单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-08	Enhanced conversion of T cells into CAR T cells by modulation of the MAPK/ERK pathway 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101970 PMID:39938523	研究论文	通过调节MAPK/ERK通路增强T细胞向CAR T细胞的转化	揭示了CAR T细胞生成过程中MAPK/ERK通路的关键作用，并通过单细胞多组学分析区分了转导和非转导T细胞的分子特征	研究主要基于体外实验，未涉及体内CAR T细胞功能的验证	探索CAR T细胞生成过程中的分子机制，以提高CAR T细胞的转化效率	T细胞和CAR T细胞	免疫治疗	癌症	单细胞多组学分析	NA	转录组数据	健康供体和患者的T细胞
322	2025-05-08	Combining T cell receptor sequencing and transcriptomics to characterize tissue-resident T cells from human gut biopsies 2025-02-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151353 PMID:39837221	研究论文	本研究首次结合流式细胞术、T细胞受体测序和转录组学，分析来自人类肠道活检组织的T细胞	首次将流式细胞术、TCR测序和转录组学结合，从批量分选的T细胞和单细胞水平分析T细胞库	研究为概念验证性质，样本量有限，且仅关注特定炎症条件下的T细胞反应	深入理解胃肠道T细胞在黏膜免疫中的作用及其在炎症条件下的反应	人类胃、结肠活检样本及血液样本中的T细胞	免疫学	胃炎	NGS, 流式细胞术, 单细胞测序	NA	基因表达数据, TCR序列数据	来自有/无炎症患者的胃、结肠活检样本及血液样本
323	2025-05-08	Targeted FTO knockout in endothelial cells Boosts adhesion and lowers inflammatory infiltration to alleviate pulmonary arterial hypertension 2025-02-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151339 PMID:39869947	研究论文	本研究探讨了内皮细胞特异性FTO敲除对肺动脉高压（PAH）发展的影响	首次揭示了内皮细胞中FTO的缺失通过调节内皮粘附和炎症反应缓解PAH的机制	研究主要关注内皮细胞中的FTO作用，未全面探讨其他细胞类型中FTO的可能影响	探索FTO在肺动脉高压中的作用及其潜在治疗策略	内皮细胞和肺动脉高压模型	分子生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	基因敲除模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
324	2025-05-08	Autonomous function of Antennapedia in adult muscle precursors directly connects Hox genes to adult muscle development 2025-Feb-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204341 PMID:39918891	研究论文	本研究揭示了果蝇Hox基因Antennapedia在成年飞行肌发育中的自主功能，直接连接Hox基因与成年肌肉发育	挑战了T2作为'Hox-free'区域的观念，揭示了Antp通过调控细胞周期速率和Hedgehog信号传导在成年飞行肌发育中的关键作用	研究仅针对果蝇模型，结果在其他生物中的普适性尚待验证	探究Hox基因在成年肌肉发育中的直接作用机制	果蝇成年飞行肌前体细胞(AMPs)	发育生物学	NA	单细胞转录组学、CRISPR技术、功能获得性实验	NA	基因表达数据	果蝇翅盘单细胞样本
325	2025-05-08	Mesenchymal retinoic acid signaling is required for normal diaphragm development in mice 2025-Feb-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402182R PMID:39921473	研究论文	本研究探讨了间充质视黄酸信号在小鼠正常膈肌发育中的作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了发育中膈肌的10种不同细胞群，并发现间充质细胞是CDH和视黄酸信号相关基因的主要表达者	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	更好地理解膈肌发育和先天性膈疝(CDH)的病因学	小鼠发育中的膈肌	发育生物学	先天性膈疝	单细胞RNA测序	条件性视黄酸受体显性阴性敲入小鼠模型	RNA测序数据	NA
326	2025-05-08	Mechanism of Ca2+ overload caused by STIM1/ORAI1 activation of store-operated Ca2+ entry (SOCE) in hydrogen peroxide-induced mitochondrial damage and apoptosis in human primary melanocytes 2025-Feb-12, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10329-1 PMID:39937331	研究论文	研究氧化应激下正常人黑色素细胞中Ca2+水平变化的调控机制，为白癜风发病机制和治疗提供新见解和潜在临床治疗靶点	揭示了STIM1/ORAI1激活的SOCE在H2O2诱导的线粒体损伤和凋亡中的作用机制	研究仅基于体外实验，未涉及动物模型或临床试验	探究氧化应激下黑色素细胞中Ca2+水平变化的调控机制	正常人黑色素细胞(NHMs)	细胞生物学	白癜风	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、定量实时PCR、western blotting	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
327	2025-05-08	Characterization of canine tumor-infiltrating leukocyte transcriptomic signatures reveals conserved expression patterns with human osteosarcoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03950-3 PMID:39932553	研究论文	本研究通过公开可用的犬骨肉瘤单细胞RNA测序数据，比较了肿瘤浸润免疫细胞与循环白细胞，揭示了与人类骨肉瘤保守的转录组模式	首次在犬骨肉瘤模型中系统分析肿瘤浸润免疫细胞的转录组特征，并与人类骨肉瘤进行比较，发现保守的转录组响应模式	研究依赖于公开数据集，可能受限于样本数量和数据质量	探究骨肉瘤肿瘤微环境对免疫细胞转录组的影响	犬骨肉瘤肿瘤浸润免疫细胞和循环白细胞	免疫肿瘤学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	公开可用的犬骨肉瘤scRNA-seq数据集
328	2025-05-08	Neutrophil-induced pyroptosis promotes survival in patients with hepatoblastoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03922-z PMID:39932547	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞诱导的细胞焦亡（NIP）与肝母细胞瘤（HB）患者生存之间的关系	构建了基于中性粒细胞和细胞焦亡相关基因的NIP评分，揭示了NETs相关中性粒细胞在诱导细胞焦亡和延长生存中的关键作用	样本量较小（仅38例患者），且研究结果需要进一步验证	揭示中性粒细胞诱导的细胞焦亡与肝母细胞瘤患者预后的关系	肝母细胞瘤患者	肿瘤免疫学	肝母细胞瘤	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq），LASSO回归，KEGG/GO/GSVA/ssGSEA富集分析	LASSO回归模型	RNA测序数据，临床数据	38例肝母细胞瘤患者（来自上海儿童医学中心）
329	2025-05-08	Benchmarking the translational potential of spatial gene expression prediction from histology 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56618-y PMID:39934114	研究论文	本文对从组织学图像预测空间基因表达的十一种方法进行了全面的基准测试研究	首次对多种预测空间基因表达的方法进行综合评估，并考察了它们的泛化能力和转化潜力	研究仅基于五个空间分辨转录组数据集和TCGA数据进行验证，可能无法涵盖所有情况	评估从组织学图像预测空间基因表达的方法的准确性和实用性	空间基因表达预测方法	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像和基因表达数据	五个空间分辨转录组数据集和TCGA数据
330	2025-05-08	Analysis of effector/memory regulatory T cells from arrhythmogenic cardiomyopathy patients identified IL-32 as a novel player in ACM pathogenesis 2025-Feb-11, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07364-y PMID:39934117	研究论文	分析心律失常性心肌病（ACM）患者的效应/记忆调节性T细胞，发现IL-32是ACM发病机制中的新参与者	首次全面表征了ACM患者的循环免疫细胞，揭示了Treg的丰富性，并发现IL-32在ACM Treg中的高表达可能加速心脏重塑	研究主要基于体外实验，需要进一步体内研究验证IL-32的作用	探究ACM发病机制中的免疫介导因素	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞及记忆Treg细胞	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	流式细胞术、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞
331	2025-05-08	Splicing diversity enhances the molecular classification of pituitary neuroendocrine tumors 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56821-x PMID:39934142	研究论文	本研究通过RNA测序技术全面调查了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）中的可变剪接失调，揭示了剪接多样性在肿瘤分子分类中的重要作用	首次在PitNETs中系统研究了可变剪接（AS）的失调情况，发现了剪接异质性可以更好描述肿瘤异质性，并成功区分了静默型促肾上腺皮质激素亚型	研究主要基于RNA测序数据，缺乏蛋白质水平验证；样本量可能有限	提高垂体神经内分泌肿瘤的分子分类精度	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	bulk RNA测序、全长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但包含bulk和单细胞RNA测序数据
332	2025-05-08	Bioinformatics analysis of coronary microvascular dysfunction in rats based on single-cell RNA sequencing 2025-Feb-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85318-2 PMID:39934189	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究大鼠冠状动脉微血管功能障碍的单细胞基因表达谱，特别是内皮细胞基因表达特征的深入分析	首次在大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了内皮细胞亚型的转变及免疫细胞和炎症反应的增加	研究仅基于大鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索冠状动脉微血管功能障碍的发病机制，寻找潜在治疗靶点	大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型的心脏组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	55,419个细胞
333	2025-05-08	Cxcl9 modulates aging associated microvascular metabolic and angiogenic dysfunctions in subcutaneous adipose tissue 2025-Feb-11, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09970-y PMID:39934436	研究论文	本研究探讨了衰老对皮下脂肪组织微血管内皮细胞的影响及其机制，提出Cxcl9作为衰老相关微血管功能障碍的生物标志物	首次发现Cxcl9与衰老内皮细胞氧化磷酸化受损的强相关性，并验证其通过抑制G蛋白偶联受体信号通路影响能量代谢和血管生成	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明衰老过程中微血管内皮细胞功能障碍的分子机制	衰老小鼠皮下脂肪组织的微血管内皮细胞	心血管生物学	心血管疾病	光片免疫荧光显微镜、单细胞RNA测序、代谢通量平衡分析	NA	基因表达数据、显微镜图像	老年小鼠皮下脂肪组织样本
334	2025-05-08	Tendomodulin in pan-cancer analysis: exploring its impact on immune modulation and uncovering functional insights in colorectal cancer 2025-Feb-11, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13608-z PMID:39934677	研究论文	本研究通过全面的分子和临床分析，探讨了Tendomodulin（TNMD）在结直肠癌（CRC）中的免疫调节功能及其在泛癌分析中的影响	揭示了TNMD在CRC中的关键免疫调节作用，特别是在影响肿瘤-免疫相互作用方面，并发现其作为患者分层和个性化治疗方法的潜在生物标志物	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨TNMD在CRC中的免疫调节功能及其在泛癌分析中的影响	结直肠癌（CRC）患者和细胞系	生物信息学	结直肠癌	免疫荧光（IF）、免疫组化（IHC）、实时定量逆转录PCR（qPCR）、Western blotting、细胞迁移实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	多个生物信息学数据库和分析工具，以及CRC肿瘤组织和细胞系
335	2025-05-08	HGATLink: single-cell gene regulatory network inference via the fusion of heterogeneous graph attention networks and transformer 2025-Feb-11, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06071-x PMID:39934680	研究论文	提出了一种名为HGATLink的单细胞基因调控网络推断框架，通过融合异构图注意力网络和Transformer来有效捕获基因间的复杂相互作用	结合异构图注意力网络和简化Transformer，通过矩阵分解技术在低维空间中有效捕获基因间的复杂相互作用，增强了对复杂异构图结构的建模能力，并有效缓解了传递性相互作用	未提及具体的局限性	提高单细胞基因调控网络推断的准确性和稳定性	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	异构图注意力网络(HGAT)和Transformer	单细胞RNA测序数据	14个scRNA-seq数据集
336	2025-05-08	Analysis of ferroptosis-related genes in cerebral ischemic stroke via immune infiltration and single-cell RNA-sequencing 2025-Feb-11, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02098-4 PMID:39934808	研究论文	本研究通过免疫浸润和单细胞RNA测序分析铁死亡相关基因在脑缺血性卒中中的作用	首次结合免疫浸润和单细胞RNA测序技术分析铁死亡相关基因在脑缺血性卒中中的潜在生物标志物	研究结果需要进一步在更大样本量中进行验证	探索铁死亡相关基因作为脑缺血性卒中早期诊断生物标志物的可能性	脑缺血性卒中患者和小鼠模型	生物信息学	脑缺血性卒中	单细胞RNA测序、生物信息学分析、western blot、免疫组化、qRT-PCR	小鼠大脑中动脉闭塞模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本量
337	2025-05-08	Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04185-w PMID:39934849	研究论文	通过单细胞转录组学技术，识别人类内脏和皮下组织中皮肤成纤维细胞与脂肪来源间充质基质细胞（AD-MSCs）之间的分化标志物	首次使用单细胞RNA测序技术比较AD-MSCs和成纤维细胞，并识别出30个表达差异最显著的基因，这些基因与组织重塑、细胞运动等生物过程相关	所有组织样本来自同一供体，可能影响结果的普适性	区分AD-MSCs和成纤维细胞，为再生医学中的个性化细胞治疗提供依据	人类内脏和皮下脂肪组织中的AD-MSCs及皮肤成纤维细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、定量PCR（qPCR）	NA	单细胞转录组数据	来自同一供体的内脏和皮下脂肪组织及皮肤成纤维细胞样本
338	2025-05-08	Single-cell and spatial-resolved profiling reveals cancer-associated fibroblast heterogeneity in colorectal cancer metabolic subtypes 2025-Feb-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06103-3 PMID:39934919	研究论文	通过单细胞和空间分辨分析揭示结直肠癌代谢亚型中癌症相关成纤维细胞的异质性	发现了SFRP2+CAF在结直肠癌代谢亚型中的异质性及其在肿瘤微环境中的作用，并验证了AGMAT作为潜在治疗靶点的有效性	研究样本量可能有限，且需要进一步验证AGMAT在其他癌症类型中的普适性	探索结直肠癌代谢亚型及其微环境中的细胞异质性，以开发个性化治疗策略	结直肠癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）及其与肿瘤微环境的相互作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学（ST）、多重免疫组化（mIHC）	层次聚类	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据	结直肠癌样本（具体数量未明确提及）
339	2025-05-08	Induction of the p21/CDK6 pathway and alteration of the immune microenvironment by the stem cell marker CBX3 in melanoma 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04179-8 PMID:39934923	research paper	该研究探讨了干细胞标志物CBX3在黑色素瘤中通过激活p21/CDK6通路和改变免疫微环境的作用	首次揭示了CBX3在黑色素瘤中通过调节细胞周期和免疫微环境促进肿瘤进展的机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，临床样本验证不足	阐明CBX3在黑色素瘤进展中的作用及其调控免疫治疗的潜在机制	黑色素瘤细胞和肿瘤微环境	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、流式细胞术	动物模型	基因表达数据、蛋白质数据	来自TCGA、GTEx和GEO数据库的黑色素瘤样本
340	2025-05-08	Everything everywhere all at once: Unraveling the waves of aging 2025-Feb-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.01.015 PMID:39938481	研究论文	张等人利用单细胞转录组学揭示了衰老过程中多个器官内细胞群体的动态变化，并识别出四种不同的动态波，其中免疫细胞是受影响最大的群体	首次在多个器官中识别出衰老过程中的四种动态波，并发现免疫细胞是受影响最显著的群体	研究仅基于单细胞转录组学数据，未涉及其他组学层面或功能验证	解析衰老过程中多器官细胞群体的动态变化规律	13个器官中的多种细胞群体（重点关注免疫细胞）	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	多个器官的细胞样本（具体数量未说明）