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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2026-07-02 |
Lactate-Driven Restriction of Mitochondrial Permeability Transition Promotes Resistance to Chemo-Immunotherapy by Suppressing Tumor PANoptosis
2026-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76321
PMID:42378634
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学和定量乳酸化组学分析,揭示了乳酸驱动的线粒体通透性转换限制通过抑制肿瘤PANoptosis促进化疗免疫治疗抵抗的机制 | 首次发现乳酸通过KAT8介导的ANT2乳酸化修饰调控线粒体通透性转换孔开放,连接瓦博格效应与线粒体稳态,并提出靶向KAT8-ANT2界面的细胞穿透肽作为克服化疗免疫治疗耐药的新策略 | 主要基于三阴性乳腺癌模型,其他肿瘤类型是否适用尚待验证;临床转化中细胞穿透肽的稳定性和递送效率需进一步优化 | 揭示肿瘤乳酸代谢驱动化疗免疫治疗抵抗的分子机制,并开发新的治疗靶点 | 三阴性乳腺癌细胞和肿瘤组织 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞转录组学、定量乳酸化组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质乳酸化修饰数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 322 | 2026-07-02 |
Diversity and Feature Selectivity of Primate Retinal Ganglion Cells
2026-Jun-30, Annual review of vision science
IF:5.0Q1
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综述 | 综述灵长类视网膜中宽场神经节细胞的多样性和特征选择性 | 整合单细胞测序等新方法,揭示宽场RGC的转录组特征及其与形态和功能的关联 | NA | 梳理灵长类视网膜宽场神经节细胞多样性的现有知识,并强调编码复杂视觉特征(如方向选择性)的细胞新见解 | 灵长类视网膜宽场神经节细胞 | 计算神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 323 | 2026-07-02 |
Spatial transcriptomics identifies a suppressive, T-cell excluded tumor microenvironment in extramedullary myeloma
2026-Jun-30, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2026020500
PMID:42379250
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研究论文 | 空间转录组学技术揭示了髓外骨髓瘤中免疫抑制性、T细胞排除的肿瘤微环境特征 | 首次通过空间转录组学对髓外病变的肿瘤微环境进行空间组织分析,鉴定了三种复发性微环境生态位(免疫排除、免疫抑制和免疫允许),并揭示了肿瘤细胞与微环境之间复杂的双向信号网络 | 样本量有限,缺乏功能验证实验,未能直接证明免疫排除机制与临床预后的因果关系 | 阐明髓外骨髓瘤的肿瘤微环境空间组织特征及其与疾病进展的关系 | 多发性骨髓瘤患者的髓外病变组织活检样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 空间转录组学 | 细胞间相互作用模型 | 组织切片空间转录组数据 | 多个髓外病变活检样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台用于肿瘤活检组织的基因表达空间分析 |
| 324 | 2026-07-02 |
Transcriptomic-based molecular classification of ampullary adenocarcinoma
2026-Jun-30, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218701
PMID:42379261
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研究论文 | 通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,对壶腹腺癌进行基于转录组的分子分型,并揭示其异质性与预后关系 | 首次提出壶腹腺癌的转录组分子分型系统(AMS),鉴定出MUC16作为间充质亚型的关键生物标志物,并通过实验验证MUC16敲除可逆转上皮间质转化并恢复化疗敏感性 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限或需要外部验证队列 | 建立壶腹腺癌的基于转录组的分子分型,以改善预后预测和个性化治疗策略 | 壶腹腺癌患者的肿瘤组织样本及细胞系 | 自然语言处理 | 壶腹腺癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 临床病理数据 | 未明确提及 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 325 | 2026-07-02 |
Single-cell analysis of HIV expression and integration sites reveals robust viral expression across diverse chromatin environments
2026-Jun-30, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.00670-26
PMID:42379818
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研究论文 | 通过单细胞分析HIV表达与整合位点,揭示病毒在不同染色质环境中的稳健表达 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq在同个细胞中测量整合位点与病毒表达,发现HIV表达不受整合位点基因组特征影响,并观察到HIV频繁引起整合位点基因的插入激活 | 未提及具体局限性 | 研究HIV整合位点对病毒表达和潜伏期的影响 | HIV感染的初级CD4 T细胞 | 数字病理学 | 艾滋病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞ATAC-seq数据 | 117,610个HIV感染的初级CD4 T细胞(其中1,530个细胞用于整合位点分析) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 326 | 2026-07-02 |
α-ketoglutarate accumulation orchestrates immunosuppressive metabolic remodeling to drive cetuximab resistance in metastatic colorectal cancer
2026-Jun-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-09001-8
PMID:42380087
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研究论文 | 该研究揭示了α-酮戊二酸积累通过免疫抑制性代谢重塑驱动转移性结直肠癌西妥昔单抗耐药的机制 | 首次发现EGFR/GDH1/αKG/ALKBH5轴作为西妥昔单抗反应的关键调节因子,并提出血液αKG监测可识别受益于GDH1抑制的耐药患者 | 未明确提及 | 阐明西妥昔单抗耐药机制并确定EGFR的合成致死搭档 | 转移性结直肠癌中的西妥昔单抗耐药肿瘤细胞及其肿瘤免疫微环境 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 327 | 2026-07-02 |
Spatial transcriptomics in cancer research: insights into tumorigenesis, diagnosis and therapeutics
2026-Jun-30, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-03092-0
PMID:42380096
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综述 | 探讨空间转录组学在癌症研究中的应用,涵盖肿瘤发生、诊断和治疗方面的见解 | 系统总结了空间转录组学在解析肿瘤微环境、免疫细胞浸润及恶性转化机制中的创新应用,并强调了其在癌症亚型诊断、风险分层和个性化治疗中的变革性作用 | 未明确提及具体局限性,但可能包括技术成本高、数据复杂性及临床应用转化挑战 | 阐述空间转录组学如何推动癌症研究,从肿瘤发生机制到精准诊断和治疗的发展 | 癌症组织样本,包括肿瘤区域、基质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 转录本表达和空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 328 | 2026-07-02 |
PCGF1-mediated bivalent promoter remodeling enables NK cell immune evasion in non-small cell lung cancer
2026-Jun-30, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-09003-6
PMID:42380149
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research paper | 揭示PCGF1通过双价启动子重塑促进非小细胞肺癌细胞逃逸自然杀伤细胞免疫的机制 | 发现PCGF1在非小细胞肺癌中通过增强抑制性组蛋白修饰(H2AK119ub和H3K27me3)并减少活性组蛋白修饰(H3K4me3)沉积,破坏双价启动子平衡,沉默细胞因子-细胞因子受体通路,从而抑制NK细胞效应功能 | 未提及明显限制,但可能包括对体内模型验证不足或机制在其他癌症中的通用性需进一步研究 | 探究PCGF1在非小细胞肺癌免疫逃逸中的作用及其表观遗传机制 | 非小细胞肺癌细胞系及自然杀伤细胞 | machine learning | lung cancer | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA队列的分析及体外细胞实验 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 329 | 2026-07-02 |
Metabolic Heterogeneity Across Heart Failure Subtypes Defined by Integrative Multi-Omics Analysis
2026-Jun-30, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-026-10803-6
PMID:42380371
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研究论文 | 通过整合多组学分析揭示不同心力衰竭亚型间的代谢异质性 | 首次整合代谢组学、遗传学和单细胞转录组学,系统鉴定不同心力衰竭亚型的代谢特征,并发现OGDHL作为心脏代谢重塑的潜在调控因子 | 未提及具体局限性 | 阐明不同心力衰竭亚型的代谢特征及其潜在机制 | 心力衰竭患者及实验性心力衰竭模型 | 机器学 | 心血管疾病 | 代谢组学、孟德尔随机化、单细胞转录组测序 | NA | 代谢物数据、遗传数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 330 | 2026-07-02 |
IL-17-driven tumor cell-intrinsic inflammatory programming creates an immunotherapy-permissive microenvironment
2026-Jun-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02726-2
PMID:42380903
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研究论文 | 本研究揭示了IL-17驱动的肿瘤细胞内在炎症程序如何重塑卵巢透明细胞癌的免疫微环境,从而增强免疫检查点抑制剂的疗效 | 首次阐明IL-17通过激活NF-κB信号通路在OCCC肿瘤细胞中诱导炎症程序,将免疫冷肿瘤转变为热肿瘤,并以此作为免疫检查点敏感性的预测生物标志物 | 研究主要基于OCCC亚型,其他卵巢癌亚型的IL-17反应性及免疫疗法敏感性尚需验证;小鼠模型与人体免疫微环境可能存在差异 | 探究IL-17驱动的肿瘤细胞内在炎症程序在卵巢透明细胞癌免疫微环境重塑及免疫检查点抑制剂响应中的作用机制 | 人类卵巢透明细胞癌组织样本、免疫健全的同基因OCCC小鼠模型 | 数字病理学 | 卵巢透明细胞癌 | 免疫组化、转录组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本(转录组数据)、单细胞转录组数据 | 人类OCCC转录组数据(n=180)及小鼠模型中的肿瘤浸润T细胞单细胞测序样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析肿瘤浸润T细胞 |
| 331 | 2026-07-02 |
Machine learning reveals X chromosome transcriptional signatures that classify systemic lupus erythematosus in females
2026-Jun-30, BMC rheumatology
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41927-026-00669-1
PMID:42381053
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研究论文 | 利用机器学习分析单细胞RNA测序数据,发现X染色体转录特征可用于分类女性系统性红斑狼疮患者 | 首次通过机器学习方法从x染色体基因表达中识别出系统性红斑狼疮的女性特异性转录信号,并发现XCI逃逸基因在分类中起关键作用 | 未提及具体局限性 | 探究X染色体基因表达是否可用细胞类型特异的方式分类女性系统性红斑狼疮 | 228名女性供体的外周血单核细胞(包括CD4+和CD8+ T细胞) | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 集成分类器 (Ensemble of classifiers) | 单细胞转录组数据 | 110万个细胞来自228名女性供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 332 | 2026-07-02 |
Single-cell-marker-based subtyping and multi-level analyses uncover the prognostic effects, dysregulations and therapeutic indicative potential of an eight-gene signature in lung adenocarcinoma
2026-Jun-30, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04403-2
PMID:42381064
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研究论文 | 基于单细胞标志基因的亚型分类和多层次分析,揭示肺腺癌中八基因标志的预后效应、失调和治疗指示潜力 | 利用单细胞转录组分析结合多组学和多层次分析,识别出基于单细胞标志基因的LUAD亚型和八基因预后标志,并验证其在mRNA和蛋白水平的失调及药物敏感性关联 | 未提及具体局限性 | 开发可靠的肺腺癌预后和治疗标志物 | 肺腺癌患者样本、单细胞数据、TCGA-LUAD数据集、LUAD细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞转录组分析, RT-qPCR, 蛋白质组学, 免疫组织化学 | 非负矩阵分解、LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、蛋白质组学数据 | TCGA-LUAD数据集(样本数未明确)、外部验证数据集、LUAD细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 333 | 2026-07-02 |
Exploring LTB-mediated T cell differentiation as a prognostic marker in triple-negative breast cancer
2026-Jun-30, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-026-02332-6
PMID:42381077
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research paper | 通过转录组和单细胞数据分析,探索LTB介导的T细胞分化作为三阴性乳腺癌预后标志物 | 首次利用无监督聚类识别三阴性乳腺癌的两种免疫浸润表型,并构建基于五个关键基因的预后模型,揭示了LTB通过调节T细胞分化增强免疫浸润的作用机制 | 未明确说明,但基于内容可能是缺乏大规模临床验证或功能实验的深入机制验证 | 研究三阴性乳腺癌的免疫浸润表型分类及其预后价值,并探索关键调控基因LTB在免疫调节中的作用 | 三阴性乳腺癌肿瘤组织及免疫浸润T细胞 | digital pathology | breast cancer | RNA-seq, 单细胞测序 | CNN | 转录组数据, 单细胞数据 | GEO和METABRIC数据库样本,具体数量未详述 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 334 | 2026-07-02 |
Exposure to Ketamine and 2-Fluorodeschloroketamine Impairs Mitochondrial Oxidative Phosphorylation in Human Cerebral Organoids: Implications for Neurodevelopmental Toxicity
2026-Jun-30, Current neuropharmacology
IF:4.8Q1
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研究论文 | 使用人类大脑类器官模型,通过单细胞转录组学分析氯胺酮和2-氟去氯氯胺酮对线粒体氧化磷酸化的影响,揭示其神经发育毒性机制 | 首次利用人类大脑类器官结合单细胞转录组学揭示氯胺酮及其类似物对特定细胞类型的线粒体氧化磷酸化干扰机制 | 尚需进一步验证30 μM浓度在体内暴露水平的相关性,且未完全阐明所有细胞类型特异性的分子机制 | 探究氯胺酮和2-氟去氯氯胺酮对胎儿脑发育的神经毒性分子机制 | 人类大脑类器官和胎鼠原代皮层神经元 | 数字病理学 | 神经发育疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 83,436个细胞(来自对照组和处理组类器官) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 335 | 2026-07-02 |
Integrative Analysis Reveals BPTF, COL1A1, and COL4A2 as Fibroblast-Related Biomarkers Associated with Immune Infiltration in Ovarian Cancer
2026-Jun-30, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 通过整合分析与卵巢癌进展相关的成纤维细胞生物标志物及其与免疫浸润的关系 | 利用单细胞RNA-seq和批量转录组数据,结合hdWGCNA和LASSO方法,首次识别出BPTF、COL1A1和COL4A2作为卵巢癌成纤维细胞相关关键基因,并揭示了它们在肿瘤免疫微环境中的作用 | 这些基因的预后价值及与免疫治疗反应的相关性需要在独立生存队列和治疗反应数据集中进一步验证 | 识别与卵巢癌进展和免疫浸润相关的成纤维细胞生物标志物 | 卵巢癌样本中的细胞亚群及成纤维细胞相关基因 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq | LASSO | 基因表达数据 | GSE184880和GSE66957数据集中的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 336 | 2026-07-02 |
GLASS-seq: a gel-anchored, ligation-assisted, scalable biosensing platform for low-cost regional spatial transcriptomics
2026-Jun-29, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.118973
PMID:42379044
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研究论文 | GLASS-seq是一种基于凝胶锚定、连接辅助的可扩展生物传感平台,用于低成本区域空间转录组学分析 | 通过将原位连接与水凝胶锚定相结合,构建了一种分子生物传感器,无需特殊仪器即可将RNA识别转换为数字测序读数 | 分辨率限制在约100μm,且依赖于预定义的低丰度靶标检测 | 开发一种低成本、可扩展的空间转录组学平台,用于分析组织切片中的区域RNA表达 | 小鼠组织(脑、心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏) | 数字病理学 | NA | 空间转录组学测序、原位连接、PCR扩增 | NA | 测序数据 | 小鼠脑组织731个基因面板,212个网格采样区域,每片成本约512美元 | NA | 空间转录组学 | NA | 基于凝胶锚定和连接辅助的测序平台 |
| 337 | 2026-07-02 |
scVIP: personalized modeling of single-cell transcriptomes for developmental and disease phenotypes
2026-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.717759
PMID:42079230
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研究论文 | 提出scVIP,一个将基因表达、细胞类型组成和表型测量整合到单一概率模型中的生成模型,用于个性化建模单细胞转录组以预测发育和疾病表型 | 采用细胞类型感知的多实例学习架构,学习供体嵌入以捕捉进程,同时将表型相关信号定位到特定细胞群体,从而在单细胞和个体表型之间建立可解释的桥梁 | 未提及,但可能包括模型对数据质量的依赖性和计算复杂度 | 开发一个能够精确预测个体表型并推断发展轨迹的生成模型,连接单细胞分子状态与个体水平表型 | 单细胞转录组数据及其对应的个体表型(如发育年龄、疾病进展) | 机器学习 | 亨廷顿病、阿尔茨海默病、类风湿关节炎 | RNA-seq | 生成模型 | 文本 | 在四项应用中使用多个数据集,包括皮质发育、亨廷顿病、阿尔茨海默病和类风湿关节炎数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 338 | 2026-07-02 |
IntegrateRigor: annotation-free integration optimization for cell identity recovery reveals cancer-immune interface niches
2026-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725078
PMID:42182279
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研究论文 | 提出IntegrateRigor框架,无需注释即可优化单细胞与空间转录组数据整合,恢复细胞身份并揭示癌症-免疫界面微环境 | 首次提出数据驱动、无注释、方法无关的积分优化框架,通过基因稳定性评分与整合平衡指标自动选择基因与超参数,无需先验细胞身份注释 | 该方法依赖于批次间稳定性基因的选择,可能忽略某些批次特异性但有生物学意义的基因;对高度复杂或小样本数据集的表现需进一步验证 | 解决单细胞和空间转录组数据整合中过度整合与欠整合问题,实现可靠的细胞身份恢复 | 结直肠癌的单细胞与空间转录组数据集,以及涵盖多种批次间变异来源的多个公开数据集 | 机器学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录数据 | 结直肠癌数据集及多个公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 339 | 2026-07-02 |
Spatial transcriptomics maps distinct signatures of human intermuscular adipose expansion in mice
2026-Jun-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.04.16.26351017
PMID:42064925
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研究论文 | 利用空间转录组学绘制小鼠人类肌间脂肪组织扩张的不同特征 | 首次通过空间转录组学揭示肌间脂肪组织的细胞空间组织和调控机制,鉴定EBF2为关键脂肪生成转录因子,并证明谱系可塑性是驱动代谢疾病中脂肪扩张的核心机制 | 未提及的局限性包括样本量有限、跨物种比较的潜在偏差以及功能验证仅在体外进行 | 研究肌间脂肪组织的细胞组织、调控机制及其与心脏代谢疾病的关联 | 人类肌间脂肪组织和患有心脏代谢疾病的小鼠肌间脂肪组织 | 计算机视觉 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 批量转录组学 | NA | 图像, 文本 | 人类和小鼠肌间脂肪组织样本(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 340 | 2026-07-02 |
Spatial transcriptomics uncovers the hybrid molecular identity, ciliated phenotype, and immune signature of adenomyosis lesions
2026-Jun-26, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aea6379
PMID:42341108
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研究论文 | 通过空间转录组学分析,揭示了腺肌症病变的混合分子身份、纤毛表型和免疫特征 | 首次通过空间转录组学对全层人类子宫壁活检进行深度分析,揭示腺肌症病变具有介于子宫内膜和肌层之间的独特转录组谱,并发现其增强的上皮纤毛化特征和候选化合物逆转潜力 | 样本量有限(n=10),且研究基于单一组织类型,可能无法完全代表不同疾病阶段或亚型的异质性 | 阐明腺肌症病变的分子身份和发病机制,为开发靶向、疾病修饰疗法奠定基础 | 全层人类子宫壁活检样本(n=10)中的腺肌症病变区域及其匹配的子宫内膜和肌层组织 | 数字病理学 | 妇科疾病(腺肌症) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 10个全层人类子宫壁活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |