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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2026-07-08 |
miRNA regulation in brain tissue space: the 3'UTR perspective
2026-Mar-16, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080850.125
PMID:41672779
|
综述 | 探讨微RNA在脑组织空间中的调控作用,重点关注3'非翻译区视角 | 首次系统讨论空间转录组学中同时量化miRNA及其靶标3'UTR的局限性,并提出未来研究方向 | 目前尚无方法能在空间上同时量化miRNA与3'UTR,且空间上3'UTR异构体变异研究不足 | 总结miRNA介导的基因调控在神经发育和神经元功能中的作用,并梳理空间量化miRNA和3'UTR的实验与计算方法 | 脑组织中miRNA及其靶标3'UTR在空间上的调控机制 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | NA | RNA表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 322 | 2026-07-08 |
LncRNA NEAT1 promotes immunosuppression in gastric cancer under endoplasmic reticulum stress by maintaining the M6A methylation of SEMA3A in CAFs
2026-Mar-04, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02613-w
PMID:41782001
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研究论文 | 揭示内质网应激下lncRNA NEAT1通过维持CAFs中SEMA3A的m6A甲基化促进胃癌免疫抑制的机制 | 首次阐明内质网应激条件下癌症相关成纤维细胞中lncRNA NEAT1/METTL3/SEMA3A轴在胃癌免疫抑制中的作用,并开发靶向αvβ3的阳离子脂质体递送siNEAT1联合抗PD1治疗策略 | 未提及明显局限性 | 探究内质网应激下癌症相关成纤维细胞在胃癌免疫抑制中的作用机制,并开发联合免疫治疗策略 | 胃癌组织、癌症相关成纤维细胞、外泌体、T细胞 | 计算机视觉 | 胃癌 | 质谱、转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组测序、RNA pull-down、RIP-qPCR、流式细胞术、ELISA | NA | 质谱数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 323 | 2026-07-08 |
Integrated Single-Cell analysis Reveals molecular correlation of maternal-to-zygotic transition between human and pig embryo
2026-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07904-w
PMID:41782053
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据,揭示人类和猪胚胎从母体到合子转变过程中的分子相关性 | 首次系统性比较人类和猪胚胎早期发育中母体-合子转变的分子特征,发现核心转录因子和染色质重塑相关基因在物种间的共性与差异 | 采样点有限,仅覆盖卵母细胞到桑椹胚阶段,未能涵盖后续发育阶段;且物种间比较可能受样本量差异影响 | 阐明人类和猪胚胎早期发育中母体-合子转变的分子调控机制及其物种特异性 | 人类和猪胚胎,从卵母细胞到桑椹胚的发育阶段 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | Seurat, Monocle3, SCENIC | 单细胞转录组数据 | 139个人类和猪的样本(卵母细胞到桑椹胚阶段) | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序数据使用Illumina NovaSeq平台生成 |
| 324 | 2026-07-08 |
RASIP1-positive TECs in pancreatic adenocarcinoma: a potential novel type of endothelial cells correlated with "hot" tumors
2026-Mar-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40948-y
PMID:41781479
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序与空间转录组学,鉴定胰腺癌中RASIP1阳性内皮细胞为一种新型内皮细胞亚群,其与“热”肿瘤特征相关并通过ERK信号调控免疫微环境 | 首次发现并表征胰腺癌中RASIP1阳性内皮细胞作为独特的内皮亚群,揭示其通过调节白细胞跨内皮迁移和ICAM1信号促进T细胞浸润的机制 | 研究主要基于转录组测序和体外实验,缺乏体内动物模型验证RASIP1靶向治疗的抗肿瘤效果 | 探究胰腺癌中内皮细胞在调控免疫细胞浸润和肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 胰腺导管腺癌组织样本及RASIP1阳性肿瘤内皮细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、组织病理图像 | 人类胰腺癌组织样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序结合GEPIA分析和空间转录组学 |
| 325 | 2026-07-08 |
Reshaping the colorectal cancer immune microenvironment: insights from single-cell and spatial omics
2026-Mar-04, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04245-y
PMID:41782022
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综述 | 利用单细胞和空间组学技术揭示结直肠癌免疫微环境的重塑机制 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组学数据,定义结直肠癌肿瘤微环境中的空间生态位和相互作用网络,并总结新的免疫治疗策略 | 未提及 | 综述单细胞RNA测序和空间转录组学在结直肠癌免疫微环境研究中的应用,总结细胞异质性、空间生态位和功能相互作用 | 结直肠癌肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞和细胞外基质 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 326 | 2026-07-08 |
Protective role of early Tnfsf15 upregulation in limiting glomerular injury and proteinuria in experimental Alport Syndrome
2026-Mar, Journal of pharmacological sciences
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.jphs.2026.01.005
PMID:41672640
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示Tnfsf15在Alport综合征早期上调对肾小球损伤和蛋白尿的保护作用 | 首次在Alport综合征小鼠模型中利用单细胞RNA测序鉴定出Tnfsf15在疾病早期(蛋白尿和结构异常出现前)即上调,并通过基因敲除实验证实其具有保护作用 | 未提及,但可能限于动物模型研究,结论是否适用于人类尚需验证 | 探究Alport综合征早期肾小球内的分子变化及Tnfsf15的功能 | Col4a5 G5X Alport小鼠模型 | 单细胞转录组学 | Alport综合征(肾脏疾病) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 两个时间点(5周龄和8周龄)的小鼠肾小球样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序 |
| 327 | 2026-07-08 |
SpaJoint: a transfer learning method for spatial transcriptomics deconvolution
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag158
PMID:41955028
|
研究论文 | 提出了一种基于迁移学习的空间转录组学解卷积方法SpaJoint,有效整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,实现细胞类型空间分布的高精度预测 | 首次将迁移学习应用于空间转录组解卷积,通过考虑不同空间位置间的空间相关性,实现了出色的细胞类型组成预测和空间区域识别性能 | NA | 开发一种高效、稳健的空间转录组解卷积方法,以解析组织内不同细胞类型的空间分布 | 空间转录组和单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | 迁移学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 328 | 2026-07-08 |
Predictive modeling of molecular activity underlying physical cell-cell interactions
2026-Feb-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101301
PMID:41672069
|
研究论文 | 提出了一种名为Gloss的预测建模框架,系统性地将基因和通路活性与LIPSTIC测量的细胞间直接物理相互作用强度联系起来 | 首次将组套索回归应用于单细胞RNA测序数据,构建预测模型以关联分子活性与细胞间物理相互作用强度,优于传统相关分析和标准回归方法 | 未明确讨论方法局限性 | 开发一种计算框架,利用LIPSTIC和scRNA-seq联合数据,系统性地识别驱动细胞间直接物理相互作用的基因和通路 | 小鼠肿瘤中抗Ctla4免疫治疗期间的髓系-T细胞相互作用,以及病毒感染过程中不同T细胞亚群间的相互作用 | 机器学习 | 肿瘤, 病毒感染 | LIPSTIC, 单细胞RNA测序 | 组套索回归 | 基因表达数据(单细胞转录组) | 多个数据集和基准测试,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 329 | 2026-07-08 |
RMzyme: regulations of RNA-modifying enzymes in humans
2026-Feb-12, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02568-2
PMID:41672979
|
研究论文 | 通过378个多组学数据集对人类RNA修饰酶进行大规模特征描述,揭示其在细胞功能与疾病中的调控机制 | 首次整合基因组学、单细胞转录组学、表观转录组学等多维度数据,系统解析RNA修饰蛋白的细胞类型特异性调控网络,并开发RMzyme综合平台 | 未明确说明局限性 | 系统阐明人类RNA修饰酶的调控机制及其在疾病中的功能 | RNA修饰蛋白及其在63种人类组织中的多组学数据 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 多组学整合分析、单细胞转录组学、表观转录组学 | 非负矩阵分解 | 基因组、转录组、单细胞转录组、表观转录组、蛋白质组、翻译后修饰数据 | 378个多组学数据集,涵盖63种人类组织 | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 330 | 2026-07-08 |
A dual-action nanoparticle approach for spinal cord injury treatment: ferroptosis inhibition, inflammation control, and Myelin preservation
2026-Feb-12, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04114-w
PMID:41673859
|
研究论文 | 提出了一种双作用纳米颗粒策略,通过抑制铁死亡、控制炎症和维持髓鞘来治疗脊髓损伤 | 首次使用新型黄精果聚糖包被硒纳米颗粒,并基于单细胞RNA测序确定的硒补充治疗时间窗设计药物释放曲线 | 未提及 | 开发一种无药物、生物相容性的纳米治疗策略,通过补充硒来减轻脊髓损伤后的继发性损伤并促进神经功能恢复 | 脊髓损伤后的神经元、少突胶质细胞和小胶质细胞 | 机器学习 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 331 | 2026-07-08 |
PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns
2026-Feb-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03994-3
PMID:41673899
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研究论文 | 提出PreTSA方法,用于高效建模大规模单细胞和空间转录组学数据中的时间和空间基因表达模式 | PreTSA在保持与现有最优方法结果一致的同时,显著降低了计算时间,为超大数据集中的基因表达模式研究提供了独特解决方案 | 未提及具体局限性 | 开发一种计算高效的方法来建模单细胞和空间转录组学数据中的时间和空间基因表达模式 | 大规模单细胞和空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 包含数百万个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 332 | 2026-07-08 |
KLHDC4 serves as a novel prognostic biomarker and drives tumor progression via PI3K/AKT signaling in clear cell renal cell carcinoma
2026-Feb-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-39061-x
PMID:41673210
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研究论文 | 整合多组学数据(转录组、蛋白质组和单细胞RNA测序)系统评估KLHDC4在肾透明细胞癌中的临床意义和功能角色 | 首次发现KLHDC4在ccRCC中可作为独立的预后生物标志物,并通过PI3K/AKT信号通路驱动肿瘤进展,同时通过分子对接鉴定来迪派韦为潜在抑制剂 | 该研究主要基于公开数据库和体外实验,临床样本验证和体内机制探索仍有待进一步开展 | 阐明KLHDC4在肾透明细胞癌中的预后价值及调控机制 | 多种癌症类型,重点为肾透明细胞癌 | 机器学习 | 肾癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | 多组学数据集,具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 333 | 2026-07-08 |
Single-cell RNA-Seq reveals transcriptional heterogeneity in sepsis and down-regulation of SNHG5/miR-324-5p/CDK16 axis in T cells
2026-Feb-11, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-026-10136-9
PMID:41673232
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示脓毒症中T细胞的转录异质性,并发现SNHG5/miR-324-5p/CDK16轴在T细胞中下调 | 首次在单细胞水平系统描绘脓毒症患者外周血单个核细胞的转录图谱,并发现SNHG5/miR-324-5p/CDK16轴在炎症性T细胞凋亡中的关键作用 | 样本量较小(仅3例患者和3例健康对照),未说明该轴在临床样本中作为治疗靶点的验证 | 探索脓毒症导致T淋巴细胞减少的分子机制 | 脓毒症患者和健康志愿者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例脓毒症患者和3例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 334 | 2026-07-08 |
Single-cell transcriptomics reveal mechanisms of skeletal muscle differentiation across duck embryonic development
2026-Feb-11, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09665-0
PMID:41673320
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示鸭胚胎发育过程中骨骼肌分化的机制 | 首次发现慢肌纤维可通过LEF1+(I)亚型转分化为快肌纤维,并证明该纤维类型转换程序在脊椎动物中具有系统发育保守性 | 未明确指出 | 探究鸭胚胎发育过程中肌源性祖细胞到肌纤维的分化轨迹及纤维类型多样性的调控机制 | 鸭胚胎骨骼肌 | 机器学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 鸭胚胎发育多个时间点的骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 335 | 2026-07-08 |
M5C-driven stabilization of SERPINB5 promotes cervical cancer progression and chemotherapy resistance
2026-Feb-11, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08453-2
PMID:41673397
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研究论文 | 该论文首次构建了宫颈癌中RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰的碱基分辨率转录组图谱,揭示了m5C驱动的SERPINB5稳定性增强促进宫颈癌进展和化疗耐药的新机制 | 首次在宫颈癌中生成碱基分辨率的m5C转录组图谱,结合空间转录组学和单细胞RNA测序发现SERPINB5作为m5C调控的新型致癌效应因子,并阐明m5C-SERPINB5轴驱动恶性肿瘤和化疗耐药的分子机制 | 未明确提及,但可能包括动物模型和临床样本验证的局限性,以及机制解析的深度限制 | 探究RNA m5C修饰在宫颈癌中的功能机制及其与化疗耐药的相关性 | 宫颈癌肿瘤组织及细胞系 | 数字病理学 | 宫颈癌 | RNA甲基化测序、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据(RNA甲基化、空间转录组、单细胞RNA测序) | NA(未明确样本数量,但包含宫颈癌肿瘤及正常对照样本) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 336 | 2026-07-08 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals immunological mechanisms by which recombinant Echinococcus granulosus P29 protein alleviates airway inflammation in mice with allergic asthma
2026-Feb-11, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-026-07256-w
PMID:41673792
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研究论文 | 利用单细胞转录组测序揭示重组细粒棘球蚴P29蛋白缓解过敏性哮喘小鼠气道炎症的免疫机制 | 首次利用单细胞转录组测序从细胞亚群水平阐明重组Eg.P29蛋白通过调节多种T细胞亚群(如Th1、Th2、Th17和Treg)来缓解过敏性哮喘小鼠气道炎症的免疫机制 | 未明确说明,但可能包括样本量有限(仅小鼠模型)及未在人体实验中验证 | 研究重组Eg.P29蛋白如何缓解过敏性哮喘小鼠的气道炎症,并解析其潜在的免疫机制 | 过敏性哮喘小鼠模型及肺部组织中的免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 过敏性哮喘 | 单细胞转录组测序、流式细胞术、酶联免疫吸附试验、细胞因子微球阵列、细胞通讯分析 | NA | 基因表达数据(单细胞)、血清因子检测数据 | 小鼠肺部组织样本(具体数量未提供) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 337 | 2026-07-08 |
TCF21-WNT5A axis drives metastasis of colorectal cancer via stromal-tumor cell communication
2026-Feb-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07835-6
PMID:41673874
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研究论文 | 利用单细胞和批量RNA-seq数据揭示TCF21-WNT5A轴通过基质-肿瘤细胞通讯驱动结直肠癌转移 | 首次整合单细胞和批量RNA-seq数据鉴定出与结直肠癌肝转移相关的12个关键基因,并阐明TCF21-WNT5A轴在基质-肿瘤细胞通讯中的作用机制 | 未提及具体限制,但可能缺少体内实验验证和临床样本的更大规模分析 | 探究结直肠癌肝转移的分子机制,识别关键基因和信号通路 | 结直肠癌组织样本(正常、原发肿瘤、转移灶)和HCT116细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq | 机器学习 | 基因表达数据 | GEO数据库中的单细胞和批量RNA-seq数据集,以及临床样本和HCT116细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 338 | 2026-07-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular and Molecular Differences Between Myxofibrosarcoma and Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma
2026-02-10, Medical sciences (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/medsci14010077
PMID:41718124
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤之间的细胞和分子差异 | 首次在单细胞水平系统比较黏液纤维肉瘤与未分化多形性肉瘤的肿瘤细胞簇及细胞间配体-受体相互作用差异,为两种亚型鉴别诊断提供新视角 | 研究样本量较小,且结论需进一步验证 | 阐明黏液纤维肉瘤与未分化多形性肉瘤之间的细胞和转录组差异,以改善其鉴别诊断 | 黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5例黏液纤维肉瘤和5例未分化多形性肉瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 339 | 2026-07-08 |
Environmental flame retardant EHDPP stabilizes EGFR to accelerate lung cancer progression: Integrated network toxicology, bioinformatics, and in vitro evidence
2026-Feb, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.119854
PMID:41671956
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研究论文 | 本研究整合网络毒理学、分子对接、肿瘤生物信息学分析和体外细胞模型,系统研究了有机磷阻燃剂EHDPP通过稳定EGFR蛋白加速肺癌进展的分子机制 | 首次从相互作用水平阐明EHDPP促癌效应的分子机制,揭示了EHDPP通过结合EGFR抑制其泛素化降解、稳定EGFR蛋白并部分激活下游PI3K-AKT信号通路促进肺癌细胞增殖和迁移的新机制 | NA | 阐明环境阻燃剂EHDPP通过稳定EGFR加速肺癌进展的分子机制 | EHDPP诱导的肺癌细胞和小鼠模型 | 网络毒理学 | 肺癌 | 分子对接、单细胞RNA测序、网络毒理学 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 340 | 2026-07-08 |
Identification and validation of platelet activation-related signatures in ulcerative colitis: a study based on machine learning and single-cell transcriptomic analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1855177
PMID:42404897
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研究论文 | 基于机器学习与单细胞转录组分析鉴定溃疡性结肠炎中血小板活化相关分子特征并验证 | 首次整合多算法(LASSO、SVM-RFE、随机森林)与单细胞转录组解析溃疡性结肠炎中血小板活化相关基因(SPARC、TIMP1、SERPINA1),发现其主要在肠成纤维细胞中表达且与致病性免疫细胞浸润相关 | 缺乏大规模临床队列验证且未深入探究血小板活化基因调控溃疡性结肠炎免疫基质紊乱的具体分子机制 | 鉴定溃疡性结肠炎中血小板活化关键基因并解析其与免疫基质紊乱的转录关联 | 溃疡性结肠炎患者转录组数据及DSS诱导结肠炎小鼠模型 | 机器学习, 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR | LASSO, SVM-RFE, 随机森林, WGCNA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | GSE87466数据集(训练集)、GSE47908、GSE38713、GSE36807(验证集)及DSS诱导结肠炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |