单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-22	Dyna-vivo-seq unveils cellular RNA dynamics during acute kidney injury via in vivo metabolic RNA labeling-based scRNA-seq 2024-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54202-4 PMID:39543112	研究论文	介绍了一种名为Dyna-vivo-seq的策略，用于在体内单细胞水平上实现时间分辨的动态转录分析	Dyna-vivo-seq通过在体内标记新RNA和旧RNA，提供了研究基因表达动态的新方法，能够揭示细胞异质性	目前仅在小鼠模型中进行验证，尚未在其他生物体或人类中应用	研究急性肾损伤期间的细胞RNA动态变化	雌性小鼠的近端小管细胞	基因组学	急性肾损伤	代谢RNA标记的单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	雌性小鼠的近端小管细胞样本
322	2025-05-22	Identification of signaling pathways that specify a subset of migrating enteric neural crest cells at the wavefront in mouse embryos 2024-07-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.034 PMID:38636517	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠胚胎中前沿迁移肠神经嵴细胞（ENCCs）的分子机制及其与周围细胞的相互作用	首次绘制了前沿ENCCs在迁移过程中的时空动态和分子图谱，并鉴定了调控其分化的关键信号通路	研究主要基于小鼠模型，人类Hirschsprung病组织的验证数据有限	探索肠神经系统（ENS）发育过程中前沿ENCCs的分子调控机制	小鼠胚胎中的前沿迁移肠神经嵴细胞（ENCCs）及其周围组织	发育生物学	Hirschsprung病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA-seq数据, 空间转录组数据	小鼠胚胎组织
323	2025-05-22	Single-cell transcriptomics across 2,534 microbial species reveals functional heterogeneity in the rumen microbiome 2024-Jul, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01723-9 PMID:38866938	研究论文	利用基于液滴的单细胞RNA测序和泛基因组计算分析，研究瘤胃微生物组的功能异质性	开发了微生物组单细胞转录组学方法，构建了瘤胃微生物组的单细胞转录组图谱，揭示了微生物单细胞水平的功能角色	NA	研究瘤胃微生物组的功能异质性	瘤胃微生物组中的微生物细胞	微生物组学	NA	基于液滴的单细胞RNA测序，泛基因组计算分析	NA	单细胞转录组数据	174,531个微生物细胞，2,534个物种
324	2025-05-22	3D reconstruction of the mouse cochlea from scRNA-seq data suggests morphogen-based principles in apex-to-base specification 2024-06-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.028 PMID:38593801	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，研究小鼠耳蜗从顶端到基底的特异性分子机制，并重建了发育中的耳蜗3D模型	提出形态发生素而非细胞分裂相关机制赋予耳蜗空间特性，并发现视黄酸和hedgehog通路形成相反的顶端到基底梯度	研究仅基于E12.5和E14.5时间点的数据，可能未覆盖耳蜗发育的所有关键阶段	探索小鼠耳蜗顶端到基底特异性基因表达的分子机制	小鼠耳蜗	生物信息学	NA	scRNA-seq	3D重建模型	基因表达数据	E12.5和E14.5时间点的小鼠耳蜗单细胞数据
325	2025-05-22	scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development 2024-05-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016 PMID:38569548	研究论文	利用高质量的scRNA-seq数据，结合解剖学验证，对果蝇幼虫腹神经索（VNC）的细胞类型进行全面普查	首次在幼虫阶段定义了构成成虫VNC的神经谱系，并发现了一种在幼虫神经肌肉接头处基础神经传递和稳态中必需的谷氨酸受体亚基	NA	研究果蝇幼虫VNC的细胞类型及其在运动系统功能和发育中的作用	果蝇幼虫腹神经索（VNC）的细胞类型	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq, FACS	NA	单细胞RNA测序数据	果蝇幼虫VNC细胞
326	2025-05-22	Villus myofibroblasts are developmental and adult progenitors of mammalian gut lymphatic musculature 2024-05-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.005 PMID:38537630	研究论文	该研究揭示了小肠绒毛内平滑肌细胞的发育和维持机制，及其在脂肪吸收中的作用	通过单细胞RNA测序和定量谱系追踪，鉴定了小肠绒毛内平滑肌细胞的祖细胞层次结构，并发现NOTCH3-DLL4信号轴调控平滑肌纤维与乳糜管的组装	研究主要基于小鼠模型，人类肠道平滑肌的发育和维持机制可能有所不同	探究小肠绒毛平滑肌的形成、组装及维持机制	小鼠小肠绒毛内的平滑肌细胞及其祖细胞	发育生物学	消化系统疾病	单细胞RNA测序, 定量谱系追踪	NA	基因表达数据, 谱系追踪数据	NA
327	2025-05-22	Metaplastic regeneration in the mouse stomach requires a reactive oxygen species pathway 2024-05-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.002 PMID:38521055	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠胃部损伤后细胞再生的机制，揭示了活性氧（ROS）通路在胃部化生再生中的关键作用	首次详细描述了ROS和线粒体调控因子Ppargc1a（Pgc1α）及Nf2el2（Nrf2）在胃部化生再生过程中的作用机制，并发现这些机制同样适用于胰腺腺泡细胞的化生过程	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究胃部损伤后细胞再生的分子机制	小鼠胃部细胞及胰腺腺泡细胞	细胞生物学	胃部疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
328	2025-05-22	Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023 PMID:38359834	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了源自新鲜分离的早期妊娠滋养层细胞或已建立的hTSC细胞系的类器官如何再现体内定义的发育细胞轨迹和转录调控过程	首次全面评估了不同来源的滋养层类器官在模拟滋养层发育和转录调控过程中的准确性和局限性	发现干细胞来源的类器官中存在一个在体内几乎不存在的扩展祖细胞状态，这表明当前类器官平台在模拟某些特定滋养层发育特征时存在偏差	评估当前滋养层类器官平台作为胎盘建模工具的准确性和局限性	人类滋养层干细胞(hTSCs)和相关的滋养层类器官	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及新鲜分离的早期妊娠滋养层细胞和已建立的hTSC细胞系
329	2025-05-22	Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015 PMID:38330939	研究论文	开发了一种名为CH-ATAC-seq的组合杂交方法，用于构建斑马鱼、果蝇和蚯蚓的单细胞染色质可及性图谱	首次在非哺乳动物物种中构建单细胞染色质可及性图谱，并整合多物种数据系统识别细胞类型特异性调控元件	研究范围限于斑马鱼、果蝇和蚯蚓等特定非哺乳动物物种，未涵盖更广泛的生物多样性	探索脊椎动物和无脊椎动物之间保守的调控程序	斑马鱼、果蝇、蚯蚓、人类、猴子和小鼠的细胞	表观基因组学	NA	scATAC-seq, CH-ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	约80万个细胞类型特异性cCREs，涵盖152种主要细胞类型
330	2025-05-22	Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019 PMID:38354738	研究论文	本研究通过Wnt信号剂量递增实验，探索干细胞分化的分子调控机制，并发现小分子药物tranilast可协同激活Wnt信号促进心脏谱系分化	结合单细胞RNA测序、多元回归模型和Connectivity Map数据库，建立了一个集成工作流程，用于识别控制细胞分化的小分子化合物	研究主要基于体外hiPSC分化和鹌鹑胚胎的体内分析，尚未在更复杂的生物模型中进行验证	探索Wnt信号在干细胞分化中的分子调控机制，并寻找能够调控细胞分化的小分子药物	人类诱导多能干细胞(hiPSCs)和鹌鹑胚胎	干细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	多元回归模型	基因表达数据	NA
331	2025-05-22	Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics 2024-02-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006 PMID:38295793	研究论文	通过单细胞转录组学对人类胎儿性腺及生殖道进行表征	首次对男性和女性人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道进行单细胞转录组学分析，揭示了性别分化过程中的形态和分子变化	研究仅涵盖第一和第二孕期样本，未涉及更晚期的发育阶段	揭示人类胎儿性别特异性性腺发生和生殖道发育的分子机制	人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	第一和第二孕期的男性和女性人类胎儿性腺及生殖道样本
332	2025-05-22	The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER 2024-02-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001 PMID:38295794	研究论文	本文揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用调控植物根系穿透土壤的机制	首次发现PIF3在根系穿透土壤中的作用，并阐明其与FER的互作机制	研究主要基于拟南芥和大豆突变体，在其他植物中的普适性有待验证	探究植物根系穿透土壤的分子机制	拟南芥(Arabidopsis thaliana)和大豆(Glycine max)的根系	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 生化实验, 成像技术, 遗传学实验	NA	基因表达数据, 图像数据	拟南芥和大豆突变体
333	2025-05-22	Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.28.560068 PMID:37808782	research paper	开发了一种基于transformer的深度学习模型，用于从组织学图像预测癌症转录组	首次将transformer架构应用于组织学图像，通过预训练和微调策略解决了小数据集和参数爆炸的问题	模型在组织水平上训练，空间基因表达模式的预测能力仍需进一步验证	通过深度学习从组织学图像中预测癌症转录组，以改善癌症管理和个性化治疗	癌症组织学图像和转录组数据	digital pathology	cancer	深度学习	transformer	image	预训练使用1,802个正常组织样本，微调和评估使用4,331个肿瘤样本，验证使用1,305个肿瘤样本
334	2025-05-22	Origin and adult renewal of the gut lacteal musculature from villus myofibroblasts 2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.19.523242 PMID:36712064	研究论文	本研究揭示了小鼠肠道绒毛平滑肌细胞的起源和成年更新机制，以及它们与邻近乳糜管组装的关键信号通路	首次发现绒毛平滑肌细胞来源于上皮下成纤维体祖细胞的局部层次结构，并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在肌肉与乳糜管组装中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肠道中得到验证	探究肠道绒毛平滑肌细胞的起源、分化机制及其在成年期的更新过程	小鼠肠道绒毛平滑肌细胞	细胞生物学	消化系统疾病	单细胞RNA测序、定量谱系追踪	NA	基因表达数据	NA
335	2025-05-22	Schlafen4+-MDSC in Helicobacter-induced gastric metaplasia reveals role for GTPases 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1139391 PMID:37334372	研究论文	研究揭示了SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部中的MDSCs细胞中的作用及其对GTPase通路的调控	首次发现SLFN4在MDSCs中调控GTPase通路，并揭示了其在幽门螺杆菌诱导的胃化生中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部MDSCs细胞中的身份和作用	幽门螺杆菌感染的小鼠胃部MDSCs细胞	分子生物学	胃癌	单细胞RNA测序、siRNA敲降、GTPase-Glo检测、DCF-DA荧光染色	Gli1CreERT2 x Slfn4 fl/fl小鼠模型	RNA测序数据、荧光信号数据	未感染和6个月幽门螺杆菌感染的小鼠
336	2025-05-22	Eleven grand challenges in single-cell data science 2020-02-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1926-6 PMID:32033589	评论	本文概述了单细胞数据科学领域的十一大挑战，旨在推动这一新兴领域的发展	提出了单细胞数据科学中的十一大挑战，为未来研究指明了方向	未提供具体的解决方案或实验验证	推动单细胞数据科学领域的发展	单细胞数据科学的研究问题和方法	单细胞数据科学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	NA
337	2025-05-21	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Jun, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒影响的方法	发现某些纳米材料对免疫细胞的影响超出功能性免疫检测的范围，特别是Abraxane和Doxil对肥大细胞基因表达谱的影响	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞脱颗粒功能和基因表达的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	七种纳米材料（四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料）
338	2025-05-21	[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research] 2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380 PMID:40390610	综述	本文系统回顾了现代针灸研究的历史，强调了技术在其发展中的推动作用，并展望了新兴技术在针灸研究中的应用前景	强调了从系统性、有机方法到细胞、分子和遗传方法的技术在现代针灸研究中的推动作用，并展望了单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能等新兴技术的应用	未具体提及研究的局限性	回顾现代针灸研究的历史，展望新兴技术在针灸研究中的应用	针灸-艾灸的理论框架、镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联及穴位功效模式	跨学科医学-工程整合	NA	电生理学、生物化学技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能	NA	NA	NA
339	2025-05-21	Exploring Sex Differences in Type 2 Diabetes via a Male-Dominant Beta-Cell Cluster from Single-Cell Pancreatic Sequencing of Public Datasets 2025-May-19, Endocrinology and metabolism (Seoul, Korea) DOI:10.3803/EnM.2025.2297 PMID:40389209	研究论文	通过单细胞胰腺测序公共数据集，探索2型糖尿病中的性别差异，发现了一个男性主导的β细胞簇	识别了一个男性主导的β细胞簇，该簇具有独特的基因表达模式、信号通路和细胞间相互作用	研究依赖于公共数据集，可能存在批次效应或其他混杂因素	探索2型糖尿病中的性别差异及其分子机制	2型糖尿病患者的β细胞	生物信息学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自四个公共数据集的样本
340	2025-05-21	Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02636-7 PMID:40381082	研究论文	通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和GWAS数据进行MR分析，识别出结直肠癌的潜在靶点	首次结合单细胞转录组学、转录组学、蛋白质组学和MR方法，解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因	仅基于公开数据库数据，未进行实验验证	识别结直肠癌发病机制中的关键基因	结直肠癌相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL/pQTL分析、孟德尔随机化(MR)	SMR分析	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	4909个差异表达基因(DEGs)