单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-07-16	Early Developmental Origins of Cortical Disorders Modeled in Human Neural Stem Cells 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598925 PMID:38915580	research paper	该研究通过人类神经干细胞（NSCs）探索了皮质障碍的早期发育起源，分析了皮质和神经精神障碍相关基因的表达动态	揭示了疾病特异性关键阶段和跨多种疾病的信号汇聚，模拟了风险转录因子缺失对不同神经细胞类型的影响，并发现了自闭症患者来源NSCs中脑模式化和NSCs谱系承诺的转录因子反复改变	研究主要基于体外和体内的人类NSCs数据，可能无法完全反映实际发育过程中的复杂性	探索人类大脑功能障碍在发育早期的机制	人类神经干细胞（NSCs）和皮质障碍相关基因	神经科学	自闭症和其他皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
322	2025-07-16	Prognostic gene landscapes and therapeutic insights in sepsis-induced coagulopathy 2024-05, Thrombosis research IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.thromres.2024.03.011 PMID:38513536	研究论文	本研究通过分析脓毒症患者的转录组数据，识别了与凝血相关的关键基因，并开发了预测患者生存的预后模型和列线图	发现了四个关键基因（CFD、FYN、ITGAM和VSIG4）作为脓毒症患者生存的重要预测因子，并揭示了FYN基因在凝血障碍中的核心作用	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有潜在的分子机制	探索脓毒症诱导凝血病（SIC）的预后基因和治疗靶点	脓毒症患者和脓毒症大鼠	数字病理学	脓毒症	转录组分析、单细胞测序、实时定量PCR	预后模型、列线图	转录组数据、单细胞测序数据	脓毒症患者的全血样本和脓毒症大鼠的血液样本
323	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2024-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.15.589676 PMID:38659941	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过双重抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，有效抑制SARS-CoV-2等多种RNA病毒的复制，并揭示了PIP4K2C在病毒入侵、RNA复制及组装/释放中的作用	揭示了PIP4K2C这一未被充分研究的激酶在病毒诱导的自噬调控中的作用，并提出了双重抑制PIP4K2C和PIKfyve作为对抗新兴病毒的候选策略	NA	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2等多种RNA病毒及人类肺类器官	病毒学	COVID-19	脂质组学、蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	分子生物学数据	人类肺类器官
324	2025-07-16	Single-cell RNA sequencing highlights epithelial and microenvironmental heterogeneity in malignant progression of pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216607 PMID:38246225	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）向胰腺导管腺癌（PDAC）恶性进展过程中的上皮和微环境异质性	首次利用单细胞转录组学解析IPMN向PDAC进展中的上皮和微环境异质性，并发现SPP1作为IPMN癌变的生物标志物	样本量较小（3个高级别IPMN和2个IPMN衍生的PDAC），且所有样本均为手术切除组织	探究胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤向胰腺导管腺癌恶性进展的分子机制	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）和胰腺导管腺癌（PDAC）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	35,693个细胞，来自3个高级别IPMN和2个IPMN衍生的PDAC
325	2025-07-16	Advanced insights on tumor-associated macrophages revealed by single-cell RNA sequencing: The intratumor heterogeneity, functional phenotypes, and cellular interactions 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216610 PMID:38244910	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性、功能表型及细胞间相互作用方面的最新研究进展	利用scRNA-seq技术全面解析TAMs在肿瘤微环境中的异质性和功能变化，为优化肿瘤治疗策略提供新视角	主要基于现有文献综述，缺乏原创性实验数据验证	探讨TAMs在肿瘤微环境中的动态变化及其对肿瘤治疗的影响	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
326	2025-07-16	PGF2α signaling drives fibrotic remodeling and fibroblast population dynamics in mice 2023-12-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172977 PMID:37934604	研究论文	本研究探讨了PGF2α信号在小鼠肺纤维化重塑和成纤维细胞群体动态中的作用	揭示了PGF2α/FPr信号作为TGF-β1非依赖性信号枢纽在特发性肺纤维化(IPF)中的作用，并鉴定了一个易感的成纤维细胞亚群	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究PGF2α信号通路在肺纤维化发病机制中的作用	表达Sftpc基因疾病相关错义突变的小鼠模型(IER-SftpcI73T)和Ptgfr-null小鼠	病理生理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、伪时间分析(pseudotime analysis)、体外实验	小鼠疾病模型	基因表达数据	使用IER-SftpcI73T转基因小鼠和Ptgfr-null小鼠进行研究
327	2025-07-16	Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease 2019-10-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12464-3 PMID:31624246	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类T细胞在不同组织中的异质性及其功能响应	揭示了黏膜和淋巴组织中T细胞的独特特征，以及跨所有组织的谱系特异性激活状态，包括CD8 T细胞的独特效应状态和CD4 T细胞的干扰素响应状态	研究主要关注健康状态下的T细胞，疾病状态下的T细胞分析相对较少	理解组织部位如何影响T细胞的持久性和功能	人类T细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	超过50,000个静息和激活的T细胞
328	2025-07-15	SOD2 expression in patients with triple-negative breast cancer is associated with tumor-infiltrating lymphocytes and prognosis 2025-Aug, Breast cancer research and treatment IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s10549-025-07775-7 PMID:40634732	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中超氧化物歧化酶2（SOD2）的表达及其与肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和预后的关系	首次发现SOD2表达与TNBC患者的免疫反应和生存结果显著相关，并揭示了其在肿瘤微环境中的潜在调节作用	研究主要依赖于回顾性队列分析，且样本量虽大但来自不同数据库，可能存在异质性	探究SOD2在TNBC中的表达模式及其临床意义	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的手术样本、活检样本及公共数据库中的TNBC样本	数字病理学	乳腺癌	免疫组织化学（IHC）、蛋白质组学、RNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	229例手术样本、144例活检样本、403例福尔马林固定石蜡包埋样本（质量控制后336例）、91例TCGA数据样本、534例公共数据库样本
329	2025-07-15	Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.034 PMID:40640980	研究论文	本研究通过表型、转录组和基因组分析揭示了山羊粗毛密度的时空模式及其相关基因	创新性地应用高分辨率微型摄像机成像技术，结合多组学数据，揭示了山羊粗毛密度的遗传调控机制	研究主要集中在大足黑山羊，可能不适用于其他山羊品种	解析动物毛发密度的遗传调控机制	大足黑山羊	基因组学	NA	高分辨率微型摄像机成像、转录组测序、全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	图像、转录组数据、基因组数据	905张皮肤图像、33个皮肤转录组、272个全基因组序列、182个下载的转录组
330	2025-07-15	C3a-C3aR1-mediated interactions between fibroblast-like synoviocytes and macrophages promote the progression of rheumatoid arthritis 2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43319 PMID:40654154	研究论文	本研究通过成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜中成纤维样滑膜细胞（FLS）与巨噬细胞之间通过C3a-C3aR1信号介导的相互作用促进炎症进展的机制	首次发现FLS通过C3a-C3aR1信号通路与巨噬细胞形成正反馈调节环路促进滑膜炎症，并证实阻断该通路可减轻疾病严重程度	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型，人类RA患者的验证数据有限	探究RA滑膜微环境中细胞间相互作用对疾病进展的影响机制	类风湿性关节炎患者的滑膜组织、胶原诱导关节炎小鼠模型	免疫病理学	类风湿性关节炎	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序	胶原诱导关节炎（CIA）小鼠模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本量（包含RA患者滑膜组织和CIA小鼠模型）
331	2025-07-15	cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data 2025-Jul-14, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399 PMID:40658464	研究论文	介绍了一种名为cytoKernel的鲁棒核嵌入方法，用于评估单细胞数据的差异表达	利用基于核的评分测试，能够检测单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据的全概率分布模式，识别传统方法忽略的多模态特征变化	未明确提及具体局限性	开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据和质谱细胞术数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 质谱细胞术	核嵌入方法	单细胞测序数据, 高维流式数据	模拟数据集和真实数据集（未明确具体数量）
332	2025-07-15	Inhibition of Glutamine Metabolism Attenuates Tumor Progression Through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jul-13, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400738 PMID:40653724	研究论文	该研究探讨了通过抑制谷氨酰胺代谢来重塑巨噬细胞免疫微环境，从而减缓肿瘤进展的新策略	开发了一种选择性在癌组织中生物活化的谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，并证明其通过直接靶向谷氨酰胺依赖的癌细胞和改变M1/M2巨噬细胞比例发挥抗肿瘤作用	研究仅使用了小鼠模型，尚未在人体中进行验证	评估谷氨酰胺拮抗剂对肿瘤细胞和免疫微环境的影响	两种免疫系统完整的小鼠癌症模型	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种小鼠肿瘤模型
333	2025-07-15	SLC3A2 as a key anoikis-related gene for prognosis and tumor microenvironment remodeling in melanoma 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03125-7 PMID:40643718	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，识别了与黑色素瘤预后相关的失巢凋亡标志物SLC3A2，并验证了其在肿瘤微环境重塑中的作用	首次整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，系统评估了150个失巢凋亡相关基因，并构建了最优预后模型，同时验证了SLC3A2作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	识别黑色素瘤中与失巢凋亡相关的预后标志物并探索其临床意义	黑色素瘤患者样本和细胞系	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序, 机器学习算法(随机生存森林, 梯度提升机), shRNA敲低, 集落形成实验, Transwell迁移实验	随机生存森林 + 梯度提升机	RNA测序数据, 临床数据	多个黑色素瘤队列(TCGA, GSE19234, GSE22153, GSE65904)和单细胞数据集GSE215120
334	2025-07-15	Zwilch kinetochore protein affects the prognosis of cancer patients by participating in cell proliferation, enhancing cell communication, and reshaping the tumor microenvironment 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02981-7 PMID:40643756	研究论文	本研究探讨了Zwilch Kinetochore Protein (ZWILCH)在多种癌症中对患者预后的影响及其在细胞增殖、细胞通讯和肿瘤微环境重塑中的作用	首次全面揭示了ZWILCH在肿瘤免疫微环境中的功能机制及其作为多种癌症预后风险因素的作用	研究主要基于转录组数据分析，缺乏体内实验验证	探究ZWILCH在肿瘤发生发展中的作用机制及其临床意义	多种癌症类型及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	多种癌症	全转录组分析、空间转录组分析、单细胞转录组分析、GSEA、GSVA、KEGG富集分析、Aucell、CRISPR筛选	NA	转录组数据	多种癌症类型的转录组数据集
335	2025-07-15	Exploring the role of PANoptosis related genes in the prognosis of oral squamous cell carcinoma subtypes based on multi-omics analysis 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03154-2 PMID:40643861	研究论文	基于多组学分析探讨PANoptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌亚型预后中的作用	首次基于PANoptosis相关基因（PRGs）识别口腔鳞状细胞癌（OSCC）亚型并构建预后模型，揭示了BAK1与OSCC风险的因果关系	研究依赖于TCGA数据库的数据，样本来源可能有限，且需要进一步实验验证	改善口腔鳞状细胞癌的诊断和治疗	口腔鳞状细胞癌患者	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, DNA甲基化分析, scRNA-seq, qRT-PCR	Cox回归分析, 孟德尔随机化	多组学数据（RNA-seq, DNA甲基化, scRNA-seq）	TCGA数据库中的OSCC患者数据
336	2025-07-15	Construction of a macrophage-related prognostic signature and assessment of immune checkpoint inhibitor efficacy of HCC 2025-Jul-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06937-3 PMID:40645977	研究论文	本研究旨在构建一个与巨噬细胞相关的基因特征，以预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫检查点抑制剂（ICI）疗效，并探讨PLAUR的功能作用	首次构建了一个包含八个基因的巨噬细胞相关特征，用于预测HCC患者的预后和ICI疗效，并揭示了PLAUR通过PI3K/AKT/mTOR通路促进免疫抑制极化和肿瘤进展的机制	研究主要基于TCGA-LIHC队列的验证，可能需要更多独立队列进一步验证基因特征的普适性	开发预测HCC患者预后和ICI疗效的生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、TIDE分析、CellChat分析、组织芯片免疫荧光	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	TCGA-LIHC队列及配对HCC和正常肝组织样本
337	2025-07-15	Comprehensive analysis of Mendelian randomization and scRNA-seq identify key prognostic genes and relevant functional roles in colorectal cancer 2025-Jul-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10354-x PMID:40646181	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术识别结直肠癌的关键预后基因及其功能作用	首次结合孟德尔随机化(MR)分析和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术鉴定出MMRN1和SLC6A19作为结直肠癌的关键预后基因，并揭示了它们与免疫细胞浸润和肿瘤微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于qRT-PCR和细胞功能实验，缺乏更深入的机制研究	识别结直肠癌的关键预后基因并探索其分子机制	结直肠癌(CRC)患者样本和癌细胞	数字病理学	结直肠癌	孟德尔随机化(MR)分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	nomogram模型	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个数据集(具体数量未明确说明)
338	2025-07-15	Comparison of local effects and systemic T-cell responses in patients with breast cancer treated by radiofrequency ablation versus microwave ablation 2025-Jul-11, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03896-7 PMID:40646574	research paper	比较射频消融（RFA）和微波消融（MWA）在乳腺癌治疗中的局部效果和系统性T细胞反应	首次揭示了MWA和RFA诱导的不同免疫反应的机制，特别是MWA在增强外周T细胞细胞毒性功能方面的优势	需要未来的临床试验来验证这些发现	比较RFA和MWA在早期乳腺癌治疗中的局部效果和系统性T细胞反应	60名乳腺癌患者	肿瘤学	乳腺癌	流式细胞术、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA测序	NA	血液样本、病理检查、放射影像	60名乳腺癌患者
339	2025-07-15	Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder 2025-Jul-11, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444 PMID:40653146	研究论文	通过单细胞RNA测序研究揭示了RPS26基因在注意力缺陷多动障碍(ADHD)中的潜在作用	首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD生物标志物，发现RPS26基因在单核细胞中的差异表达及其对单核细胞发育和分化的调控作用	研究样本量较小(仅一对异卵双胞胎)，需要更大规模的验证研究	探索ADHD与心血管疾病之间的潜在分子联系	白细胞样本(特别是单核细胞/巨噬细胞)	基因组学	注意力缺陷多动障碍(ADHD)与心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)与定量PCR(qPCR)	NA	RNA测序数据	一对ADHD不一致的异卵双胞胎的白细胞样本
340	2025-07-15	Multimodal evaluation of cerebrospinal fluid from breast cancer leptomeningeal metastases using circulating tumor cell detection, single-cell sequencing, and proteomics 2025-Jul-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06671-4 PMID:40640833	研究论文	通过循环肿瘤细胞检测、单细胞测序和蛋白质组学对乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液进行多模式评估	采用多模式分子分析方法评估脑脊液中的细胞，为中枢神经系统疾病监测提供了一种比活检更少侵入性的方法	样本量较小，仅涉及一名患者	优化乳腺癌脑转移患者的治疗监测方法	HER2阳性或三阴性乳腺癌患者的脑脊液	数字病理学	乳腺癌	循环肿瘤细胞检测、单细胞RNA测序、细胞因子分析	NA	脑脊液样本	一名41岁女性患者的系列脑脊液样本