本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-11-05 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2025-Nov-03, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00613-y
PMID:41184589
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了海鞘心脏咽部祖细胞在细胞周期进程中转录组成熟的动态过程及其对多谱系分化能力的影响 | 首次提出'转录组成熟'概念,发现细胞周期驱动转录组动态变化赋予祖细胞多谱系分化能力,并鉴定出关键调控基因Depdc1b | 研究基于海鞘模型,在哺乳动物系统中的普适性需要进一步验证 | 探究心脏咽部祖细胞在发育过程中如何获得多谱系分化能力 | 海鞘心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,转基因样本条形码技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 322 | 2025-11-05 |
MYEOV Is a Novel Marker of Differentiated Corneal Epithelium
2025-Nov-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.14.7
PMID:41186354
|
研究论文 | 本研究揭示了MYEOV作为角膜上皮分化特异性标志物的表达特征和调控机制 | 首次发现MYEOV在KRT12阳性角膜上皮细胞中特异性高表达,且受PAX6和KLF4调控 | 研究主要基于体外细胞实验和免疫染色,缺乏体内功能验证 | 表征MYEOV在人类眼表组织中的表达和调控机制 | 人类角膜上皮细胞、结膜上皮细胞及其他表面外胚层来源上皮 | 细胞生物学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色、基因敲低、Western blot、集落形成实验、EdU细胞增殖检测 | NA | RNA测序数据、蛋白质表达数据、细胞增殖数据 | 人类角膜组织及体外培养的角膜上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 323 | 2025-11-05 |
DISSyphilis and the Risk of HIV Infection: A Mendelian Randomization Study
2025-Nov, AIDS research and human retroviruses
IF:1.5Q4
DOI:10.1089/AID.2024.0005
PMID:39086230
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应 | 首次使用孟德尔随机化方法证实梅毒与HIV感染之间的直接因果关系,并发现RPAIN基因变异在疾病进展中的关键作用 | 研究依赖于公开数据库的基因组数据,样本特征和人群异质性可能影响结果推广 | 评估梅毒对HIV感染的因果效应及潜在分子机制 | 梅毒和HIV感染相关的基因组数据及基因表达数据 | 生物信息学 | HIV感染/梅毒 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 基因组关联分析 | 加权中位数, MR Egger, 逆方差加权 | 基因组数据, 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 从GEO数据库和基因组关联研究获取的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组关联分析 | NA | NA |
| 324 | 2025-11-05 |
BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis
2025-Nov, International forum of allergy & rhinology
IF:7.2Q1
DOI:10.1002/alr.23628
PMID:40600933
|
研究论文 | 本研究通过转录组学和功能分析揭示了BDNF在慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中作为嗜酸性粒细胞炎症关键介质的作用机制 | 首次在CRSwNP中系统阐明BDNF通过上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用驱动嗜酸性炎症的分子机制 | 样本量相对有限(23例组织样本和95例鼻腔分泌物),且为观察性研究 | 探究BDNF在CRSwNP嗜酸性炎症中的调控作用和功能机制 | 鼻腔黏膜组织、鼻腔分泌物、原代人鼻上皮细胞和嗜酸性粒细胞 | 生物医学研究 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | bulk RNA测序, ELISA, 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, Transwell实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质定量数据, 细胞功能数据 | 23例鼻腔黏膜样本和95例鼻腔分泌物样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 325 | 2025-11-05 |
Single-cell transcriptome atlas and genome-wide Mendelian randomization reveal chemokine involvement in diverse immune cells in type 2 diabetes
2025-Nov, International journal of obesity (2005)
DOI:10.1038/s41366-025-01846-x
PMID:40684027
|
研究论文 | 通过单细胞转录组图谱和全基因组孟德尔随机化分析揭示趋化因子在2型糖尿病多种免疫细胞中的参与机制 | 整合孟德尔随机化、动物模型验证和单细胞RNA测序构建2型糖尿病免疫病理中趋化因子信号传导的系统级框架 | 研究主要基于小鼠模型和外周血单核细胞,需要进一步在人类组织和更多细胞类型中验证 | 阐明趋化因子在2型糖尿病免疫失调中的因果作用和细胞特异性机制 | 2型糖尿病相关免疫细胞和趋化因子信号通路 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 孟德尔随机化 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 血清学数据 | 链脲佐菌素诱导的小鼠2型糖尿病模型的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 326 | 2025-11-05 |
Multi-omics integration reveals key miRNAs, immune inflammation, and signaling pathways in Alzheimer's disease: Implications for targeted therapy
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147874
PMID:41005404
|
研究论文 | 通过多组学整合分析揭示阿尔茨海默病中关键miRNAs、免疫炎症和信号通路的作用机制 | 整合三种组学数据集识别出AD相关关键miRNAs和信号通路,并提出免疫调节与神经再生相结合的治疗框架 | 候选miRNAs对成熟神经元标志物作用有限,需要合适的神经元环境才能诱导神经元分化 | 阐明阿尔茨海默病的分子机制并探索靶向治疗策略 | 阿尔茨海默病患者的多组学数据及神经元细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | miRNA-seq, RNA-seq, 单细胞转录组学 | NA | 测序数据 | 三种组学数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 327 | 2025-11-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals LGALS9+ epithelial and COMP+ stromal cell crosstalk driving keratoconus pathogenesis
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147969
PMID:41022233
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示圆锥角膜发病机制中LGALS9+上皮细胞与COMP+基质细胞的相互作用 | 首次识别出圆锥角膜特异性细胞亚群——LGALS9阳性角膜上皮细胞和COMP阳性角膜基质细胞,并发现它们通过LGALS9-CD44/CD45和血小板反应蛋白信号通路形成促纤维化和促炎症网络 | 样本量较小(5例患者和5例对照),需要更大规模研究验证发现 | 研究圆锥角膜的细胞景观,揭示导致疾病进展的关键病理细胞群和信号通路 | 圆锥角膜患者和健康对照者的角膜组织 | 单细胞组学 | 圆锥角膜 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 免疫荧光, 蛋白质印迹 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质数据 | 5例圆锥角膜患者和5例健康对照的角膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 328 | 2025-11-05 |
COL8A1 regulates endothelial phenotype in inflammatory endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00339.2025
PMID:41042748
|
研究论文 | 本研究探讨COL8A1在炎症性内皮-间质转化中对内皮表型的调控作用 | 首次揭示COL8A1在内皮稳定性维持中的关键作用及其在EndMT过程中的双相表达模式 | 研究主要基于体外细胞实验,需要更多体内实验验证 | 探究COL8A1在炎症性内皮-间质转化中的调控机制 | 小鼠和人类内皮细胞,特别是人主动脉内皮细胞(HAECs) | 细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序,免疫荧光分析,慢病毒过表达,siRNA抑制 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 329 | 2025-11-05 |
Intrinsic changes in cell differentiation and identity drive impaired wound healing in aged female murine skin
2025-Nov-01, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-025-10340-w
PMID:41175301
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了老年雌性小鼠皮肤中细胞内在变化如何导致伤口愈合受损 | 首次在老年雌性小鼠模型中系统分析皮肤驻留细胞在衰老过程中的内在变化及其对伤口愈合的影响 | 研究仅限于雌性小鼠模型,且仅观察了伤后3天的时间点 | 阐明衰老皮肤中细胞内在变化导致伤口愈合受损的机制 | 年轻和老年雌性小鼠的完整皮肤及伤后3天的伤口组织 | 单细胞转录组学 | 皮肤伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和老年雌性小鼠的皮肤和伤口组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 330 | 2025-11-05 |
Comprehensive single-cell analysis reveals mast cells' roles in cancer immunity
2025-Nov, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03590-y
PMID:41073552
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示肥大细胞在肿瘤微环境中的功能多样性及其对癌症免疫的影响 | 首次在15种实体瘤中系统鉴定出10种肥大细胞状态,发现具有抗原呈递功能的C7-HLA-DR簇可增强免疫治疗效果 | 研究样本量相对有限(264名患者),未涉及所有癌症类型 | 探究肥大细胞在肿瘤微环境中的功能多样性及其对免疫治疗的影响 | 15种实体瘤中的肥大细胞 | 单细胞生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 264名患者的385个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 331 | 2025-11-05 |
Vemurafenib Activates PSMB9 to Induce Ferroptosis via Free Iron Accumulation and Inhibits Melanoma Progression
2025-Nov, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70577
PMID:41183120
|
研究论文 | 本研究揭示了威罗菲尼通过激活PSMB9诱导铁死亡并抑制黑色素瘤进展的新机制 | 首次发现威罗菲尼通过靶向PSMB9调节游离铁水平诱导铁死亡的抗黑色素瘤机制 | NA | 探索威罗菲尼在黑色素瘤治疗中的作用机制 | 黑色素瘤细胞 | 生物医学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学分析,网络药理学,功能实验 | NA | 转录组数据,实验数据 | TCGA数据库数据及体外实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 332 | 2025-11-05 |
Combining Mendelian randomization and network toxicology to decipher the causal role and molecular mechanisms of environmental pollutants in breast cancer: A focus on Methyl-4-hydroxybenzoate
2025-Nov-01, Cancer epidemiology
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.canep.2025.102953
PMID:41183465
|
研究论文 | 本研究整合孟德尔随机化和网络毒理学方法,探讨环境污染物甲基对羟基苯甲酸酯在乳腺癌中的因果作用和分子机制 | 首次结合遗传学证据和网络毒理学方法,提出MEP通过非雌激素受体依赖机制促进乳腺癌发生的新假说 | 研究主要基于遗传关联和计算预测,需要后续实验验证 | 探究甲基对羟基苯甲酸酯在乳腺癌中的因果作用和分子机制 | 乳腺癌患者和甲基对羟基苯甲酸酯暴露人群 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 孟德尔随机化, 网络毒理学, 转录组分析, 单细胞RNA测序, 空间转录组, 分子对接 | NA | 遗传数据, 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 尿液MEP硫酸盐数据n=8285, FinnGen联盟乳腺癌风险数据n=182,927 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 333 | 2025-11-05 |
Molecular, metabolic, and histological subtypes of pancreatic ductal adenocarcinoma and its tumor microenvironment: Insights into tumor heterogeneity and clinical implications
2025-Nov-01, Pharmacology & therapeutics
IF:12.0Q1
DOI:10.1016/j.pharmthera.2025.108946
PMID:41183744
|
综述 | 本文系统回顾了胰腺导管腺癌的分子、代谢和组织学亚型分类方法及其临床意义 | 整合单细胞转录组学、空间转录组学和深度学习技术,揭示PDAC肿瘤异质性和亚型可塑性 | 作为综述文章,未提供原始实验数据验证 | 建立胰腺导管腺癌的多层次亚型分类体系以指导精准医疗 | 胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境 | 数字病理 | 胰腺癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 代谢组学, 深度学习 | 深度学习模型 | 转录组数据, 代谢组数据, 组织病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 334 | 2025-11-05 |
Hidden network preserved in Slide-tags data allows reference-free spatial reconstruction
2025-Oct-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65295-w
PMID:41173855
|
研究论文 | 通过重新分析Slide-tags数据发现隐藏的细胞-磁珠网络,实现无需参考的空间重建 | 发现Slide-tags数据中意外形成的空间信息细胞-磁珠网络,将其重新定义为基于网络的测序成像方法 | NA | 开发无需预索引阵列的空间组织重建方法 | Slide-tags空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 网络优化模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | Slide-tags | 基于预解码磁珠阵列的空间条形码标记技术 |
| 335 | 2025-11-05 |
The involvement of microglia and the CXCL16-CXCR6 axis in the recruitment of CD8+ T cells to an amyloidogenic mouse brain
2025-Oct-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-22137-5
PMID:41174156
|
研究论文 | 本研究探讨小胶质细胞和CXCL16-CXCR6轴在淀粉样蛋白小鼠脑中招募CD8+ T细胞的作用 | 首次揭示在APP/PS1小鼠模型中,小胶质细胞通过CXCL16-CXCR6轴参与CD8+ T细胞脑部招募的机制,并发现PLX5622敏感的小胶质细胞在此过程中并非必需 | 研究主要基于小鼠模型,未来需要体内分析进一步解析CD8+ T细胞招募机制 | 阐明阿尔茨海默病中CD8+ T细胞脑部招募的分子机制 | APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠的脑组织及细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,体外细胞实验 | NA | 基因表达数据,细胞计数数据 | 公开可用的单细胞RNA测序数据集,永生化和原代小鼠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 336 | 2025-11-05 |
Transcriptomic response analysis of rubber tree saplings to water-deficit stress at single-cell resolution
2025-Oct-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09046-z
PMID:41174182
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了橡胶树幼苗在水分胁迫下的细胞和分子响应机制 | 首次构建了橡胶树树皮在水分胁迫下的高分辨率单细胞转录组图谱,系统揭示了不同细胞类型对干旱胁迫的响应特征 | 研究仅分析了4天和7天两个时间点的胁迫响应,未涵盖更长期的适应过程 | 探究橡胶树对水分胁迫的分子适应机制,为提升其抗旱性提供理论基础 | 橡胶树幼苗的树皮组织 | 植物生物学 | 非疾病研究(植物胁迫响应) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17,994个单个细胞,来自对照、4天和7天干旱胁迫的树皮组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴式单细胞RNA测序技术 |
| 337 | 2025-11-05 |
Pan-Cancer Landscape of Magnesium Homeostasis: Bulk Omics Research and Single-Cell Sequencing Validation
2025-Oct-31, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00294-1
PMID:41174507
|
研究论文 | 本研究全面分析了33种癌症类型中镁稳态的作用,探索其在肿瘤发生、免疫调节和治疗潜力中的意义 | 首次在泛癌水平系统研究镁稳态,结合批量组学分析和单细胞测序验证,提出镁稳态评分作为预后生物标志物 | 需要进一步的临床验证来推进个性化癌症治疗 | 全面分析镁稳态在多种癌症类型中的作用机制 | 33种癌症类型的肿瘤样本和CD8+T细胞 | 生物信息学 | 多种癌症 | 批量组学分析, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据 | 33种癌症类型的多组学数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量组学分析 | NA | NA |
| 338 | 2025-11-05 |
From pixels to cell types: a comprehensive review of computational methods for spatial transcriptomics deconvolution
2025-Oct-31, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00055-2
PMID:41174717
|
综述 | 本文全面回顾了空间转录组学反卷积的二十种计算方法,分析其方法论基础和技术特点 | 首次系统对比分析二十种空间转录组反卷积算法的方法论基础、计算原理和处理范式 | NA | 为研究人员提供空间转录组反卷积计算方法的全面理解和实践指导 | 空间转录组反卷积计算方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 339 | 2025-11-05 |
An integrative analysis of transcriptome, methylome and single-cell RNA sequencing data identifies UBE2H as a marker of oxaliplatin resistance in colorectal cancer
2025-Oct-31, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03996-4
PMID:41174727
|
研究论文 | 通过整合转录组、甲基化组和单细胞RNA测序数据,识别出UBE2H作为结直肠癌奥沙利铂耐药性的生物标志物 | 首次通过多组学整合分析揭示UBE2H与奥沙利铂耐药性的关联,并发现其与免疫耗竭和增殖性未分化细胞的联系 | 研究主要基于细胞系和公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 识别结直肠癌奥沙利铂耐药性的预测生物标志物 | 结直肠癌细胞系和公共数据库中的结直肠癌样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型 | 基因表达数据, 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | TCGA数据集和五个GEO数据集中的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 340 | 2025-11-05 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2025-Oct-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12126-3
PMID:41168710
|
研究论文 | 提出一种基于条件变分自编码器的新方法sysVI,用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 采用VampPrior和循环一致性约束,解决了现有方法在整合跨系统数据集时过度去除生物信号的问题 | NA | 开发能够有效整合跨系统单细胞RNA测序数据集的计算方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |