单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-01	Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02036-7 PMID:39779958	研究论文	本文开发了一种名为PERFF-seq的可扩展方法，通过特定RNA转录本的丰度来定义亚群，从而实现单细胞RNA测序分析	开发了PERFF-seq方法，解决了传统流式分选需要高保真抗体的限制，并能够基于RNA转录本丰度富集稀有细胞状态	方法依赖于特定RNA转录本的丰度，可能不适用于所有细胞类型或状态	开发一种新方法以富集和分析稀有细胞状态	免疫细胞群和脑组织中的细胞核	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA FlowFISH	NA	RNA测序数据	免疫细胞群（n=184,126个细胞），脑组织（n=33,145个细胞核）
322	2025-05-01	Multi-omics-based mapping of decidualization resistance in patients with a history of severe preeclampsia 2025-Feb, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03407-7 PMID:39775038	研究论文	通过多组学策略揭示了严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的细胞和分子特征	首次使用多组学方法（包括单细胞RNA测序和空间转录组学）全面解析严重子痫前期患者的蜕膜化抵抗机制	样本量相对较小（sPE患者11例，对照12例），需要在更大样本中验证发现	探究严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的分子机制	严重子痫前期患者和对照组的子宫内膜组织	生殖医学	子痫前期	scRNA-seq, 空间转录组学, 激光捕获显微切割/质谱	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据	23例子宫内膜样本（11例sPE患者，12例对照）
323	2025-05-01	The epitranscriptional factor PCIF1 orchestrates CD8+ T cell ferroptosis and activation to control antitumor immunity 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02047-w PMID:39762445	研究论文	研究发现RNA N 2'-O-二甲基腺苷（mA）甲基转移酶PCIF1负调控CD8 T细胞的抗肿瘤反应	首次揭示PCIF1通过调节mA修饰的靶基因（如Fth1、Slc3a2和Cd69）来抑制CD8 T细胞的铁死亡和激活，从而影响抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证较少	探究PCIF1在CD8 T细胞抗肿瘤免疫中的作用机制	CD8 T细胞和肿瘤微环境	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、蛋白质组学、mA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠模型和部分临床患者样本
324	2025-05-01	Immunophenotyping of Synovial Tissue in Adolescents Undergoing ACL Reconstruction: What Is the Role of Synovial Inflammation in Arthrofibrosis? 2025-Feb, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465241305411 PMID:39772756	research paper	该研究探讨了前交叉韧带重建（ACLR）后滑膜炎症在关节纤维化中的作用，通过免疫表型分析揭示了不同免疫表型与早期运动范围及关节纤维化风险的相关性	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术对ACLR患者滑膜组织进行免疫表型分析，并发现三种不同的免疫表型与术后运动范围和关节纤维化风险相关	样本量较小（n=17），证据水平为4级（病例系列研究）	探究滑膜炎症在ACLR后关节纤维化中的作用机制	10-18岁接受初次ACLR的患者	digital pathology	关节疾病	流式细胞术，单细胞RNA测序	主成分分析（PCA）	生物组织样本	17例ACLR患者
325	2025-05-01	Multimodal transcriptomics reveal neurogenic aging trajectories and age-related regional inflammation in the dentate gyrus 2025-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01848-4 PMID:39762661	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了齿状回（DG）神经源性细胞及其周围微环境的转录组特征，以及随年龄增长的分子变化	整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了神经源性衰老轨迹及年龄相关的区域炎症	研究主要关注齿状回，未涉及其他脑区	探究齿状回神经源性细胞及其微环境在衰老过程中的分子变化	齿状回（DG）的神经干细胞（NSCs）及其周围微环境	神经科学	老年性疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
326	2025-05-01	Development of a ferroptosis-related gene prognostic model and molecular subgroups characterization in sepsis 2025-Feb, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.12.008 PMID:39764891	research paper	本研究开发了一种基于铁死亡相关基因（FRGs）的预后模型，用于预测脓毒症的临床结果，并鉴定了TFRC作为抑制铁死亡的关键调控因子	首次构建了基于FRGs的脓毒症预后模型，并揭示了TFRC在脓毒症中抑制铁死亡的关键作用	研究依赖于公开数据集，需要进一步实验验证模型的临床适用性	开发脓毒症的预后预测模型并探索铁死亡相关基因的作用机制	脓毒症患者样本和铁死亡相关基因	生物信息学	脓毒症	差异表达分析、共识聚类、单变量和多变量Cox回归、LASSO分析、单细胞测序、siRNA转染、MDA测定、Western blot、ROS测定	预后评分模型	基因表达数据	GSE65682数据集中的脓毒症患者样本
327	2025-05-01	A CRISPR view on genetic screens in Toxoplasma gondii 2025-Feb, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2024.102577 PMID:39778479	review	本文综述了CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的应用及其最新进展	重点介绍了CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的创新应用，包括条件性系统与成像、单细胞RNA测序和表型选择的结合	讨论了当前技术的局限性，并提出了未来发展的方向	综述CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的最新应用和未来发展	弓形虫及其与宿主的相互作用	基因组编辑	寄生虫感染	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 成像技术	NA	基因组数据, 表型数据	NA
328	2025-05-01	Neural pathways of nausea and roles in energy balance 2025-Feb, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2024.102963 PMID:39765206	review	本文综述了恶心神经通路的最新研究，特别是其在能量平衡中的作用	通过单细胞测序和功能映射，阐明了涉及脑干最后区的恶心神经通路，并加深了对最后区在调节进食行为中作用的理解	NA	探讨恶心神经通路及其在能量平衡中的作用	内部感觉系统，特别是恶心的神经通路	神经科学	NA	单细胞测序，功能映射	NA	NA	NA
329	2025-05-01	A Universal Strategy of Anti-Tumor mRNA Vaccine by Harnessing "Off-the-Shelf" Immunity 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401287 PMID:39761175	research paper	该研究开发了一种利用已知抗原的‘现成’免疫力的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略	提出了一种不依赖新抗原识别的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略，并验证其在多种肿瘤模型和临床病原体抗原中的适用性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发一种不依赖新抗原识别的通用抗肿瘤mRNA疫苗	肿瘤细胞、OVA特异性细胞毒性T淋巴细胞(CTLs)、三种小鼠皮下实体瘤模型、乙肝表面抗原(HBsAg)和SARS-CoV-2刺突受体结合域(SRBD)	肿瘤免疫治疗	肿瘤	mRNA疫苗技术、单细胞测序分析	NA	体外实验数据、体内肿瘤生长数据、单细胞测序数据	三种小鼠皮下实体瘤模型
330	2025-05-01	Posttranscriptional Control of Neural Progenitors Temporal Dynamics During Neocortical Development by Syncrip 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411732 PMID:39776340	research paper	该研究揭示了Syncrip（hnRNP Q）在哺乳动物新皮质发育过程中作为神经祖细胞时间动态的转录后调控关键因子	首次发现Syncrip通过相分离招募稳定复合物调控Notch信号通路，从而决定放射状胶质细胞（RGCs）的命运进程	研究主要基于小鼠模型，人类Syncrip突变的功能验证仍需进一步研究	探究新皮质神经发生过程中时间基因表达的调控机制	放射状胶质细胞（RGCs）及其分化的神经元	发育神经生物学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用Syncrip敲除小鼠进行研究
331	2025-05-01	SEE: A Method for Predicting the Dynamics of Chromatin Conformation Based on Single-Cell Gene Expression 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406413 PMID:39778075	research paper	介绍了一种名为SEE的人工智能方法，用于基于单细胞基因表达预测染色质构象的动态变化	利用autoencoder和transformer技术，结合单细胞RNA测序数据和有限的单细胞Hi-C图谱，分析染色质动态变化	仅使用了有限的单细胞Hi-C图谱数据	研究染色质构象的动态变化及其在基因表达调控中的作用	染色质构象的动态变化	machine learning	NA	单细胞RNA测序，单细胞Hi-C	autoencoder, transformer	单细胞RNA测序数据，单细胞Hi-C图谱	NA
332	2025-05-01	Acute Communication Between Microglia and Nonparenchymal Immune Cells in the Anti-Aβ Antibody-Injected Cortex 2025-Jan-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1456-24.2024 PMID:39741000	research paper	研究抗Aβ抗体对大脑免疫反应的急性影响	首次通过单细胞测序技术揭示了抗Aβ抗体注射后大脑中细胞间的急性通讯变化，特别是小胶质细胞与非实质免疫细胞之间的TGFβ信号通路	研究仅观察了24小时和3天两个时间点，未能涵盖更长期的免疫反应变化	理解抗Aβ抗体治疗阿尔茨海默病时大脑的免疫反应机制	14个月大的APP转基因小鼠（雄性和雌性）的大脑皮层	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	APP转基因小鼠模型	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用雄性和雌性APP转基因小鼠
333	2025-05-01	Cross-species comparative single-cell transcriptomics highlights the molecular evolution and genetic basis of male infertility 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115118 PMID:39739532	研究论文	通过跨物种比较单细胞转录组学，研究雄性不育的分子进化和遗传基础	比较人类、小鼠和果蝇睾丸的单细胞RNA测序数据，识别保守基因及其在精子发生中的关键作用，并通过基因敲除实验验证部分基因的功能	研究仅涵盖人类、小鼠和果蝇三种物种，可能无法全面反映所有物种的精子发生机制	探索在强选择压力下精子发生的遗传基础	人类、小鼠和果蝇的睾丸细胞	单细胞转录组学	雄性不育	scRNA-seq	深度学习	单细胞RNA测序数据	人类、小鼠和果蝇的睾丸细胞数据
334	2025-05-01	Spatially resolved transcriptomics of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors 2025-Jan-23, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf016 PMID:39847441	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了良性和恶性外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性	首次将空间转录组学应用于外周神经鞘瘤研究，提供了细胞组成和分化状态的空间信息	样本量较小，属于初步研究	确定外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性	良性和恶性外周神经鞘瘤组织	数字病理学	外周神经鞘瘤	空间转录组学	空间聚类和加权相关网络分析	转录组数据	福尔马林固定石蜡包埋的病变外周神经组织
335	2025-05-01	Animal and vegetal materials of mouse oocytes segregate at first zygotic cleavage: a simple mechanism that makes the two-cell blastomeres differ reciprocally from the start 2025-Jan-17, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaae045 PMID:39786543	研究论文	本研究探讨了小鼠受精卵第一次分裂时动物极和植物极物质的分离机制，揭示了两细胞期姐妹分裂球从一开始就存在差异的简单机制	首次通过实验证实哺乳动物受精卵第一次分裂时会分离动物极和植物极物质，挑战了现有两种对立模型	研究仅在小鼠模型中进行，人类胚胎中是否适用仍需验证	探究两细胞期胚胎分裂球差异性的起源机制	小鼠受精卵及其两细胞期分裂球	发育生物学	NA	ICSI（卵胞浆内单精子注射）、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据、图像数据	不同受精位点（动物极、植物极、赤道）的小鼠卵母细胞
336	2025-05-01	FGFR2 directs inhibition of WNT signaling to regulate anterior fontanelle closure during skull development 2025-Jan-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204264 PMID:39775862	研究论文	本研究探讨了FGFR2如何通过调节WNT信号通路影响颅骨发育中前囟闭合的机制	揭示了FGF-WNT信号回路在颅骨缝合形成中的新作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明FGFR2在颅骨发育中调控前囟闭合的分子机制	小鼠颅骨前囟细胞和额骨成骨前沿细胞	发育生物学	颅骨畸形（如Apert、Pfeiffer和Crouzon综合征）	小鼠遗传学和单细胞转录组学	小鼠遗传模型	基因表达数据	NA
337	2025-05-01	Transcriptional dynamics during karyogamy in rice zygotes 2025-Jan-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204497 PMID:39777484	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了水稻合子中核配过程中的基因表达动态	首次在植物合子中系统研究了核配过程中的转录动态，并发现了父本等位基因转录的起始时间	仅研究了水稻这一种植物，结果是否适用于其他植物尚不清楚	揭示植物合子中核配过程的转录调控机制	水稻合子	植物发育生物学	NA	单细胞转录组分析，RNA测序	NA	转录组数据	6个早期发育阶段的水稻合子（15分钟、30分钟、1小时、2小时、4小时和6小时）
338	2025-05-01	[WWP1 plays a positive role in ameloblast differentiation and enamel formation in mice] 2025-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20240916-00349 PMID:39743363	研究论文	研究WWP1在小鼠成釉细胞分化和釉质形成中的积极作用	首次揭示了WWP1在成釉细胞分化和釉质形成中的关键作用，并提供了WWP1敲除小鼠的详细表型分析	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究WWP1在小鼠釉质发育中的作用	小鼠成釉细胞和釉质	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫组化、显微CT、扫描电镜、能量色散谱、免疫荧光、Western blot	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、蛋白质数据	P1和P7阶段每组3只小鼠，P14、P28、2M和3M阶段每组6只小鼠
339	2025-05-01	[Advances in tooth development studies based on single-cell RNA sequencing] 2025-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20240927-00363 PMID:39743369	review	总结了单细胞RNA测序在牙齿发育研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序技术深入解析牙齿发育过程中的细胞异质性和发育轨迹	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索牙齿发育的分子机制及其在修复和再生中的应用	牙齿发育过程中的上皮和间充质细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
340	2025-05-01	Tumor-initiating cells escape tumor immunity via CCL8 from tumor-associated macrophages in mice 2025-Jan-07, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180893 PMID:39774471	研究论文	本研究揭示了肿瘤起始细胞(TICs)通过肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)中的CCL8逃避免疫清除的机制	首次阐明了TICs通过GAS6/AXL/MERTK信号通路与调节性TAMs相互作用并分泌CCL8来逃避免疫清除的具体机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性有待进一步验证	探究肿瘤起始细胞逃避免疫清除的分子机制	肿瘤起始细胞(TICs)和调节性肿瘤相关巨噬细胞(Reg-TAMs)	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、双重组酶谱系追踪、化学抑制剂、条件性双敲除小鼠模型	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量(使用小鼠模型)