单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-09-05	Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures 2025-Aug-12, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/68957 PMID:40889269	研究论文	本文介绍了耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用	详细描述了通过逐步增加药物浓度筛选耐药细胞系的标准实验流程	NA	开发耐药细胞系以研究耐药机制和克服治疗失败的策略	癌细胞系	NA	癌症	细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序	NA	实验数据	NA
322	2025-09-05	Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.05.25332835 PMID:40894156	研究论文	本研究通过亚细胞分辨率空间转录组分析，揭示幼年特发性关节炎患者滑膜中免疫与基质细胞的相互作用和空间组织结构	开发了新的空间共定位分析流程，首次在JIA滑膜中发现NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴以及三级淋巴结构	研究仅限于活动期JIA患者样本，未涉及疾病不同阶段或治疗后的动态变化	解析幼年特发性关节炎滑膜的空间组织结构与细胞间通讯机制	活动期幼年特发性关节炎患者的滑膜组织	空间转录组学	幼年特发性关节炎	空间转录组测序	空间共定位分析流程	空间转录组数据	活动期JIA患者滑膜组织样本（具体数量未明确说明）
323	2025-09-05	Progress and new challenges in image-based profiling 2025-Aug-07, ArXiv PMID:40799808	综述	回顾基于图像的细胞表型分析的计算方法进展、当前流程、局限性及未来发展方向	深度学习重塑特征提取与多模态数据整合，单细胞分析和批次效应校正等方法的引入提升分析精度	领域仍面临重大挑战，需创新性解决方案	为研究者提供该快速发展领域的技术进展与挑战路线图	细胞表型分析	数字病理	NA	显微镜成像，深度学习	深度学习	图像	NA
324	2025-09-05	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序揭示全基因组加倍（WGD）是高级别浆液性卵巢癌中持续发生的突变过程，并探讨其如何促进肿瘤进化与免疫失调	开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime，首次在单细胞分辨率揭示WGD作为持续突变过程驱动肿瘤进化的多种模式及其对免疫通路的差异化影响	研究样本仅针对高级别浆液性卵巢癌，结论在其他癌种中的普适性尚未验证	探究全基因组加倍对肿瘤体细胞进化与免疫逃逸的影响机制	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个肿瘤样本（包含30,260个肿瘤基因组）
325	2025-09-05	Cathepsin K as a key regulator of myocardial fibrosis in dilated cardiomyopathy and a promising therapeutic target 2025-Aug, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110421 PMID:40578558	研究论文	本研究揭示了组织蛋白酶K（CTSK）作为扩张型心肌病中心肌纤维化的关键调节因子及潜在治疗靶点	首次通过scRNA-seq技术发现CTSK在心脏成纤维细胞中的特异性表达，并证实其通过PDGF-BB通路调控细胞增殖而非TGF-β1诱导的转分化	未明确CTSK调控纤维化的具体分子机制，且体外实验未能完全模拟体内复杂环境	探究扩张型心肌病中心肌纤维化的分子机制并寻找治疗靶点	人类心脏成纤维细胞（HCFs）及扩张型心肌病患者心脏组织	心血管疾病研究	扩张型心肌病	scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质互作分析, Masson三色染色, 免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 组织切片图像	人类心脏组织样本及体外培养的心脏成纤维细胞
326	2025-09-05	Autophagy Regulates Müller Glial Cell Inflammatory Activation 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.74 PMID:40879296	研究论文	本研究探讨自噬在小鼠视网膜Müller细胞中对炎症激活的调控作用及其对眼部免疫豁免的维持机制	首次揭示自噬通过调控Müller细胞的异质性激活状态来限制炎症反应，并发现自噬缺陷导致所有Müller细胞均呈现激活状态	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类视网膜中的适用性尚需验证	探究自噬是否通过调控Müller细胞来维持眼部的免疫豁免状态	小鼠视网膜Müller细胞	细胞生物学	眼部炎症疾病	基因敲除、单细胞RNA测序、免疫荧光共聚焦显微镜、流式细胞术、siRNA敲低	NA	基因表达数据、细胞图像数据、流式细胞数据	对照组和Atg5缺陷型小鼠的视网膜Müller细胞
327	2025-09-05	[Buyang Huanwu Decoction targets PPARG/SPP1/CD44 signaling pathway: mechanisms of lipid dysregulation and treatment in idiopathic pulmonary fibrosis] 2025-Jul, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20250310.401 PMID:40904095	研究论文	本研究通过多组学方法揭示补阳还五汤通过靶向PPARG/SPP1/CD44信号通路调控脂质代谢治疗特发性肺纤维化的新机制	首次发现PPARG/SPP1/CD44通路在IPF脂质代谢失调中的核心调控作用，并验证中药复方补阳还五汤通过该通路发挥抗纤维化作用	研究主要基于动物模型，临床转化价值需进一步验证	探究特发性肺纤维化中脂质代谢失调的分子机制及中药治疗靶点	特发性肺纤维化大鼠模型及人源基因表达数据	生物医学研究	特发性肺纤维化	RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	大鼠模型六组（对照组、模型组、吡非尼酮组及补阳还五汤低中高剂量组），GEO数据库人源数据
328	2025-09-05	WNT signaling in human pluripotent stem cells promotes HDAC2-dependent epigenetic programs and development of retinoic acid-responsive mesoderm 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.06.657928 PMID:40661576	研究论文	本研究揭示了WNT信号通过HDAC2依赖性表观遗传程序促进人多能干细胞向视黄酸响应性中胚层分化的机制	首次发现WNT信号通过HDAC2（而非E-box转录因子）调控视黄酸响应性中胚层发育，并建立了从hPSCs到KDR+ALDH1A2+中胚层的发育轨迹	E-box因子操作未显示明显效果，具体机制仍需进一步探索	探究WNT信号在人多能干细胞中胚层分化和淋巴细胞生成中的作用机制	人多能干细胞(hPSCs)及其中胚层祖细胞	干细胞生物学	NA	scRNA-seq, ATAC-seq, 基因调控网络建模, 基因敲除/过表达, 化学筛选	NA	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	NA
329	2025-09-05	Alternatively activated monocyte-derived myeloid cells promote extracellular pathogen persistence within pulmonary fungal granulomas 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655817 PMID:40568097	研究论文	本研究通过空间转录组学和流式细胞术揭示了CD4 T辅助2细胞通过替代性激活单核来源髓系细胞抑制肺部真菌清除的机制	发现替代性激活的髓系细胞并非真菌的固有复制场所，且真菌主要存在于细胞外环境，提出了T辅助2细胞-髓系回路建立局部免疫抑制环境的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化价值仍需进一步验证	探究潜伏性真菌感染中无法产生灭菌免疫的机制	隐球菌肉芽肿的免疫动态和细胞结构	免疫学	真菌感染	空间转录组学, 流式细胞术, 命运图谱, 小鼠遗传工具	NA	转录组数据, 细胞表型数据	NA
330	2025-09-05	Microglia-driven inflammation induces progressive tauopathies and synucleinopathies 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01450-z PMID:40307569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞移植实验，证明小胶质细胞驱动的炎症足以独立引发神经退行性疾病中的tau蛋白病变和突触核蛋白病变	首次证实小胶质细胞驱动的炎症可独立启动并传播多种蛋白病变，揭示神经炎症在神经退行性疾病中的起始作用	研究基于小鼠模型，人类疾病中的直接适用性仍需验证	探究小胶质细胞驱动的炎症是否能够引发和传播神经退行性疾病中的蛋白病变	小鼠模型及小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、细胞移植	NA	基因表达数据、行为数据	未明确说明数量的小鼠模型
331	2025-09-05	Prunella vulgaris: A potential molecule for the treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Apr-25, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042267 PMID:40295240	研究论文	本研究系统评估了夏枯草（Prunella vulgaris）在肝细胞癌治疗中的潜力及其分子机制	首次通过多数据库整合和实验验证，识别出夏枯草治疗肝细胞癌的15个关键靶点基因及其与免疫细胞的关联机制	研究目前仅进行体外实验验证，尚未开展体内实验和临床验证	探索夏枯草治疗肝细胞癌的活性成分及其分子作用机制	肝细胞癌（HCC）相关靶点基因和夏枯草活性成分	NA	肝细胞癌	网络药理学分析、单细胞RNA测序、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据、化合物靶点数据	185个药物靶点和635个HCC相关靶点（来源：TCMSP和GEO数据库）
332	2025-09-05	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	研究论文	通过单细胞转录组学揭示眼内免疫特权机制，展示葡萄膜原性T细胞在眼内分化为调节性T细胞或无能细胞的并行路径	首次在分子水平揭示眼内T细胞分化的并行轨迹及关键命运决定检查点	研究基于体内免疫特权模型，临床转化需进一步验证	探究眼部免疫特权机制及T细胞分化规律	葡萄膜原性T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
333	2025-09-05	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究利用空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗中的细胞持久态动态和耐药机制	结合空间转录组学和深度学习分析，首次在患者来源异种移植模型中解析治疗过程中克隆谱系演化的时空动态	研究基于异种移植模型，可能与人类体内实际微环境存在差异	阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中耐药性的时空演化机制	BRAF突变黑色素瘤细胞及患者来源异种移植模型	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习分析	深度学习模型	空间转录组数据，组织病理切片图像	患者来源异种移植模型样本
334	2025-09-05	Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177084 PMID:39998887	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺炎期间小鼠肺间充质细胞的转录组响应	首次系统揭示肺炎期间不同类型肺间充质细胞的共同核心响应和细胞类型特异性响应模式	研究仅基于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证	阐明呼吸系统感染期间间充质细胞的免疫应答机制	小鼠肺组织中的间充质细胞	单细胞转录组学	肺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	三组小鼠（初始状态、肺炎期、恢复期）的肺单细胞悬液
335	2025-09-05	WITHDRAWN: Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice 2025-01-28, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110247 PMID:39884543	撤回论文	该论文因出版流程错误已被编辑要求撤回	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
336	2025-09-05	Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417228122 PMID:39823300	研究论文	本研究通过3D培养中过表达proneural转录因子刺激人类视网膜Müller胶质细胞再生神经元	首次在成人视网膜中证明Müller胶质细胞可通过转录因子重组生成新神经元，并采用3D培养系统提升再生效率	2D培养中神经发生效果有限且新生儿神经元分析不足	改善视网膜退行性疾病中神经元再生的治疗策略	人类胎儿视网膜组织和成人尸检视网膜	再生医学	视网膜退行性疾病	慢病毒载体转染、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电生理记录	NA	基因表达数据、电生理数据、组织成像数据	人类胎儿和成人视网膜样本（具体数量未明确说明）
337	2025-09-05	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	通过整合单细胞测序和空间转录组数据，构建甲状腺癌进展的图谱并识别与预后相关的成纤维细胞亚群	首次结合单细胞测序、空间转录组和bulk RNA测序技术，系统性定义甲状腺癌中基质细胞亚群及肿瘤-基质互作，并发现仅存在于恶性样本中的myCAF亚群与肿瘤侵袭和进展相关	NA	解析甲状腺癌进展过程中的基质细胞重组和肿瘤-基质互作机制	甲状腺癌组织样本（涵盖不同组织学类型和突变谱系）	数字病理	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组, bulk RNA测序	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	NA
338	2025-09-05	SEMA3C regulates tumor-associated macrophage phenotype and influences lung cancer cell migration and invasion through VNN1 2025 Jan-Dec, Human & experimental toxicology IF:2.7Q3 DOI:10.1177/09603271251376577 PMID:40901786	研究论文	本文探讨了SEMA3C通过VNN1调控肿瘤相关巨噬细胞表型并影响肺癌细胞迁移和侵袭的机制	首次揭示SEMA3C通过VNN1介导的癌症相关成纤维细胞与巨噬细胞互作调控TAM极化的新机制	研究主要基于体外实验和单细胞数据分析，缺乏体内实验验证	研究肿瘤相关巨噬细胞在肺腺癌细胞侵袭迁移中的作用机制	肺腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境	肺癌	单细胞测序、Western blot、Transwell实验、免疫荧光染色	NA	单细胞测序数据、实验数据	基于GSE131907数据集和体外实验样本
339	2025-09-05	Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612587 PMID:39345471	研究论文	本研究通过活体光片荧光显微镜技术揭示果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽表达的空间模式及其免疫微环境特征	首次在果蝇脂肪体中发现可重复的空间免疫应答模式，并证明该模式与血流微生物定位相关但非由其引起，揭示了组织空间分区化免疫活动的进化保守性	研究局限于果蝇模型系统，尚未在高等生物中直接验证空间组织的保守性	探究组织空间免疫应答的动态调控机制与生物学逻辑	果蝇幼虫脂肪体（功能类似肝脏的器官）	生物医学成像	感染性疾病	活体光片荧光显微镜、空间转录组学	NA	显微成像数据、基因表达数据	果蝇幼虫整体样本（未明确具体数量）
340	2025-09-05	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中识别最优细胞类型分类标记基因	提出模块化决策树步骤和On-Target Fraction新指标，提升对密切关联细胞类型的标记基因选择能力	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最大分类准确度识别捕获细胞类型身份的最小必要且充分标记基因组合	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq数据图谱