单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-07-03	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages 2025-Jun-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08387-z PMID:40550904	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类多个组织及炎症条件下，分析了脂质相关巨噬细胞（LAMs）的多样性，定义了共享的LAM转录特征及组织特异性基因程序	首次在多组织和炎症条件下系统分析LAMs的转录特征，发现其标记基因在人类炎症中高度保守，为LAMs在疾病中的治疗干预提供了分子靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	揭示脂质相关巨噬细胞在不同组织和炎症条件下的转录特征，为相关疾病治疗提供靶点	小鼠和人类多个组织中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	动脉粥样硬化, 肥胖症, 代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多组织来源的小鼠和人类样本（具体数量未明确说明）
322	2025-07-03	Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164 PMID:40482645	研究论文	通过单细胞空间转录组学和基因组分析，研究乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征	揭示了不同乳腺癌亚型在新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征，以及这些特征如何影响预后	研究仅针对乳腺癌，未涉及其他癌症类型	探索乳腺癌新辅助化疗后残留癌症的基因组和微环境特征及其对预后的影响	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞空间转录组学、基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
323	2025-07-03	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188 PMID:40499545	研究论文	通过多组学分析揭示食管腺癌的肿瘤微环境特征、恶性细胞程序及其与临床结果的关系	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，同时预测了这些细胞与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证	理解食管腺癌的异质性、疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
324	2025-07-03	Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet syndrome 2025-Jun-16, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029 PMID:40516577	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了Sweet综合征皮肤中的干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，阐明了该疾病中中性粒细胞浸润的分子机制	首次在Sweet综合征皮肤中鉴定出显著的干扰素特征，并发现位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群在疾病发病机制中的作用	研究样本来自存档的临床皮肤样本，可能影响细胞活性分析；样本量未明确说明	明确Sweet综合征患者皮肤的细胞和分子特征	Sweet综合征患者、坏疽性脓皮症患者和健康对照者的皮肤样本	皮肤病理学	Sweet综合征	单细胞转录组学、批量转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
325	2025-07-03	EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response 2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011650 PMID:40514071	研究论文	本研究探讨了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤(GBM)中EZH2抑制和5-氮杂胞苷通过激活病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫的机制	首次揭示了PTEN缺陷通过ERV-MAVS-IFN通路失调抑制I型干扰素反应的机制，并开发了EZH2i联合5-AZA的新型联合疗法	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索PTEN缺陷型GBM免疫逃逸机制并开发新型免疫治疗策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、表观遗传调控分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量
326	2025-07-03	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jun-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的新功能，填补了该领域的研究空白	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型
327	2025-07-03	A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor 2025-Jun-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05339-4 PMID:40494845	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了类风湿关节炎患者在接受TNF-α/JAK抑制剂治疗前后的滑液样本	首次对TNF-α和JAK抑制剂在类风湿关节炎治疗中的单细胞水平影响进行了全面分析，并提供了治疗前后的配对比较数据	研究仅关注滑液样本，未涉及滑膜组织等其他可能相关的组织类型	探索TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的治疗机制，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的滑液样本	数字病理学	类风湿关节炎	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	100,387个高质量细胞
328	2025-07-03	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090 PMID:40549685	研究论文	介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中准确识别克隆信息性线粒体突变并推断进化谱系	开发了MitoTracer算法，能够自动识别信息性线粒体突变，用于精确的谱系重建，并在性能上优于现有方法	未提及具体的技术限制或样本量的局限性	开发一种工具来捕获真实的线粒体突变信息并追踪细胞间的谱系关系	单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中的线粒体突变	生物信息学	癌症	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	未明确提及具体样本量
329	2025-07-03	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2025-Jun, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003204 PMID:40550000	研究论文	本研究通过先进成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次系统描述了卵巢衰老过程中MNGCs的分子特征及其与免疫细胞的相互作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析	探究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢组织	生殖生物学	卵巢衰老	激光捕获显微切割、转录组分析、先进成像技术	NA	图像数据、转录组数据	跨年龄和跨物种的卵巢组织样本
330	2025-07-03	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2025-Jun, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003193 PMID:40554460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程的时空动态图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵过程的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖性细胞状态的基因标记	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析排卵过程的时空动态变化	小鼠卵巢细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据，空间转录组数据	配对小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
331	2025-07-03	A benchmarking study of copy number variation inference methods using single-cell RNA-sequencing data 2025-Jun, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbaf011 PMID:40584741	研究论文	本研究通过基准测试评估了五种单细胞RNA测序数据中拷贝数变异推断方法的性能	首次系统地比较了五种scCNV推断方法在不同单细胞RNA测序平台上的表现，并提供了方法选择的指导	研究仅评估了五种方法，可能未涵盖所有现有方法；临床样本数量有限	评估和比较单细胞RNA测序数据中拷贝数变异推断方法的性能	五种scCNV推断方法（HoneyBADGER, CopyKAT, CaSpER, inferCNV, sciCNV）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	来自多中心研究的混合样本（5种人肺腺癌细胞系）和小细胞肺癌患者的测序组织
332	2025-07-03	Differential cellular communication inference framework for large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf084 PMID:40585304	研究论文	提出一个可推广的计算框架scSeqCommDiff，用于从大规模单细胞转录组数据中推断和分析两种实验条件下的差异细胞通讯	开发了一个统计和基于网络的计算方法，用于快速且内存高效地表征改变的细胞间通讯，并提供了一个用户友好的Shiny应用CClens以促进交互式分析	现有方法在分析不同实验设计的灵活性和结果可视化方面普遍存在不足	研究细胞间通讯在不同实验条件下的变化	大规模单细胞转录组数据	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞转录组测序	统计和网络模型	单细胞RNA测序数据	大规模数据集（包括细胞图谱）和单核转录组数据集
333	2025-07-03	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-May-23, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型的骨转移生态系统，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	发现了三种不同的骨转移生态系统原型，每种原型由特定的免疫细胞富集所特征化，并验证了这些原型在不同癌症类型中的存在	样本量相对较小，仅包括42个骨转移样本和158个批量RNA测序/微阵列数据样本	研究骨转移生态系统的多样性和分子特征	42个来自八种癌症类型的骨转移样本	单细胞测序	骨转移	单细胞RNA测序，免疫染色，生物信息学分析	NA	RNA测序数据，微阵列数据	42个骨转移样本（单细胞RNA测序），158个骨转移样本（批量RNA测序/微阵列数据）
334	2025-07-03	iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf296 PMID:40551620	研究论文	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架能够建模转录程序空间的重要性以及不同生物状态间的蛋白质-蛋白质相互作用，提供了生物意义明确的潜在空间表示	未明确提及具体限制	开发可解释的深度学习模型以揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	变分自编码器(VAE), 图神经网络(GNN), 潜在扩散模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
335	2025-07-03	Prior chemotherapy deteriorates T-cell quality for CAR T-cell therapy in B-cell non-Hodgkin's lymphoma 2025-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010709 PMID:40210237	research paper	该研究探讨了化疗对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者T细胞功能的影响，以及这些影响如何影响CAR T细胞疗法的效果	首次系统评估了化疗对T细胞功能的影响，并提出了在化疗前采集T细胞以提高CAR T细胞疗法效果的新策略	研究样本量有限，仅针对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者	评估化疗对T细胞功能的影响及其对CAR T细胞疗法效果的影响	B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的T细胞	免疫治疗	B细胞非霍奇金淋巴瘤	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组DNA甲基化阵列、体外功能测试	NA	细胞样本、基因表达数据、甲基化数据	两个B细胞非霍奇金淋巴瘤患者队列(治疗前和治疗后)
336	2025-07-03	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Mar-29, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究探讨了在妊娠期和产后立即使用SGLT2抑制剂达格列净对叠加子痫前期小鼠模型心血管结局的短期和长期影响	首次在叠加子痫前期模型中测试了SGLT2抑制剂在围产期的心血管保护作用，并揭示了其抗纤维化和代谢调节的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，结果需要进一步在人类临床试验中验证	评估达格列净在妊娠期和产后对叠加子痫前期心血管结局的改善作用	BPH/2J小鼠模型（叠加子痫前期）	心血管疾病研究	心血管疾病	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、分子标记、组织病理学数据	BPH/2J妊娠小鼠（具体数量未明确说明）
337	2025-07-03	Ash1l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development 2025-Jan-07, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae218 PMID:38943682	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶ASH1L功能丧失对小鼠出生缺陷和大脑皮层发育的影响	首次揭示了ASH1L在出生后存活和正常颅面发育中的关键作用，并阐明了其对大脑皮层神经元命运决定的影响	研究仅基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	探究ASH1L功能丧失对发育的影响及其与神经发育障碍的关联	小鼠模型（特别是大脑皮层发育）	神经发育生物学	自闭症	免疫组织化学、EdU标记、单细胞RNA测序	Ash1l基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	胚胎期e18.5样本77个，出生后样本41个，鼻骨分析样本31个，皮层分析每组6个基因型
338	2025-07-03	Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges 2025-Jan-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351956.124 PMID:39496456	综述	本文探讨了通过空间转录组学解析正常和癌症干细胞微环境的机会与挑战	利用NGS、单细胞转录组学和空间转录组学等先进技术，揭示肿瘤异质性和治疗抵抗性的分子机制	技术限制和计算工具在处理特定瓶颈时的不足	研究正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的特性	正常干细胞（NSCs）和癌症干细胞（CSCs）及其微环境	数字病理学	癌症	NGS, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	分子数据	NA
339	2025-07-03	Reduced T-Cell stemness underlies Th17 expansion and graft dysfunction in kidney transplant recipients 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1588941 PMID:40584830	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了肾脏移植受者中T细胞干性降低与Th17细胞扩增及移植物功能障碍的关系	首次将CD4+ T细胞干性降低、Th17细胞极化优势及S100-TLR4轴信号传导与移植物功能障碍联系起来，并提出了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量较小（单细胞测序n=20，批量验证n=192），且未进行功能实验验证机制	阐明区分移植物功能稳定与受损受者的免疫机制	肾脏移植受者的外周血单个核细胞	免疫学	终末期肾病	单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA	Monocle（拟时序分析），iTalk（配体-受体互作推断）	RNA测序数据	单细胞测序20例（10正常/10异常），批量验证192例
340	2025-07-03	Single-cell transcriptomics of vascularized human brain organoids decipher lineage-specific stress adaptation in fetal hypoxia-reoxygenation injury 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.117001 PMID:40585969	研究论文	本研究建立了一种先进的血管化人类皮质类器官模型，用于解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	通过整合皮质和血管类器官开发了血管化人类皮质类器官模型，揭示了人类特异性神经血管病理生理学和应激适应网络	现有模型在理解人类特异性细胞机制方面存在局限性	解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	血管化人类皮质类器官模型	数字病理学	新生儿疾病	单细胞转录组学	血管化人类皮质类器官模型	转录组数据	NA