单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-10-02	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	本研究探讨了帕立骨化醇和羟氯喹联合治疗增强胰腺导管腺癌化疗效果的分子机制	首次系统阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合治疗通过调节自噬和内质网应激通路增强吉西他滨对胰腺癌的疗效	研究样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合治疗的分子机制及其在胰腺癌化疗增敏中的作用	胰腺导管腺癌细胞系、原位小鼠模型、患者来源的异种移植模型	肿瘤治疗学	胰腺癌	蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	分子生物学数据、测序数据、临床样本数据	体外实验、小鼠模型和患者来源异种移植模型，包含临床试验配对活检样本
322	2025-10-02	Function value of basement membrane-related genes in odontogenic keratocyst by bioinformatics analysis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1658125 PMID:41018070	研究论文	通过生物信息学分析基底膜相关基因在牙源性角化囊肿中的功能价值	首次将基底膜相关基因与牙源性角化囊肿发病机制联系起来，并确定SPARC为关键枢纽基因	样本量较小（12个OKC和4个正常样本），需要更大规模研究验证	探讨基底膜相关基因在牙源性角化囊肿发病机制中的作用	牙源性角化囊肿组织和正常口腔黏膜组织	生物信息学	牙源性角化囊肿	转录组分析，单细胞RNA测序，免疫组织化学，免疫荧光	NA	基因表达数据，单细胞测序数据，免疫染色数据	12个非综合征性OKC样本和4个正常口腔黏膜样本
323	2025-10-02	GADD45G as a novel prognostic biomarker and therapeutic target in glioma: integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1608710 PMID:41018072	研究论文	通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，研究GADD45G在胶质瘤中的预后价值及其作为治疗靶点的潜力	首次在胶质瘤中系统研究GADD45G的预后价值，并通过单细胞RNA测序揭示其在胶质母细胞瘤细胞亚群中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限	探索GADD45G在胶质瘤中的预后价值和治疗潜力	胶质瘤患者样本和细胞系	生物信息学	胶质瘤	RNA测序（bulk和单细胞RNA-seq）、Western blot	Cox回归模型、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自TCGA、TARGET、GTEx、CGGA和GEO（GSE108476、GSE103224、GSE138794、GSE173278）等多个数据库的胶质瘤样本
324	2025-10-02	Single-cell RNA profiling of colorectal granular-type laterally spreading tumor uncovers progression trajectory toward carcinoma and transcriptional signatures favoring lateral morphogenesis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1552841 PMID:41018078	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的转录特征及其向癌进展的轨迹	首次在单细胞水平揭示LST-G的化生分化特征及其与肿瘤进展的关联，发现Arp2/3复合物在细胞迁移中的关键作用	未明确说明样本数量和研究队列的详细信息	阐明结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的形态发生机制和向癌进展的演化轨迹	结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤、隆起型腺瘤和正常黏膜组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
325	2025-10-02	Predicting the prognosis of hepatocellular carcinoma based on genes related to polyamine metabolism 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19985 PMID:41018906	研究论文	本研究基于多胺代谢相关基因构建肝细胞癌预后预测模型	首次基于多胺代谢相关基因对肝细胞癌进行分子分型，并鉴定出G6PD、ADH4、S100A9、AKR1B15四个关键生物标志物	研究主要基于公共数据库数据，需要更多临床样本验证	探索多胺代谢相关基因在肝细胞癌预后预测中的临床意义	肝细胞癌患者和HuH-7细胞系	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq、scRNA-seq、CCK8、伤口愈合实验、Transwell实验	Cox回归模型、Lasso回归模型、列线图	基因表达数据、单细胞数据	公共数据库中的肝细胞癌样本和HuH-7细胞系
326	2025-10-02	Characterization of cancer-related fibroblasts in bladder cancer and construction of CAFs-based bladder cancer classification: insights from single-cell and multi-omics analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1580986 PMID:41019085	研究论文	通过单细胞和多组学分析表征膀胱癌中癌症相关成纤维细胞并构建基于CAFs的膀胱癌分型	首次在膀胱癌中系统鉴定10种不同的CAF亚群，并建立基于pCAFs的四种膀胱癌分子分型，揭示各亚型的免疫特征和临床预后差异	样本量有限，部分亚型患者数量较少，需要更大规模验证	探索膀胱癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在膀胱癌发展和治疗抵抗中的作用	膀胱癌患者组织样本中的癌症相关成纤维细胞	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、机器学习算法	机器学习算法	基因表达数据	NA
327	2025-10-02	PLK2 as a key regulator of glycolysis and immune dysregulation in polycystic ovary syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610713 PMID:41019094	研究论文	本研究揭示了PLK2作为多囊卵巢综合征中糖酵解和免疫失调的关键调控因子	首次通过单细胞测序发现卵巢基质内皮细胞在PCOS中具有最高糖酵解活性，并鉴定PLK2为内皮细胞糖酵解的核心调控基因	研究主要基于动物模型和生物信息学分析，需要进一步临床验证	探讨PCOS中卵巢基质细胞糖酵解失调的分子机制	多囊卵巢综合征患者和DHEA诱导的PCOS大鼠模型	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	三个独立的批量RNA-seq数据集和DHEA诱导的PCOS大鼠模型
328	2025-10-02	A splicing-based multitissue association study of joint transcriptomes identified susceptibility genes for osteoarthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590008 PMID:41019096	研究论文	本研究通过跨组织和单组织转录组关联分析结合单细胞测序技术，鉴定出骨关节炎的关键易感基因LTBP1	首次整合跨组织与单组织TWAS分析及单细胞测序数据，系统揭示LTBP1基因在骨关节炎中的调控机制	未明确说明样本规模及具体验证实验设计	探索骨关节炎的遗传基础并鉴定关键易感基因	骨关节炎相关基因和细胞亚型	生物信息学	骨关节炎	转录组关联分析(TWAS)、单细胞测序、UTMOST、FUSION、MAGMA方法	NA	基因表达数据、GWAS数据、单细胞测序数据	NA
329	2025-10-02	Spatial and single-cell transcriptomics capture two distinct cell states in soybean defense response to Phakopsora pachyrhizi infection 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1637176 PMID:41019740	研究论文	本研究通过空间和单细胞转录组技术揭示大豆对锈病感染的两种不同细胞状态及其空间分布模式	首次结合空间转录组和单核转录组技术揭示植物免疫反应的空间协调性，发现感染区周边区域存在细胞非自主防御反应	仅针对大豆-锈病互作系统，未验证其他植物-病原体系统	解析植物对病原体感染的免疫反应空间协调机制	大豆植株及其对亚洲大豆锈病的防御反应	植物病理学	植物病害	空间转录组、单核RNA-seq、基因共表达网络分析	NA	转录组数据	未明确样本数量
330	2025-10-02	Dissecting and validation the biomarker of heart failure progression in patients with atherosclerosis by single-cell sequencing, bioinformatics, and machine learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1587274 PMID:41019764	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习方法识别了从动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物CD48	首次通过整合单细胞测序、转录组数据和多种机器学习算法系统筛选动脉粥样硬化向心力衰竭进展的生物标志物	研究基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证CD48的生物学机制	识别动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物并探索潜在机制	动脉粥样硬化患者和心力衰竭患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组测序、WGCNA、差异表达基因分析	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据	使用多个GEO数据集(GSE28829、GSE57345、GSE53274、GSE5406、GSE59867)和人类细胞图谱平台数据
331	2025-10-02	Widespread transposable element dysregulation in human aging brains with Alzheimer's disease 2024-Nov, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14164 PMID:39356058	研究论文	本研究系统分析了人类阿尔茨海默病衰老大脑中转座元件的失调现象，并鉴定了相关的表达数量性状位点	首次在人类阿尔茨海默病衰老大脑中系统鉴定转座元件表达数量性状位点，并通过CRISPRi实验验证特定转座元件对炎症基因的调控作用	研究主要基于三个脑组织生物样本库的数据，样本来源相对有限	探究人类阿尔茨海默病衰老大脑中转座元件的失调机制及其与疾病的关系	人类阿尔茨海默病患者的衰老脑组织及iPSC来源的神经元	基因组学	阿尔茨海默病	RNA测序、全基因组测序、CRISPR干扰、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	三个人类AD脑组织生物样本库的样本
332	2025-10-02	Mouse blood cells types and aging prediction using penalized Latent Dirichlet Allocation 2024-Sep-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10763-8 PMID:39294566	研究论文	本研究开发了一种基于惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)的统计方法，用于小鼠血液单细胞RNA测序数据的细胞类型鉴定和衰老预测	首次将惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)应用于单细胞RNA测序数据分析，构建了完整的细胞类型和衰老预测流程	NA	开发新的计算方法来分析单细胞RNA测序数据，以理解衰老过程的分子机制	小鼠血液细胞	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)	基因表达数据	NA
333	2025-10-02	scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604740 PMID:39211080	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了臭氧暴露在过敏性哮喘小鼠模型中诱导独特巨噬细胞亚群的机制	首次在臭氧诱导的哮喘加重小鼠模型中鉴定出独特的肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群，并发现这些细胞激活了与胆固醇生物合成、细胞外基质降解等相关的特殊转录通路	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究臭氧暴露如何通过免疫细胞机制诱发哮喘气道高反应性	尘螨、豚草和臭氧暴露的小鼠模型	单细胞基因组学	哮喘	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	暴露于DRA、臭氧或DRA+臭氧的小鼠肺组织样本
334	2025-10-02	Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19 2024-07-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136 PMID:39018367	研究论文	通过比较临床样本和动物模型的单细胞RNA测序数据，揭示IFN-γ是急性COVID-19后呼吸系统后遗症的驱动因素	首次在人类和小鼠模型中同时发现促纤维化单核来源巨噬细胞反应及肺巨噬细胞与呼吸系统驻留T细胞的异常相互作用	研究主要关注呼吸系统后遗症，未涉及PASC的其他临床表现	理解SARS-CoV-2感染后急性后遗症(PASC)的病因学机制	人类PASC临床样本和PASC小鼠模型	生物医学研究	COVID-19后遗症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	动物模型	基因表达数据	人类PASC样本和小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
335	2025-10-02	Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data 2024-Mar, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-024-00804-y PMID:41020135	研究论文	本研究对PENCIL监督学习框架进行可重复性和可转移性评估，并通过改进提升了其在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞亚群的能力	通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力，创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征(CyTIR)	原始PENCIL版本对输入扰动敏感，存在可重复性挑战	评估和改进PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞亚群的可重复性和实用性	12个单细胞RNA测序数据集，代表四种不同表型	机器学习	皮肤癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因集变异分析	监督学习框架(PENCIL)	单细胞RNA测序数据	12个单细胞RNA测序数据集
336	2025-10-02	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-12, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序技术鉴定人脑周细胞的特异性标志物	首次使用EasySci单细胞转录组测序方法系统鉴定人脑周细胞特异性标志物SLC6A12和SLC19A1	在其他人体器官（肾脏、肺、肝脏、肌肉）中免疫组化未显示相同的周细胞样染色模式	鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物	人和小鼠不同脑区的单细胞RNA表达谱及FFPE人脑组织	单细胞测序	NA	单细胞转录组测序(EasySci)、免疫组化、免疫印迹	NA	单细胞RNA表达数据、组织图像数据	多个人和小鼠脑区样本及FFPE人脑组织
337	2025-10-02	Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution 2023-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06569-5 PMID:37758947	研究论文	本研究通过原位测序技术构建了小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱	开发了STARmap PLUS原位测序方法，首次在三维空间中以单细胞分辨率同时分析1022个基因，系统鉴定了230种分子细胞类型和106个分子组织区域	NA	构建小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱，揭示大脑解剖结构和功能的分子基础	成年小鼠大脑和脊髓组织	空间转录组学	NA	STARmap PLUS原位测序，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，空间位置数据	109万个高质量细胞，覆盖整个成年小鼠大脑和脊髓
338	2025-10-02	A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche 2023-01, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01243-4 PMID:36543915	研究论文	通过多组学单细胞/细胞核和空间转录组学构建人类肺部空间分辨率图谱，发现并验证气道黏膜下腺体中的免疫生态位	首次在人类肺部发现并验证了气道黏膜下腺体中的IgA浆细胞生存生态位，揭示了腺体上皮细胞通过表达CCL28、APRIL和IL-6招募B细胞和浆细胞的机制	仅使用健康人类肺部样本，未涉及疾病状态的研究	重新定义肺部和气道的组织结构，解析肺部细胞类型的空间分布	健康人类肺部的五个近端到远端位置	空间转录组学	呼吸系统疾病	多组学单细胞/细胞核测序、空间转录组学	计算数据整合分析	单细胞转录组数据、空间转录组数据	五个健康人类肺部位置的组织样本
339	2025-10-02	Transcription and splicing regulation by NLRC5 shape the interferon response in human pancreatic β cells 2022-09-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn5732 PMID:36103539	研究论文	本研究揭示了NLRC5在人类胰腺β细胞中通过调控转录和选择性剪接介导干扰素反应的新机制	首次发现NLRC5不仅调控HLA I类表达，还介导IFNα对选择性剪接的影响，这是β细胞新抗原生成的关键机制	研究主要使用人工诱导的多能干细胞衍生的胰岛样细胞和EndoC-βH1细胞系，未涉及原代人体组织的全面验证	阐明NLRC5在人类胰腺β细胞中介导IFNα反应的分子机制及其在1型糖尿病自身免疫中的作用	人类诱导多能干细胞衍生的胰岛样细胞、EndoC-βH1胰岛素产生细胞和人类胰岛细胞	分子生物学	1型糖尿病	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）、靶向基因/蛋白检测	NA	基因表达数据、转录组数据	NA
340	2025-10-02	Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells 2021-05, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db20-0802 PMID:33685924	研究论文	本研究使用fliFISH技术验证了胰腺胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式	首次应用fliFISH技术在完整胰岛空间背景下量化单细胞转录本，揭示了基因表达的径向分布模式	研究仅限于小鼠胰腺胰岛，未涉及其他物种或疾病模型	验证胰岛β细胞中基因表达的异质性和空间分布模式	小鼠胰腺胰岛β细胞	数字病理学	糖尿病	fliFISH（波动定位成像荧光原位杂交），scRNA-Seq	NA	图像，基因表达数据	小鼠胰腺胰岛切片