单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-22	Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis 2025-May-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59648-8 PMID:40383833	研究论文	使用单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织，构建显微镜下结肠炎的细胞和分子模型	揭示了显微镜下结肠炎中CD8 T细胞的显著扩张及其高度细胞毒性和炎症表型的转变，以及CD4 T调节细胞的扩张	研究仅限于结肠黏膜组织，未涉及其他可能相关的组织或细胞类型	探究显微镜下结肠炎的细胞和分子机制	结肠黏膜组织	单细胞转录组学	显微镜下结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
322	2025-05-22	ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02163-z PMID:40383849	研究论文	本研究探讨了ZC3H12D基因在肺腺癌进展和肿瘤微环境调节中的多面作用	揭示了ZC3H12D在免疫细胞和恶性细胞中的空间双重作用，挑战了传统生物标志物的范式	研究主要基于体外实验和计算生物学分析，需要进一步的体内实验验证	探索ZC3H12D在肺腺癌中的生物学功能和临床意义	肺腺癌组织和细胞	精准肿瘤学	肺腺癌	多组学分析、单细胞RNA-seq、免疫组化、计算生物学方法	NA	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据	511个肿瘤样本和59个正常样本（转录组），74个肿瘤样本和69个正常样本（蛋白质组），15个肿瘤样本和11个正常样本（单细胞RNA-seq），51对匹配样本（免疫组化）
323	2025-05-22	Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis 2025-May-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02660-7 PMID:40383861	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精消费与食管癌风险之间的遗传和分子机制，并发现DLEU2作为关键的免疫调节因子	首次通过孟德尔随机化分析确认酒精消费与食管癌之间的因果关系，并发现DLEU2作为长链非编码RNA在肿瘤免疫微环境和癌症进展中的关键作用	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索酒精消费导致食管癌的遗传和分子机制	食管癌患者样本和相关的基因表达数据	癌症基因组学	食管癌	孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个患者来源的样本（具体数量未说明）
324	2025-05-22	Metabolism-associated marker gene-based predictive model for prognosis, targeted therapy, and immune landscape in ovarian cancer: an integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing with spatial transcriptomics 2025-May-17, BMC women's health DOI:10.1186/s12905-025-03750-y PMID:40382612	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个基于代谢相关标记基因的预后模型，用于卵巢癌的预后预测、靶向治疗和免疫景观分析	首次结合四种代谢途径（糖酵解代谢、脂质代谢、胆碱代谢和鞘脂代谢）构建卵巢癌预后模型，并预测了潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，部分实验验证仍需进一步扩大样本量	开发有效的卵巢癌预后生物标志物并探索新的治疗靶点	卵巢癌患者样本和癌细胞系	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNAseq, 空间转录组学, RT-qPCR, CCK-8, Transwell实验	代谢相关基因预后模型	RNA测序数据, 空间转录组数据, 实验数据	TCGA-OV样本及实验验证样本（数量未明确说明）
325	2025-05-22	Evaluation of tumour pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumours to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study 2025-May-16, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002511 PMID:40395025	研究论文	本研究通过基于计算机断层扫描的放射组学评估胰腺神经内分泌肿瘤的假包膜状态，以预测预后并指导手术策略	结合放射组学和机器学习术前识别假包膜状态，为小肿瘤患者提供更精准的手术策略	研究样本仅来自单一医疗机构，可能存在选择偏倚	评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态对手术策略选择和预后预测的价值	胰腺神经内分泌肿瘤患者	数字病理	胰腺神经内分泌肿瘤	scRNA-seq, 放射组学分析	机器学习模型	影像数据, 临床数据	578例接受首次胰腺切除术的患者（最终纳入475例）
326	2025-05-22	Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting 2025-May-15, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011 PMID:40378829	review	本文总结了真核细胞中RNA聚合酶II（RNAPII）爆发性转录的调控策略，重点关注RNAPII的重新启动机制	提出了RNAPII重新启动和爆发性转录作为基因调控的常见现象，并探讨了其分子机制和争议	未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究的总结	探讨RNAPII转录调控的分子机制及其在健康和疾病中的意义	RNA聚合酶II（RNAPII）及其转录调控机制	分子生物学	NA	活细胞成像、单细胞转录组学	NA	NA	NA
327	2025-05-22	IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867 PMID:40381971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现IGFBP7作为特发性肺纤维化(IPF)的新型生物标志物，并与TGF-β1形成正反馈循环	首次鉴定IGFBP7作为IPF的新型生物标志物，并揭示其与TGF-β1的正反馈循环机制	研究主要基于公共数据集和体外模型，需要进一步临床验证	寻找IPF的诊断和治疗新靶点	特发性肺纤维化(IPF)患者样本和细胞模型	生物医学研究	肺纤维化	scRNA-seq, 批量RNA测序, 双免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	公共数据集中的IPF样本和体外细胞模型
328	2025-05-22	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-May-15, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	本研究探讨了结直肠癌（CRC）中表型异质性和可塑性在肿瘤进展、转移和治疗抵抗中的关键作用	揭示了具有再生和炎症表型的癌细胞状态，这些状态与小鼠模型中的转移起始细胞极为相似，并识别了一个具有混合再生和干细胞表型的中间群体	调控因素和驱动表型异质性的外在信号仍不明确	揭示结直肠癌转移中的表型异质性和可塑性的调控机制	结直肠癌（CRC）患者	癌症研究	结直肠癌	单细胞多组学和空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	原发性和转移性CRC患者样本
329	2025-05-22	Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412159122 PMID:40324076	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了特发性正常压力脑积水（iNPH）患者外周血和脑室脑脊液的细胞图谱，揭示了与认知功能下降相关的免疫失调现象	首次构建了iNPH患者的单细胞转录组图谱，发现外周血和脑脊液单核细胞的促炎性改变与认知功能下降相关，并识别了可能代表脑室周围神经胶质细胞脱落的脑脊液细胞群	样本量相对有限（140,207个单细胞转录组），且仅针对iNPH患者进行研究	探究特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的免疫特征及其与认知功能的关系	特发性正常压力脑积水（iNPH）患者的外周血和脑室脑脊液样本	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	140,207个单细胞转录组
330	2025-05-22	Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502256122 PMID:40333757	research paper	该研究揭示了组蛋白去乙酰化酶1（Hdac1）在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因子的作用	首次发现Hdac1对T-int细胞亚群分化的特异性调控作用，并阐明其通过表观遗传机制同时促进T-int细胞命运和抑制耗竭程序过度激活的双重功能	研究主要基于小鼠慢性病毒感染模型，在人类疾病中的普适性需要进一步验证	探究慢性病毒感染中CD8+ T细胞不同耗竭亚群分化的表观遗传调控机制	抗原特异性CD8+ T细胞亚群（Tcf1干细胞样细胞、T-int中间耗竭细胞和终末耗竭细胞）	免疫学	慢性病毒感染	单细胞转录组测序、染色质可及性分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA（未明确说明具体样本数量）
331	2025-05-22	Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2422236122 PMID:40333758	研究论文	研究黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的干扰素诱导激活与早期抗体反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞亚群的激活状态及其与早期IgM抗体反应的相关性	研究仅关注了疫苗接种后的早期免疫反应，未评估长期免疫保护机制	阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与快速产生保护性免疫的关系	人类血液中的树突状细胞和单核细胞亚群	免疫学	黄热病	转录组分析、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	大量疫苗接种者的血液样本
332	2025-05-22	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了昼夜节律钟调控的细胞周期进程如何影响小鼠舌上皮中味觉敏感性的时间依赖性变化	揭示了昼夜节律通过调控干细胞增殖和细胞死亡来影响味觉细胞群体动态变化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索昼夜节律如何通过细胞更新调控味觉敏感性的时间依赖性变化	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官(TBOs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官
333	2025-05-22	Targeting mesenchymal monocyte-derived macrophages to enhance the sensitivity of glioblastoma to temozolomide by inhibiting TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1 axis 2025-May-13, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.032 PMID:40373963	研究论文	本研究通过识别一种新型的单核细胞衍生巨噬细胞亚型MES-MDM，揭示了其在促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药性中的作用机制，并提出了针对MES-MDM的治疗策略	首次识别了MES-MDM这一新型MDM亚型，并阐明了其通过TNF-CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1轴促进胶质母细胞瘤对TMZ耐药性的机制	研究结果需要在更大规模的临床试验中进一步验证	探索胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药性的机制并开发新的治疗策略	胶质母细胞瘤(GBM)及其微环境中的单核细胞衍生巨噬细胞(MDM)	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、患者来源的GBM类器官模型、颅内原位GBM模型	NA	基因表达数据、空间转录组数据	NA
334	2025-05-22	Immune-endothelial cell crosstalk in hepatic endothelial injury of liver fibrotic mice 2025-May-13, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177730 PMID:40374060	研究论文	本研究探讨了肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的潜在调控途径	揭示了肝内皮细胞与免疫细胞间的通讯机制，特别是通过Ptprc-Mrc1和Sell-Podxl信号通路维持细胞间相互作用	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探索肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的调控途径	C57BL/6雄性小鼠的肝内皮细胞和免疫细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、扫描电子显微镜（SEM）、PCR技术	NA	基因表达数据、图像数据	24,534个细胞
335	2025-05-22	Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis 2025-May-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004 PMID:40340245	研究论文	本研究探讨了结直肠癌肝转移（CRLM）中关键微观区域的作用，重点关注癌症相关成纤维细胞（CAFs）在促进肿瘤进展中的关键作用，并利用多组学技术为其诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	发现了SPP1+成纤维细胞在CRLM中的代谢异质性和促进转移性生长中的潜在作用，并通过空间多组学技术揭示了其与肿瘤细胞的相互作用	样本量较小（仅2名未治疗CRLM患者的12个新鲜手术样本），可能限制结果的普遍性	研究CRLM中关键微观区域的作用，特别是CAFs在肿瘤进展中的作用，为诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	结直肠癌肝转移（CRLM）患者的手术样本和冷冻组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）、空间代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学	NA	空间转录组数据、代谢组数据、单细胞RNA测序数据	12个新鲜手术样本（来自2名患者），92个冷冻组织样本（来自40名患者）
336	2025-05-22	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	research paper	该研究通过空间蛋白质组学技术揭示了原发性与复发性肝细胞癌的免疫逃逸特征	发现了与早期术后复发相关的树突状细胞新亚群(PDL1 + CD103 + DCs)，并揭示了其通过多种配体-受体途径增强免疫抑制和免疫逃逸的机制	样本量相对有限(46例患者)，且研究结果需要更大规模的队列验证	探究肝细胞癌术后复发的空间分子结构变化	46例接受手术切除治疗的原发性和复发性肝细胞癌患者的92个手术标本	digital pathology	liver cancer	imaging mass cytometry, single-cell RNA sequencing	NA	spatial proteomic data, single-cell RNA sequencing data	46例患者的92个手术标本中的358,729个单细胞
337	2025-05-22	Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization 2025-May, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0233 PMID:39849979	research paper	该研究通过机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了VCAN作为糖尿病肾病肾小管和肾小球共同诊断生物标志物的潜力	首次将VCAN鉴定为糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断标志物，并验证其与免疫基因上调和免疫细胞浸润的关联	未明确说明样本量大小及具体机器学习模型类型	寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球壁上皮细胞和近曲小管细胞	machine learning	diabetic kidney disease	single-cell transcriptome analysis, Mendelian randomization	NA	gene expression data	NA
338	2025-05-22	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）的转录变化及其对粒细胞生成的贡献	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现非谱系定向的MPPs向髓系和红系祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中MPPs的作用及其转录变化	野生型小鼠中的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型小鼠的MPPs样本
339	2025-05-22	Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus 2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009 PMID:40175292	研究论文	本研究通过多模态模板结合X射线荧光显微镜和空间转录组学，揭示了小鼠海马区金属离子含量与金属组基因表达的相关性	首次将元素映射与空间转录组学结合，揭示了海马区金属离子富集与特定转录本区域富集的分子基础	研究仅局限于小鼠海马区，未涉及其他脑区或物种	探究大脑金属稳态的分子机制及其对神经功能的影响	小鼠海马区及其亚区域的金属离子含量和基因表达	神经科学	NA	X射线荧光显微镜, 空间转录组学	NA	元素映射数据, 基因表达数据	小鼠海马区样本
340	2025-05-22	CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization 2025-Mar-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf251 PMID:40167331	研究论文	介绍了一种名为CellPie的快速、无监督因子发现方法，用于联合非负矩阵分解空间RNA转录本和组织学图像特征	采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间，适用于高维空间转录组数据集	NA	开发一种可扩展的空间转录组学因子发现方法	人类癌症组织的空间转录组数据	数字病理学	癌症	空间转录组学	非负矩阵分解(NMF)	空间RNA转录本和组织学图像	三种不同空间分辨率的人类癌症类型数据集，包括一个高分辨率的Visium HD数据集