单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-06-02	Disulfide bond-related gene signature development for bladder cancer prognosis prediction and immune microenvironment characterization 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03974-w PMID:40442298	研究论文	开发了一种基于二硫键相关基因特征的膀胱癌预后预测模型，并表征了其与免疫微环境的关系	首次将二硫键相关基因特征与膀胱癌预后和免疫微环境特征联系起来，并开发了DRPS预测模型	需要进一步实验验证模型在临床实践中的适用性	开发膀胱癌预后预测模型并研究其与免疫治疗反应的关系	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR	StepCox[backward]算法优化的DRPS模型	基因表达数据	TCGA和GEO队列数据
322	2025-06-02	High-Resolution Spatial Map of the Human Facial Sebaceous Gland Reveals Marker Genes and Decodes Sebocyte Differentiation 2025-May-29, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.041 PMID:40449655	研究论文	本研究通过整合Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序和MERFISH验证，揭示了人类皮脂腺的分子特征和皮脂细胞分化的四个不同阶段	首次提供了人类皮脂腺的高分辨率空间分子图谱，并发现了皮脂细胞分化的四个阶段及其独特的基因标记	研究主要基于人类样本，但未涉及与其他物种（如小鼠）的直接比较	深入理解人类皮脂腺的细胞和分子机制，特别是皮脂细胞的分化过程	人类皮脂腺及其皮脂细胞	空间转录组学	痤疮、脂溢性皮炎、脱发	Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序、MERFISH	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
323	2025-06-02	New insights into the pharmacological mechanisms of Jinqi Jiangtang Tablets in the treatment of type 2 diabetes mellitus: A multi-omics approach combined with experimental validation 2025-May-29, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120020 PMID:40449695	研究论文	本研究通过多组学方法结合实验验证，揭示了金芪降糖片治疗2型糖尿病的药理机制	首次采用多组学方法（网络药理学、代谢组学、16S rDNA测序等）结合实验验证全面解析金芪降糖片的药理机制	研究主要基于体外和动物实验，临床验证有待进一步开展	阐明金芪降糖片在2型糖尿病治疗中的药理活性成分和作用机制	金芪降糖片（JQJTT）和2型糖尿病	药物研发	2型糖尿病	LC-MS、网络药理学、scRNA-seq、分子对接、MD模拟、代谢组学、16S rDNA测序	NA	多组学数据（化学组学、转录组学、代谢组学、微生物组学）	161种化合物（LC-MS鉴定）、6个核心靶点、56种差异代谢物
324	2025-06-02	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025-May-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨了MFAP4在肝纤维化中的作用机制，发现其通过调控肝星状细胞的命运影响纤维化进程	揭示了MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明MFAP4在肝纤维化中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	肝星状细胞(HSC)和小鼠肝纤维化模型	分子病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、定量PCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	野生型和Mfpa4敲除小鼠（数量未明确）、LX-2细胞系
325	2025-06-02	Elucidating the Prognostic and Therapeutic Implications of Insulin Resistance Genes in Breast Cancer: A Machine Learning-Powered Analysis 2025-May-13, Biology DOI:10.3390/biology14050539 PMID:40427728	research paper	本研究利用机器学习算法和统计方法，基于胰岛素抵抗相关基因（IRGs）构建了一个稳健的乳腺癌预后模型，并在四个独立验证队列中验证了其预后价值	提出了一个由七个核心IRGs组成的胰岛素抵抗特征（IR signature），该特征在预测乳腺癌患者总体生存率方面表现出高效力，并揭示了IR风险评分（IRRS）与临床结果的显著关联	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制，且未在更广泛的人群中进行外部验证	阐明胰岛素抵抗基因在乳腺癌中的预后和治疗意义，并开发一个实用的评分系统用于临床结果预测	乳腺癌患者及其胰岛素抵抗相关基因	machine learning	breast cancer	单细胞RNA测序，机器学习特征选择和降维	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	四个独立验证队列，包括METABRIC和三个GSE数据集
326	2025-06-02	Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore 2025-May-11, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15050701 PMID:40427594	综述	本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识，特别关注两种主要酵母模型，并探讨了休眠与增殖状态转换的分子和生物物理原理	利用单细胞RNA测序、蛋白质组分析和活细胞成像等多方面方法揭示了基因表达、蛋白质组组成和生存力的动态变化，以及对细胞质生物物理特性的新见解	主要集中于酵母模型，可能无法完全代表其他生物的休眠机制	阐明细胞休眠和休眠打破的分子和生物物理原理	酵母细胞，特别是两种主要酵母模型	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 成像数据	NA
327	2025-06-02	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	research paper	该研究探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍性和个体化变化	利用单细胞测序技术揭示了T细胞亚群、转录组和TCR库的新变化	未具体说明样本量和研究对象的详细特征	研究衰老过程中T细胞免疫系统的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	衰老相关疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
328	2025-06-02	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	research paper	该研究探讨了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在MBC分化和功能中的关键表观遗传调控作用，特别是在流感感染模型中	EZH2敲除不完全，可能影响结果解释	研究EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的作用	小鼠记忆B细胞	免疫学	流感感染	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型
329	2025-06-02	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-May, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性	首次在临床试验中评估了CD19-BBz CAR-NK细胞的安全性和治疗效果，并进行了单细胞RNA测序分析以探索疗效相关的分子特征	样本量较小（8例患者），且缺乏长期随访数据	评估CD19-BBz CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和初步疗效	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	CAR-NK细胞疗法，单细胞RNA测序	NA	临床数据，单细胞RNA测序数据	8例患者
330	2025-06-02	Evaluation of out-of-distribution detection methods for data shifts in single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf239 PMID:40439669	research paper	评估单细胞转录组学中数据偏移的分布外检测方法	将计算机视觉中的分布外检测方法应用于单细胞转录组学，以提高细胞类型注释的准确性和可信度	研究中未提及具体的数据集规模限制或方法在特定条件下的性能下降	提高单细胞转录组数据中新型细胞类型识别和数据偏移检测的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	RNA-seq	LogitNorm, MC dropout, Deep Ensembles, Energy-based OOD, Deep NN, Posterior networks	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
331	2025-06-02	scaLR: a low-resource deep neural network-based platform for single cell analysis and biomarker discovery 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf243 PMID:40439670	research paper	介绍了一个名为scaLR的低资源深度神经网络平台，用于单细胞分析和生物标志物发现	开发了一个能够在低计算资源下高效处理大规模单细胞RNA测序数据的平台scaLR，并提出了新颖的特征提取算法	未明确提及具体性能上限或适用范围限制	解决单细胞RNA测序数据分析中的计算资源需求大和细胞类型注释困难的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNN	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
332	2025-06-02	Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis 2025-Apr-28, Biology DOI:10.3390/biology14050486 PMID:40427675	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了预测膀胱癌预后的内皮细胞过渡特征	发现了一种新的内皮细胞过渡特征，并构建了一个优于现有模型的膀胱癌预后预测模型	研究主要基于TCGA数据，可能需要在更多独立队列中进行验证	揭示内皮细胞过渡特征及其在膀胱癌预后预测中的应用	内皮细胞（特别是tip-to-capillary ECs亚群）和膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序，机器学习	多种机器学习技术整合模型	转录组数据	TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列数据
333	2025-06-02	FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis 2025-Apr-26, Biology DOI:10.3390/biology14050479 PMID:40427668	研究论文	本文介绍了一种名为FPCAM的全自动肺纤维化细胞类型注释模型，旨在解决现有注释工具在参考数据集依赖、标记基因异质性和人工干预引入的主观偏差等方面的局限性	FPCAM利用上调标记基因矩阵和针对肺纤维化手动整理的基因-细胞关联词典，通过相似性矩阵构建和优化匹配算法，实现了准确高效的细胞类型注释	NA	开发一种高效、灵活且准确的细胞类型识别解决方案，用于肺纤维化及其他相关疾病的scRNA-seq研究	肺纤维化细胞类型注释	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	FPCAM	基因表达数据	外部验证数据集GSE135893
334	2025-06-02	Lifting the curse from high-dimensional data: automated projection pursuit clustering for a variety of biological data modalities 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf052 PMID:40440093	research paper	本文提出了一种名为自动投影追踪（APP）的无监督聚类方法，用于处理高维生物数据	通过将高维数据顺序投影到低维表示中，减轻了维度诅咒的影响	NA	开发一种新的聚类方法以更有效地分析高维生物数据	高维生物数据，包括转录组学、蛋白质组学和单细胞组学数据	machine learning	NA	unsupervised clustering, projection pursuit	APP	high-dimensional biological data	多种生物数据模态，包括流式和质谱细胞仪数据、scRNA-seq、多重成像数据和T细胞受体库数据
335	2025-06-02	A glutamine metabolism gene signature with prognostic and predictive value for colorectal cancer survival and immunotherapy response 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1599141 PMID:40443528	research paper	该研究构建了一个基于谷氨酰胺代谢基因的评分系统GLMscore，用于预测结直肠癌患者的生存预后和免疫治疗反应	创新性地构建了GLMscore评分系统，整合多组学数据揭示了谷氨酰胺代谢在结直肠癌中的生物学特征及其与免疫微环境和微生物组的关联	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证	探索谷氨酰胺代谢在结直肠癌进展和治疗反应中的作用，并开发预测工具	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	transcriptome sequencing, 16S rRNA gene sequencing, scRNA-seq	NA	transcriptomic data, microbiome data, pathological images	多个队列的结直肠癌患者数据
336	2025-06-02	Single-cell RNA-seq uncovers lineage-specific regulatory alterations of fibroblasts and endothelial cells in ligamentum flavum hypertrophy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569296 PMID:40443657	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究韧带黄韧带肥大中成纤维细胞和内皮细胞的谱系特异性调控变化	首次在韧带黄韧带肥大中鉴定出五种不同的成纤维细胞亚群，并揭示了间充质成纤维细胞亚群与疾病发病机制的密切关联	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的细胞亚群变异	建立韧带黄韧带的单细胞图谱，为腰椎管狭窄症的药物治疗确定高优先级靶点	韧带黄韧带肥大中的成纤维细胞和内皮细胞	数字病理学	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明
337	2025-06-02	TSPAN4+ fibroblasts coordinate metastatic niche assembly through migrasome-driven metabolic reprogramming and stromal-immune crosstalk in pancreatic adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1594879 PMID:40443671	research paper	该研究探讨了TSPAN4+成纤维细胞在胰腺癌转移中的关键作用，通过迁移体驱动的代谢重编程和基质-免疫细胞互作协调转移微环境的组装	首次揭示TSPAN4+成纤维细胞通过迁移体介导的机制调控胰腺癌转移微环境，并阐明其与免疫细胞的互作网络	研究主要基于单细胞和空间转录组数据，需要更多体内实验验证TSPAN4靶向治疗的实际效果	探索胰腺癌转移微环境中的关键调控细胞及其作用机制	胰腺癌组织中的TSPAN4+成纤维细胞及其与免疫细胞的互作	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, 空间转录组, siRNA转染, qRT-PCR	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	整合GEO和TCGA数据库数据，具体样本量未明确说明
338	2025-06-02	Single cell atlas of canine natural killer cells identifies distinct circulating and tissue resident gene profiles 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571085 PMID:40443661	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究犬类自然杀伤细胞（NK细胞）在不同组织中的基因表达特征，并与人类NK细胞进行比较	首次构建了犬类NK细胞在不同组织中的单细胞图谱，并揭示了与人类NK细胞的跨物种同源性	研究仅限于犬类和人类NK细胞的比较，未涉及其他物种	深入理解犬类NK细胞的异质性，为优化跨物种NK免疫治疗提供依据	犬类和人类的自然杀伤细胞（NK细胞）	免疫学	癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自血液、肺、肝、脾和胎盘的犬类NK细胞，以及来自相同组织的人类NK细胞
339	2025-06-02	Optimizing single cell RNA sequencing of stem cells. A streamlined workflow for enhanced sensitivity and reproducibility in hematopoietic studies. The use of human umbilical cord blood-derived hematopoietic stem and progenitor cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1590889 PMID:40443736	研究论文	本文优化了造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程，以提高灵敏度和可重复性	优化了scRNA-seq协议，并提出了将CD34+和CD133+ HSPCs数据集合并为“伪批量”分析的创新方法	研究样本数量有限，可能影响结果的普遍性	在分子水平上比较CD34+和CD133+ HSPCs的转录组差异	人脐带血来源的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	UMAP（均匀流形逼近与投影）	RNA测序数据	有限数量的人脐带血细胞
340	2025-06-02	Integrated single-cell and transcriptome sequencing data reveal the value of IL1RAP in gastric cancer microenvironment and prognosis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1584619 PMID:40444099	研究论文	通过整合单细胞和转录组测序数据，揭示了IL1RAP在胃癌微环境和预后中的价值	首次通过机器学习和单细胞数据分析，揭示了IL1RAP在胃癌微环境中的关键作用及其作为免疫治疗疗效预测因子的潜力	研究依赖于公共数据集，缺乏实验验证	探究IL1RAP在胃癌微环境中的作用及其对预后的影响	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、机器学习	机器学习算法（未指定具体模型）	转录组数据、单细胞数据	胃癌患者的公共数据集（未明确样本数量）