单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-09-23	Germline stem cell isolation, lineage tracing, and aging in a protochordate 2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.31.673173 PMID:40949951	研究论文	本研究通过建立新型谱系追踪技术，揭示了原索动物生殖系干细胞在衰老过程中的关键作用及进化保守机制	开发了结合膜标记GSC移植与单细胞RNA测序的新型谱系追踪方法，并利用PacBio基因组组装技术首次实现原索动物GSC的精准分离	研究聚焦于原索动物模型，其结论在哺乳动物中的普适性需进一步验证	探究衰老对生殖系干细胞适应性的影响及其进化保守机制	原索动物（Ciona）的生殖系干细胞及其分化产物（配子）	发育生物学	生殖衰老	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、PacBio基因组组装、膜标记干细胞移植	NA	单细胞转录组数据	年轻与年老原索动物的生殖系干细胞群体
322	2025-09-23	Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02793-1 PMID:40903640	研究论文	开发用于单细胞水平T细胞功能状态注释的计算流程TCAT	提出首个可同时量化T细胞预定义基因表达程序的标准化分析框架，突破传统亚类互斥的认知局限	NA	建立可重复的T细胞单细胞注释系统以解析其功能状态连续性	人类T细胞	生物信息学	肿瘤免疫	单细胞RNA测序	计算流程/软件工具	单细胞转录组数据	170万个T细胞（来自700名个体，涵盖38种组织和5种疾病背景）
323	2025-09-23	scnanoseq: an nf-core pipeline for Oxford Nanopore single-cell RNA-sequencing 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf487 PMID:40905625	研究论文	开发了一个用于牛津纳米孔单细胞RNA测序数据的标准化分析流程	首个基于nf-core框架的长读长单细胞RNA测序分析流程，无需依赖短读长数据即可完成细胞条形码识别和转录本定量	未提及具体性能指标验证或与其他工具的对比结果	解决长读长单细胞RNA测序数据分析流程的模块化和可移植性问题	单细胞和单细胞核RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore单细胞RNA测序	NA	基因组测序数据	NA
324	2025-09-23	Spatial transcriptome analysis of the human eyelid depicts meibomian gland cell differentiation: A pilot study 2025-Sep, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70571 PMID:40969146	研究论文	通过空间转录组学首次绘制人类睑板腺细胞分化图谱的探索性研究	首次应用空间转录组技术解析人类睑板腺的空间转录景观，发现三个功能不同的睑板腺细胞亚群及其分化轨迹	样本量有限（仅1例主要样本+3例验证样本），均为老年个体，属于初步探索性研究	揭示睑板腺分泌功能的转录调控机制	人类眼睑组织（重点关注睑板腺结构）	空间转录组学	眼表疾病	空间转录组学(ST)、免疫组织化学	自组织映射(SOM)、伪时间分析	空间转录组数据、组织切片图像	1例60岁男性主要样本，另加3例老年验证样本
325	2025-09-23	scPOEM: robust co-embedding of peaks and genes revealing peak-gene regulation 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf483 PMID:40889281	研究论文	提出一种名为scPOEM的新型嵌入方法，用于在单细胞分辨率下联合分析染色质可及性峰值和基因表达数据	通过整合峰值-峰值、峰值-基因和基因-基因相互作用关系，在共享低维空间中为相关峰值-基因对分配更接近的表示	数据本身具有高度稀疏和噪声特性，导致信号较弱	识别染色质区域中影响基因表达的调控元件，揭示基因调控机制	染色质可及性峰值和表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	嵌入方法	基因组学数据	数据集来自10× Genomics和GEO数据库（GSE194122、GSE239916）
326	2025-09-23	scafari: exploring scDNA-seq data 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf477 PMID:40891892	研究论文	介绍了一个用于单细胞DNA测序数据质量控制和探索性分析的开源工具scafari	开发了首个用户友好的单细胞DNA测序数据质量分析和可视化工具，填补了该领域开源软件的空白	NA	为单细胞DNA测序数据提供易用的数据处理和质量分析工具	单细胞DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞DNA测序	NA	基因组测序数据	NA
327	2025-09-23	Partial Compensation of IL-17 Production by Vγ1 T Cells in the Absence of Vγ4 and Vγ6 T Cells 2025-Sep, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.70061 PMID:40974348	研究论文	本研究通过分析缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR的小鼠，揭示了Vγ1 T细胞在IL-17产生中的部分补偿作用	首次证明Vγ1 T细胞在Vγ4和Vγ6 T细胞缺失情况下对IL-17产生的部分补偿机制	研究仅限于小鼠模型，人类γδ T细胞生物学可能存在差异	探究缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR情况下IL-17产生的补偿机制	小鼠γδ T细胞亚群（Vγ1、Vγ4、Vγ6 T细胞）	免疫学	NA	流式细胞术、TCR测序、单细胞转录组学	NA	细胞生物学数据、基因表达数据	基因缺陷小鼠模型的淋巴和非淋巴组织样本
328	2025-09-23	Efferocytosis and M2 Macrophage Polarization Gene Expression Correlates With Relapsed and Refractory Classical Hodgkin Lymphoma Patients: A Multi-Omic Analysis 2025-Sep, Hematological oncology IF:3.3Q2 DOI:10.1002/hon.70135 PMID:40976706	研究论文	通过多组学分析揭示霍奇金淋巴瘤中HRS细胞与M2巨噬细胞的相互作用机制及其与治疗耐药性的关联	首次开发37基因HRS细胞特征用于单细胞识别，发现胞葬作用通路富集与M2巨噬细胞极化是治疗失败的关键预测因子	样本量有限（130例患者），需进一步验证模型在独立队列中的普适性	探究经典霍奇金淋巴瘤治疗失败的微环境机制	130例cHL患者样本及U-HO1细胞系	生物信息学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、CIBERSORT去卷积、CellPhoneDB互作分析	岭回归模型（Ridge Regression）	基因表达数据、单细胞测序数据	130例cHL患者样本的单细胞和批量转录组数据
329	2025-09-23	A comprehensive comparison on clustering methods for multi-slice spatially resolved transcriptomics data analysis 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf471 PMID:40966657	研究论文	对多切片空间转录组数据的聚类方法进行全面比较研究	首次系统评估七种单切片和四种多切片聚类方法在模拟和真实数据集上的性能，并研究预处理技术对聚类效果的影响	仅评估了特定数量的聚类方法，可能未涵盖所有现有技术	比较不同聚类方法在多切片空间转录组数据分析中的性能	空间转录组数据（包含模拟数据集和真实数据集）	生物信息学	NA	空间转录组技术	聚类算法（包括PASTE、Harmony等预处理方法）	空间转录组数据	两个模拟数据集和四个真实数据集
330	2025-09-23	Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658650 PMID:40661601	研究论文	提出MERLIN+P+TFA新方法，通过稳健的转录因子活性估计和模型指导的实验验证重构基因调控网络	采用先验知识引导的稀疏正则化方法，在酵母和哺乳动物系统中显著提升批量与单细胞数据的GRN推断质量	需要生成特定背景的金标准数据以更准确评估网络推断效果	开发能准确重构基因组尺度基因调控网络的计算方法	酵母和哺乳动物系统（包括小鼠胚胎干细胞）的基因表达数据	系统生物学	NA	scRNA-seq、基因调控网络推断	MERLIN+P+TFA（基于正则化模型的算法）	基因表达数据（批量和单细胞）	实验验证了58个小鼠胚胎干细胞状态关键调控因子
331	2025-09-23	Monocyte-Derived Macrophages-Synovial Fibroblasts Crosstalk Unravels Oncostatin Signaling Network as a Driver of Synovitis in Osteoarthritis 2025-Jul-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43299 PMID:40621694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示骨关节炎中巨噬细胞亚群与滑膜成纤维细胞通过Oncostatin M信号通路驱动滑膜炎的机制	首次系统解析骨关节炎滑膜中巨噬细胞亚群的异质性、起源命运及其与基质细胞的通讯网络，发现OSM/OSMR信号轴是关键驱动通路	研究样本量有限（4例OA患者），主要基于小鼠模型发现需进一步临床验证	探究骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、起源及其与滑膜微环境的相互作用机制	小鼠胶原酶诱导骨关节炎模型和OA患者的滑膜细胞、CD14+巨噬细胞	单细胞组学	骨关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传命运图谱、成像质谱流式技术	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	小鼠CiOA模型+4例OA患者样本
332	2025-09-23	Statistical significance of clustering for count data 2025-Jul-03, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf120 PMID:40971569	研究论文	提出了一种用于评估计数数据聚类显著性的新方法SigClust-DEV	开发了专门针对计数数据的聚类显著性评估方法，解决了现有方法在离散数据上统计效能不足的问题	方法主要针对计数数据设计，在其他数据类型上的适用性需要进一步验证	开发适用于计数数据的聚类显著性评估方法	基因组学计数数据和癌症患者电子健康记录	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SigClust-DEV	计数数据	通过模拟实验和真实数据集（Hydra单细胞RNA测序数据和癌症患者EHR数据）验证
333	2025-09-23	Linking Skin and Joint Inflammation in Psoriatic Arthritis through Shared CD8+ T Cell Clones 2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43286 PMID:40528683	研究论文	通过单细胞测序技术揭示银屑病关节炎患者皮肤与关节中CD8+ T细胞克隆的共享机制	首次在单细胞水平证实皮肤与关节炎症通过共享CD8+ T细胞克隆相互关联	样本量较小（仅6例皮肤样本），空间转录组数据有限	验证银屑病关节炎中皮肤与关节炎症通过CD8+ T细胞表型和克隆性相互关联的假说	银屑病关节炎患者的皮肤组织、滑膜组织和滑液样本	免疫学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序、空间转录组学、T细胞受体谱分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	6例皮肤样本（配对的5例滑膜组织样本和/或5例滑液样本），1例配对皮肤-滑膜活检样本，4例非配对活检样本
334	2025-09-23	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-06, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨产前PFOS暴露对大鼠后代肺发育的影响	首次结合单细胞RNA测序技术系统揭示PFOS对肺细胞组成和免疫应答的调控机制，发现Fam111a上调和Stk35下调等新型分子标志物	研究仅限于大鼠模型，未验证人类相关性；剂量设置虽覆盖环境暴露水平，但长期效应仍需进一步观察	阐明PFOS暴露对肺发育的细胞分子机制及长期健康风险	妊娠期大鼠及其后代幼鼠的肺组织	毒理学	肺发育异常	单细胞RNA测序、肺功能检测、形态学分析	动物模型	基因表达数据、生理指标数据、形态学数据	妊娠大鼠按0/0.01/0.1/1mg/kg/day四个剂量组暴露，在出生后0/4/14/21/60天五个时间点检测
335	2025-09-23	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病中微观和宏观转录状态的演化规律	首次结合状态转换理论揭示单细胞水平连续转录微状态如何聚合形成临床相关的宏观疾病表型	研究主要聚焦慢性髓系白血病模型，在其他癌症类型的普适性需进一步验证	解析单细胞与批量转录组数据在疾病状态识别中的信息差异	慢性髓系白血病（CML）的细胞群体	单细胞基因组学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	状态转换理论模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
336	2025-09-23	INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651831 PMID:40654897	研究论文	开发INLAomics框架，用于整合空间转录组和蛋白质组数据，在保留空间背景的同时提升可解释性和计算效率	提出首个基于多元分层贝叶斯框架的空间多组学整合方法，通过组织学特征和潜在空间因子建模蛋白质表达	未明确说明方法在处理超大规模数据集时的具体性能上限	开发可扩展且可解释的空间多组学数据整合方法	空间转录组数据和抗体蛋白质组数据	生物信息学	NA	空间转录组学、抗体蛋白质组学、贝叶斯统计	分层贝叶斯模型	空间多组学数据	多个不同数据集（具体样本数量未说明）
337	2025-09-23	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	通过时空组学分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的分子机制	首次整合单细胞核基因组学和空间转录组学技术，在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类大脑中验证	阐明热量限制延缓大脑衰老的精确分子和细胞机制	小鼠大脑组织	基因组学	神经退行性疾病	单细胞核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑的50万个细胞，12个老年小鼠脑切片
338	2025-09-23	Spatially resolved transcriptomic profiling for glomerular and tubulointerstitial gene expression in C3 glomerulopathy 2025-May, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfaf139 PMID:40416397	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析C3肾小球病的肾小球和肾小管间质基因表达特征	首次应用空间转录组学技术对C3G进行亚结构特异性基因表达谱分析，并发现补体C3与细胞外基质通过CD11c的潜在相互作用机制	样本量较小（仅3例C3G病例），且为回顾性研究设计	探究C3肾小球病的亚结构特异性转录组特征及其病理机制	人类肾脏活检组织样本（C3G患者、供体对照和其他肾小球肾炎疾病对照）	空间转录组学	肾脏疾病/C3肾小球病	空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）、体外细胞共培养验证	NA	空间转录组数据、基因表达数据	3例C3G病例、7例供体对照、41例其他肾小球肾炎疾病对照
339	2025-09-23	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	研究论文	提出CellSP计算框架，用于识别和可视化亚细胞空间转录组数据中的功能模块	首次提出'基因-细胞模块'概念，能够识别跨细胞一致的亚细胞mRNA空间分布模式	NA	开发亚细胞空间转录组数据的模式识别和可视化工具	小鼠脑组织、肾癌与健康样本、阿尔茨海默病模型	生物信息学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	计算框架	空间转录组数据	多种组织类型和技术平台的数据集
340	2025-09-23	High-resolution reconstruction of cell-type specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples 2025-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646189 PMID:40291712	研究论文	提出DeepDETAILS深度学习框架，通过跨模态解卷积从批量测序数据重构细胞类型特异性基因组信号	首次实现基于scATAC-seq参考库对其他批量组学数据进行碱基对精度的跨模态解卷积	依赖scATAC-seq参考数据的质量和可用性	开发高分辨率细胞类型特异性转录调控过程重建方法	人类组织样本和细胞类型	计算生物学	原发性硬化性胆管炎	scATAC-seq, PRO-cap, PRO-seq, ChIP-seq	深度学习框架	基因组测序数据	39种人类组织和86种细胞类型