单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3381	2025-05-01	Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963074	research paper	本文提出了一种利用拓扑数据分析（TDA）方法Mapper来可视化和分析高维单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的新方法	该方法不仅能够捕捉细胞的聚类结构，还能保留细胞的连续基因表达拓扑结构，并通过与基因共表达网络分析结合，揭示基因共表达模块的差异表达模式	NA	开发一种新的scRNA-seq数据可视化方法，以更好地分析细胞异质性和识别细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Mapper（TDA的一种方法）	基因表达数据	NA
3382	2025-05-01	Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963075	research paper	本文探讨了在单细胞RNA测序数据降维中，参数调优对深度变分自编码器（VAE）性能的关键影响	揭示了在特定参数配置下，更深的神经网络可能在包含更多观测数据的数据集上表现不佳的反直觉现象，并强调了参数调优对VAE性能的极端敏感性	研究基于模拟数据，可能无法完全反映真实scRNA-seq数据的复杂性	评估变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的性能及其对参数调优的敏感性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	VAE (Tybalt)	gene expression data	模拟数据集（未明确具体样本量）
3383	2025-04-29	Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis 2025-Jun, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355 PMID:40209298	研究论文	研究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为缺陷的影响及其突触稳态干扰机制	首次揭示了溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态导致斑马鱼神经行为缺陷的跨细胞类型转录调控机制	研究仅针对斑马鱼模型，结果外推至其他生物需谨慎	探究溴虫氟苯双酰胺对水生生物神经健康的长期风险及其作用机制	成年斑马鱼	神经毒理学	神经退行性病变	单细胞RNA测序、靶向代谢组学分析	斑马鱼神经行为模型	行为学数据、转录组数据、代谢组数据	暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼
3384	2025-04-29	Spatially resolved multi-omics reveals the renal cortex-metabolic reprogramming of Shenhua Tablet for intervention on IgA nephropathy 2025-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156742 PMID:40233505	研究论文	通过空间多组学策略探讨肾华片（SHT）干预IgA肾病（IgAN）的分子机制	利用空间多组学策略，首次在空间背景下全面解析SHT治疗IgAN的分子机制，包括代谢重编程和基因表达调控	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索SHT干预IgAN的分子机制	IgA肾病大鼠模型	数字病理学	IgA肾病	空间代谢组学、空间转录组学、质谱成像	大鼠模型	代谢物、mRNA	IgA肾病大鼠模型及SHT治疗组
3385	2025-04-29	Discovering governing equations of biological systems through representation learning and sparse model discovery 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf048 PMID:40290314	研究论文	提出了一种名为CLERA的新型端到端计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中发现简约的动态模型并识别活跃的基因程序	通过将监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别相结合，CLERA能够同时提取相关的低维表示并揭示驱动过程的潜在动态系统	NA	理解复杂生物系统的调控规则	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别（SINDy）	基因表达数据	合成数据和生物数据
3386	2025-04-29	ScRNA-Seq reveals T cell immunity in COVID-19 patients and implications for immunotherapy 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114663 PMID:40233451	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示COVID-19患者T细胞免疫异质性及其对免疫治疗影响方面的应用	利用scRNA-seq技术揭示了COVID-19患者中T细胞的异质性和功能障碍，为免疫治疗和疫苗开发提供了新见解	当前针对T细胞的治疗策略效果不一致，需要组合方法	阐明T细胞异质性如何影响COVID-19疾病严重程度	COVID-19患者的T细胞，包括常规T细胞（CD8、CD4 T细胞）和非常规T细胞（NKT细胞、MAIT细胞和γδT细胞）	生物医学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
3387	2025-04-29	Therapeutic and prognostic values of ferroptosis signature in glioblastoma 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114597 PMID:40239336	research paper	探讨铁死亡特征在胶质母细胞瘤中的治疗和预后价值	利用单细胞RNA测序揭示胶质母细胞瘤的分子特征及其肿瘤微环境，引入铁死亡相关生物标志物通路和耐药机制	铁死亡与GBM免疫景观的关系复杂，可能产生积极或消极影响	研究铁死亡在胶质母细胞瘤中的影响，以提供肿瘤生物学和潜在治疗策略的重要知识	胶质母细胞瘤细胞及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3388	2025-04-29	Characterization of the Biochemical Recurrence Prediction Ability and Progression Correlation of Peroxiredoxins Family in Prostate Cancer Based on Integrating Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Cohorts 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70855 PMID:40281661	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，探讨了过氧化物还原酶家族（PRDXs）在前列腺癌（PCa）中的预后和治疗反应预测能力	首次发现PRDX5与前列腺癌进展密切相关，并开发了一个整合PRDX5表达与临床特征的列线图，用于预测PCa患者的临床结果，优于30个已发表的签名	研究主要基于公共数据集，需要进一步实验验证PRDX5在前列腺癌中的具体作用机制	探讨PRDXs家族在前列腺癌预后和治疗反应中的潜在作用	前列腺癌患者和去势抵抗性前列腺癌（CRPC）细胞系	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、大规模RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组织化学、体外细胞增殖实验、ROS测定实验、凋亡实验	NA	RNA测序数据、临床数据、细胞实验数据	2个单细胞RNA数据集和8个大规模RNA数据集
3389	2025-04-29	Role of different Lyl1 transcripts in zebrafish primitive hematopoiesis 2025-May, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-288 PMID:40287790	research paper	本研究探讨了斑马鱼原始造血过程中不同Lyl1转录本的作用	发现了斑马鱼和人类中存在Lyl1的长短转录本，并揭示了它们在原始髓系造血中的不同调控作用	未深入探讨长短转录本调控造血的具体分子机制	阐明Lyl1不同转录本在原始造血过程中的功能差异	斑马鱼原始造血细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, 5'RACE, Morpholino敲低	NA	单细胞RNA测序数据	斑马鱼造血干细胞/祖细胞
3390	2025-04-29	Suppression of the Prostaglandin I2-Type 1 Interferon Axis Induces Extramedullary Hematopoiesis to Promote Cardiac Repair After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069420 PMID:40289806	研究论文	本研究探讨了前列腺素I2-1型干扰素轴在心肌梗死后脾脏髓外造血中的作用及其对心脏修复的影响	揭示了PGI2-IFN轴在心肌梗死后脾脏髓外造血中的新机制，为治疗缺血性心脏损伤提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究脾脏髓外造血在心肌梗死后心脏修复中的作用及其调控机制	心肌梗死小鼠模型及脾脏造血干细胞/祖细胞	心血管疾病	心肌梗死	流式细胞术、液相色谱-串联质谱、单细胞RNA测序	Tcf21CreER Scfflox/flox心肌梗死小鼠模型	转录组数据、脂质组数据	未明确说明具体样本数量，使用eGFP小鼠和Tcf21CreER Scfflox/flox小鼠
3391	2025-04-29	Comprehensive analysis based on IFN-γ and SASP related genes, bulk RNA and single-cell sequencing to evaluate the prognosis and immune landscape of stomach adenocarcinoma 2025-Apr-28, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01646-7 PMID:40293675	研究论文	基于IFN-γ和SASP相关基因、批量RNA和单细胞测序的综合分析，评估胃腺癌的预后和免疫景观	首次基于IFN-γ和SASP相关基因对STAD进行分子亚型分类，并开发了预测患者生存、肿瘤免疫微环境和药物反应的风险预后模型	研究依赖于TCGA数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	识别STAD的分子亚型并开发预后模型，以预测患者生存和免疫治疗反应	胃腺癌（STAD）患者	数字病理	胃腺癌	批量RNA测序、单细胞测序	Cox和LASSO回归分析	基因组和临床数据	来自TCGA数据库的STAD患者数据
3392	2025-04-29	Combining Spatial Transcriptomics, Pseudotime, and Machine Learning Enables Discovery of Biomarkers for Prostate Cancer 2025-Apr-28, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0269 PMID:40293712	研究论文	结合空间转录组学、伪时间和机器学习技术，发现前列腺癌的生物标志物	利用空间转录组学数据构建伪时间模型，结合机器学习方法识别前列腺癌的生物标志物	需要在前瞻性研究中进一步验证这些生物标志物的诊断潜力	发现可用于早期诊断前列腺癌的生物标志物	前列腺癌患者和对照组的血清、前列腺组织和尿液样本	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学、伪时间分析、机器学习	机器学习预测模型	mRNA、免疫组化、蛋白质组学数据	超过2000名前列腺癌患者和对照组的样本
3393	2025-04-29	Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing 2025-Apr-27, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-025-08858-w PMID:40287916	研究论文	通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤（TBI）中星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	首次在TBI模型中识别出两种主要的反应性星形胶质细胞亚型（A1和A2），并揭示了它们在炎症反应、突触调节、神经退行性疾病相关通路以及脂质代谢、细胞外基质重塑等方面的功能差异	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究创伤性脑损伤中星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	创伤性脑损伤小鼠模型中的星形胶质细胞	单细胞RNA测序	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	创伤性脑损伤小鼠模型的皮质和海马组织
3394	2025-04-29	Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the mechanism by which Xiaozhiling injection treats internal hemorrhoids 2025-Apr-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i4.103494 PMID:40291892	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学揭示了消痔灵注射液治疗内痔的分子机制	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了消痔灵注射液通过激活Sphk1-S1P通路促进纤维化的治疗机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究消痔灵注射液治疗内痔的分子机制	内痔模型大鼠的成纤维细胞	分子生物学	内痔	单核RNA测序(Stereo-seq)、空间转录组学、电子显微镜	NA	基因表达数据、亚细胞结构图像	内痔模型大鼠(分为对照组和治疗组)
3395	2025-04-29	Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations 2025-Apr-26, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70082 PMID:40285422	研究论文	通过分析从儿童到虚弱老年人的PBMCs的bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，研究年龄相关的免疫系统变化	整合bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，全面揭示健康衰老和虚弱老年人中免疫细胞的动态变化	研究仅基于PBMCs，可能无法完全反映其他组织或器官中的免疫衰老情况	探究年龄相关的免疫系统变化及其在虚弱老年人中的异常表现	从儿童到虚弱老年人的外周血单核细胞(PBMCs)	免疫学	老年疾病	bulk-cell RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涵盖从儿童到虚弱老年人的多个年龄段样本
3396	2025-04-29	Integrated Analysis of Single-Cell and Transcriptome Data Reveals the Role and Regulatory Mechanisms of Neuroinflammation in Parkinson's Disease 2025-Apr-26, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02306-4 PMID:40285838	研究论文	通过整合单细胞和转录组数据分析，揭示了神经炎症在帕金森病中的作用及其调控机制	首次揭示了转录因子STAT3在帕金森病中作为小胶质细胞促炎激活的核心调控因子的关键作用	研究主要基于数据库数据和动物模型，人类样本的直接验证有限	探索帕金森病中神经炎症的细胞特异性特征和调控机制	人类PD中脑黑质致密部组织、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞模型	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微阵列分析、GSVA、GSEA、KEGG和GO分析、轨迹分析、SCENIC分析	动物模型(小鼠)、细胞模型(BV2和SH-SY5Y)	基因表达数据、单细胞数据	来自GEO数据库的人类PD中脑组织数据、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞模型
3397	2025-04-29	In silico-based analysis and in vitro experiments identify SIGMAR1 as a potential marker of putative lung cancer stem cells 2025-Apr-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02394-6 PMID:40285994	研究论文	通过计算机模拟和体外实验鉴定SIGMAR1作为潜在肺癌干细胞标记物	利用单细胞RNA测序数据识别新的肺癌干细胞标记物SIGMAR1，并通过体外实验验证其表达和功能	未来研究需要进一步探讨SIGMAR1调节肺癌干细胞特性的机制	识别肺癌干细胞的新标记物并验证其功能	A549来源的肿瘤球和人类肺癌组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	两个公开的人类肺癌组织scRNA-seq数据集
3398	2025-04-29	Perturbing local steroidogenesis to improve breast cancer immunity 2025-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59356-3 PMID:40287432	research paper	该研究探讨了通过抑制局部类固醇生成来增强对三阴性乳腺癌（TNBC）的抗肿瘤免疫	揭示了抑制免疫细胞类固醇生成可以限制TNBC肿瘤进展，并通过代谢建模和单细胞转录组学鉴定了主要的类固醇生成细胞	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	改善三阴性乳腺癌的免疫治疗效果	三阴性乳腺癌（TNBC）患者肿瘤和小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	靶向代谢组学、免疫组织化学、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	TNBC患者肿瘤样本和小鼠模型
3399	2025-04-29	Comprehensive single-cell transcriptome analysis of autologous platelet-rich plasma therapy on human thin endometrium 2025-Apr-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99468-w PMID:40287476	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了自体富血小板血浆（PRP）疗法对人类薄型子宫内膜的影响	首次通过转录组分析研究PRP疗法对薄型子宫内膜的影响，揭示了PRP疗法可能增强高干性、刺激间充质-上皮转化（MET）并增强巨噬细胞功能	样本量较小（仅10名患者），可能影响结果的普遍性	探讨PRP疗法对薄型子宫内膜的治疗效果及其潜在机制	薄型子宫内膜患者	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、苏木精和伊红染色（HE）、免疫组织化学（IHC）	CytoTRACE、基因集变异分析（GSVA）	RNA测序数据、组织图像	10名薄型子宫内膜患者的配对样本（治疗前后）
3400	2025-04-29	A specific microbial consortium enhances Th1 immunity, improves LCMV viral clearance but aggravates LCMV disease pathology in mice 2025-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59073-x PMID:40274773	研究论文	本文探讨了特定微生物群落对Th1免疫力的增强作用及其对LCMV病毒感染清除和疾病病理的影响	揭示了特定低复杂度细菌群落（OMM）在增强抗病毒免疫反应中的作用，及其对LCMV病毒清除和疾病病理的双重影响	研究仅限于小鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	研究肠道微生物组对抗病毒免疫反应的影响	小鼠及其肠道微生物组	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	特定无病原体（SPF）小鼠和无菌小鼠