单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomic data reveals altered cellular composition and predictive cell types in ectopic endometriosis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1641982 PMID:40757199	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了异位子宫内膜异位症的细胞组成变化及预测性细胞类型	首次利用单细胞RNA测序图谱和CIBERSORTx算法对子宫内膜异位症进行细胞亚型比例估计，并构建随机森林模型进行诊断预测	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	研究子宫内膜异位症的诊断和治疗方法	子宫内膜异位症患者的细胞组成	数字病理学	子宫内膜异位症	scRNA-seq, CIBERSORTx算法, 随机森林模型, 免疫组化验证	随机森林	转录组数据	GEO公共数据库中的样本（具体数量未提及）
322	2025-08-07	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	利用单细胞空间转录组学解析胰腺癌肿瘤微环境在化疗和放疗后的重塑过程	开发了SCOTIA模型，结合空间距离和配体-受体基因表达分析细胞间相互作用，揭示了治疗相关的肿瘤微环境重塑	研究结果需要更多独立数据集验证，且实验主要基于体外模型	探究胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的重塑机制	人类胰腺癌组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	SCOTIA（空间约束最优运输交互分析）	空间转录组数据	NA
323	2025-08-07	Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process 2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00479-4 PMID:39449067	研究论文	本研究构建了涵盖人类生命周期的首个免疫细胞转录组图谱，并开发了一个新的生物年龄预测模型PHARE，用于揭示健康和疾病中与衰老相关的免疫细胞比例和功能变化	首次构建涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发新的生物年龄预测模型PHARE	未明确提及样本的具体数量及多样性限制	研究衰老如何影响免疫细胞功能，以精确治疗不同生命阶段的患者	从新生儿到超百岁老人的免疫细胞	机器学习	COVID-19、川崎病、冠状动脉疾病	scRNA-seq、bulk RNA-seq	PHARE	转录组数据	涵盖从新生儿到超百岁老人，未明确具体数量
324	2025-08-07	Multi-omics analysis unveils the predictive value of IGF2BP3/SPHK1 signaling in cancer stem cells for prognosis and immunotherapeutic response in muscle-invasive bladder cancer 2024-Oct-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05685-8 PMID:39367493	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）癌症干细胞中的预测价值	首次发现IGF2BP3/SPHK1信号通路在MIBC癌症干细胞中的关键作用，并验证其作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力	样本量相对有限（38例MIBC组织），需要更大规模队列验证	探索MIBC中癌症干细胞特征与免疫治疗反应的关系	肌肉浸润性膀胱癌组织和患者来源的类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞质谱流式(CyTOF)、RNA测序(bulk RNA-seq)、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、CODEX多重成像	NA	单细胞数据、转录组数据、空间分布数据	38例MIBC组织（179,483个单细胞）、25例MIBC组织（67,988个细胞）
325	2025-08-07	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导和MRI特征	发现了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长，并提出了一个潜在的MRI生物标志物	研究样本可能有限，且需要进一步验证MRI生物标志物的临床应用价值	揭示Merlin完整的脑膜瘤生长的生化机制，并寻找非侵入性生物标志物以指导治疗或影像监测	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	脑膜瘤异种移植模型和患者样本（具体数量未提及）
326	2025-08-07	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术研究哺乳动物心脏发育的复杂过程	利用单细胞RNA测序技术揭示心脏发育过程中的细胞异质性和时空转录组景观	NA	探索哺乳动物心脏发育的分子机制及其与先天性心脏病的关联	人类和小鼠心脏发育过程中的心肌细胞和非心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
327	2025-08-07	Defining the Teratoma as a Model for Multi-lineage Human Development 2020-11-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.10.018 PMID:33152263	research paper	该研究提出畸胎瘤作为研究人类多谱系发育过程的潜在平台	利用畸胎瘤作为研究人类发育过程的模型，展示了其在多谱系发育建模、全组织功能遗传筛选和组织工程中的应用潜力	NA	探索畸胎瘤作为研究人类多谱系发育和组织工程的模型	畸胎瘤中的细胞类型及其在人类发育过程中的作用	developmental biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq), CRISPR-Cas9 knockout screens, miRNA-regulated suicide gene expression	NA	RNA-seq data	179,632 cells across 23 teratomas from 4 cell lines
328	2025-08-06	Multi-omics profiling of acute Pseudomonas aeruginosa pneumonia unmasks conventional NK cell depletion and stage-specific therapeutic targets 2025-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2490206 PMID:40216004	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了急性铜绿假单胞菌肺炎中常规自然杀伤细胞（cNK）的耗竭及其阶段特异性治疗靶点	揭示了cNK细胞在感染早期阶段的耗竭现象，并提出了针对cNK细胞的免疫治疗概念	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需进一步验证	阐明吸入性铜绿假单胞菌感染后宿主先天免疫反应的特征	铜绿假单胞菌感染的小鼠模型	免疫学	肺炎	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠感染模型	蛋白质组数据、细胞数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和公共数据库中的scRNA-seq数据集
329	2025-08-06	Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment 2025-Oct, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929 PMID:40617150	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，深入分析了肺腺癌及其微环境的空间功能异质性	通过空间转录组学揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态，弥补了单细胞转录组学缺乏空间信息的不足	研究仅基于一个空间转录组学样本，样本量较小	探索肺腺癌微环境的空间功能异质性和肿瘤动态	肺腺癌组织及其微环境	数字病理学	肺腺癌	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	125,203个单细胞和3,990个空间转录组学spots
330	2025-08-06	Integrative Analysis of Bulk Multiomics and Single-Cell Transcriptomics Elucidates Age-Related Molecular Landscape Alterations in Cervical Cancer 2025-Sep, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-17464-w PMID:40415156	research paper	通过整合批量多组学和单细胞转录组学数据，研究宫颈癌中与年龄相关的分子景观变化	首次系统地比较了不同年龄段宫颈癌患者的分子特征，包括转录组、免疫微环境、基因组和表观遗传特征，并利用单细胞RNA测序技术鉴定了与年龄相关的上皮细胞亚群	样本量相对有限，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11个样本，可能影响结果的普遍性	探究宫颈癌患者中与年龄相关的分子特征差异，为年龄特异性治疗策略提供依据	307名宫颈癌患者的批量多组学数据和11个宫颈癌样本的单细胞RNA测序数据	digital pathology	cervical cancer	bulk multiomics, scRNA-seq	NA	genomic data, transcriptomic data, epigenetic data	307名患者（TCGA数据集）和11个样本（GEO数据集）
331	2025-08-06	Multi-omics characterization of prognostic signature and novel molecular subtypes associated with anoikis and in vitro validation of CDKN2A in thyroid carcinoma 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156956 PMID:40527061	研究论文	本研究通过多组学分析甲状腺癌中与失巢凋亡相关的基因特征，并验证了CDKN2A在其中的关键作用	首次建立了甲状腺癌的多组学分子亚型，并提供了失巢凋亡在甲状腺癌中的全面调控框架	研究主要基于TCGA数据库，缺乏外部独立队列验证	探索甲状腺癌中失巢凋亡相关基因的调控机制及其临床意义	甲状腺癌患者	数字病理	甲状腺癌	多组学分析（转录组、甲基化、miRNA）、单细胞测序	风险评分模型、无监督聚类	多组学数据	TCGA数据库中的甲状腺癌患者样本
332	2025-08-06	Glial cell crosstalk in the local microenvironment following spinal cord injury 2025-Sep, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111436 PMID:40540843	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了脊髓损伤后局部微环境中胶质细胞的相互作用及其在病理过程中的作用	首次在脊髓损伤微环境中鉴定出三种胶质细胞（小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞）的多个亚型，并揭示了它们之间的复杂互作网络	研究主要基于小鼠模型，人类脊髓损伤中的胶质细胞互作可能有所不同	阐明脊髓损伤后胶质细胞在局部微环境中的互作机制	脊髓损伤后局部微环境中的胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	未明确说明样本数量（小鼠脊髓损伤模型）
333	2025-08-06	Formononetin enhances cisplatin chemotherapy sensitivity in osteosarcoma by inducing ferroptosis and reconstructing the immune microenvironment 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156960 PMID:40543234	研究论文	本研究探讨了生物活性化合物芒柄花素通过诱导铁死亡和重建免疫微环境来增强骨肉瘤对顺铂化疗的敏感性	首次证明芒柄花素能通过抑制MAZ/GPX4轴诱导铁死亡，并重构肿瘤免疫微环境来增强骨肉瘤对顺铂的敏感性	研究仅基于PDX模型，尚未进行临床试验验证	探索增强骨肉瘤对顺铂敏感性的新策略	骨肉瘤PDX模型中的肿瘤细胞和免疫微环境	肿瘤学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	PDX模型	单细胞测序数据	7216个人源骨肉瘤细胞和89,558个小鼠源细胞
334	2025-08-06	Eriodictyol from Scutellariae Barbata alleviates inflammation and necrosis via ZBP1-dependent signaling in acute pancreatitis 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156926 PMID:40544733	研究论文	本研究探讨了半枝莲中的圣草酚通过ZBP1依赖的信号通路缓解急性胰腺炎的炎症和坏死	首次揭示了圣草酚作为半枝莲活性成分，通过ZBP1依赖的信号通路缓解急性胰腺炎的炎症和坏死的机制	研究主要基于动物实验和体外细胞实验，临床疗效尚需进一步验证	探究半枝莲及其活性成分圣草酚对急性胰腺炎的治疗作用及其机制	急性胰腺炎模型动物和266-6细胞	药理学	急性胰腺炎	转录组分析、单细胞RNA测序、分子对接、动态分子模拟、细胞热转移实验、药物亲和响应靶标稳定性实验、mtDNA分析	NA	RNA-seq数据、蛋白质相互作用网络数据	未明确说明样本数量
335	2025-08-06	Enhancing Sirt1-mediated deacetylation of p62 with a self-assembling nanopeptide and resveratrol hydrogel to mitigate sepsis-induced inflammation 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157047 PMID:40627928	研究论文	本研究探讨了Sirtuin 1 (Sirt1)在调节巨噬细胞线粒体自噬和免疫代谢重塑中的作用，以减轻脓毒症休克相关的炎症	开发了一种自组装纳米肽和resveratrol (Res)复合水凝胶，通过增强Sirt1介导的p62去乙酰化，促进线粒体自噬和免疫代谢重塑，从而减轻脓毒症诱导的炎症	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究Sirt1在脓毒症炎症中的作用机制，并开发新的治疗策略	小鼠脓毒症模型和腹腔巨噬细胞(PMs)	免疫代谢	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色、透射电子显微镜(TEM)、代谢组学	NA	基因表达数据、代谢组学数据、显微镜图像	小鼠脓毒症模型和腹腔巨噬细胞样本
336	2025-08-06	The role and mechanisms of macrophages in chronic pain: A peripheral-to-central perspective 2025-Sep, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111470 PMID:40683471	review	本文综述了巨噬细胞在慢性疼痛中的作用机制，从外周至中枢的视角	系统分析了巨噬细胞在外周伤害感受器、背根神经节及中枢神经系统中的不同功能，并提出了未来研究方向	巨噬细胞在许多解剖位置中的具体功能角色尚未充分研究且缺乏系统比较	探讨巨噬细胞在慢性疼痛发生和维持中的作用机制	巨噬细胞在外周伤害感受器、背根神经节(DRG)及中枢神经系统(CNS)中的功能	神经免疫学	慢性疼痛	单细胞转录组学	NA	NA	NA
337	2025-08-06	Selective PPARγ modulator alpinetin restores insulin sensitivity and protects from bone loss in type 2 diabetes 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157003 PMID:40570558	研究论文	本研究探讨了天然黄酮类化合物alpinetin作为选择性PPARγ调节剂，在恢复胰岛素敏感性和防止2型糖尿病相关骨丢失方面的作用	首次发现alpinetin可作为选择性PPARγ激动剂，既能改善胰岛素敏感性又能防止骨丢失，相比传统PPARγ激动剂具有更好的安全性	研究主要基于STZ诱导的糖尿病小鼠模型，在人类患者中的效果仍需进一步验证	开发治疗2型糖尿病的新型选择性PPARγ调节剂，同时解决胰岛素抵抗和骨丢失问题	2型糖尿病相关的胰岛素抵抗和骨代谢异常	糖尿病研究	2型糖尿病	分子对接、分子动力学模拟、CETSA、双荧光素酶报告基因检测、单细胞RNA测序、网络药理学	STZ诱导的2型糖尿病小鼠模型	分子相互作用数据、细胞实验数据、动物实验数据、测序数据	体外细胞实验和STZ诱导的T2DM小鼠模型
338	2025-08-06	BCLAF1 restrains stress responses in hematopoietic stem cells to support expansion and repopulation 2025-Aug-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014916 PMID:40435510	研究论文	本研究揭示了BCLAF1在造血干细胞（HSCs）应激反应中的调控作用，支持其在胎儿发育和干细胞移植后的扩增与再殖能力	首次发现BCLAF1通过限制HSCs的应激反应来维持其发育和再殖功能	研究主要基于小鼠模型，人类HSCs中的具体机制尚需进一步验证	探究BCLAF1在HSCs发育和应激反应中的功能	胎儿和成年小鼠的造血干细胞	造血干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA
339	2025-08-06	Immune-responsive gene 1: The mitochondrial key to Th17 cell pathogenicity in CNS autoimmunity 2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2427052122 PMID:40758870	研究论文	该研究通过RNA-seq分析发现免疫应答基因1（IRG1）在中枢神经系统自身免疫性疾病如多发性硬化症（MS）中起关键作用，并探讨其在致病性Th17细胞调控中的机制	首次揭示了IRG1在调控致病性Th17细胞中的关键作用及其通过NLRP3/IL-1β轴影响巨噬细胞和CD4+ T细胞的机制	研究主要基于动物模型（EAE），尚未在人类MS患者中验证IRG1的功能	探究IRG1在中枢神经系统自身免疫性疾病中的作用机制	致病性Th17细胞、巨噬细胞、CD4+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	RNA-seq、单细胞RNA测序、骨髓嵌合体实验	EAE动物模型	基因表达数据	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）动物模型及基因敲除小鼠
340	2025-08-06	A recurrent de novo damaging variant in EMP2 causes progressive symmetric erythrokeratoderma 2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2509896122 PMID:40758889	研究论文	该研究揭示了EMP2基因中的一个反复出现的从头错义变异与进行性对称性红斑角化病谱系中的孟德尔皮肤病相关	首次发现EMP2基因的特定变异与进行性对称性红斑角化病相关，并通过单细胞空间转录组学揭示了EGFR信号通路的异常激活	研究样本可能有限，且需要进一步验证EMP2变异在其他人群中的普遍性	探究导致进行性对称性红斑角化病的遗传机制	进行性对称性红斑角化病患者及其EMP2基因变异	遗传学	皮肤病	单细胞空间转录组学、Western blotting	NA	基因序列数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量