单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-07-20	Transcriptional programs of neoantigen-specific TIL in anti-PD-1-treated lung cancers 2021-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03752-4 PMID:34290408	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了抗PD-1治疗的非小细胞肺癌中突变相关新抗原特异性T细胞的转录程序	首次揭示了突变相关新抗原特异性TIL的独特转录程序及其在PD-1阻断治疗中的作用	研究样本仅限于非小细胞肺癌患者，结果可能不适用于其他癌症类型	探究抗PD-1治疗中突变相关新抗原特异性T细胞的转录特征及其与治疗反应的关系	非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者样本
322	2025-07-20	New insights for precision treatment of glioblastoma from analysis of single-cell lncRNA expression 2021-Jul, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-021-03584-9 PMID:33693962	研究论文	本研究通过分析单细胞lncRNA表达，为胶质母细胞瘤的精准治疗提供了新的见解	使用lncRNA作为分型标志物并结合单细胞表达谱对胶质母细胞瘤进行重新分型，提出了新的精准治疗策略	研究基于公开数据库数据，未进行实验验证	提高胶质母细胞瘤分子分型的精确性并探索新的精准治疗策略	胶质母细胞瘤患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞测序	Seurat, t-SNE	单细胞表达数据	GSE84465和TCGA数据库中的胶质母细胞瘤样本
323	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases 2021-06, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.03794-2020 PMID:33602861	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
324	2025-07-20	Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control 2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751 PMID:32840568	研究论文	本文系统分析了人类和小鼠组织中单细胞RNA测序数据中的线粒体比例，提出了新的参考值以改进数据质量控制	首次系统评估了跨物种、单细胞技术、组织和细胞类型中使用统一线粒体比例阈值的有效性，并提出了针对人类和小鼠不同组织的新参考值	研究仅基于PanglaoDB数据库中的数据集，可能未涵盖所有单细胞技术或组织类型	改进单细胞RNA测序数据质量控制中线粒体比例阈值的设定	人类和小鼠的多种组织	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	5,530,106个细胞(来自1349个注释数据集)
325	2025-07-20	Airspace Macrophages and Monocytes Exist in Transcriptionally Distinct Subsets in Healthy Adults 2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202005-1989OC PMID:33079572	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了健康成年人肺泡和小气道中存在转录水平不同的巨噬细胞和单核细胞亚群	首次在健康状态下发现并定义了两个新的肺泡巨噬细胞亚群（促炎基因表达谱和金属硫蛋白基因表达谱），以及单核样细胞亚群	样本量较小（仅10名受试者），且仅针对健康成年人进行研究	解析健康人肺泡和小气道中免疫细胞的转录异质性	健康成年人的肺泡灌洗液中的免疫细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	10名健康成年人
326	2025-07-20	Single-cell immunophenotyping of the fetal immune response to maternal SARS-CoV-2 infection in late gestation 2021-Mar-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-311000/v1 PMID:33758834	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了母体SARS-CoV-2感染对胎儿免疫系统的影响	首次在无垂直传播的情况下，揭示了母体SARS-CoV-2感染可能调控胎儿免疫系统的证据	研究仅针对妊娠晚期的母体感染，未涵盖其他妊娠阶段的影响	表征母体SARS-CoV-2感染对胎儿免疫反应的影响	来自母体感染或未感染SARS-CoV-2的新生儿脐带血单核细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	基因表达数据	来自母体感染或未感染SARS-CoV-2的新生儿脐带血单核细胞样本
327	2025-07-20	GLP-1 receptor signaling increases PCSK1 and β cell features in human α cells 2021-02-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.141851 PMID:33554958	研究论文	研究GLP-1受体信号如何增加人类α细胞中PCSK1的表达及β细胞特征	发现GLP-1受体激动剂liraglutide通过β细胞GLP-1R依赖的方式增加α细胞GLP-1表达，并应用新型scRNA-seq技术DART-Seq在人类胰岛中验证了这一效应的翻译相关性	研究机制尚未完全明确，且部分结果仅在老鼠模型中验证	揭示α细胞PC1/3表达激活的机制，为糖尿病治疗提供新靶点	人类α细胞及β细胞	分子生物学	糖尿病	scRNA-seq (DART-Seq), IHC	NA	基因表达数据	人类胰岛样本及老鼠模型
328	2025-07-20	Transcriptional profiling of pediatric cholestatic livers identifies three distinct macrophage populations 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0244743 PMID:33411796	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，鉴定了小儿胆汁淤积性肝脏中的三种不同的巨噬细胞亚群	首次对人类小儿胆汁淤积性肝脏进行单细胞RNA测序，并鉴定了三种与健康肝脏巨噬细胞转录特征不同的巨噬细胞亚群	研究样本量较小（BA和ALGS患者各6例），且需要进一步分析这些巨噬细胞亚群在不同胆汁淤积性肝病病因中的异同	进一步表征小儿胆汁淤积性肝病中巨噬细胞的转录谱	小儿胆汁淤积性肝病（胆道闭锁和Alagille综合征）患者及非胆汁淤积性小儿肝脏	数字病理	胆汁淤积性肝病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 图像数据	胆道闭锁患者6例，Alagille综合征患者6例，及非胆汁淤积性小儿肝脏样本
329	2025-07-20	Single-cell transcriptomics of human islet ontogeny defines the molecular basis of β-cell dedifferentiation in T2D 2020-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2020.101057 PMID:32739450	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了人类胰岛细胞在发育过程中的成熟程序，以及2型糖尿病中β细胞去分化的分子基础	首次详细描述了人类α和β细胞在个体发育过程中的成熟程序，并揭示了2型糖尿病中胰岛细胞转录组成熟度丧失的分子机制	研究样本可能有限，且仅关注了转录组层面的变化，未涉及蛋白质或功能层面的验证	探究人类胰岛细胞成熟程序和2型糖尿病中β细胞去分化的分子机制	人类胰岛α和β细胞	单细胞转录组学	2型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	非糖尿病和2型糖尿病捐赠者的胰岛样本
330	2025-07-20	Multimodal Mapping of the Tumor and Peripheral Blood Immune Landscape in Human Pancreatic Cancer 2020-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-020-00121-4 PMID:34296197	研究论文	通过多模态分析方法揭示胰腺导管腺癌（PDA）的免疫景观	结合CyTOF、单细胞RNA测序和多重免疫组化技术，揭示了PDA中免疫抑制性细胞相互作用的复杂网络	研究样本可能不足以代表所有PDA患者的免疫特征	阐明PDA的免疫微环境特征及其对免疫治疗的影响	胰腺导管腺癌患者肿瘤组织、匹配血液样本和非恶性样本	数字病理学	胰腺癌	CyTOF, 单细胞RNA测序, 多重免疫组化	NA	蛋白质组数据, 转录组数据, 图像数据	患者肿瘤组织、匹配血液和非恶性样本（具体数量未提及）
331	2025-07-20	Analysis of Dual Class I Histone Deacetylase and Lysine Demethylase Inhibitor Domatinostat (4SC-202) on Growth and Cellular and Genomic Landscape of Atypical Teratoid/Rhabdoid 2020-Mar-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12030756 PMID:32210076	研究论文	研究探讨了双重I类组蛋白去乙酰化酶和赖氨酸去甲基化酶抑制剂Domatinostat (4SC-202)对非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤(ATRT)生长、细胞和基因组景观的影响	首次研究了Domatinostat (4SC-202)这种同时抑制I类HDAC和LSD1的小分子表观遗传调节剂对ATRT的作用，并发现其对癌症干细胞有靶向作用	研究主要基于体外细胞模型，尚未进行体内实验验证	探索新型表观遗传药物对罕见且侵袭性强的非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤的治疗潜力	非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤(ATRT)细胞	肿瘤学	非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、多组学富集分析	2D和3D支架细胞培养模型	基因组数据、转录组数据	ATRT-06球状体细胞模型
332	2025-07-20	scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis 2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz830 PMID:31697351	research paper	介绍了一个名为scGEAToolbox的Matlab工具箱，用于单细胞RNA测序数据分析	提供了一个全面的Matlab工具箱，支持单细胞RNA测序数据的多种分析功能，包括数据标准化、特征选择、批次校正等，并配备了图形用户界面	未提及具体的数据处理速度或与其他工具的性能比较	开发一个易于使用的Matlab工具箱，以支持单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
333	2025-07-19	Amorphous calcium zinc phosphate promotes macrophage-driven alveolar bone regeneration via modulation of energy metabolism and mitochondrial homeostasis 2025-Oct, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.06.053 PMID:40677756	研究论文	研究探讨了无定形钙锌磷酸盐（ACZP）纳米颗粒通过调节巨噬细胞的能量代谢和线粒体稳态促进肺泡骨再生的机制	首次揭示了ACZP通过抑制IP3R/MCU通路，调节巨噬细胞代谢从糖酵解转向氧化磷酸化，从而促进骨再生的新机制	研究仅在新西兰白兔模型中进行，尚未在更复杂的临床环境中验证	探索钙磷酸盐基材料促进骨形成的免疫调节机制，并开发新型骨再生材料	巨噬细胞和肺泡骨缺损	组织工程与再生医学	牙科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	新西兰白兔的肺泡骨缺损模型
334	2025-07-19	Evaluation of PANoptosis activation in irreversible pulpitis: An in vitro study based on human tissue samples 2025-Sep, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106305 PMID:40451096	研究论文	本研究通过分析RNA-seq和scRNA-seq数据，探讨了不可逆性牙髓炎中PANoptosis的激活情况	首次在人类牙髓炎组织中研究了PANoptosis的激活机制，并揭示了凋亡和焦亡途径的独立存在	未检测到caspase-8和PYCARD的相互作用，且样本来源有限	研究牙髓炎中PANoptosis的激活机制	人类健康及炎症牙髓组织	分子生物学	牙髓炎	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, 免疫印迹, 共免疫沉淀	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO数据库中的数据集
335	2025-07-19	siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis 2025-Sep, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒通过调控巨噬细胞极化和铁死亡来改善慢性鼻窦炎的分子机制	首次提出使用负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒靶向HIF-1α/TFRC-ROS轴，抑制M1巨噬细胞活化和铁死亡，为慢性鼻窦炎提供新型精准治疗策略	需进一步验证长期安全性和临床转化潜力	探究纳米颗粒介导的基因疗法对慢性鼻窦炎免疫调控的作用机制	慢性鼻窦炎小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系	纳米医学	慢性鼻窦炎	scRNA-seq, ChIP, 双荧光素酶报告实验, 流式细胞术	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	小鼠模型（具体数量未明确）和Raw264.7细胞系
336	2025-07-19	Specificity protein 1 suppresses prohibitin 1 to induce macrophage M1 polarization and impair phagocytosis, exacerbating sepsis-associated acute lung injury 2025-Sep, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.434 PMID:40482976	研究论文	本研究探讨了特异性蛋白1(SP1)/抑制蛋白1(PHB1)轴在脓毒症相关急性肺损伤(ALI)中调控巨噬细胞极化和功能的作用	首次揭示了SP1通过转录抑制PHB1表达促进巨噬细胞M1极化并损害吞噬功能，从而加剧脓毒症诱导的ALI	未来研究需要探索针对调节巨噬细胞极化和改善脓毒症相关ALI免疫稳态的靶向治疗	阐明脓毒症诱导ALI的分子机制并探索潜在治疗靶点	巨噬细胞极化与功能	分子生物学与免疫学	脓毒症相关急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量测序(HTS)、机器学习(ML)算法、免疫荧光、ELISA、RT-qPCR、Western blot	ML算法	基因表达数据、蛋白质数据	CLP诱导的小鼠模型
337	2025-07-19	Novel NLRP3 inhibitors mitigate acute radiation-induced lung injury by suppressing pyroptosis in alveolar epithelial cells 2025-Sep, Toxicology and applied pharmacology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.taap.2025.117458 PMID:40618790	研究论文	本研究设计并合成了一系列新型NLRP3抑制剂，通过抑制肺泡上皮细胞的焦亡来减轻辐射诱导的肺损伤	开发了针对NLRP3 NACHT结构域的新型喹喔啉酮衍生物抑制剂(QK-3D和QK-3E)，并证实其通过抑制NLRP3/GSDMD通路减轻辐射诱导的肺损伤	研究主要聚焦于早期辐射诱导肺损伤，对长期效果和临床转化潜力需进一步验证	开发靶向NLRP3的新型抑制剂以减轻辐射诱导的肺损伤	肺泡上皮细胞(A549和MLE-12细胞系)和C57BL/6小鼠模型	分子药理学	肺损伤	高通量筛选、分子对接、单细胞测序分析、Western blot、免疫荧光	动物模型(C57BL/6小鼠)	分子生物学数据、组织病理学数据	细胞实验(具体数量未明确)和动物模型(具体数量未明确)
338	2025-07-19	Neoadjuvant PD-1 blockade induces the autophagy of immune cells: a new target for synergistic therapy of recurrent glioblastoma 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102119 PMID:40678806	research paper	研究探讨了新辅助PD-1阻断如何通过调节免疫细胞自噬影响复发性胶质母细胞瘤的治疗效果	首次揭示了新辅助PD-1阻断诱导的免疫细胞自噬变化，并鉴定了关键免疫细胞亚群及潜在协同治疗药物	未明确验证所鉴定药物在临床中的实际疗效	阐明新辅助PD-1阻断对免疫细胞自噬的影响机制并寻找协同治疗靶点	复发性胶质母细胞瘤患者组织样本	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（GBM.rec和GBM.PD1组组织样本）
339	2025-07-19	A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241174 PMID:40392549	研究论文	本文报告了首例由ThPOK基因变异引起的人类疾病，该变异导致CD4+ T细胞缺陷和纤维化	首次发现ThPOK基因的致病变异导致人类免疫缺陷疾病，并揭示了ThPOK在T细胞受体激活和纤维化通路调控中的新作用	仅报告了一例患者，样本量较小	研究ThPOK基因变异对人类免疫系统的影响	一名携带ThPOKK360N变异的患者及其细胞模型	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序，慢病毒转导	NA	基因序列数据，转录组数据	1名患者及其细胞模型
340	2025-07-19	Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma 2025-Aug, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031 PMID:39900120	研究论文	通过多组学分析揭示肝母细胞瘤中连续的分化谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制	揭示了肝母细胞瘤细胞存在连续的分化谱，并发现Wnt信号通过上调midkine表达改变巨噬细胞表型，从而驱动免疫逃逸	需要进一步的机制和实际验证以实现临床转化	全面分析肝母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示其空间结构和关键信号机制	肝母细胞瘤样本、非肿瘤和胎儿肝脏样本、健康免疫细胞	肿瘤微环境研究	肝母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、Western blotting	NA	RNA-seq数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	单细胞/核RNA测序样本15例，空间转录组样本22例，免疫荧光染色样本7例，RNA-seq验证队列110例