单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-09-14	Application of Single-Cell Sequencing and Machine Learning in Prognosis and Immune Profiling of Lung Adenocarcinoma: Exploring Disease Mechanisms and Treatment Strategies Based on Circadian Rhythm Gene Signatures 2025-Sep-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172911 PMID:40941008	研究论文	本研究结合单细胞测序和机器学习，基于昼夜节律基因特征探索肺腺癌的预后和免疫特征，并验证关键基因ARNTL2的功能	首次在bulk组织和单细胞水平系统研究昼夜节律基因在肺腺癌中的作用，并开发基于机器学习的高性能预后模型	研究主要依赖公共数据库数据，实验验证部分仅聚焦于ARNTL2基因	探索昼夜节律基因在肺腺癌发展中的作用机制并开发预后预测模型	肺腺癌患者组织样本和细胞系	生物信息学	肺腺癌	单细胞测序，RNA-seq，qRT-PCR	Stepwise Cox回归，SuperPC	转录组数据，单细胞数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集
322	2025-09-14	An Update on Single-Cell RNA Sequencing in Illuminating Disease Mechanisms of Cutaneous T-Cell Lymphoma 2025-Sep-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172921 PMID:40941016	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在皮肤T细胞淋巴瘤疾病机制研究中的最新应用进展	识别出对诊断、预后和治疗靶点具有潜力的关键标志物	NA	更新单细胞RNA测序在皮肤T细胞淋巴瘤研究中的应用现状	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）	生物信息学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
323	2025-09-14	PIAS1 Shapes a Tumor-Suppressive Microenvironment by Suppressing Immune Evasion in Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Sep-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172905 PMID:40941002	研究论文	本研究探讨了SUMO E3连接酶PIAS1在口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的表达及其功能，揭示其通过抑制免疫逃逸塑造抑瘤微环境的作用	首次系统阐明PIAS1在非恶性基质和免疫细胞中的功能，发现其表达与改善生存相关并促进免疫激活型微环境形成	研究主要基于相关性分析，功能性验证实验有待进一步深入	阐明PIAS1在口腔鳞癌肿瘤微环境中的表达特征和功能意义	口腔鳞状细胞癌患者组织样本及单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	免疫组织化学(IHC), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 差异基因表达分析, IPA通路分析, GSEA, 细胞间通讯推断	NA	组织切片图像, 基因表达数据	口腔鳞癌组织微阵列和单细胞RNA测序数据集（具体样本量未明确说明）
324	2025-09-14	Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation 2025-Sep-03, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025 PMID:40912448	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析人视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的连续成熟轨迹	提出视网膜神经节细胞成熟是连续非离散过程的假设，并通过伪时间分析构建了首个高时间分辨率的人胎儿视网膜细胞成熟图谱	研究仅涵盖胎儿8-27周的发育阶段，尚未验证成年视网膜的成熟过程	解析人视网膜发育的细胞异质性，特别关注视网膜神经节细胞的成熟连续性	人胎儿视网膜组织，特别是视网膜神经节细胞（RGC）	单细胞基因组学	NA	scRNAseq（单细胞RNA测序），伪时间分析，计算生物学方法	NA	单细胞转录组数据	人胎儿8-27周视网膜样本的单细胞转录组图谱
325	2025-09-14	Machine Learning Integration of Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data Reveals Cathepsin B as a Central PANoptosis Regulator in Influenza 2025-Sep-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178533 PMID:40943452	研究论文	通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法鉴定出组织蛋白酶B（CTSB）是流感感染中PANoptosis的关键调控因子	首次整合bulk和scRNA-seq数据解析流感感染中PANoptosis的细胞异质性和转录动态，并利用多种机器学习算法识别出CTSB作为核心调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚待进行；机制研究仍需进一步实验验证	解析流感病毒感染中PANoptosis的分子调控机制，寻找关键调控因子	流感A病毒（IAV）感染的小鼠模型，巨噬细胞和中性粒细胞	生物信息学	流感	bulk RNA-seq, scRNA-seq, AUCell, ssGSEA, AddModuleScore	SVM, Random Forest, LASSO	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但包含bulk和单细胞RNA-seq数据集
326	2025-09-14	BMP5 signalling in beta cells and the impact on insulin secretion in the context of type 2 diabetes 2025-Sep, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06457-9 PMID:40471239	研究论文	本研究探讨了BMP5信号在胰岛β细胞中的功能及其对2型糖尿病胰岛素分泌的影响	首次揭示BMP5是β细胞中主要表达的BMP配体，并证明其信号增强会损害β细胞功能	NA	探究BMP5在维持β细胞功能中的作用及其与2型糖尿病的关联	人类胰岛细胞和EndoC-βH1细胞系	分子生物学	2型糖尿病	scRNA-seq, 慢病毒介导的基因敲低, 葡萄糖刺激胰岛素分泌测试	NA	RNA测序数据, 基因表达数据	来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛细胞scRNA-seq数据集
327	2025-09-14	CXCL6 Is a Novel Biliary Marker and a Downstream Target of MMP7 in Biliary Atresia 2025-Sep, Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/hepr.14217 PMID:40515742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术发现CXCL6是MMP7的下游靶点，并证实其作为胆道闭锁新型胆汁标志物的潜力	首次发现CXCL6是MMP7在胆道闭锁中的下游靶点，并揭示其在肝纤维化中的潜在病理作用	机制研究主要基于体外实验，需进一步体内验证	探究MMP7在胆道闭锁发病机制中的下游信号通路	胆道上皮细胞及胆道闭锁患者肝组织和血清样本	分子病理学	胆道闭锁	scRNA-seq, QRT-PCR, 免疫组化, western blot, ELISA, 免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	胆道闭锁患者、非胆道闭锁胆汁淤积患者及正常对照的肝组织和血清样本
328	2025-09-14	Heterogeneity in Osteosarcoma Revealed by scRNA Sequencing: CLU+ Endothelial Cells as Key Players in Tumor Progression 2025-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70138 PMID:40623412	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤的空间异质性，发现CLU+内皮细胞在肿瘤进展中的关键作用	首次在骨肉瘤中通过空间区域（中心区与周边区）配对样本的单细胞分析揭示CLU+内皮细胞通过ITGB1和Nectin2-TIGIT通路促进转移并诱导T细胞耗竭	样本量较小（仅6例患者），需更大队列验证	探究骨肉瘤瘤内异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	骨肉瘤患者的配对肿瘤组织样本（中心区与周边区）	单细胞组学	骨肉瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤样本
329	2025-09-14	Investigating cytotoxic and inflammatory human IL-7 receptor low effector memory CD8+ T cells in lupus 2025-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105898 PMID:40857939	研究论文	本研究通过分析狼疮患者中IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞的异质性，探讨其在炎症和组织损伤中的作用	发现IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞亚群在狼疮外周血和肾脏中积累，并证实其通过TNF-α和IFN-γ诱导中性粒细胞胞外诱捕网形成	NA	探究CD8+ T细胞在狼疮发病机制中的临床和生物学意义	狼疮患者的外周血和肾脏组织样本	免疫学	狼疮	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列, Imaging Mass Cytometry (IMC)	NA	基因表达数据, 组织图像数据	来自狼疮患者和正常肾脏组织的样本（具体数量未明确说明）
330	2025-09-14	Hematopoietic EphA4 Deficiency Alters Microglial Heterogeneity and Improves Chronic Spatial Memory After Brain Injury 2025-Aug-29, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7265717/v1 PMID:40909780	研究论文	本研究探讨造血细胞中EphA4缺失如何通过调节小胶质细胞异质性改善脑损伤后的长期空间记忆功能	首次揭示外周免疫来源的EphA4信号通过调节小胶质细胞动态影响神经免疫重塑和功能恢复的新机制	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中验证；长期效应机制需进一步探索	探究EphA4在调节脑损伤后小胶质细胞反应和功能恢复中的作用	造血特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠模型	神经免疫学	脑损伤	单细胞RNA测序，骨髓嵌合模型，控制性皮质撞击(CCI)	基因敲除动物模型	基因表达数据，行为学数据，形态学数据	使用造血特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠进行实验
331	2025-09-14	Neuromodulatory Signaling in Chronic Pain Patients: A Narrative Review 2025-Aug-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171320 PMID:40940732	综述	本文综述了神经调节信号在慢性疼痛病理机制中的作用及潜在治疗靶点	整合转录组分析、功能神经影像和单细胞RNA测序等新技术揭示患者特异性神经调节功能障碍模式	NA	探讨神经调节系统在慢性疼痛中的作用机制并指导精准治疗策略	慢性疼痛患者（如纤维肌痛症患者）的神经调节通路	神经科学	慢性疼痛	转录组分析、功能神经影像、单细胞RNA测序	NA	临床观察数据与临床前研究数据	NA
332	2025-09-14	Artificial Intelligence in Ocular Transcriptomics: Applications of Unsupervised and Supervised Learning 2025-Aug-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171315 PMID:40940727	综述	本文综述了2019至2025年间人工智能在眼科转录组学中的应用，重点探讨无监督与监督学习方法在生物标志物发现、细胞类型分类及眼病模型构建中的进展	系统整合了AI在眼科转录组学中的最新应用，涵盖从传统机器学习到深度学习框架的多模态整合方法	模型可解释性与标准化存在挑战	推动精准眼科医学发展	眼组织转录组数据（包括视网膜、角膜等）	自然语言处理	眼科疾病（如黄斑变性、糖尿病视网膜病变、青光眼等）	微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	PCA, t-SNE, UMAP, WGCNA, LASSO, SVM, RF, 变分自编码器, 神经网络	基因表达数据	NA
333	2025-09-14	Current Role and Future Frontiers of Spatial Transcriptomics in Genitourinary Cancers 2025-Aug-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172774 PMID:40940870	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
334	2025-09-14	A fibroblast-centric network drives cold fibrosis in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.25.668405 PMID:40909739	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了肺鳞状细胞癌肿瘤微环境中由癌症相关成纤维细胞驱动的冷纤维化结构及其与免疫细胞的相互作用	首次将非癌性纤维化中的热/冷纤维化概念应用于癌症研究，发现LUSC中存在独特的冷纤维化结构并由CAF自分泌生长因子环路维持	样本量较小（16例患者），且仅限于初治患者	探究慢性炎症相关癌症中纤维化基质的组织原则及治疗脆弱性	肺鳞状细胞癌患者肿瘤及癌旁正常组织	肿瘤微环境研究	肺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	16例初治肺鳞状细胞癌患者的匹配肿瘤和癌旁组织
335	2025-09-14	CCL26 and CXCL12 Promote Release of Insulin-Sensitizing Adipose Tissue Macrophage sEVs from Subcutaneous Adipose Tissue in Obesity 2025-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.20.670151 PMID:40894782	研究论文	研究发现皮下脂肪组织中的巨噬细胞通过释放小细胞外囊泡改善胰岛素敏感性，并揭示了CCL26和CXCL12在此过程中的调控机制	首次发现皮下脂肪组织巨噬细胞来源的sEVs具有改善胰岛素敏感性的功能，并阐明CCL26和CXCL12调控巨噬细胞亚群分布的机制	NA	探究肥胖状态下皮下脂肪组织对抗代谢功能障碍的保护性机制	皮下脂肪组织巨噬细胞(sATMs)及其分泌的小细胞外囊泡(sEVs)	代谢疾病研究	代谢功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞生长和迁移测量	NA	基因表达数据, 细胞测量数据	NA
336	2025-09-14	Genomic Insights into Tumorigenesis in Newly Diagnosed Multiple Myeloma 2025-Aug-23, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics15172130 PMID:40941618	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤（MM）及其癌前阶段的遗传突变，揭示疾病进展的分子机制	发现新诊断MM患者中的新基因，并识别出在癌变中起关键作用的特定基因和基因家族	NA	检测导致多发性骨髓瘤进展和肿瘤发生的遗传突变	MGUS、SMM及新诊断MM患者的样本	基因组学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq	NA	基因组序列数据	NA
337	2025-09-14	Dynamic Intercellular Networks in the CNS: Mechanisms of Crosstalk from Homeostasis to Neurodegeneration 2025-Aug-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178155 PMID:40943076	综述	本文综述了中枢神经系统中动态细胞间通讯网络在健康稳态、衰老、脱髓鞘疾病和阿尔茨海默病等状态下的作用机制	通过比较不同疾病背景下的细胞间信号机制，强调了中枢神经对话不仅作为疾病进展的标志，还作为精准治疗的潜在途径	NA	探讨细胞间通讯网络如何维持或破坏中枢神经系统的完整性和功能	神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞和其他胶质细胞群体	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
338	2025-09-14	Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila 2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657193 PMID:40502011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转基因驱动线探索果蝇嗅觉电路中Beat和Side基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制	揭示了ORNs和PNs中类别特异性基因组合表达模式，并发现昆虫间直系同源基因的保守表达规律	干扰Beat-IIa-Side-IV相互作用未在测试的两个肾小球中产生显著错误靶向，功能验证有限	解析果蝇嗅觉电路中细胞表面蛋白家族的组合表达模式及其在神经环路组装中的作用	果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)和投射神经元(PNs)	神经科学	NA	单细胞RNA-seq, 基因陷阱转基因驱动线	NA	基因表达数据	公开可用数据集和新生成的转基因品系
339	2025-09-14	Immunomodulatory effects of a short-term gluten-free diet on pediatric celiac disease: Findings from a single-cell transcriptomics study 2025-Aug-11, The Journal of nutritional biochemistry IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jnutbio.2025.110063 PMID:40803542	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨短期无麸质饮食对儿童乳糜泻患者免疫细胞的调节作用	首次使用scRNA-seq技术分析短期GFD对儿童乳糜泻患者PBMCs的转录组变化，并发现免疫调节基因上调和促炎基因下调等新现象	样本量较小（仅5名患者），结果需谨慎解读，需要更大队列研究进一步验证	研究无麸质饮食对儿童乳糜泻患者免疫细胞转录调控的影响	儿童乳糜泻患者	单细胞转录组学	乳糜泻	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	5名儿童乳糜泻患者（GFD前后配对样本）
340	2025-09-14	Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy 2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924 PMID:40509996	研究论文	通过血浆蛋白质组学分析揭示LMNA心肌病发展过程中的失调通路	首次在LMNA心肌病中鉴定出EDA2R、MYL4等新型血浆蛋白标志物，并发现26种蛋白与心肌细胞基因表达谱一致	样本量有限（LMNA组n=41），需更大队列验证	探究LMNA基因致病变异相关的蛋白质和生物学通路	遗传性扩张型心肌病队列（含LMNA和肌节蛋白变异携带者）及表型阴性个体	蛋白质组学	心血管疾病	OLINK平台蛋白质检测、单细胞测序	主成分分析（PCA）	血浆蛋白质数据、RNA表达数据	114例（41例LMNA DCM，18例肌节蛋白DCM，55例表型阴性个体）