单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-09-27	Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011879 PMID:40971959	研究论文	利用斑马鱼模型研究视神经损伤后视网膜神经节细胞的去分化机制	首次通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼所有RGC亚型在损伤后均出现去分化现象，并发现对侧未损伤眼的系统性转录组响应	研究结果基于斑马鱼模型，与哺乳动物的生物学响应可能存在差异	探索视神经损伤后视网膜神经节细胞的分子保护机制	斑马鱼视网膜神经节细胞	神经科学	视神经病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼视神经损伤模型
322	2025-09-27	Stereo-cell: Advancing spatial single-cell biology towards clinical translation 2025-Sep, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70480 PMID:40984816	技术说明	介绍新型空间单细胞测序平台Stereo-cell的技术创新及其在临床转化中的应用潜力	开发了整合形态学、转录组学和蛋白质组学的空间单细胞多组学平台，填补先进组学与传统病理学之间的技术空白	面临数据整合、监管合规和数字建模等重要挑战	推动空间单细胞生物学向临床转化发展	空间单细胞生物学技术平台	空间组学	NA	空间单细胞测序、多组学整合分析	NA	空间多模态数据（形态学、转录组、蛋白质组）	NA
323	2025-09-27	CD103+CD8+ tissue-resident memory T lymphocytes of melanoma boost anti-tumour immunity and predict immunotherapy outcomes 2025-Sep, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70464 PMID:40985995	研究论文	本研究揭示了CD103+CD8+组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的关键作用及其对免疫治疗疗效的预测价值	首次明确CD103作为黑色素瘤中CD8+ TRM细胞的标志物，并阐明其通过整合素依赖性PI3K/AKT信号通路增强抗肿瘤功能的机制	NA	探究CD103+CD8+ TRM细胞在黑色素瘤抗肿瘤免疫中的作用机制及其免疫治疗预测价值	黑色素瘤小鼠模型和患者队列中的CD8+组织驻留记忆T淋巴细胞	肿瘤免疫学	黑色素瘤	多重免疫组化、scRNA测序、空间转录组学、体内/体外实验	NA	基因表达数据、空间分布数据、临床预后数据	多个独立队列的黑色素瘤患者样本和小鼠模型
324	2025-09-27	Multi-Omics Integrated Analysis of the Protective Effect of Tertiary Lymphoid Structures and Associated Key Regulatory Genes in Human Gallbladder Cancer 2025-Sep, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.70037 PMID:40997892	研究论文	通过多组学整合分析探讨三级淋巴结构及其关键调控基因在人类胆囊癌中的保护作用	首次在胆囊癌中系统研究TLS的预后价值，并通过单细胞RNA测序、批量RNA测序和深度学习筛选出6个TLS相关关键基因	样本量相对有限（85例患者），需要更大规模研究验证	探究三级淋巴结构在胆囊癌中的预后关联及其相关基因的调控机制	85例胆囊癌患者组织样本及相关基因功能	生物信息学	胆囊癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、深度学习	深度学习	基因组数据、临床数据	85例胆囊癌患者
325	2025-09-27	CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis 2025-Aug-12, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606 PMID:40812683	研究论文	本研究揭示CREB在酒精性胰腺炎模型中驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制	首次阐明CREB与致癌Kras在慢性炎症环境下协同促进胰腺癌进展的分子机制，并证实靶向CREB可抑制肿瘤发生	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究CREB在酒精性胰腺炎背景下促进胰腺癌发展的作用机制	遗传修饰小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）和腺泡细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、定量PCR、谱系追踪	NA	基因表达数据、组织学数据	多种遗传工程小鼠模型（KC、KCC-/-等）
326	2025-09-27	Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis 2025-Aug-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09477-y PMID:40769205	研究论文	本研究揭示小胶质细胞通过Hex-GM2-MGL2轴与神经元双向交流维持脑稳态的新机制	发现小胶质细胞向神经元递送β-己糖胺酶降解GM2神经节苷脂的全新交互模式	NA	探究小胶质细胞与神经元在脑稳态维持中的新型相互作用机制	小鼠模型和神经退行性Sandhoff病患者	神经科学	神经退行性疾病	非靶向脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析、细胞类型特异性突变体	NA	脂质组数据、空间成像数据、转录组数据	NA
327	2025-09-27	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	研究论文	本研究揭示蓝氏贾第鞭毛虫通过诱导2型黏膜免疫反应减轻肠道炎症的机制	首次发现蓝氏贾第鞭毛虫感染可通过STAT6依赖性机制促进IL-10产生的Th2细胞扩增，实现寄生虫持久感染与炎症保护的双重效果	研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究蓝氏贾第鞭毛虫感染对肠道炎症的免疫调节作用	小鼠模型和尼日利亚学龄儿童流行病学数据	免疫学	肠道感染性疾病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠实验模型及尼日利亚儿童流行病学样本
328	2025-09-27	A multi-omics approach reveals dysregulated TNF-related signaling pathways in circulating NK and T cell subsets of young children with autism 2025-Jul-30, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00349-z PMID:40739030	研究论文	本研究通过多组学方法揭示自闭症谱系障碍幼儿外周免疫细胞中TNF相关信号通路的失调机制	首次在阿拉伯裔幼儿ASD队列中整合转录组、蛋白质组和单细胞RNA-seq数据，发现NK细胞和T细胞亚群中TNF信号通路特异性失调	研究样本仅限于2-4岁阿拉伯裔儿童，结果推广性需进一步验证	探究自闭症谱系障碍外周免疫失调的分子机制	2-4岁阿拉伯裔自闭症谱系障碍幼儿及匹配对照儿童的外周血单个核细胞和血浆样本	免疫学	自闭症谱系障碍	多组学整合分析（转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA-seq）	NA	分子生物学数据（基因表达、蛋白质表达）	卡塔尔地区的年轻阿拉伯裔ASD患儿队列及匹配对照
329	2025-09-27	Immune dysfunction during S. aureus biofilm-associated implant infections: opportunities for novel therapeutic strategies 2025-Jul-25, NPJ biofilms and microbiomes IF:7.8Q1 DOI:10.1038/s41522-025-00782-y PMID:40715142	综述	探讨金黄色葡萄球菌生物膜感染导致免疫功能障碍的机制及新型治疗策略	整合细菌单细胞测序研究揭示生物膜诱导免疫失调的新机制，强调微环境与宿主遗传因素的作用	NA	解析生物膜相关植入物感染中免疫功能障碍机制	金黄色葡萄球菌生物膜与宿主免疫系统	感染免疫学	细菌感染	单细胞测序	NA	NA	NA
330	2025-09-27	Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development 2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903 PMID:40570375	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育的转录和染色质可及性图谱，揭示了年龄相关差异的基因调控程序	首次系统揭示胸腺细胞发育过程中年龄特异性基因调控程序，并发现Zbtb20这一保守转录调控因子在年龄依赖性差异中的作用	研究仅限于小鼠模型，人类中的适用性需要进一步验证	阐明T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制	新生和成年小鼠的胸腺细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质可及性分析、CRISPR扰动技术	NA	基因组数据、转录组数据	新生和成年小鼠的胸腺细胞样本
331	2025-09-27	Meta-Analysis of Gene Expression in Bulk-Processed Post-Mortem Spinal Cord from ALS Patients and Normal Controls 2025-Jul-16, NeuroSci IF:1.6Q4 DOI:10.3390/neurosci6030065 PMID:40700130	荟萃分析	通过对ALS患者和正常对照组尸检脊髓样本进行基因表达荟萃分析，识别差异表达基因及其细胞来源	首次系统揭示ALS脊髓组织中成熟少突胶质细胞耗竭和特定小胶质细胞表型是批量组织mRNA丰度变化的细胞基础	基于尸检样本无法反映疾病动态过程，批量组织分析可能掩盖空间异质性	探究肌萎缩侧索硬化症脊髓组织的基因表达特征及其细胞类型特异性	尸检脊髓组织样本（ALS患者与正常对照组）	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症	基因表达荟萃分析、空间转录组学	NA	基因表达数据	569个样本（454例ALS，115例对照），来自348名个体
332	2025-09-27	Spatially aware adjusted Rand index for evaluating spatial transcriptomics clustering 2025-Jul-03, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf127 PMID:41001748	研究论文	提出一种融合空间距离信息的空间转录组学聚类评估指标spARI	首次将空间距离权重引入Rand指数，创建能评估空间聚类连贯性的新指标	未明确说明算法计算复杂度及在大规模数据集上的适用性	开发更精准的空间转录组学聚类评估方法	空间转录组学聚类算法	生物信息学	NA	空间转录组学分析	统计模型	空间转录组数据	模拟研究和两个真实ST数据集
333	2025-09-27	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.629263 PMID:40661514	研究论文	通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类大脑不同细胞类型的转录互作关系	发现存在预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群，且解除先天免疫抑制反而增强病毒转录	研究基于体外脑细胞共培养模型，与体内真实环境存在差异	揭示病毒-宿主细胞互作如何影响神经嗜性感染动态	人类大脑细胞共培养体系中的不同细胞类型	单细胞基因组学	狂犬病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	人类脑细胞共培养样本
334	2025-09-27	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	开发用于造血细胞单细胞和空间转录组数据分析的专业生物信息学工具包HemaScope	首个专门针对造血细胞设计的集成scRNA-seq和ST数据分析工具包，包含造血细胞特异性分析模块和多种用户友好部署形式	NA	解决造血细胞单细胞和空间转录组数据分析工具缺乏的问题	造血细胞	生物信息学	血液疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学(ST)	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类骨髓样本、小鼠急性髓系白血病样本、血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤样本
335	2025-09-27	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了正常造血系统的参考层级，并开发了HematoMap工具用于解析白血病细胞的谱系异常	创建了首个整合单细胞和批量RNA测数据的白血病谱系异常分析工具，采用余弦距离算法量化白血病细胞与正常对应细胞的相似性	研究样本仅包含25名健康供体，白血病样本类型相对有限	建立白血病细胞在造血层级中的精确定位方法，解析疾病异质性	急性髓系白血病和B细胞前体急性淋巴细胞白血病患者样本	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	LASSO回归模型	基因表达数据	25名健康供体的10万+骨髓单核细胞，以及AML和BCP-ALL患者样本
336	2025-09-27	Single-cell analyses identify monocyte gene expression profiles that influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2025-May-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59833-9 PMID:40442100	研究论文	通过单细胞RNA测序分析急性感染期接受ART治疗的HIV-1感染者，发现单核细胞IL1B表达与HIV-1病毒库大小呈负相关	首次在单细胞水平揭示单核细胞基因表达谱（特别是IL1B）对HIV-1病毒库大小的调控作用，并发现IL1B通过激活NF-κB具有双重功能	样本量较小（14+38例），仅限男性患者，需要更大规模研究验证	研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的调控机制	急性感染期接受ART治疗的HIV-1感染者外周血细胞	单细胞基因组学	艾滋病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、完整前病毒DNA检测（IPDA®）	差异表达分析、交互作用建模	单细胞转录组数据	两个队列共52名男性患者（14例发现队列+38例验证队列）
337	2025-09-27	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	通过AI驱动的单细胞RNA测序分析揭示视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态	首次利用AI辅助工具SCassist构建比较矩阵量化Müller细胞亚群通路参与，发现活化Müller细胞通过免疫检查点分子选择性抑制Th1细胞的新机制	研究基于Aire-/-小鼠模型，结果在人类视网膜中的普适性需要进一步验证	解析视网膜炎症中Müller细胞的功能特性及其与T细胞的相互作用	Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞	生物信息学	视网膜自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SCassist(AI辅助分析工作流)	基因表达数据	NA
338	2025-09-27	Extraction of a stromal metastatic gene signature in breast cancer via spatial profiling 2025-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03353-3 PMID:40065328	研究论文	通过空间转录组学技术识别乳腺癌中与转移相关的基质基因特征	首次利用空间转录组学揭示乳腺癌转移灶的基质特异性基因特征，突破传统仅关注肿瘤细胞的研究局限	研究样本量有限，需在更大队列中验证基质Met特征的普适性	鉴定乳腺癌转移过程的分子特征标志物	乳腺癌原发灶和转移灶的基质微区域	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	代表性微区域样本（含人类乳腺癌数据集和小鼠模型验证）
339	2025-09-27	Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.08.562798 PMID:38798673	研究论文	通过单细胞分析识别耐药性乳腺癌干细胞样细胞并开发基于网络模型的组合疗法	首次结合单细胞RNA测序与药物扰动分析来识别调控耐药性CSLCs转录状态的关键主调控蛋白，并发现阿苯达唑可特异性靶向该亚群	研究样本量较小（7例患者），PDX验证仅针对三阴性乳腺癌模型	开发针对化疗耐药性乳腺癌干细胞样细胞的联合治疗策略	转移性乳腺癌患者的肿瘤细胞（特别是癌症干细胞样细胞亚群）	计算生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序、CROP-seq、患者来源异种移植（PDX）模型	网络模型	单细胞转录组数据	7例转移性乳腺癌患者样本+TNBC PDX模型
340	2025-09-27	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634303 PMID:39896604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现CD226是区分结核病中效应CD8+T细胞与功能失调T细胞的关键标志物，并证实CD226共刺激对CD8+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞至关重要	首次揭示CD226作为结核病中效应CD8+T细胞的生物标志物，并证明其共刺激作用在识别感染巨噬细胞中的关键功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究慢性结核感染过程中肺实质CD8+T细胞的多样性变化及其识别机制	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、IFNγ-eYFP报告基因系统	NA	单细胞转录组数据、流式细胞术数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠肺组织样本