单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-08-06	Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9466 PMID:40680117	研究论文	开发了一种基于人工智能的模型，利用细胞形态学特征和组织学空间组织从H&E染色全切片图像中推断肿瘤细胞分化状态和动态轨迹	提出了一种成本效益高的方法，通过常规病理切片大规模分析肿瘤进展动态，克服了单细胞RNA测序的高成本和资源密集限制	方法依赖于H&E染色图像的质量和可用性，可能不适用于所有类型的肿瘤	开发一种成本效益高的方法来大规模分析肿瘤进展动态	肺腺癌患者的肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	AI模型	NA	图像	三个独立的肺腺癌队列
322	2025-08-06	Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf306 PMID:40748322	研究论文	本文介绍了一种名为BLADE的新方法，用于检测和去除空间转录组学数据中的三种常见伪影	开发了BLADE这一跨平台的自动化统计方法，能够检测并去除空间转录组学数据中的边界效应、组织边缘效应和位置批次故障	研究主要基于10x Visium和CosMx平台的数据，可能不适用于其他空间转录组学技术	提高空间转录组学数据的质量，减少伪影对研究结果的影响	人类和小鼠的肝脏及脂肪组织样本	空间转录组学	NA	空间转录组学技术（Visium和CosMx）	统计方法（BLADE）	空间转录组数据	37个10x Visium样本（来自人类和小鼠的肝脏和脂肪组织）
323	2025-08-06	PoweREST: Statistical power estimation for spatial transcriptomics experiments to detect differentially expressed genes between two conditions 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013293 PMID:40729405	研究论文	开发了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于空间转录组学实验中检测两种条件下差异表达基因	首次提出了针对10X Genomics Visium数据的差异表达基因检测的统计功效估计工具，支持实验前和初步数据收集后的功效分析	仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术	解决空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效计算问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
324	2025-08-06	CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659381 PMID:40667345	研究论文	本研究通过DNA结合实验、表达分析和结合位点突变揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因（SPCGs）来增强胚胎唾液腺的分泌能力	发现CrebA及其哺乳动物同源物Creb3L家族在增强分泌能力方面具有高度保守的功能，并通过单细胞RNA测序技术进一步探索了CrebA结合与基因调控的关系	尚不清楚是什么区分了功能性结合，以及CrebA是否是所有果蝇胚胎组织中驱动SPCG基因表达的主要因素，或者CrebA是否还调控其他组织特异性功能	探究CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用及其调控机制	果蝇胚胎唾液腺及哺乳动物组织中的分泌途径组分基因（SPCGs）	分子生物学	NA	DNA结合实验、表达分析、结合位点突变、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎
325	2025-08-06	Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011537 PMID:40518290	研究论文	通过多组学分析鉴定出肝细胞癌中肿瘤内在的SREBP1驱动免疫排斥，并提出其作为克服免疫检查点抑制剂耐药的新治疗靶点	首次通过大规模多组学分析（包括RNA测序、蛋白质组学、单细胞RNA测序等）结合功能实验，发现SREBP1作为免疫排斥的中心调控因子，并通过促肿瘤巨噬细胞（M2样）重编程机制发挥作用	研究主要基于体外实验和有限的临床样本，需要进一步在更大规模的临床队列和体内模型中验证	探索肝细胞癌中免疫检查点抑制剂耐药的机制并寻找新的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者样本和体外培养的肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 成像质谱流式细胞术(IMC), MALDI空间脂质组学, 3D共培养模型	CRISPR基因敲除模型	多组学数据（转录组、蛋白质组、单细胞转录组、脂质组）	900+人类样本（包括31个肿瘤单细胞RNA-seq样本）
326	2025-08-06	Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.658920 PMID:40661543	research paper	该研究系统比较了三种小鼠更年期模型，揭示了卵泡丢失、内分泌紊乱和转录重塑的共同及模型特异性特征	首次系统比较了三种小鼠更年期模型，包括完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭和遗传模型，揭示了不同模型在激素和免疫改变方面的独特模式	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类更年期的复杂性	研究更年期的分子机制及其对全身健康的影响	三种小鼠更年期模型（完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭、遗传模型）	生物医学研究	更年期相关疾病	组织学、血清激素分析、单细胞转录组学、机器学习	机器学习	分子和表型数据	三种小鼠模型（具体数量未提及）
327	2025-08-06	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.656433 PMID:40502191	研究论文	通过空间转录组学技术分析17名不同发育和损伤阶段的婴儿肺部基因表达模式，构建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	利用成像空间转录组学技术，首次在人类婴儿肺部发育和损伤过程中揭示了转录变化的时空动态	样本量相对有限（17例），且仅关注急性新生儿肺损伤	揭示肺部器官发育过程中细胞转变的时序和调控机制	17名不同发育和损伤阶段的婴儿肺部组织	空间转录组学	新生儿肺损伤	成像空间转录组学	计算聚类方法	空间转录组数据	17例人类婴儿肺部样本（约120万个细胞）
328	2025-08-06	Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics 2025-Jun, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10889-6 PMID:40366552	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和批量蛋白质组学技术，鉴定了脂肪基质血管部分和干细胞/基质细胞中具有免疫调节潜能的亚群	整合单细胞RNA测序与批量蛋白质组学数据，首次识别出与细胞因子激活的培养ASC表型相似的SVF来源ASC亚群	研究主要基于体外实验数据，需要进一步体内验证	解析脂肪来源基质细胞的异质性免疫调节潜能	脂肪基质血管部分(SVF)和培养的脂肪来源干细胞/基质细胞(ASCs)	单细胞组学	NA	scRNA-seq, 批量蛋白质组学	Scissor算法	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	未培养(P0)和培养(P2)的ASC细胞样本
329	2025-08-06	Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.654160 PMID:40462922	研究论文	本文通过建立小鼠报告模型，研究了肌肉细胞对骨折修复的贡献，揭示了Prg4标记的纤维脂肪祖细胞（FAP）亚群在骨折修复中的关键作用	发现了Prg4+ FAPs在骨折修复中的新机制，即这些细胞能够从肌肉迁移至骨折部位并分化为软骨细胞、成骨细胞和骨细胞	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证；在膜内骨损伤模型中，Prg4+ FAPs的贡献显著少于骨折模型	探究肌肉细胞在骨折修复中的具体作用机制	小鼠模型中的Prg4+纤维脂肪祖细胞（FAPs）	骨科学	骨折	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠报告模型	基因表达数据	小鼠模型
330	2025-08-06	Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636643 PMID:39974881	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制剂在减少转移中的潜在疗效	首次发现HNF1A通过上调FGFR4驱动PDAC转移，并证实FGFR4抑制剂可靶向该促转移通路	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗方案	胰腺导管腺癌细胞（ATCC和患者来源细胞）及小鼠模型	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序、组织微阵列分析、UMAP空间分析、RNA干扰、FGFR4抑制剂（H3B-6527和U3-1784）	小鼠异种移植模型	基因表达数据、组织染色数据	未明确说明患者样本数量，涉及多种PDAC细胞系和小鼠模型
331	2025-08-06	Characteristics of a CCL21 Gene-Modified Dendritic Cell Vaccine Utilized for a Clinical Trial in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Feb-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0435 PMID:39559833	研究论文	本文报道了一种CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌临床试验中的特性研究	首次全面表征了CCL21-DC疫苗的细胞组成和制造过程中多种因素的影响	研究仅涉及I期临床试验，样本量有限，且存在患者间高度变异性	评估CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌治疗中的潜力	非小细胞肺癌患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	I期临床试验样本（具体数量未提及）
332	2025-08-06	Identification of Nfel1a and Nfel3 as novel regulators for zebrafish thrombopoiesis 2025-02, Blood cells, molecules & diseases DOI:10.1016/j.bcmd.2024.102897 PMID:39413675	研究论文	本研究通过单细胞测序技术鉴定了Nfel1a和Nfel3作为斑马鱼血小板生成的新型调控因子	首次发现Nfe2I1a和Nfe2l3作为转录因子对斑马鱼血小板生成的调控作用	研究仅针对斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	探索斑马鱼血小板生成的新型调控机制	斑马鱼血小板生成相关基因	分子生物学	NA	单细胞测序、基因敲除	斑马鱼模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
333	2025-08-06	TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data 2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634392 PMID:39896591	研究论文	提出了一种基于copula的方法，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性变化	采用数据驱动的平滑函数建模非线性基因共表达变化，克服了现有方法假设线性变化的限制	方法性能仅在模拟分析和一个小鼠垂体胚胎发育数据集上进行了验证	开发一种能捕捉单细胞转录组数据中基因共表达非线性动态变化的分析方法	单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	copula模型	基因表达数据	一个小鼠垂体胚胎发育数据集(突变型vs野生型)
334	2025-08-06	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	提出了一种新的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，通过矩阵分块和矩阵分解技术有效补全基因表达矩阵中的缺失值，并保留可能的生物零值	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或处理高维数据的能力	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能，促进细胞类型识别	单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解算法	基因表达数据	NA
335	2025-08-06	Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments 2025, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/0115672050376534250310061951 PMID:40207815	研究论文	本研究通过生物信息学分析和分子生物学实验，探讨了少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病(AD)的潜在关联	整合生物信息学与分子生物学实验验证NLRP3在AD中的高表达及其与疾病的密切关系，并构建基于五个关键基因的诊断模型	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏在体实验验证	探索少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病的关联	阿尔茨海默病患者与健康对照的基因表达数据及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	LASSO回归分析、随机森林算法、支持向量机(SVM)、单细胞转录组学、RT-qPCR、免疫荧光(IF)、Western blot(WB)	LASSO回归、随机森林、SVM	基因表达数据	公共AD相关数据集（具体样本数量未明确说明）
336	2025-08-06	scRSSL: Residual semi-supervised learning with deep generative models to automatically identify cell types 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12107 PMID:40261690	研究论文	提出了一种基于半监督学习的深度残差生成模型（scRSSL），用于自动识别单细胞转录组数据中的细胞类型	创新性地将残差网络引入半监督生成模型，利用半监督学习解决样本不平衡问题，并通过残差神经网络提取单细胞数据的局部特征	未提及具体的数据集规模限制或模型计算复杂度	解决单细胞转录组数据中细胞类型识别的挑战	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度残差生成模型（scRSSL）	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量
337	2025-08-06	SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70017 PMID:40302186	研究论文	该研究通过整合多种证据全面探讨了SAE1在胰腺腺癌(PAAD)中的促癌作用	首次全面整合mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析和单细胞RNA测序等多种技术手段研究SAE1在PAAD中的作用	未明确说明样本量大小和研究人群特征	探究SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制	胰腺腺癌(PAAD)	肿瘤学研究	胰腺癌	mRNA数据分析、免疫组化、CRISPR修饰、单细胞RNA测序、ChIP-Seq、分子对接模型	NA	mRNA数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据、临床数据	NA
338	2025-08-06	Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70021 PMID:40458850	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了系统性红斑狼疮中谷胱甘肽代谢的关键基因	结合了孟德尔随机化、多组学整合、机器学习和SHAP方法，首次揭示了谷胱甘肽代谢通路在系统性红斑狼疮中的关键作用，并发现LAP3基因在其免疫微环境中的重要作用	研究样本量有限，且需要进一步实验验证LAP3基因的功能机制	探索系统性红斑狼疮的病因和潜在治疗靶点	系统性红斑狼疮患者和健康对照的血清代谢物和单细胞RNA测序数据	生物信息学	系统性红斑狼疮	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习(ML)	LASSO回归, CatBoost, XGBoost, NGBoost	基因组数据, 代谢组数据	1400种血清代谢物, 多个数据集(包括GSE112087)
339	2025-08-06	Machine learning combining external validation to explore the immunopathogenesis of diabetic foot ulcer and predict therapeutic drugs 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328906 PMID:40749079	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞方法探索糖尿病足溃疡（DFU）的免疫机制并识别潜在治疗药物	结合机器学习、单细胞测序和外部验证，识别了DFU的核心基因和潜在治疗药物	研究结果需要进一步的临床实验验证	探索糖尿病足溃疡的免疫发病机制并预测治疗药物	糖尿病足溃疡（DFU）患者	机器学习	糖尿病足溃疡	单细胞测序、分子对接和动力学模拟	机器学习算法	基因表达数据	GEO数据集和外部数据集GSE147890
340	2025-08-06	Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma 2024-12-18, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01199-0 PMID:39695118	研究论文	通过单细胞转录组和空间分析揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中的免疫抑制微环境	首次使用单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术比较了复发/难治性AITL与新诊断AITL的细胞组成和空间结构，揭示了YY1转录激活驱动的恶性Tfh细胞增殖与患者不良预后的显著关联，以及B细胞在免疫逃逸中的作用	研究样本数量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（RR-AITL）和新诊断AITL（ND-AITL）患者样本	数字病理学	淋巴瘤	scRNA-seq, IMC	NA	单细胞转录组数据, 空间成像数据	未明确说明