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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3381 | 2025-10-06 |
Differential gene expression analysis in single-cell RNA sequencing data
2017-Nov, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
DOI:10.1109/bibm.2017.8217650
PMID:40693108
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研究论文 | 提出一种结合逻辑回归模型和地球移动距离非参数方法的新算法SigEMD,用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析 | 开发了结合逻辑回归和地球移动距离的新方法,并利用基因互作网络信息减少假阳性 | NA | 开发更精确高效的单细胞RNA测序差异基因表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归, 非参数方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3382 | 2025-10-06 |
Identification and validation of the pivotal role of MANF gene in pancreatic β-cell aging using bioinformatics
2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102106
PMID:40688493
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定并验证MANF基因在胰腺β细胞衰老中的关键作用 | 首次确立MANF作为β细胞衰老过程中蛋白质稳态的守护者,为糖尿病治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,尚未进行人体临床试验 | 探索胰腺β细胞衰老的关键调控因子及其在糖尿病发病中的作用 | 食蟹猴、小鼠胰腺β细胞、MIN6细胞系 | 生物信息学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、微阵列分析、生物信息学整合分析 | NA | 基因表达数据 | 年轻和年老食蟹猴单细胞RNA-seq数据、年轻和年老小鼠胰腺β细胞微阵列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
3383 | 2025-10-06 |
Induction of host genes by nested genes during C. elegans development
2025-Aug-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113021
PMID:40686608
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研究论文 | 本研究通过分析秀丽隐杆线虫发育过程中反向嵌套基因对宿主基因的转录调控作用 | 首次系统性地揭示了反向嵌套基因构型中嵌套基因能够诱导宿主基因在特定细胞类型中产生短转录本 | 研究主要聚焦于蛋白质编码基因,未涉及其他类型基因的嵌套调控 | 探索基因组拓扑结构中反向嵌套基因对宿主基因表达的调控机制 | 秀丽隐杆线虫胚胎发育过程中的基因表达调控 | 发育生物学 | NA | CRISPR基因组工程, 单分子荧光原位杂交, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 数百个蛋白质编码基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3384 | 2025-10-06 |
Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms
2025-Aug, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma
DOI:10.1080/02770903.2025.2472358
PMID:40014380
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术的基本原理及其在哮喘研究中的应用,旨在增强对哮喘病理生理学的理解 | 系统总结了scRNA-seq在揭示哮喘免疫细胞异质性和功能状态方面的创新应用,为靶向治疗提供理论基础 | 数据整合方法需要进一步完善,当前研究结果的临床适用性有限,缺乏纵向和临床数据 | 阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用,指导未来研究方向 | 哮喘相关细胞类型特别是免疫细胞和气道重塑细胞 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3385 | 2025-10-06 |
A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach
2025-Aug, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-025-10792-9
PMID:40205303
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研究论文 | 通过多组学方法整合临床参数和循环生物标志物,开发用于高风险MASH的稳健诊断模型 | 首次将蛋白质组学、转录组学和单细胞测序数据整合,识别出TREM2、IL18BP和LGALS3BP作为Kupffer细胞中的关键生物标志物,并构建了ABD-LTyG预测模型 | 样本量相对有限(发现队列144人,验证队列171人),需要在更大规模人群中进一步验证 | 开发用于高风险代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)的诊断模型 | MASLD患者,特别是高风险MASH患者(NAS≥4+F≥2) | 生物医学信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 蛋白质组学分析,转录组分析,单细胞RNA测序,免疫荧光双标记,LASSO回归 | ABD-LTyG预测模型(包含AST、BMI、TB、维生素D、TyG、LGALS3BP和TREM2) | 蛋白质组数据,转录组数据,单细胞测序数据,临床参数,血液样本 | 发现队列144人,验证队列171人 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 转录组学 | NA | NA |
3386 | 2025-10-06 |
Bone marrow tumor microenvironment profiling predicts distinct immunosuppressive phenotypes and immunotherapy potential in AML patients
2025-Aug, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118287
PMID:40555045
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研究论文 | 通过骨髓肿瘤微环境分析预测AML患者不同的免疫抑制表型和免疫治疗潜力 | 开发了新的巨核细胞/红细胞和髓单核细胞/单核细胞多基因标志物,改进了AML微环境分类,克服了传统的热-冷肿瘤分类方法 | 研究主要基于生物信息学分析和体外共培养实验,需要进一步的体内验证 | 解析急性髓系白血病的免疫景观并预测免疫治疗反应 | 成人和儿童AML患者队列及AML细胞系 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,共培养实验,生物信息学分析 | xCell算法,TIDE算法,Celligner匹配 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 成人和儿童AML患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3387 | 2025-10-06 |
Multi-omic profiling reveals age-specific blood biomarkers and aging-driven B Cell remodeling in osteoarthritis
2025-Jul-23, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003076
PMID:40696927
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了骨关节炎中年龄特异性血液生物标志物和衰老驱动的B细胞重塑 | 首次发现五个年龄特异性血液生物标志物并构建了针对老年骨关节炎的优化诊断模型,揭示了衰老过程中B细胞分化轨迹和代谢改变 | 样本来源仅限于骨关节炎相关组织,未涉及其他关节炎类型对照 | 开发骨关节炎的非侵入性诊断工具并阐明衰老在疾病发病机制中的作用 | 骨关节炎患者关节组织和外周血样本 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 机器学习 | 加权基因共表达网络分析, 预测模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 流式细胞数据 | 217,983个关节细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
3388 | 2025-10-06 |
From Harmony to Discord: Multicellular Coordination in Tissues and Its Rewiring in Cancer
2025-Jul-23, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3155
PMID:40698653
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评论 | 讨论CoVarNet计算框架如何通过单细胞和空间转录组学揭示组织多细胞协调机制及其在癌症中的重编程 | 提出从细胞中心论转向生态系统水平生物学的概念突破,建立跨组织可复现多细胞模块映射框架 | 未解决模块化组织生物学中尚未明确的问题 | 解析组织水平协调机制及其在癌症中的重编程规律 | 35种人体组织的多细胞模块 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | CoVarNet计算框架 | 单细胞RNA测序数据, 空间基因表达数据 | 35种人类组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
3389 | 2025-10-06 |
Chlorpromazine induces hyposalivation by inhibiting muscarinic Ca2+ signaling in salivary glands
2025-Jul-23, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04438-8
PMID:40699237
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研究论文 | 本研究揭示了氯丙嗪通过抑制毒蕈碱Ca2+信号通路导致唾液分泌减少的分子机制 | 首次发现氯丙嗪通过同时抑制内质网Ca2+释放和储存操纵性钙内流来抑制唾液腺Ca2+信号 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,尚未在人体进行验证 | 探究氯丙嗪引起唾液分泌减少的分子机制 | 小鼠模型和人类唾液腺细胞 | 分子药理学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 钙信号检测 | NA | 基因表达数据, 钙成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3390 | 2025-10-06 |
Pulmonary fibrosis and exosomes: pathways to treatment
2025-Jul-23, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-10855-y
PMID:40699390
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综述 | 探讨肺纤维化中外泌体的作用机制及其治疗潜力 | 整合单细胞RNA测序对成纤维细胞异质性的新发现,并探讨工程化纳米颗粒-外泌体杂合体的治疗前景 | 现有动物模型难以完全模拟慢性特发性肺纤维化病程 | 解析肺纤维化的分子机制及外泌体的治疗潜力 | 特发性肺纤维化疾病机制与外泌体功能 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3391 | 2025-10-06 |
Fibroblast-derived PI16 enhances tumor immune-suppressive microenvironment via inducing Tregs differentiation
2025-Jul-22, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01090-5
PMID:40694273
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研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞来源的PI16通过DOCK2依赖性机制诱导调节性T细胞分化,从而增强食管鳞癌免疫抑制微环境 | 首次发现PI16+成纤维细胞亚群通过DOCK2依赖性机制促进Treg细胞分化,并证实其与患者不良预后相关 | NA | 探究成纤维细胞来源的PI16在食管鳞癌肿瘤微环境中的作用机制 | 食管鳞癌肿瘤微环境中的成纤维细胞和T细胞 | 单细胞生物学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 免疫共沉淀, 质谱分析, 多重荧光免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 免疫组化图像 | 公共单细胞RNA测序数据集GSE203115 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3392 | 2025-10-06 |
Targeting Treg-fibroblast interaction to enhance immunotherapy in steatotic liver disease-related hepatocellular carcinoma
2025-Jul-22, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335084
PMID:40695620
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研究论文 | 本研究通过多组学技术揭示了脂肪性肝病相关肝癌中Treg细胞与CAF通过TNFSF14-TNFRSF14信号轴相互作用驱动免疫抑制的新机制 | 首次发现TNFSF14-TNFRSF14介导的Treg-CAF相互作用是SLD-HCC免疫治疗抵抗的关键驱动因素,并证明阻断该信号轴可增强抗肿瘤免疫 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 研究SLD-HCC免疫微环境特征及免疫治疗抵抗机制 | 脂肪性肝病相关肝癌患者组织样本和肝癌模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学,飞行时间质谱流式细胞术,空间转录组学,多重免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,蛋白质表达数据 | 22例SLD-HCC和31例非SLD-HCC病例,另有103例独立验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,质谱流式细胞术 | NA | NA |
3393 | 2025-10-06 |
Cerulenin partially corrects the disrupted developmental transcriptomic signature in Huntington's disease striatal medium spiny neurons
2025-Jul-21, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf029
PMID:40336225
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析亨廷顿病纹状体中型多棘神经元的发育轨迹,并发现药物Cerulenin可部分纠正其发育转录组异常 | 首次在人类iPSC分化的MSN发育模型中系统揭示HD相关转录组异常,并通过L1000数据库筛选发现Cerulenin具有部分纠正作用 | 研究仅验证了Cerulenin的部分纠正效果,尚未进行完整的机制解析和体内验证 | 探究突变HTT蛋白对中型多棘神经元发育的影响及潜在治疗策略 | 亨廷顿病诱导多能干细胞分化的纹状体中型多棘神经元 | 神经科学 | 亨廷顿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | HD iPSC和同基因对照分化的神经元群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3394 | 2025-10-06 |
Biomimetic phosphorus dendrimer multi-epitope nanovaccine enhances humoral and cellular immune response against African swine fever virus
2025-Jul-21, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03593-7
PMID:40685337
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向树突状细胞的非洲猪瘟病毒仿生纳米疫苗,通过增强体液和细胞免疫反应提供保护 | 首次将DC靶向纳米抗体与ASFV多表位抗原结合,并利用磷树枝状大分子和病毒感染的巨噬细胞膜构建仿生纳米疫苗 | 研究仅在鼠模型中进行验证,尚未在猪体中进行临床试验 | 开发有效的非洲猪瘟病毒疫苗 | 非洲猪瘟病毒(ASFV)抗原和鼠免疫系统 | 免疫学 | 非洲猪瘟 | 单细胞RNA测序, 纳米疫苗构建技术 | NA | 基因表达数据, 免疫反应数据 | 鼠脾脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3395 | 2025-10-06 |
An adeno-associated virus gene therapy strategy for anti-obesity treatment by nanocarrier-based delivery systems
2025-Jul-21, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03595-5
PMID:40685368
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研究论文 | 本研究通过纳米载体递送AAV基因疗法增强肠道内分泌细胞中Scg2表达,探索抗肥胖治疗新策略 | 开发了能够长期粘附肠道上皮的交联纳米颗粒载体系统,首次证明Scg2在调节代谢激素GLP-1和PYY分泌中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中进行验证 | 探索通过基因疗法治疗代谢紊乱和肥胖的新方法 | 无菌小鼠、常规饲养小鼠、高脂饮食小鼠和ob/ob基因型小鼠 | 基因治疗 | 肥胖症 | 单细胞转录组分析、多组学分析、AAV基因递送 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 多种基因型小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3396 | 2025-10-06 |
Differential expression pattern of CC chemokine receptor 7 guides precision treatment of hepatocellular carcinoma
2025-Jul-21, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02308-6
PMID:40685403
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研究论文 | 本研究通过分析CC趋化因子受体7在肝细胞癌中的差异表达模式,指导肝癌精准治疗 | 首次揭示肿瘤细胞来源与基质细胞来源的CCR7表达具有相反效应,并发现VEGF-C通过激活淋巴管生成和CCL21/CCR7轴促进三级淋巴结构形成 | 临床前研究结果需要进一步临床试验验证 | 探索肝细胞癌微环境中CCR7的差异表达模式及其对精准治疗的指导意义 | 肝细胞癌患者组织和细胞系 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 组织芯片、空间转录组、单细胞测序、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 图像、转录组数据、单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
3397 | 2025-10-06 |
Exploring Immunogenetic Mechanisms in Parkinson's Disease Using Single-Cell Transcriptomics and Mendelian Randomization
2025-Jul-21, Current pharmaceutical biotechnology
IF:2.2Q3
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法探索帕金森病的免疫遗传机制 | 首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析揭示帕金森病中免疫细胞浸润和转录调控的新机制 | 受限于人群异质性和因果关系推断的挑战 | 探究帕金森病的免疫遗传机制 | 帕金森病患者和对照组的免疫细胞 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 表达数量性状位点分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3398 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing uncovers abnormal Sertoli-cell elevation and testicular niche impairment in the transfemales's testis
2025-Jul-20, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01445-3
PMID:40685388
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示跨性别女性睾丸中支持细胞异常增多和睾丸微环境损伤的机制 | 首次在跨性别女性睾丸中发现支持细胞数量异常增加及β-连环蛋白核转位现象 | 样本量有限,未涵盖所有年龄段的跨性别女性 | 研究性别肯定激素治疗对睾丸细胞组成和分子通路的影响 | 跨性别女性睾丸组织细胞 | 单细胞转录组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 实时定量PCR, 免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据 | 约49,385个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3399 | 2025-10-06 |
CXCL12/CXCR4 modulates macrophage efferocytosis to induce glomerular crescent formation and fibrosis via ELMO1/DOCK180/RAC1 signaling in ANCA-associated glomerulonephritis
2025-Jul-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05750-5
PMID:40682610
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研究论文 | 本研究揭示CXCL12/CXCR4信号轴通过调控巨噬细胞胞葬作用促进ANCA相关性肾小球肾炎新月体形成和纤维化的机制 | 首次阐明内皮细胞与单核/巨噬细胞间通过CXCL12/CXCR4信号轴建立特异性分子对话机制,发现ELMO1/DOCK180/RAC1信号通路介导的胞葬作用在疾病进展中的关键作用 | 未明确说明样本规模和具体实验模型的局限性 | 探究ANCA相关性肾小球肾炎中单核细胞募集和巨噬细胞极化的调控机制 | ANCA相关性肾小球肾炎患者样本、单核细胞、巨噬细胞、肾小球内皮细胞 | 分子病理学 | ANCA相关性肾小球肾炎 | 单细胞测序、蛋白相互作用分析、体外实验、体内实验 | EAV模型 | 单细胞测序数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3400 | 2025-10-06 |
Cardiomyocyte OTUD1 drives diabetic cardiomyopathy via directly deubiquitinating AMPKα2 and inducing mitochondrial dysfunction
2025-Jul-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61901-z
PMID:40683882
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研究论文 | 本研究揭示了去泛素化酶OTUD1通过直接去泛素化AMPKα2诱导线粒体功能障碍,从而驱动糖尿病心肌病的分子机制 | 首次发现OTUD1是AMPK的直接调控去泛素化酶,并揭示了OTUD1-AMPK信号轴在糖尿病心肌病中的关键作用 | 研究主要聚焦于雄性小鼠模型,缺乏雌性动物验证;临床转化价值需进一步验证 | 探究去泛素化酶OTUD1在糖尿病心肌病发病中的作用及调控机制 | 1型和2型糖尿病雄性小鼠模型及心肌细胞 | 分子生物学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序,基因敲除,蛋白相互作用分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白互作数据,生理功能数据 | 糖尿病小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |