单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-09-18	Cancer-Associated Fibroblasts in Solid Tumors and Sarcomas: Heterogeneity, Function, and Therapeutic Implications 2025-Sep-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171398 PMID:40940809	综述	探讨实体瘤和肉瘤中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性、功能及其治疗意义	系统总结CAFs在肉瘤中的研究空白，提出CAFs亚型分析作为患者分层的潜在生物标志物	肉瘤中CAFs研究较少，恶性与非恶性成纤维细胞界限模糊	解析CAFs在肿瘤微环境中的功能及靶向治疗策略	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其亚型	肿瘤生物学	实体瘤与肉瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
322	2025-09-18	Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.673125 PMID:40950173	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序与新型计算方法，系统识别了单个细胞类型中的振荡基因表达	开发了严格的统计方法识别振荡基因和细胞类型，并发现了胶质细胞等先前被忽视细胞类型中的振荡表达	未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达，可能存在技术或生物学限制	识别和表征单个细胞类型中的振荡基因表达模式	果蝇幼虫的各种细胞类型，包括角质层生成细胞、胶质细胞、神经元和肌肉细胞	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PCA, UMAP	统计分析方法	单细胞转录组数据	涉及多个幼虫发育阶段的数千个细胞
323	2025-09-18	Analysis of Microarray and Single-Cell RNA-Seq Finds Gene Co-Expression and Tumor Environment Associated with Extracellular Matrix in Epithelial-Mesenchymal Transition in Prostate Cancer 2025-Sep-03, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178575 PMID:40943497	研究论文	通过生物信息学方法分析前列腺癌中上皮-间质转化相关的基因共表达网络及肿瘤微环境	首次结合微阵列和单细胞RNA测序数据重建前列腺癌EMT相关差异表达基因网络	NA	揭示前列腺癌差异表达基因的分子特征及通路，识别潜在生物标志物	前列腺癌(PCa)相关基因表达数据	生物信息学	前列腺癌	微阵列、单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	基于TCGA等公共数据库的样本（具体数量未说明）
324	2025-09-18	Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease 2025-Sep, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0535 PMID:40160027	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析诱导型2型糖尿病肾病模型，揭示了肾小球与近端肾小管细胞间串扰引发的炎症微环境及CXCL12介导的T细胞浸润机制	首次将scRNA-seq应用于诱导型（非转基因）T2DKD模型，并发现CXCL12是介导T细胞招募的关键因子	模型虽模拟人类T2DKD特征，但仍需进一步验证其在更广泛人群中的适用性	探究2型糖尿病肾病的发病机制，寻找潜在治疗靶点	诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾组织活检样本	生物医学研究	2型糖尿病肾病	scRNA-seq, 组织学分析, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 组织图像, 流式细胞数据	诱导型T2DKD小鼠及对照小鼠，人类肾活检组织
325	2025-09-18	Integrating single-cell transcriptomics, molecular docking, and dynamics simulations to characterize protein kinase X-linked mechanisms in osteosarcoma 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147335 PMID:40907924	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、分子对接和动力学模拟，揭示了PRKX-CDC37相互作用在骨肉瘤中的关键作用，并发现麦角胺作为潜在抑制剂	首次揭示PRKX通过CDC37介导的变构通路驱动骨肉瘤进展，并发现HIS161为中心的催化口袋作为治疗靶点	研究主要基于计算模拟和体外实验，需要进一步体内实验验证	解析PRKX的激活机制并评估其作为生物标志物和治疗靶点的临床潜力	骨肉瘤细胞、PRKX-CDC37蛋白复合物	计算生物学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq、分子对接、分子动力学模拟、siRNA敲低	分子动力学模型	基因表达数据、蛋白质结构数据	使用GSE152048单细胞RNA-seq数据集
326	2025-09-18	From Pathophysiology to Innovative Therapies in Eye Diseases: A Brief Overview 2025-Sep-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178496 PMID:40943417	综述	本文综述了眼部疾病从病理生理学到创新疗法的进展，重点关注分子影像和精准治疗技术	整合了高分辨率成像技术（如OCT、MALDI-MSI、空间转录组）与人工智能、基因治疗及干细胞再生方法，推动眼科精准医学发展	这些技术在常规临床应用中仍需进一步验证、监管批准和长期安全性评估	探讨分子影像和先进疗法在眼科精准医学中的潜力和挑战	年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变、青光眼和葡萄膜炎等致盲性眼病	数字病理	眼科疾病	OCT, OCT血管成像, MALDI-MSI, 空间转录组学, 单细胞转录组学, 蛋白质组学	机器学习	影像, 分子数据	NA
327	2025-09-18	Comprehensive analysis of a lipid metabolism-related gene signature for ulcerative colitis 2025-Aug-31, Translational pediatrics IF:1.5Q2 DOI:10.21037/tp-2025-161 PMID:40949920	研究论文	本研究通过生物信息学分析识别了与溃疡性结肠炎相关的脂质代谢基因标志物，并评估其诊断潜力	结合多组学数据和机器学习方法，首次构建了基于脂质代谢相关基因的溃疡性结肠炎诊断模型	研究依赖于公共数据库的回顾性数据，缺乏独立临床队列验证	识别溃疡性结肠炎的诊断生物标志物并探索脂质代谢在疾病发生中的分子机制	溃疡性结肠炎患者和健康对照的组织与血液样本	生物信息学	溃疡性结肠炎	差异表达分析、WGCNA、机器学习、scRNA-seq、CIBERSORT、xCell	机器学习模型	基因表达数据	来自GEO数据库的UC患者和健康对照样本（具体数量未明确说明）
328	2025-09-18	Identification of metabolic driver genes and targeted drug screening for lung adenocarcinoma metastasis at the single-cell resolution 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-484 PMID:40950658	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别肺腺癌转移中的代谢驱动基因，并基于此构建预后风险模型和筛选靶向药物	在单细胞分辨率下解析肺腺癌转移的代谢异质性，识别关键代谢驱动基因并验证特定药物（如胆酸）的抑制迁移效果	NA	解码肿瘤转移进展中的代谢驱动因素，优化肺腺癌预后预测并筛选特异性靶向药物	肺腺癌（LUAD）肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理	肺癌	scRNA-seq, NMF算法	预后风险模型	单细胞RNA测序数据	NA
329	2025-09-18	Thyroid differentiation score-related genes and prognostic model for thyroid cancer 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-460 PMID:40950686	研究论文	本研究构建了一个基于甲状腺分化评分（TDS）相关基因的甲状腺癌预后风险模型，并探索了潜在生物标志物	首次建立包含ATP2C2、MCEMP1、FAM111B和UST的四基因风险模型，并发现UST通过p53信号通路在CD4+记忆细胞中发挥作用的新机制	研究基于TCGA单一数据集，需要外部验证数据进一步确认模型的泛化能力	构建甲状腺癌的预后预测模型并探索相关生物标志物	甲状腺癌（THCA）患者	生物信息学	甲状腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、功能富集分析	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	TCGA-THCA数据集中的样本
330	2025-09-18	Identification of mechanosensitive ion channel-related molecular subtypes and key genes for ovarian cancer 2025-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-1219 PMID:40950697	研究论文	本研究通过机械敏感性离子通道相关基因对卵巢癌进行分子亚型分类并鉴定关键基因	首次从机械敏感性离子通道角度识别卵巢癌的分子亚型和关键基因	研究基于TCGA数据库回顾性数据，需进一步实验验证	阐明机械敏感性离子通道在卵巢癌中的功能作用	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	RNA测序，单细胞RNA测序	LASSO和Cox回归分析	基因表达数据和临床数据	TCGA数据库中的卵巢癌样本
331	2025-09-18	BIRC5 expression correlates with immunosuppressive phenotype and predicts inferior response to immunotherapy in lung adenocarcinoma 2025-Aug-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-216 PMID:40950902	研究论文	本研究探讨BIRC5（survivin）在肺腺癌中的表达及其对临床预后和肿瘤微环境的影响，特别是与免疫治疗反应的关系	首次系统揭示BIRC5高表达与免疫抑制表型（如CD8+ T细胞减少和Tregs增加）及免疫检查点抑制剂疗效下降的关联	样本量有限（仅54例接受ICB治疗的患者），且为回顾性分析，需进一步前瞻性验证	评估BIRC5在肺腺癌中的临床意义、肿瘤微环境特征及对免疫治疗反应的预测价值	肺腺癌（LUAD）患者组织样本及非小细胞肺癌（NSCLC）接受免疫检查点阻断（ICB）治疗的患者	肿瘤免疫学	肺癌	转录组测序、单细胞测序、免疫浸润分析、log-rank检验、Cox回归分析	NA	临床数据、转录组数据、单细胞测序数据	535例LUAD样本、59例正常肺组织、54例接受ICB治疗的NSCLC患者
332	2025-09-18	Cross-platform transcriptomic data integration identifies an overactive neuro-immune signature in human osteoarthritis synovium 2025-Aug-30, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.08.013 PMID:40889615	研究论文	通过跨平台转录组数据整合分析，识别人类骨关节炎滑膜中过度活跃的神经免疫特征	首次采用加权Z检验整合多平台转录组数据，揭示STAT1、FLI1和VDR调控的神经免疫信号网络，并构建滑膜-背根神经节互作组	研究基于公共数据库的二次分析，样本量有限（N=139），且仅针对终末期骨关节炎	解析骨关节炎滑膜的转录表型，重点关注与疼痛相关的信号通路	人类非骨关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织	生物信息学	骨关节炎	微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序、多组学数据整合	加权Z检验、基因调控网络分析	转录组数据	153例总样本（质量控制后139例）
333	2025-09-18	Machine learning integration of bulk and single-cell RNA-seq data reveals glycolytic heterogeneity in colorectal cancer 2025-Aug-30, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-03007-6 PMID:40884604	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了结直肠癌中糖酵解代谢的异质性	首次通过多组学数据和机器学习框架识别出具有高糖酵解状态（HGS）的肿瘤亚群，并发现其与不良临床预后的关联	NA	系统探索结直肠癌糖酵解代谢的调控机制和细胞多样性	结直肠癌组织和细胞	机器学习	结直肠癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	机器学习特征选择算法	基因表达数据	多中心队列样本
334	2025-09-18	Identification of prognostic biomarkers in colorectal cancer through multi-omics profiling of programmed cell death pathways 2025-Aug-30, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-2024-861 PMID:40950352	研究论文	通过多组学分析程序性细胞死亡（PCD）通路，识别结直肠癌中的预后生物标志物	整合多组学数据（TCGA、单细胞测序、空间转录组）分析五种PCD通路，并利用动态网络生物标志物（DNB）模型识别阶段特异性关键转变	NA	分析程序性细胞死亡通路在结直肠癌中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）	生物信息学	结直肠癌	多组学分析（包括单细胞测序、空间转录组）、GSVA、ssGSEA、Cox回归、LASSO回归、DNB建模	回归模型（Cox、LASSO）、动态网络生物标志物（DNB）	基因组数据、转录组数据	基于TCGA等公共数据库的结直肠癌样本
335	2025-09-18	Liposomal Doxorubicin, but Not Platinum-Taxane, Supports MHC-II Expression and Immune Maturation in the Ovarian Tumor Microenvironment 2025-Aug-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172827 PMID:40940927	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和流式细胞术，比较了两种化疗方案（铂类-紫杉烷与脂质体阿霉素）对卵巢癌肿瘤微环境中免疫成熟和MHC-II表达的影响	首次发现脂质体阿霉素（PLD）能选择性上调肿瘤细胞MHC-II表达并促进免疫细胞成熟，而一线铂类-紫杉烷化疗无此效应	研究基于小鼠模型和有限体外实验，人类体内的实际效果仍需进一步验证	评估不同化疗方案与免疫系统的相互作用及其对卵巢癌肿瘤微环境的影响	卵巢癌小鼠模型、卵巢癌细胞系及患者肿瘤细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞转录组测序、流式细胞术	NA	转录组数据、细胞表型数据	NA（未明确说明具体样本数量）
336	2025-09-18	TGFB2/IGFBP5 activated by transcription factors STAT2 and SMAD3 initiate granulosa cell degeneration and cause follicular atresia in chickens 2025-Aug-28, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105747 PMID:40902342	研究论文	本研究通过鉴定TGFB2和IGFBP5的启动子并分析其上游转录调控因子，揭示了STAT2和SMAD3在鸡卵泡闭锁过程中调控颗粒细胞退化的分子机制	首次发现STAT2是TGFB2和IGFBP5的共同转录因子，并揭示了JAK/STAT与TGF-β/SMAD信号通路在卵泡闭锁中的协同调控作用	研究仅限于鸡模型，未在其他物种验证；机制研究主要基于体外实验，缺乏体内功能验证	阐明鸡卵泡闭锁的分子调控机制，寻找延长产蛋期和提高产蛋性能的新遗传靶点	鸡颗粒细胞和卵泡闭锁过程	分子生物学	生殖系统疾病	DNA pull-down assay, 质谱分析, 单细胞调控网络推断与聚类(SCENIC)分析, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但基于先前单细胞RNA测序数据进行分析
337	2025-09-18	Immune profiling in oncology: bridging the gap between technology and treatment 2025-Aug-26, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-03002-x PMID:40856894	综述	本文回顾了免疫分析技术在肿瘤学中的演变及其在临床实践中的应用与挑战	整合了CyTOF、scRNA-seq、空间转录组学和液体活检等先进技术，并引入AI模型进行多组学数据整合以提升预测能力	成本高、通量限制以及标准化问题尚未完全解决	弥合免疫分析技术与临床肿瘤治疗之间的差距，推动精准医疗发展	肿瘤免疫微环境及患者治疗反应	数字病理学	肿瘤	CyTOF, scRNA-seq, 空间转录组学, 液体活检, AI	AI驱动模型	多组学数据	NA
338	2025-09-18	Identification of immune signatures associated with both SARS-CoV-2 infection and lung transplantation 2025-Aug-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102262 PMID:40749682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重细胞因子分析，识别了COVID-19相关肺损伤患者接受肺移植后的免疫特征变化	首次揭示了肺移植CALI患者中RBD特异性抗体显著降低的现象，并鉴定出三种扩增的免疫细胞群体及独特的炎症因子谱	样本量有限，且主要关注循环血液中的免疫细胞，未直接分析移植肺组织	探究COVID-19相关肺损伤患者肺移植后的免疫反应特征	COVID-19相关肺损伤的肺移植患者及非移植COVID-19患者	免疫学	COVID-19相关肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 多重细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据, 细胞因子浓度数据	未明确指定样本数量，但包含CALI肺移植患者组和COVID-19非移植对照组
339	2025-09-18	Single-cell transcriptomic analysis reveals metastatic and immunosuppressive characteristics in meningioma brain-tumor interface 2025-Aug-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06935-z PMID:40826459	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示脑膜瘤脑肿瘤界面（BTI）的转移和免疫抑制特征	首次在BTI识别出具有促EMT特征的肿瘤细胞群及特异性免疫抑制微环境，并发现ANXA2和COL5A1作为早期转移生物标志物	NA	探索脑膜瘤脑肿瘤界面的病理生态系统，理解肿瘤转移机制并开发新疗法	脑膜瘤组织样本	生物信息学	脑膜瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	整合的多组脑膜瘤单细胞转录组数据集
340	2025-09-18	Focused ultrasound-induced blood-brain barrier opening promotes glioprotective phenotypes in ACSA-II+ murine astrocytes 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113173 PMID:40948563	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术探究聚焦超声诱导血脑屏障开放对海马星形胶质细胞表型的影响	首次在老年野生型和阿尔茨海默病小鼠模型中系统揭示FUS-BBBO诱导星形胶质细胞向神经保护表型转化的分子机制	研究仅观察至处理后7天，长期效应尚不明确；结果基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明聚焦超声血脑屏障开放对星形胶质细胞表型调控的细胞机制	老年野生型及阿尔茨海默病模型小鼠的海马ACSA-II阳性星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	老年WT和AD模型小鼠（具体数量未明确说明）