本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-10-30 |
Differential expression of viral entry protein neuropilin 1 (NRP1) and neuropilin 2 (NRP2) in fatal COVID-19
2025-Oct-29, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01384-25
PMID:41159753
|
研究论文 | 本研究通过分析致命COVID-19病例中神经纤毛蛋白NRP1和NRP2的表达差异,探讨了它们作为SARS-CoV-2辅助受体的作用 | 首次系统比较NRP1和NRP2在致命COVID-19患者不同组织中的表达模式及其与SARS-CoV-2刺突蛋白片段的差异结合特性 | 样本量有限(n=20),且仅针对致命病例,可能无法代表轻中度COVID-19的情况 | 探究神经纤毛蛋白在SARS-CoV-2病毒感染和传播中的机制 | 致命COVID-19患者的尸检组织(心脏、肺和血液淋巴器官) | 病理学 | COVID-19 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, 空间多重免疫荧光, 免疫荧光显微镜 | NA | 组织图像, 基因表达数据 | 20例尸检组织 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | CODEX | 空间多重免疫荧光表型分析 |
| 322 | 2025-10-30 |
IL4/IL13 inhibition via dupilumab reduces malignant T cell proliferation and promotes antitumor immunity in Sezary syndrome
2025-Oct-29, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0677
PMID:41159943
|
研究论文 | 本研究探讨了dupilumab通过抑制IL4/IL13通路在Sezary综合征中的抗肿瘤作用机制 | 首次使用单细胞RNA测序结合T细胞免疫组库分析揭示dupilumab在SS治疗中的分子机制,证明其比单独阻断IL4或IL13更有效抑制恶性淋巴细胞增殖 | 研究样本量有限,主要基于体外实验和患者特异性转录变化分析 | 评估dupilumab在Sezary综合征中的治疗潜力及其对肿瘤微环境的影响 | Sezary综合征患者的恶性T淋巴细胞、反应性T淋巴细胞、单核细胞和树突状细胞 | 单细胞测序分析 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,T细胞免疫组库分析 | NA | 单细胞转录组数据 | Sezary综合征患者外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 323 | 2025-10-30 |
Molecular glue degrader function of SPOP enhances STING-dependent immunotherapy efficacy in melanoma models
2025-Oct-28, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI191772
PMID:41148213
|
研究论文 | 本研究揭示了SPOP通过降解STING抑制黑色素瘤免疫反应,并发现SPOP抑制剂具有分子胶降解剂功能可增强免疫治疗效果 | 首次发现SPOP抑制剂具有分子胶降解剂功能,能重定向SPOP靶向降解新底物CBX4,从而激活STING通路增强抗肿瘤免疫 | 研究主要基于黑色素瘤模型,在其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探究SPOP在肿瘤免疫中的作用机制及SPOP抑制剂的治疗潜力 | 黑色素瘤细胞、小鼠肿瘤模型、STING信号通路 | 分子免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序、小分子抑制剂、免疫检查点阻断 | NA | 基因表达数据、免疫细胞浸润数据 | 小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 324 | 2025-10-30 |
The transcription factor RBPJ is required for inflammatory macrophage activation in thoracic aortic dissection by mediating mechanotransduction-induced glycolysis
2025-Oct-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05908-1
PMID:41148245
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子RBPJ通过介导机械转导诱导的糖酵解在胸主动脉夹层中促进炎症性巨噬细胞活化的机制 | 首次发现RBPJ在胸主动脉夹层中通过Piezo1感应机械力并上调PDK1促进糖酵解,从而驱动巨噬细胞向M1样极化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证有限 | 探究RBPJ在胸主动脉夹层中巨噬细胞活化的作用和分子机制 | 胸主动脉夹层患者样本、BAPN诱导的小鼠模型、骨髓来源巨噬细胞 | 分子生物学 | 胸主动脉夹层 | RNA测序、单细胞RNA测序、基因敲除 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型和体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 325 | 2025-10-30 |
Integrated Single-Nucleus and Spatial Transcriptomics Elucidate Heterogeneity and Hypoxia-Driven Organization of Supratentorial Ependymoma
2025-Oct-28, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2694
PMID:41150895
|
研究论文 | 通过整合单核和空间转录组学技术,阐明幕上室管膜瘤的异质性及缺氧驱动的空间组织结构 | 发现两个与细胞外基质重塑和ZFTA融合身份相关的新转录程序,并开发了对混合点转录组敏感的空间评分算法 | 样本量相对有限(单核样本63个,空间样本30个),需要进一步验证 | 解析幕上室管膜瘤的分子异质性和空间组织结构 | 幕上室管膜瘤组织样本 | 空间转录组学 | 脑肿瘤 | 单核转录组测序, 空间转录组测序 | 空间评分算法 | 转录组数据 | 单核样本63个,空间样本30个 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 326 | 2025-10-30 |
Artificial Intelligence and Multi-modality Data Integration Deciphers Tertiary Lymphoid Structure Maturity in Gastric Cancer
2025-Oct-28, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1793
PMID:41150905
|
研究论文 | 开发基于Transformer的深度学习模型,通过整合多模态数据解析胃癌中三级淋巴结构的成熟度及其与患者预后的关系 | 首次建立基于Transformer的深度学习模型定量表征三级淋巴结构成熟度,并发现成熟TLS中CD8⁺组织驻留记忆T细胞与B细胞通过CXCL13-CXCR5轴形成的免疫回路 | 样本量相对有限(单细胞RNA测序仅17例患者),需要进一步验证 | 解析胃癌中三级淋巴结构成熟度的定量评估方法及其免疫调控机制 | 胃癌患者组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化,流式细胞术,功能共培养实验 | Transformer | 全切片图像,单细胞RNA测序数据,免疫组化数据,流式细胞数据 | 253例胃癌患者(其中17例进行单细胞RNA测序) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 327 | 2025-10-30 |
Dynamic urinary proteomics integrates single-cell and spatial transcriptomics to reveal tumour microenvironment and predict immunotherapy response in biliary tract cancer
2025-Oct-28, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335513
PMID:41151791
|
研究论文 | 本研究通过整合动态尿液蛋白质组学、单细胞转录组学和空间转录组学,揭示胆道癌肿瘤微环境特征并预测免疫治疗反应 | 首次将尿液蛋白质组学应用于免疫肿瘤学,开发了基于4种尿液蛋白的机器学习预测模型,并整合多组学数据揭示肿瘤微环境动态变化 | 样本量相对有限,外部验证队列规模较小(n=24),需要更大规模的前瞻性研究验证 | 建立尿液蛋白质组学作为免疫检查点抑制剂反应预测工具,阐明其与肿瘤动态和肿瘤微环境重塑的关系 | 胆道癌患者 | 生物信息学 | 胆道癌 | 质谱分析, 单细胞转录组学, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 蛋白质组数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | 97名初治胆道癌患者的211份尿液样本,11份治疗前肿瘤活检样本的单细胞转录组数据,外加24例独立队列验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 质谱蛋白质组学 | NA | 平行反应监测质谱 |
| 328 | 2025-10-30 |
Single-cell landscape of mouse lungs exposed to intermittent hypoxia
2025-Oct-28, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03370-y
PMID:41152825
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示间歇性缺氧暴露下小鼠肺组织的细胞景观和分子机制 | 首次在单细胞水平系统描绘间歇性缺氧诱导的肺重构细胞图谱,并发现SP1作为核心调控因子 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究间歇性缺氧诱导肺重构的细胞和分子机制 | 间歇性缺氧暴露的小鼠肺组织 | 单细胞组学 | 阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征 | 单细胞RNA测序 | 计算分析方法 | 单细胞转录组数据 | GSE145435数据集中的小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 329 | 2025-10-30 |
IFITM3-MET interaction drives osimertinib resistance through AKT pathway activation in EGFR-mutant non-small cell lung cancer
2025-Oct-28, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02493-6
PMID:41152910
|
研究论文 | 本研究揭示了IFITM3-MET相互作用通过激活AKT通路驱动EGFR突变非小细胞肺癌对奥希替尼耐药的新机制 | 首次发现肿瘤微环境细胞因子驱动的IFITM3上调通过与MET相互作用激活AKT通路诱导奥希替尼耐药 | 研究主要基于临床样本和细胞系模型,需要在更大规模临床队列中验证 | 探究EGFR突变非小细胞肺癌对奥希替尼获得性耐药的分子机制 | EGFR突变非小细胞肺癌患者临床样本、PC-9和H1975细胞系、小鼠异种移植瘤模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 转录组学分析、空间转录组学、RNA测序、免疫印迹、质谱蛋白质组学、免疫共沉淀、邻近连接分析、细胞活力检测 | 小鼠异种移植瘤模型 | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、临床病理数据 | EGFR突变NSCLC患者临床标本和细胞系 | NA | 空间转录组学,RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 330 | 2025-10-30 |
Identifying the anti-infection NK and T cell subgroups in preterm newborns with sepsis using single-cell RNA-seq analysis
2025-Oct-28, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03272-1
PMID:41152979
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析识别早产新生儿败血症中的抗感染NK和T细胞亚群 | 首次在早产儿败血症中鉴定出具有增强免疫调节活性的特定T细胞和NK细胞亚群及其关键调控因子 | 数据来源于公共数据库,样本量有限,需要进一步实验验证 | 探索免疫细胞在早产儿败血症中的抗感染作用 | 早产新生儿晚发型败血症患者 | 单细胞转录组学 | 败血症 | 单细胞RNA测序 | Seurat, harmony, SCENIC | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 331 | 2025-10-30 |
Resolving intra-tumor heterogeneity and clonal evolution of core-binding factor acute myeloid leukemia patients with single-cell resolution
2025-Oct-28, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00718-4
PMID:41152985
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量DNA测序数据解析核心结合因子急性髓系白血病的肿瘤内异质性和克隆演化 | 开发了将亚克隆体细胞拷贝数变异整合到系统发育树和克隆演化分析的方法,在单细胞水平证明融合基因是白血病发生的最早期事件 | 样本量有限(8例初诊患者和3例化疗后患者) | 解析肿瘤内异质性和克隆演化,识别化疗耐药机制 | 核心结合因子急性髓系白血病患者 | 单细胞基因组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞DNA测序,批量DNA测序 | 系统发育树分析 | DNA测序数据 | 8例初诊患者和3例化疗后患者 | NA | 单细胞DNA测序,批量DNA测序 | NA | NA |
| 332 | 2025-10-30 |
Panmim: a resource of pan-cancer metastasis immune microenvironment
2025-Oct-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06484-5
PMID:41152997
|
研究论文 | 开发了一个名为Panmim的整合资源,用于研究转移性肿瘤的免疫微环境 | 构建了首个专注于癌症转移免疫微环境的综合数据库,整合了90个单细胞RNA-seq数据集 | 数据库资源仍需不断扩展和更新,当前仅包含特定类型和部位的转移癌数据 | 研究癌症转移过程中的免疫微环境特征和分子机制 | 转移性癌症的单细胞RNA-seq数据,涵盖14个转移部位和36种原发癌类型 | 生物信息学 | 癌症转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 90个单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 333 | 2025-10-30 |
Malignant cell-mediated Treg immune suppression via ICOSLG-ICOS axis in tumor microenvironment relates to nasopharyngeal carcinoma prognosis
2025-Oct-27, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115743
PMID:41151481
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示鼻咽癌肿瘤微环境中恶性细胞通过ICOSLG-ICOS轴激活Treg细胞介导免疫抑制的机制 | 首次发现TUBB2B+恶性细胞通过ICOSLG-ICOS通路激活TNFRSF4+Treg细胞,进而抑制多种免疫细胞功能的免疫逃逸机制 | 研究样本主要来自特定地区人群,需要更多样本人群验证 | 阐明鼻咽癌肿瘤微环境中细胞间相互作用与免疫逃逸机制 | 鼻咽癌患者肿瘤微环境中的各类免疫细胞和肿瘤细胞 | 单细胞生物学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 多重免疫组化 | NA | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据 | 488,771个细胞来自82个样本,包含50个单细胞RNA测序样本和183例批量RNA测序患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 334 | 2025-10-30 |
Melatonin ameliorates bronchopulmonary dysplasia by modulating the NF-κB pathway via the gut microbiota-short-chain fatty acid axis
2025-Oct-27, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115730
PMID:41151484
|
研究论文 | 本研究揭示了褪黑素通过调节肠道微生物-短链脂肪酸轴改善支气管肺发育不良的机制 | 首次发现褪黑素通过增加肠道Ligilactobacillus murinus丰度和短链脂肪酸产生,抑制NF-κB通路和细胞焦亡来改善BPD | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 阐明褪黑素通过肠道微生物-短链脂肪酸轴改善支气管肺发育不良的作用机制 | 博来霉素诱导的BPD小鼠模型、人支气管上皮细胞(BEAS-2B)、婴儿肺组织单细胞RNA测序数据 | 生物医学研究 | 支气管肺发育不良 | 宏基因组学, 16S rRNA测序, 非靶向代谢组学, RNA转录组学, 单细胞RNA测序 | 动物模型, 细胞模型 | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 宏基因组测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 335 | 2025-10-30 |
Application of CTC-derived spheroid for drug screening toward personalized treatment in patients with breast cancer
2025-Oct-27, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102573
PMID:41151488
|
研究论文 | 本研究建立了一种基于循环肿瘤细胞(CTC)衍生球体的药物筛选工作流程,用于乳腺癌个性化治疗 | 开发了整合CTC计数和CTC衍生球体药物筛选的临床可行工作流程,克服了组织依赖性类器官模型的局限性 | 样本量相对较小(34例患者),仅13例进行了CTC球体培养和药物筛选 | 建立临床可行的CTC衍生球体药物筛选平台,实现乳腺癌个性化治疗 | 34名新诊断乳腺癌患者,其中13名接受系统治疗和复发的患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 微流控平台、CTC分离、球体培养、药物筛选、空间转录组学 | CTC衍生球体模型 | CTC计数、药物敏感性数据、基因突变谱、空间转录组数据 | 34名乳腺癌患者,其中13名进行了CTC球体培养和药物筛选 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium in situ | Xenium原位分析平台 |
| 336 | 2025-10-30 |
Pirfenidone regulates obesity-related renal injury through the SIRT3 signaling pathway
2025-Oct-27, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115709
PMID:41151486
|
研究论文 | 本研究探讨了吡非尼酮通过SIRT3信号通路调控肥胖相关性肾损伤的作用机制 | 首次揭示吡非尼酮通过SIRT3依赖方式改善肥胖相关肾损伤的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,尚未进行临床试验验证 | 探究吡非尼酮对肥胖相关肾损伤的治疗作用及其分子机制 | C57BL/6J雄性小鼠、人近端肾小管上皮细胞(HK-2)和人原代肾近端小管上皮细胞(PTECs) | 分子生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序分析、分子对接、免疫共沉淀 | NA | 实验数据 | C57BL/6J小鼠模型和两种人肾小管上皮细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 337 | 2025-10-30 |
Human heart-macrophage assembloids mimic immune-cardiac interactions and enable arrhythmia disease modeling
2025-Oct-27, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.09.011
PMID:41151577
|
研究论文 | 本研究开发了一种人类心脏-巨噬细胞组装体模型,用于模拟免疫-心脏相互作用并实现心律失常疾病建模 | 首次创建了整合自体人多能干细胞来源胚胎单核细胞的心脏类器官,生成生理相关的心脏组织驻留巨噬细胞 | 该模型为体外研究平台,仍需进一步验证其在体内环境中的生理相关性 | 研究免疫-心脏相互作用机制及炎症驱动的心律失常疾病建模 | 人类心脏-巨噬细胞组装体模型 | 发育生物学、心脏疾病模型 | 心律失常、心房颤动 | 单细胞转录组学、活体成像、蛋白质组学 | 心脏-巨噬细胞组装体模型 | 基因表达数据、影像数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 338 | 2025-10-30 |
3D-generation of high-purity midbrain dopaminergic progenitors and lineage-guided refinement of grafts supports Parkinson's disease cell therapy
2025-Oct-27, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.001
PMID:41151578
|
研究论文 | 开发了一种三维分化方法SphereDiff,用于生成高纯度中脑多巴胺能祖细胞,并通过谱系引导优化提高帕金森病细胞治疗的安全性和有效性 | 开发了SphereDiff三维分化方法生成高纯度mDAPs;使用单细胞空间转录组学揭示移植后细胞分布模式;应用跨移植单细胞分裂条形码技术解析供体细胞克隆谱系命运 | 研究主要基于小鼠PD模型,人类临床应用效果仍需进一步验证 | 提高帕金森病细胞治疗中中脑多巴胺能神经元的生产效率和移植安全性 | 人类多能干细胞、中脑多巴胺能祖细胞、帕金森病模型小鼠 | 再生医学 | 帕金森病 | 单细胞空间转录组学, 跨移植单细胞分裂条形码技术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 帕金森病模型小鼠 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 339 | 2025-10-30 |
Discovery of disease-associated cellular states using ResidPCA in single-cell RNA and ATAC sequencing data
2025-Oct-27, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100538
PMID:41157948
|
研究论文 | 提出一种名为ResidPCA的稳健方法,用于在单细胞测序数据中发现与疾病相关的细胞状态 | ResidPCA方法在检测跨多种细胞类型表达的状态时,比传统PCA准确度高四倍以上,比基于NMF的方法高三倍以上 | NA | 推进对单细胞测序数据中疾病相关细胞异质性的理解 | 小鼠视觉皮层细胞和阿尔茨海默病队列样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | ResidPCA | 单细胞测序数据 | NA | NA | scRNA-seq, snATAC-seq, snRNA-seq | NA | NA |
| 340 | 2025-10-30 |
Unveiling metabolic pathway dysregulation in the malignant transformation of polyps to colorectal cancer: a single-cell analysis of epithelial cell trajectories
2025-Oct-27, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003859
PMID:41159285
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌发展过程中上皮细胞代谢通路失调和细胞通讯变化 | 首次在单细胞水平构建结直肠癌上皮细胞分化轨迹,揭示脂肪酸和胆汁酸代谢通路失调与乳酰化修饰在癌变过程中的关键作用 | 研究样本量有限,需要更大队列验证发现;机制研究主要基于计算推断,需要实验验证 | 探究结直肠癌发展过程中代谢通路重编程和细胞通讯变化机制 | 正常结肠组织、息肉组织和结直肠癌组织中的上皮细胞 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析,细胞通讯分析,调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 包含正常、息肉和肿瘤结肠组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |