单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-31	Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.07.642107 PMID:40161587	研究论文	该研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序技术，分析了50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞，开发了一种基于深度学习的策略来空间映射肿瘤细胞状态及其周围结构	提出了空间动态网络（SDN）概念，揭示了肿瘤细胞状态如何组织成独特的集群或'村庄'，每个村庄由独特的SDN支持，并展示了这些村庄与患者预后的关联	研究样本量相对有限（50个肿瘤生物样本），且仅针对肝癌	理解肿瘤空间景观如何形成及其对肿瘤适应性的影响	肝癌肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	肝癌	空间单细胞成像, 单细胞RNA测序	深度学习	图像, RNA序列数据	50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞
322	2025-05-31	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据中的107个成功应用案例，并整理了77个公开可用的单细胞数据集	当前研究可能存在方法学上的不足，未来需要进一步探索改进方向	探讨图神经网络在单细胞组学数据分析中的应用现状与未来发展	单细胞组学数据（包括表观基因组学、转录组学、空间转录组学、蛋白质组学和多组学数据）	机器学习	NA	单细胞测序技术	GNN及其六种变体	单细胞组学数据	涉及77个公开单细胞数据集
323	2025-05-31	Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods 2025-03, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400789 PMID:38979872	综述	本文综述了高通量并行单细胞全基因组测序方法的最新技术进展和应用	总结了高通量单细胞全基因组测序在策略设计、数据效率和并行处理平台等方面的技术进展	总成本较高	探讨高通量单细胞全基因组测序方法的技术进展及其应用	单细胞全基因组测序方法	基因组学	NA	单细胞全基因组测序(scWGS)	NA	基因组数据	NA
324	2025-05-31	A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2391683 PMID:39225147	研究论文	本文提出了一个最佳实践框架，用于药物发现和开发中的空间生物学研究，特别是利用数字空间分析（DSP）技术进行成功的队列研究	提出了基于数字空间分析（DSP）的框架，克服了传统空间转录组学平台在通量和转录组覆盖上的限制，实现了可扩展的全转录组和超高多重蛋白分析	DSP方法不提供单细胞分辨率	提升空间生物学工具在药物发现和开发中的应用，加深对疾病生物学的理解并识别潜在的治疗靶点和生物标志物	固体组织样本	数字病理学	NA	数字空间分析（DSP）	NA	组织图像	NA
325	2025-05-31	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	research paper	该研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸（UA）与重症肌无力（MG）的关系，并确定了IGF1R作为潜在的保护因子和治疗靶点	首次通过多方法学分析揭示了UA与MG的关联，并发现IGF1R在MG中的保护作用及潜在治疗药物	研究主要基于公共数据库和回顾性临床数据，需要进一步实验验证IGF1R的具体作用机制	探究UA与MG的关系及其分子机制，寻找潜在治疗靶点	重症肌无力患者及相关生物标志物	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因组数据、临床数据	公共数据库（TCGA、GEO）数据及临床中心患者数据
326	2025-05-31	Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639530 PMID:40060632	research paper	该研究通过解析Gαs和Hedgehog信号通路的交互作用，揭示了在Hedgehog依赖性肿瘤中靶向腺苷受体2b的治疗机会	发现Gαs通路失活导致的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似，并证明激活Gαs偶联的腺苷2B受体可抑制Hedgehog信号和肿瘤形成	研究主要基于小鼠模型，人类BCC中的Gαs和PKA活性突变需要进一步验证	探索Gαs和Hedgehog信号通路的交互作用及其在基底细胞癌（BCC）治疗中的潜在应用	小鼠BCC样肿瘤和人类BCC	分子生物学	基底细胞癌	组织学、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
327	2025-05-31	Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish 2025-02-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015 PMID:39591963	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术重建斑马鱼分泌组织的分化过程，揭示了基因模块与细胞分化过程的关系	提出了通过多源整合识别模块的方法（MIMIR），并揭示了转录因子如何赋予细胞一般和特殊功能	研究仅基于斑马鱼的两种分泌组织，可能不适用于其他生物或组织类型	研究细胞分化过程中基因模块的重建及其调控逻辑	斑马鱼的脊索和孵化腺	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎
328	2025-05-31	Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components 2025-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1 PMID:40034445	research paper	该研究首次在小鼠腭裂模型中实施了单细胞空间RNA测序，探索了腭裂的基因组基础	首次在腭裂模型中应用单细胞空间RNA测序技术，揭示了Wnt信号效应器功能和细胞外基质基因表达的扰动	研究仅基于小鼠模型，结果在人类腭裂中的适用性需要进一步验证	探索腭裂形成的信号微环境中的精确扰动，为开发人类腭裂有效疗法奠定基础	小鼠胚胎腭部	digital pathology	腭裂	单细胞空间RNA测序(Visium HD), Xenium In Situ mRNA空间分析, RNAscope Multiplex检测	NA	空间基因表达数据	多个发育时间点的小鼠模型
329	2025-05-31	Everything everywhere all at once: Unraveling the waves of aging 2025-Feb-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.01.015 PMID:39938481	research paper	该文章通过单细胞转录组学技术研究了13个器官中多个细胞群体在衰老过程中的动态变化，并识别出四种不同的动态波动，其中免疫细胞是受影响最大的群体	利用单细胞转录组学技术在13个器官中识别衰老过程中的四种动态波动，并发现免疫细胞是受影响最大的群体	NA	研究衰老过程中多个器官细胞群体的动态变化	13个器官中的多个细胞群体	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个细胞群体（具体数量未提及）
330	2025-05-31	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	通过单细胞转录组学和增殖祖细胞的谱系追踪，研究了流感损伤后小鼠肺的再生过程，揭示了不同细胞区室中的异步响应	发现了损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP），这种细胞在损伤后出现并长期存在，与发育中的肺内皮及人类退行性肺疾病中的内皮异常有共同特征	研究仅基于小鼠模型，人类肺再生过程的直接相关性尚需进一步验证	理解肺损伤后气体交换表面功能再生的细胞和分子机制	小鼠肺再生过程	单细胞转录组学	肺疾病	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	转录组数据	NA
331	2025-05-31	Spatial Transcriptomics of the Respiratory System 2025-Feb, Annual review of physiology IF:15.7Q1 DOI:10.1146/annurev-physiol-022724-105144 PMID:39353142	review	本文综述了呼吸系统中空间转录组学的最常用工作流程及其优势和局限性，并概述了机器学习和人工智能在解释空间数据方面的最新进展	结合空间解析基因表达技术和计算工具，利用机器学习和深度学习来理解肺部细胞类型在三维空间中的相互作用	虽然技术发展迅速，但仍存在一些工作流程的局限性需要克服	通过空间转录组学技术提升对呼吸系统在健康和疾病状态下的理解	呼吸系统中的细胞类型及其在三维空间中的相互作用	digital pathology	lung cancer, COVID-19, fibrosis	spatially resolved gene expression technologies	machine learning, deep learning	spatial transcriptomics data	NA
332	2025-05-31	Dynamic analysis of intrahepatic T cells reveals a unique group of restorative Cxcr3+ tissue-resident CD4 T cells in acute liver injury 2025-02, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154058 PMID:39828240	research paper	该研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序数据，揭示了急性肝损伤中Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞的独特修复作用	发现了一群具有修复功能的Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞，并揭示了其在APAP诱导的急性肝损伤中的保护机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究急性肝损伤中T细胞动态变化及其在肝脏修复中的作用	APAP诱导的急性肝损伤小鼠模型中的肝内T细胞	免疫学	急性肝损伤	流式细胞术, scRNA-seq	NA	流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据	APAP中毒小鼠肝脏组织的时间序列数据
333	2025-05-31	Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes 2025-Feb, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012944 PMID:39993025	研究论文	研究揭示了内源性抗体反应与激活型FcγRs的相互作用如何通过单核细胞增强对Mayaro病毒的控制	首次评估了FcγRs在自然感染中对Mayaro病毒保护的必要性，并揭示了抗体Fc与FcγRs的相互作用在促进保护性反应中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索抗体Fc效应功能及FcγRs在Mayaro病毒感染中的保护机制	Mayaro病毒（MAYV）及小鼠模型	病毒学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA序列数据	NA
334	2025-05-31	Polyamine metabolism dysregulation contributes to muscle fiber vulnerability in ALS 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115123 PMID:39932195	研究论文	该研究探讨了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中肌肉纤维易损性与多胺代谢失调的关系	首次通过空间转录组学数据识别出多胺代谢是ALS受影响肌肉纤维中的主要改变通路，并证明恢复多胺稳态可以挽救SOD1小鼠的肌肉表型	研究仅基于SOD1小鼠模型，未在人类ALS患者中验证	理解ALS疾病进展中神经支配改变如何干扰肌肉稳态	SOD1小鼠模型的骨骼肌	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	空间转录组学	SOD1小鼠模型	转录组数据	NA
335	2025-05-31	Gut bacterial L-lysine alters metabolism and histone methylation to drive dendritic cell tolerance 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115125 PMID:39932193	research paper	该研究揭示了肠道细菌代谢物L-赖氨酸通过调控树突状细胞的代谢和组蛋白甲基化，促进免疫耐受的机制	首次发现L-赖氨酸通过AMPK/AcCoA-mTOR轴激活SGOC代谢，增加SAM和DOT1L表达，从而增强H3K79me2富集，促进免疫耐受	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究肠道细菌代谢物如何诱导树突状细胞免疫耐受的分子机制	树突状细胞(DCs)和肠道共生细菌	免疫学	免疫炎症性疾病	scRNA-seq, 条件性基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据	使用免疫炎症性疾病小鼠模型和Phgdh条件敲除小鼠
336	2025-05-31	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	research paper	该研究是一项I期临床试验，旨在评估sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和有效性	首次探索sitravatinib与nivolumab和ipilimumab的三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌中的剂量优化和疗效	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未经治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	临床医学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的scRNA-seq分析）
337	2025-05-31	Spatial integration of multi-omics data from serial sections using the novel Multi-Omics Imaging Integration Toolset 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf035 PMID:40366868	研究论文	介绍了一种名为MIIT的Python框架，用于整合空间分辨的多组学数据	开发了非刚性配准算法GreedyFHist，用于整合来自连续切片的多种组学数据	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	解决异质性肿瘤在精准医学中的多组学数据整合问题	前列腺组织样本的空间转录组学(ST)和质谱成像(MSI)数据	数字病理学	前列腺癌	质谱成像(MSI)、空间转录组学(ST)	GreedyFHist	图像、代谢物数据、RNA数据	244张新鲜冷冻连续切片的图像
338	2025-05-31	Loss of PI5P4Kα Slows the Progression of a Pten Mutant Basal Cell Model of Prostate Cancer 2025-01-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0290 PMID:39382632	研究论文	研究发现PI5P4Kα在前列腺基底细胞中富集，其缺失减缓了Pten突变小鼠前列腺上皮内瘤变的进展	首次开发了基底细胞特异性基因工程小鼠模型，研究了PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类前列腺癌中验证	探究PI5P4Kα在前列腺基底细胞癌变中的作用	前列腺基底细胞和Pten突变小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	基因工程小鼠模型	基因表达数据	基因工程小鼠模型和LNCaP前列腺癌细胞
339	2025-05-31	Whole-exome sequencing association study reveals genetic effects on tumor microenvironment components in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182768 PMID:39744943	研究论文	通过全外显子组测序关联研究揭示鼻咽癌肿瘤微环境成分的遗传影响	发现了三个与鼻咽癌易感性相关的遗传变异，提出了改进的复合多基因风险评分（rcPRS），并揭示了多基因风险通过EBV感染状态介导的机制	NA	探索鼻咽癌的遗传基础及其与肿瘤微环境成分的相互作用	鼻咽癌患者和对照组的遗传变异	基因组学	鼻咽癌	全外显子组测序，单细胞RNA测序	复合多基因风险评分（rcPRS）	基因组数据，转录组数据	6,969例鼻咽癌患者和7,100例对照，356例批量转录组数据，56例单细胞RNA测序数据
340	2025-05-31	Further evidence of biallelic NAV3 variants associated with recessive neurodevelopmental disorder with dysmorphism, developmental delay, intellectual disability, and behavioral abnormalities 2025-Jan, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02718-6 PMID:39708122	research paper	本研究进一步验证了NAV3基因的双等位蛋白截断变异与隐性神经发育障碍（NDD）的关联，扩展了该新发现NDD基因的致病变异谱	首次在三个无血缘关系的近亲家族中发现了NAV3基因的双等位蛋白截断变异与NDD的关联	样本量较小（仅5名患者），且仅通过外显子测序（ES）进行了分析	探究NAV3基因在人类疾病中的作用，特别是与神经发育障碍（NDD）的关联	三名无血缘关系的近亲家族中的五名NDD患者	遗传学	神经发育障碍	外显子测序（ES）和单细胞测序	NA	基因序列数据	5名患者（来自三个家族）