无并发症疟疾中，利用单细胞RNA测序技术揭示了单核细胞中干扰素反应和TNF-α信号传导的增强现象	样本量相对较小（n=11），且仅针对无并发症疟疾儿童，结果可能不适用于其他人群或疾病阶段	探究宿主-寄生虫因素与症状性疟疾的关系，以及免疫反应的差异	224名个体（134名患者和90名无症状对照），其中11名进行了单细胞RNA测序	免疫学	疟疾	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	224名个体（11名进行scRNA-seq）
3387	2025-05-03	Circadian regulation of lung repair and regeneration 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.164720 PMID:37463053	研究论文	探讨生物钟对肺修复和再生的调控作用及其机制	首次揭示了生物钟通过不同途径调控肺再生，并提出将生物钟维度纳入肺修复治疗的新思路	未明确生物钟调控肺再生的具体分子机制	研究生物钟在肺修复和再生中的作用	肺器官样体、气管细胞、肺泡上皮细胞	生物医学	呼吸道感染	单细胞RNA测序、器官样体培养	生物钟紊乱模型	基因表达数据、临床数据	UK Biobank数据库样本及实验模型
3388	2025-05-03	Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics 2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA PMID:36036918	研究论文	本文详细介绍了一种用于冷冻保存小鼠或人类肺组织上皮细胞以保持其表型和功能特性的方法	提出了一种新的冷冻保存方法，能够长期保存远端肺组织的上皮细胞，适用于下游肺细胞功能和分子表型分析	未提及该方法是否适用于其他类型的肺细胞或组织	开发一种有效的冷冻保存方法，以保持远端肺组织上皮细胞的表型和功能特性	人类和小鼠的远端肺组织上皮细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术、上皮类器官形成效率分析、单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的远端肺组织
3389	2025-05-02	RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20250573 PMID:40298935	research paper	该研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受和Treg诱导中的关键作用	首次证实RORγt eTACs是口服耐受诱导的必要细胞群体，并发现其独特的Itgb8表达特征	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需验证	阐明口服耐受的细胞机制和关键调控细胞	RORγt谱系抗原呈递细胞（包括ILC3s、树突状细胞和R-eTACs）	免疫学	自身免疫疾病	谱系追踪、单细胞测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
3390	2025-05-02	Taurine ameliorates liver fibrosis by repressing Fpr2-regulated macrophage M1 polarization 2025-Jun-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177614 PMID:40216178	研究论文	本研究探讨了牛磺酸通过抑制Fpr2调控的巨噬细胞M1极化来改善肝纤维化的机制	揭示了牛磺酸通过SLC6A6转运体和Fpr2/NF-κBp65通路调控巨噬细胞极化状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明牛磺酸在肝纤维化中的保护作用机制	人类纤维化肝组织样本和两种不同的小鼠肝纤维化模型	肝脏病理学	肝纤维化	氨基酸代谢组学、基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SLC6A6野生型和敲除小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠模型
3391	2025-05-02	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Unveils Efferocytosis Patterns and ceRNA Network in Ischemic Stroke 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01255-8 PMID:38678526	研究论文	本研究通过整合大量RNA和单细胞测序数据，揭示了缺血性中风中的细胞凋亡清除模式和ceRNA网络	首次整合大量RNA和单细胞测序数据，识别出与细胞凋亡清除相关的关键基因和转录因子，并验证了miR-125b-5p作为缺血性中风的治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨缺血性中风后炎症和细胞凋亡清除的分子机制及其对脑损伤和恢复的影响	缺血性中风患者和小鼠模型的基因表达数据	生物信息学	缺血性中风	RNA测序、单细胞测序、GSEA、GO、KEGG分析	LASSO、ceRNA网络	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE137482-3m、GSE137482-18m、GSE30655、GSE174574、GSE56267、GSE122709、GSE215212、GSE231431）和小鼠MCAO模型
3392	2025-05-02	Single-Cell Transcriptomics Revealed White Matter Repair Following Subarachnoid Hemorrhage 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01265-6 PMID:38861152	研究论文	通过单细胞转录组学揭示蛛网膜下腔出血后白质修复的机制	首次在SAH模型小鼠中识别出修复性小胶质细胞在白质富集区域的浸润和克隆扩增，并发现小胶质细胞相关多效蛋白（PTN）通过mTOR信号通路调控少突胶质前体细胞（OPCs）	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探究蛛网膜下腔出血后急性期和亚急性期脑细胞亚群在白质损伤修复中的作用	SAH模型小鼠的脑细胞亚群	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序、基因集富集分析、CellChat软件包分析、磁共振成像、免疫荧光双染色、Western blot	SAH小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据、蛋白质数据	SAH模型小鼠的脑组织样本
3393	2025-05-02	Single-cell transcriptomics in a child with coenzyme Q10 nephropathy: potential of single-cell RNA sequencing in pediatric kidney disease 2025-May, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06611-2 PMID:39805995	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了一名辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检样本，揭示了该疾病在细胞水平上的基因表达变化	首次在辅酶Q10肾病中应用单细胞RNA测序技术，揭示了跨细胞类型的线粒体基因表达下调特征	研究仅基于单个病例样本，结果需要更大样本验证	阐明辅酶Q10肾病在单个细胞水平的基因表达变异	5岁男性辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	1例患儿肾脏活检样本
3394	2025-05-02	Single-cell transcriptomic analysis reveals distinct plasma cell populations in chronic thromboembolic pulmonary hypertension 2025-May, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.jtha.2025.02.010 PMID:39965671	research paper	通过单细胞转录组分析揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）中浆细胞的不同群体	识别了CTEPH中浆细胞的改变表型和分化模式，发现了新的浆细胞亚群（AHNAK和IGLC3）	样本量相对较小（5例CTEPH患者和6例正常肺动脉），且仅关注了浆细胞	研究CTEPH中浆细胞的表型和分化模式	CTEPH患者的肺动脉组织和血清免疫球蛋白	单细胞转录组学	慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和蛋白电泳	NA	RNA测序数据和蛋白质数据	5例CTEPH患者和6例正常肺动脉组织，273例CTEPH患者、259例IPAH患者和251例健康对照的血清样本
3395	2025-05-02	Micro-region transcriptomics profiling of cerebral organoids using a capillary-based microdissection system 2025-May-01, Analytical methods : advancing methods and applications IF:2.7Q1 DOI:10.1039/d5ay00277j PMID:40211824	研究论文	本文介绍了一种基于毛细管的组织微切割系统（CMS），用于高效获取培养的脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序（CMS-seq），以研究空间转录组学	开发了一种新型的毛细管组织微切割系统（CMS），能够高效获取脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序，并构建了mROIs的细胞类型空间注释图	未提及样本量是否足够大，以及该方法在其他类型组织中的适用性	研究脑类器官中细胞命运的空间转录组学	培养的脑类器官中的微区域（mROIs）	空间转录组学	NA	mRNA测序（CMS-seq），基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析	NA	mRNA测序数据	未明确提及具体样本量，但涉及20天和60天的脑类器官样本
3396	2025-05-02	A Visible-Light Photocatalysis/Hydrolysis Hydrogen-Generating Nanoplatform for Dynamic Inflammation Management via Immune Metabolism Orchestration during Wound Repair 2025-Apr-30, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c00667 PMID:40117501	研究论文	本研究介绍了一种通过可见光光催化/水解反应产生氢气的纳米平台，用于动态炎症管理，促进伤口修复	开发了一种新型的氢气生成纳米平台，实现了可控的氢气释放，并揭示了氢气在免疫代谢调控中的具体机制	未提及具体的临床前或临床试验结果，可能缺乏实际应用验证	探索氢气在动态炎症管理和伤口修复中的免疫代谢调控机制	炎症管理、伤口修复	纳米医学	慢性伤口	可见光光催化、水解反应、bulk-RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3397	2025-05-02	Spatial transcriptomics: advances and challenges in peripheral nerve sheath tumor 2025-Apr-30, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf116 PMID:40305521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3398	2025-05-02	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Apr-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	研究揭示了碳纳米溶胶通过水通道蛋白介导促进植物生长的单细胞转录组机制	首次在单细胞水平上解析了碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制，并发现水通道蛋白在此过程中的关键作用	研究仅针对烟草根部细胞，未涉及其他植物组织或物种	探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制	烟草根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	7,897个细胞（代表13种不同细胞类型）
3399	2025-05-02	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组学特征	首次评估了冷冻保存对动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响，证实冷冻保存样本可用于大规模生物样本库建设	研究中颈动脉样本缺少LYVE1+巨噬细胞，可能由于手术过程中外膜层丢失所致	评估冷冻保存对动脉粥样硬化组织单细胞RNA测序结果的影响，探索生物样本库建设的可行性	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞测序	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本（3例冠状动脉和2例颈动脉）
3400	2025-05-02	Microglia aging in the hippocampus advances through intermediate states that drive activation and cognitive decline 2025-Apr-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97671 PMID:40298588	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和假时间分析，揭示了小鼠海马区小胶质细胞在衰老过程中的转录异质性，并确定了小胶质细胞衰老的中间状态	发现了小胶质细胞衰老的中间状态，并证明这些中间状态推动炎症激活和认知功能下降	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞在衰老过程中从稳态到功能障碍的进展机制	小鼠海马区小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA-Seq, 假时间分析	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	成年小鼠海马区小胶质细胞